N⁶-benzoyl-2'-O-methylthiomethyl-5',3'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxan-1,3-diyl)adenosine | 139434-69-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N⁶-benzoyl-2'-O-methylthiomethyl-5',3'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxan-1,3-diyl)adenosine
• 英文别名: N⁶-benzoyl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-O-[(methylthio)methyl]adenosine；N⁶-benzoyl-2'-O-[(methylthio)methyl]-3',5'-O-[1,1,3,3-tetrakis(1-methylethyl)-1,3-disiloxanediyl]adenosine；N-benzoyl-3′,5′-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1, 3-diyl)-2′-O-[(methylthio)methyl]adenosine；N-(9-((6aR,8R,9R,9aR)-2,2,4,4-tetraisopropyl-9-((methylthio)methoxy)tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl)-9H-purin-6-yl)benzamide；6-N-benzoyl-3',5'-O,O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-O-methylenethiomethyladenosine；N6-benzoyl-3',5'-O-(tetraisopropyldisiloxa-1,3-diyl)-2'-O-methylthiomethyl-adenosine；N-[9-[(6aR,8R,9R,9aR)-9-(methylsulfanylmethoxy)-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 139434-69-8
• 化学式: C₃₁H₄₇N₅O₆SSi₂
• 分子量: 673.981
• InChiKey: QBSJMMANIALPGQ-YUGARCTCSA-N

物化性质

• 密度：
  1.26±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.64
• 重原子数：
  45
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.61
• 拓扑面积：
  144
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁶-benzoyl-2'-O-methylthiomethyl-5',3'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxan-1,3-diyl)adenosine 在 磺酰氯 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.5h， 生成
  参考文献：
  名称：

  在天然四个核苷残基上修饰的前药型2'- O-甲基二硫甲基寡核苷酸的合成及其在还原条件下的转化为天然2'-羟基寡核苷酸

  摘要：

  我们以前曾报道，带有2'- O-甲基二硫甲基（2'- O- MDTM）尿苷的还原环境响应型前药型小干扰RNA（siRNA）表现出有效的敲低活性和核酸酶抗性。在此报告中，我们描述了通过合成后修饰不仅修饰尿苷，而且修饰腺苷，鸟苷和胞苷残基的2'- O- MDTM寡核苷酸的制备。前体寡核苷酸轴承2'- ø - （2,4,6- trimethoxybenzylthiomethyl）（2'- ö -TMBTM）腺苷，鸟苷，胞苷和用二甲基反应（甲硫基）锍四氟硼酸盐以形成2'- ø -MDTM寡核苷酸在与带有2'-的寡核苷酸的方式相同O -TMBTM尿苷。此外，在模拟溶质的条件下，将带有2'- O- MDTM腺苷，鸟苷和胞苷的寡核苷酸有效地转化为相应的天然2'-羟基寡核苷酸。

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2018.10.025
• 作为产物：
  描述：

  1,3二氯-1,1,3,3-四异丙基二硅氧烷 在 吡啶 、 乙酸酐 、 溶剂黄146 作用下， 反应 51.5h， 生成 N⁶-benzoyl-2'-O-methylthiomethyl-5',3'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxan-1,3-diyl)adenosine
  参考文献：
  名称：

  使用 2'-O-DTM 保护合成 RNA

  摘要：

  叔丁基二硫甲基 (DTM) 是一种新型的羟基保护基团，可在还原条件下裂解，被开发并应用于固相 RNA 合成过程中的 2'-OH 保护。此功能与寡核苷酸合成中使用的所有标准保护基团兼容，并允许快速、高产地合成 RNA。含有 2'-O-DTM 基团的寡核苷酸可以在尽可能温和的水性和均相条件下轻松脱保护。保留的 5'-O-DMTr 功能可用于高通量盒式 RNA 纯化。

  DOI：

  10.1021/ja0636587

文献信息

• [EN] LIGAND-MODIFIED DOUBLE-STRANDED NUCLEIC ACIDS<br/>[FR] ACIDES NUCLÉIQUES DOUBLE BRIN MODIFIÉS PAR UN LIGAND
  申请人：DICERNA PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2016100401A1

  公开（公告）日：2016-06-23

  The invention provides for double stranded nucleic acid molecules comprising a 5 'extension of the sense or antisense strand and further comprising a plurality of nucleotides that are conjugated to a ligand and methods of using the double-stranded nucleic acid molecules. Ligand-modified oligomers where the sense stands form a tetraloop provide new potent and stable RNA interference agents. These dsNA molecules are synthesized using a plurality of nucleotides that include ligand-modified monomers, nucleotide analog monomers, modified nucleotide monomers and the like, using standard nucleotide synthetic methods and systems.

  该发明提供了包括具有感链或反义链的5'延伸以及进一步包括与配体结合的多个核苷酸的双链核酸分子，以及使用这些双链核酸分子的方法。其中，感链形成四环的配体修饰寡聚物提供了新的强效和稳定的RNA干扰剂。这些双链核酸分子是使用包括配体修饰单体、核苷酸类似物单体、修饰核苷酸单体等的多个核苷酸合成的，使用标准的核苷酸合成方法和系统。
• An azidomethyl protective group in the synthesis of oligoribonucleotides by the phosphotriester method
  作者：V. A. Efimov、A. V. Aralov、S. V. Fedunin、V. N. Klykov、O. G. Chakhmakhcheva

  DOI：10.1134/s1068162009020149

  日期：2009.3

  A rapid and effective method of an automatic oligoribonucleotide synthesis alternative to the phosphoroamidite one was developed based on the phosphotriester approach of internucleotide bond formation under intramolecular O-nucleophilic catalysis and the use of an azidomethyl group for protection of a nucleotide 2'-hydroxyl function.

  基于分子内O-亲核催化下核苷酸间键形成的磷酸三酯方法，并利用叠氮基甲基保护核苷酸2'-羟基功能，开发了一种快速有效的寡核苷酸自动寡核苷酸合成方法，替代了磷酰胺
• Assessment of 4-Nitrogenated Benzyloxymethyl Groups for 2‘-Hydroxyl Protection in Solid-Phase RNA Synthesis
  作者：Jacek Cieślak、Jon S. Kauffman、Michelle J. Kolodziejski、John R. Lloyd、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1021/ol0629824

  日期：2007.2.1

  The search for a 2'-OH protecting group that would impart ribonucleoside phosphoramidites with coupling kinetics and coupling efficiencies comparable to those of deoxyribonucleoside phosphoramidites led to an assessment of 2'-O-(4-nitrogenated benzyloxy)methyl groups through solid-phase RNA synthesis using phosphoramidites 2a-d, 12a, and 14a. These phosphoramidites exhibited rapid and efficient coupling

  寻找能够赋予核糖核苷亚磷酰胺具有与脱氧核糖核苷亚磷酰胺相当的偶联动力学和偶联效率的2'-OH保护基，导致通过固相RNA评估了2'-O-（4-硝化苄氧基）甲基使用亚磷酰胺2a-d，12a和14a进行合成。这些亚磷酰胺显示出快速和有效的偶联性能。特别值得注意的是0.1 M AcOH中2'-O- [4-（N-甲基氨基）苄氧基]甲基的裂解，这在90摄氏度下于15分钟内导致U19dT。
• [EN] LIGAND-2'-MODIFIED NUCLEIC ACIDS, SYNTHESIS THEREOF AND INTERMEDIATE COMPOUNDS THEREOF<br/>[FR] ACIDES NUCLÉIQUES MODIFIÉS PAR LIGAND-2', SYNTHÈSE DE CEUX-CI ET COMPOSÉS INTERMÉDIAIRES DE CEUX-CI
  申请人：DICERNA PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2021041756A1

  公开（公告）日：2021-03-04

  The present invention relates to methods for synthesizing compounds useful as potent and stable RNA interference agents, derivatives thereof, and intermediates thereto.

  本发明涉及用作强效且稳定的RNA干扰剂的化合物的合成方法，其衍生物以及中间体。
• TheS,X-acetals in nucleoside chemistry. I. The synthesis of 2′- and 5′-O-methylthiomethylribonucleosides
  作者：A. E. Pechenov、S. G. Zavgorodny、V. I. Shvets、A. I. Miroshnikov

  DOI：10.1007/bf02759285

  日期：2000.5

  Ribonucleoside 2′- and 5′-O-methylthiomethyl derivatives were synthesized from selectively protected nucleosides by the action of a dimethyl sulfoxide-acetic anhydride-acetic acid mixture.

  核糖核苷 2'- 和 5'-O-甲硫基甲基衍生物是通过二甲亚砜-乙酸酐-乙酸混合物的作用从选择性保护的核苷合成的。