[(2S,5S)-4-benzyl-5-(tert-butoxycarbonylaminomethyl)-3,6-dioxopiperazin-2-yl]acetic acid | 1005760-92-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: [(2S,5S)-4-benzyl-5-(tert-butoxycarbonylaminomethyl)-3,6-dioxopiperazin-2-yl]acetic acid
• 英文别名: 2-[(2S,5S)-4-benzyl-5-[[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]methyl]-3,6-dioxopiperazin-2-yl]acetic acid
• CAS: 1005760-92-8
• 化学式: C₁₉H₂₅N₃O₆
• 分子量: 391.424
• InChiKey: HYDJUDPRAOKHQE-KBPBESRZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.2
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.47
• 拓扑面积：
  125
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(2S,5S)-4-benzyl-5-(tert-butoxycarbonylaminomethyl)-3,6-dioxopiperazin-2-yl]acetic acid 、 tert-butyl (S)-[1-(benzylamino)-1-oxopropan-2-yl]carbamate 在 三氟乙酸 、 N-羟基-7-氮杂苯并三氮唑 、 1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 20.0h， 以92%的产率得到tert-butyl N-[[(2S,5S)-1-benzyl-5-[2-[[(2S)-1-(benzylamino)-1-oxopropan-2-yl]amino]-2-oxoethyl]-3,6-dioxopiperazin-2-yl]methyl]carbamate
  参考文献：
  名称：

  含有新型双功能二酮哌嗪骨架的β-发夹诱导物的拟肽模拟物的合成与构象研究

  摘要：

  报道了一种新的双功能二酮哌嗪（DKP）支架1的实用合成，该支架正式衍生自1-天冬氨酸和（S）-2,3-二氨基丙酸的环化。DKP- 1具有顺式关系的羧酸和氨基官能团，已被用于生长肽序列。通过溶液相肽合成（Boc策略）来制备四肽，五肽和六肽模拟物序列。这些衍生物的构象分析是通过组合1H NMR光谱，IR光谱，CD光谱和计算机建模，揭示了涉及10元和18元H键环的β-发夹模拟物的形成，以及生长中的肽链的反向变化。

  DOI：

  10.1021/jo702072z
• 作为产物：
  描述：

  L-N-苄基丝氨酸甲酯 在 四氢吡咯 、 4-二甲氨基吡啶 、 四(三苯基膦)钯 、 迭氮酸 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三苯基膦 、 三甲基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 异丙醇 、 甲苯 为溶剂， 反应 35.5h， 生成 [(2S,5S)-4-benzyl-5-(tert-butoxycarbonylaminomethyl)-3,6-dioxopiperazin-2-yl]acetic acid
  参考文献：
  名称：

  包含新型双功能整合素配体的双功能二酮哌嗪支架的环状RGD拟肽。

  摘要：

  描述了八个双功能二酮哌嗪（DKP）支架的合成。它们正式衍生自2,3-二氨基丙酸和天冬氨酸（DKP - 1 – DKP - 7）或谷氨酸（DKP - 8），具有胺和羧酸官能团。支架在两个立体中心的构型和在二酮哌嗪氮原子上的取代不同。将双功能二酮哌嗪引入了八个具有Arg-Gly-Asp（RGD）序列的环状拟肽中。将所得的肽模拟RGD筛选的能力抑制生物素化的玻连蛋白结合到纯化的整α v β3和α v β 5，其参与肿瘤血管生成。从反式DKP支架（DKP ‐ 2 – DKP ‐ 8）衍生的RGD拟肽获得了纳摩尔IC 50值。通过水溶液中的1 H NMR光谱实验（VT-NMR和NOESY光谱）和Monte Carlo /随机动力学（MC / SD）模拟对环状RGD拟肽进行构象研究，结果表明，亲和力最高的配体具有分子内明确定义的优选构象氢键转弯基序和RGD序列的扩展排列[Cβ（Arg）Cβ（Asp）平均距离≥8

  DOI：

  10.1002/chem.201200457

文献信息

• Synthesis and Characterization of Hairpin Mimics that Modulate the Early Oligomerization and Fibrillization of Amyloid β-Peptide
  作者：Leila Vahdati、Julia Kaffy、Dimitri Brinet、Guillaume Bernadat、Isabelle Correia、Silvia Panzeri、Roberto Fanelli、Olivier Lequin、Myriam Taverna、Sandrine Ongeri、Umberto Piarulli

  DOI：10.1002/ejoc.201700010

  日期：2017.5.26

  of different amyloid beta peptide isoforms. Among these amyloid peptides, A-beta 1-42 is considered as the most aggregative and neurotoxic species. We report herein the synthesis of four beta-sheet mimics composed of a peptidomimetic arm based on a 5-amino-2-methoxy benzhydrazide derivative, a 2,5-diketopiperazine scaffold (either cis-DKP or trans-DKP) and a tetrapeptide sequence (either Gly-Val-Val-Ile

  阿尔茨海默氏病是与不同淀粉样β肽同工型的低聚和原纤维化相关的神经退行性疾病。在这些淀粉样蛋白肽中，A-β1-42被认为是最具聚集性和神经毒性的物种。我们在这里报告了由基于5-氨基-2-甲氧基苯甲酰肼衍生物，2,5-二酮哌嗪支架（顺式-DKP或反式-DKP）和四肽序列的拟肽臂组成的四个β-折叠模拟物的合成（Gly-Val-Val-Ile，GVVI或Lys-Leu-Val-Phe，KLVF）。NMR和计算研究表明，含顺式-DKP的衍生物在溶液中采用稳定的β-发夹构象，而反式-DKP支架则促进了延伸结构的形成。通过硫黄素T荧光测定法研究了这些化合物在调节A-β1-42肽聚集中的活性，以测量聚集的动力学。然后使用毛细管电泳（CE）和透射电子显微镜（TEM）分别监测小的可溶性A-β低聚物以及较高分子量和不溶性A-β聚集体的形成。结果，包含顺式-DKP支架的小发夹模拟物能够防止小A-β1-42寡聚和神经毒性物质的形成。
• Synthesis and conformational studies of a stable peptidomimetic β-hairpin based on a bifunctional diketopiperazine turn inducer
  作者：Leila Vahdati、Roberto Fanelli、Guillaume Bernadat、Isabelle Correia、Olivier Lequin、Sandrine Ongeri、Umberto Piarulli

  DOI：10.1039/c4nj01437e

  日期：——

  The design, synthesis and conformational studies of a new β-hairpin mimic, 2, are described in this paper. The design towards hairpin 2 is based on the assembly of the bifunctional DKP-1 as a β-turn inducer, a peptidomimetic strand, namely 5-amino-2-methoxybenzhydrazide, to stabilize the formation of β-sheets, and finally a tetrapeptide sequence, GVVI, containing the hydrophobic residues Val, Ile and

  本文介绍了一种新型β-发夹模拟物2的设计，合成和构象研究。发夹2的设计基于组装成β-转角诱导剂的双功能DKP - 1，拟肽链（即5-氨基-2-甲氧基苯甲酰肼），以稳定β-折叠的形成，最后是四肽序列。 ，GVVI，含有疏水残基Val，Ile和Gly。发夹2的合成在溶液中进行，而质子溶剂中β-发夹的形成已通过NMR研究证实（1 H和13C化学位移，邻近偶合常数和ROE），并通过计算研究（Monte-Carlo构象搜索，分子动力学和DFT计算）得到证实。
• Cyclic RGD-Peptidomimetics Containing Bifunctional Diketopiperazine Scaffolds as New Potent Integrin Ligands
  作者：Ana Sofia M. da Ressurreição、Anamaria Vidu、Monica Civera、Laura Belvisi、Donatella Potenza、Leonardo Manzoni、Sandrine Ongeri、Cesare Gennari、Umberto Piarulli

  DOI：10.1002/chem.200902398

  日期：2009.11.16

  A perfect fit: The nanomolar affinity of a diketopiperazine‐derived cyclic RGD‐peptidomimetic for the integrin αvβ3 receptor can be attributed to its high structural pre‐organization. The trans‐diketopiperazine scaffold induces an extended RGD disposition permitting all important interactions with the extracellular domain of the αvβ3 integrin. The metal ion in the metal‐ion‐dependent adhesion site

  一个完美的结合：的纳摩尔亲和力二酮哌嗪衍生的环状RGD-拟肽用于整合素α v β 3受体可以归因于它的高结构的预组织。所述反式-diketopiperazine支架诱导延长的RGD配置允许与所述α的胞外域的所有的重要相互作用v β 3整联蛋白。依赖于金属离子的附着位点区域中的金属离子用洋红色球表示。
• Foldamers of bifunctional diketopiperazines displaying a β-bend ribbon structure
  作者：Régis Delatouche、Marco Durini、Monica Civera、Laura Belvisi、Umberto Piarulli

  DOI：10.1016/j.tetlet.2010.06.043

  日期：2010.8

  The synthesis of two oligomers, of a bifunctional diketopiperazine scaffold DKP-1, formally derived from the cyclization of l-aspartic acid and (S)-2,3-diaminopropionic acid, is reported. A trimeric and a tetrameric structure were prepared by solution-phase peptide synthesis (Boc strategy). Conformational analysis of these derivatives was carried out by a combination of 1H NMR spectroscopy, CD spectroscopy

  据报道，正式合成了由1-天冬氨酸和（S）-2,3-二氨基丙酸环化而得的双功能二酮哌嗪骨架DKP-1的两种低聚物。通过溶液相肽合成（Boc策略）制备三聚体和四聚体结构。这些衍生物的构象分析是通过1 H NMR光谱，CD光谱和分子建模相结合进行的，揭示了包含10元H键环的β弯曲带的形成以及正在生长的肽链的反向转变。