1-甲基腺苷酸 | 15763-06-1

• 物质功能分类: 生物化工 - 核酸类
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 中文名称: 1-甲基腺苷酸
• 中文别名: 1-甲基腺苷
• 英文名称: 1-methyladenosine
• 英文别名: N¹-methyladenosine；m¹A；1-methyl-6,N⁶-didehydro-1,6-dihydro-adenosine；6-Amino-1-methyl-9-β-D-ribofuranosyl-9H-purinium-betain；(2R,3S,4R,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(6-imino-1-methylpurin-9-yl)oxolane-3,4-diol
• CAS: 15763-06-1
• 化学式: C₁₁H₁₅N₅O₄
• mdl: MFCD00038421
• 分子量: 281.271
• InChiKey: GFYLSDSUCHVORB-IOSLPCCCSA-N

物化性质

• 熔点：
  >217°C (dec.)
• 沸点：
  655.4±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.88±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  DMSO（轻微）、水（轻微、超声处理）
• 最大波长(λmax)：
  258 (pH 2)；258 (pH 7)；259，260～265 (pH 13)
• 物理描述：
  Solid
• 碰撞截面：
  164.2 Ų [M+H]+ [CCS Type: DT, Method: single field calibrated with Agilent tune mix (Agilent)]

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.545
• 拓扑面积：
  127
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  7

安全信息

• WGK Germany：
  3
• 危险性防范说明：
  P261,P264,P270,P271,P280,P301+P312,P302+P352,P304+P340,P305+P351+P338,P330,P332+P313,P337+P313,P362,P403+P233,P405,P501
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335

制备方法与用途

生物活性的1-Methyladenosine是一种RNA修饰，主要来源于两种不同的反应类型：一种是酶催化的；另一种则是RNA与某些烷化剂反应的结果。

目标
人类内源性代谢物

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-甲基腺苷酸 在 氨 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 36.0h， 生成 N⁶-methyladenosine
  参考文献：
  名称：

  Chemical Incorporation of 1-Methyladenosine, Minor tRNA Component, into Oligonucleotides

  摘要：

  The synthesis of suitably protected 1-methyladenosine derivatives has been developed and its successful chemical incorporation into oligonucleotides was achieved.

  DOI：

  10.1081/ncn-120022749
• 作为产物：
  描述：

  1-methyladenosine 以 水 为溶剂， 生成 1-甲基腺苷酸
  参考文献：
  名称：

  含有天然存在的 1-甲基腺苷残基的三种二核苷单磷酸酯的分子内堆积关联：m1ApA、Apm1A 和 m1Apm1A

  摘要：

  制备了三种含有天然存在的 1-甲基腺苷残基、m1ApA、Apm1 和 m1Apm1A 的修饰的二核苷单磷酸酯。使用两种独立的方法定量研究这些二聚体的分子内堆积缔合特性。热变性和酸碱滴定实验得出了相同的结论，即 m1\overset+ApA 和 Apm1\overset+A 都比 ApA 堆积少。酸碱滴定实验还表明，中性形式的三种修饰二聚体的堆积程度与 ApA 几乎相同。这些结果表明腺嘌呤碱基的 N-1 甲基化不会增强二聚体的堆积相互作用，这与相同碱基的 N6 甲基化形成鲜明对比。还对三种二聚体进行了 UV 低色度和 CD 测量，

  DOI：

  10.1246/bcsj.55.3598

文献信息

• Noncanonical RNA Nucleosides as Molecular Fossils of an Early Earth-Generation by Prebiotic Methylations and Carbamoylations
  作者：Christina Schneider、Sidney Becker、Hidenori Okamura、Antony Crisp、Tynchtyk Amatov、Michael Stadlmeier、Thomas Carell

  DOI：10.1002/anie.201801919

  日期：2018.5.14

  prebiotic routes towards RNA. Contemporary RNA, however, is not only constructed from the four canonical nucleobases (A, C, G, and U), it also contains many chemically modified (noncanonical) bases. A still open question is whether these noncanonical bases were formed in parallel to the canonical bases (chemical origin) or later, when life demanded higher functional diversity (biological origin). Here

  RNA世界假说假设地球上的生命始于催化其自身形成的小RNA分子。对该假设至关重要的是，需要针对RNA的益生元途径。然而，当代RNA不仅由四个规范的核碱基（A，C，G和U）构建，而且还包含许多化学修饰的（非规范）碱基。一个尚待解决的问题是，当生命需要更高的功能多样性（生物起源）时，这些非规范碱基是否与规范碱基（化学起源）平行或更晚地形成。在这里，我们显示异氰酸酯与亚硝酸钠的组合建立了与地球早期条件相容的甲基化和氨基甲酰化反应性。这些反应导致仍然存在的甲基化和氨基酸修饰的核苷的形成。
• Identification of Flavin Mononucleotide as a Cell‐Active Artificial <i>N</i> ⁶ ‐Methyladenosine RNA Demethylase
  作者：Li‐Jun Xie、Xiao‐Ti Yang、Rui‐Li Wang、Hou‐Ping Cheng、Zhi‐Yan Li、Li Liu、Lanqun Mao、Ming Wang、Liang Cheng

  DOI：10.1002/anie.201900901

  日期：2019.4

  N6‐Methyladenosine (m6A) represents a common and highly dynamic modification in eukaryotic RNA that affects various cellular pathways. Natural dioxygenases such as FTO and ALKBH5 are enzymes that demethylate m6A residues in mRNA. Herein, the first identification of a small‐molecule modulator that functions as an artificial m6A demethylase is reported. Flavin mononucleotide (FMN), the metabolite produced

  N 6 ‐甲基腺苷 (m 6 A) 是真核 RNA 中一种常见且高度动态的修饰，可影响各种细胞通路。天然双加氧酶如 FTO 和 ALKBH5 是使mRNA 中的m 6 A 残基去甲基化的酶。在本文中，首次鉴定了一种具有人工 m 6 A 脱甲基酶功能的小分子调节剂。黄素单核苷酸 (FMN) 是核黄素激酶产生的代谢物，可介导活细胞中 RNA的 m 6 A 残基的大量光化学去甲基化。该研究为理解 m 6的去甲基化提供了新的视角mRNA 中的 A 残基，揭示了强大的小分子作为 RNA 脱甲基酶和用于 RNA 生物学的新探针的开发。
• Rotational energy barrier in Pt^II–N⁷(purine) bonds by one- and two-dimensional nuclear magnetic resonance spectroscopy
  作者：Dawei Li、Rathindra N. Bose

  DOI：10.1039/dt9940003717

  日期：——

  Rotational energy barriers about PtII-N7 purine bonds for cis-[Pt(NH3)2L2][L = 1-methyladenosine, adenosine 5′-mono-, -di- or -tri-phosphate, or guanosine 5′-monophosphate) were evaluated from one-and two-dimensional phosphorus-31 exchange spectroscopy. Two diastereomers in a head-to-tail conformation exist for all the aminopurine complexes in the temperature range 25–60 °C due to slow rotation about

  顺式-[Pt（NH 3）2 L 2 ] [L = 1-甲基腺苷，腺苷5'-单-，-di-或-三磷酸或鸟苷5的Pt II -N 7嘌呤键的旋转能垒从一维和二维磷31交换光谱中评估了'-一磷酸酯）。由于25-60°C的温度范围内，由于Pt-N 7键旋转缓慢，所有氨基嘌呤配合物均存在首尾相接的两个非对映异构体。所有6-氨基嘌呤配合物的旋转活化能在46–95 kJ mol –1范围内，而6-氧嘌呤配合物显示的最低能垒为25 kJ mol –1。头对尾构型的氨基嘌呤配合物的两个环外胺位于铂方平面的上方和下方。与GMP配合物相比，AMP中旋转能垒的增加归因于不存在与胺的氢键，这是6-NH 2基团的孤对电子与铂的σ-键轨道的直接相互作用原子，以及由于与填充的d z 2相互作用而导致的晶体场稳定能的降低轨道。旋转能垒可以看作是头对尾和头对头配置之间的基态能量差，因为后者在一个头对头转换过程中会遇到最高势能
• Formation and removal of 1,<i>N</i>6-dimethyladenosine in mammalian transfer RNA
  作者：Xue-Jiao You、Shan Zhang、Juan-Juan Chen、Feng Tang、Jingang He、Jie Wang、Chu-Bo Qi、Yu-Qi Feng、Bi-Feng Yuan

  DOI：10.1093/nar/gkac770

  日期：2022.9.23

  RNA molecules harbor diverse modifications that play important regulatory roles in a variety of biological processes. Over 150 modifications have been identified in RNA molecules. N6-methyladenosine (m6A) and 1-methyladenosine (m1A) are prevalent modifications occurring in various RNA species of mammals. Apart from the single methylation of adenosine (m6A and m1A), dual methylation modification occurring in the nucleobase of adenosine, such as N6,N6-dimethyladenosine (m6,6A), also has been reported to be present in RNA of mammals. Whether there are other forms of dual methylation modification occurring in the nucleobase of adenosine other than m6,6A remains elusive. Here, we reported the existence of a novel adenosine dual methylation modification, i.e. 1,N6-dimethyladenosine (m1,6A), in tRNAs of living organisms. We confirmed that m1,6A is located at position 58 of tRNAs and is prevalent in mammalian cells and tissues. The measured level of m1,6A ranged from 0.0049% to 0.047% in tRNAs. Furthermore, we demonstrated that TRMT6/61A could catalyze the formation of m1,6A in tRNAs and m1,6A could be demethylated by ALKBH3. Collectively, the discovery of m1,6A expands the diversity of RNA modifications and may elicit a new tRNA modification-mediated gene regulation pathway.

  摘要 RNA 分子中蕴藏着多种多样的修饰，它们在各种生物过程中发挥着重要的调控作用。目前已发现 RNA 分子中存在 150 多种修饰。N6-甲基腺苷（m6A）和 1-甲基腺苷（m1A）是哺乳动物各种 RNA 中普遍存在的修饰。除了腺苷的单一甲基化（m6A 和 m1A）外，据报道哺乳动物的 RNA 中还存在发生在腺苷核碱基上的双重甲基化修饰，如 N6,N6-二甲基腺苷（m6,6A）。除了 m6,6A 之外，腺苷的核碱基中是否还存在其他形式的双重甲基化修饰，目前仍无定论。在这里，我们报告了生物体 tRNA 中存在一种新的腺苷双重甲基化修饰，即 1,N6-二甲基腺苷（m1,6A）。我们证实，m1,6A 位于 tRNA 的第 58 位，在哺乳动物细胞和组织中普遍存在。测得的 m1,6A 在 tRNA 中的含量从 0.0049% 到 0.047%。此外，我们还证明了 TRMT6/61A 可催化 tRNA 中 m1,6A 的形成，并且 m1,6A 可被 ALKBH3 去甲基化。总之，m1,6A 的发现扩大了 RNA 修饰的多样性，并可能引发一种新的 tRNA 修饰介导的基因调控途径。
• Site‐Specific Labeling of RNAs with Modified and ¹⁹ F‐Labeled Nucleotides by Chemo‐Enzymatic Synthesis
  作者：Alexey Sudakov、Bozana Knezic、Martin Hengesbach、Boris Fürtig、Elke Stirnal、Harald Schwalbe

  DOI：10.1002/chem.202203368

  日期：——

  A library of post-transcriptional modifications and synthetic modified nucleosides for the site-specific alteration of RNAs applying a chemo-enzymatic method is presented. This method overcomes the limitations of other established and well-known RNA synthesis techniques. The applicability of this approach to biological systems is demonstrated with the site-specific modification of a riboswitch with

  提出了一个转录后修饰和合成修饰核苷库，用于应用化学酶法对 RNA 进行位点特异性改变。这种方法克服了其他已建立和众所周知的 RNA 合成技术的局限性。通过使用氟化核苷对核糖开关进行位点特异性修饰以进行基于 NMR 的分析，证明了这种方法对生物系统的适用性。