9-(3-O-benzyl-5-O-(methanesulfonyl)-4-C-[[(methanesulfonyl)oxy]methyl]-2-O-trifluormethanesulfonyl-α-L-threo-pentofuranosyl)-6-N-benzoyladenine | 625111-37-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 9-(3-O-benzyl-5-O-(methanesulfonyl)-4-C-[[(methanesulfonyl)oxy]methyl]-2-O-trifluormethanesulfonyl-α-L-threo-pentofuranosyl)-6-N-benzoyladenine
• 英文别名: 9-(3-O-benzyl-5-O-(methanesulfonyl)-4-C-[[(methanesulfonyl)oxy]methyl]-2-O-trifluormethanesulfonyl-alpha-L-threo-pentofuranosyl)-6-N-benzoyladenine；[(2R,3R,4R)-2-(6-benzamidopurin-9-yl)-5,5-bis(methylsulfonyloxymethyl)-4-phenylmethoxyoxolan-3-yl] trifluoromethanesulfonate
• CAS: 625111-37-7
• 化学式: C₂₈H₂₈F₃N₅O₁₂S₃
• 分子量: 779.75
• InChiKey: XEMQDCNQVUEUHF-XLGIIRLISA-N

物化性质

• 密度：
  1.63±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.8
• 重原子数：
  51
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.36
• 拓扑面积：
  246
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  18

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  9-(3-O-benzyl-5-O-(methanesulfonyl)-4-C-[[(methanesulfonyl)oxy]methyl]-2-O-trifluormethanesulfonyl-α-L-threo-pentofuranosyl)-6-N-benzoyladenine 在 18-冠醚-6 、 氨 、 sodium hydride 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 甲苯 为溶剂， 反应 45.0h， 生成 (1S,3R,4S,7R)-1-(acetoxymethyl)-3-(6-N-benzoyladenin-9-yl)-7-benzyloxy-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  α-l-核糖构型锁定核酸 (α-L-LNA)：合成和性质

  摘要：

  单体核苷和 3'-O-亚磷酰胺结构单元的合成在生成 α-l-核糖构型锁核酸 (α-L-LNA) 的过程中，完全由 α-L-LNA 单体（α-l-核糖核酸）组成构型）或 α-L-LNA 和 DNA 单体的混合物（β-d-核糖构型），进行了描述，并研究了 α-L-LNA 低聚物。已制备双环 5-甲基胞嘧啶-1-基和腺嘌呤-9-基核苷衍生物，亚磷酰胺方法已用于自动寡聚化，从而产生 α-L-LNA 寡聚体。结合研究表明可以非常有效地识别单链 DNA 和 RNA 靶寡核苷酸链。因此，包含 α-L-LNA 单体和 DNA 单体混合物（“mix-mer α-L-LNA”）的立体不规则 α-L-LNA 11-mers 显示每次修改的 ΔTm 值为 +1 至 +3 °C与相应的未修饰 DNA·DNA 和 DNA·RNA 参考双链体相比，DNA 和 +4 至 +5°C 的 RNA。立体规则 f 每次修改的相应

  DOI：

  10.1021/ja0168763
• 作为产物：
  描述：

  4-(羟甲基)-1,2-O-异丙亚基-3-O-苄基-beta-L-苏式戊呋喃糖 在 吡啶 、 氨 、 四氯化锡 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 22.5h， 生成 9-(3-O-benzyl-5-O-(methanesulfonyl)-4-C-[[(methanesulfonyl)oxy]methyl]-2-O-trifluormethanesulfonyl-α-L-threo-pentofuranosyl)-6-N-benzoyladenine
  参考文献：
  名称：

  α-l-核糖构型锁定核酸 (α-L-LNA)：合成和性质

  摘要：

  单体核苷和 3'-O-亚磷酰胺结构单元的合成在生成 α-l-核糖构型锁核酸 (α-L-LNA) 的过程中，完全由 α-L-LNA 单体（α-l-核糖核酸）组成构型）或 α-L-LNA 和 DNA 单体的混合物（β-d-核糖构型），进行了描述，并研究了 α-L-LNA 低聚物。已制备双环 5-甲基胞嘧啶-1-基和腺嘌呤-9-基核苷衍生物，亚磷酰胺方法已用于自动寡聚化，从而产生 α-L-LNA 寡聚体。结合研究表明可以非常有效地识别单链 DNA 和 RNA 靶寡核苷酸链。因此，包含 α-L-LNA 单体和 DNA 单体混合物（“mix-mer α-L-LNA”）的立体不规则 α-L-LNA 11-mers 显示每次修改的 ΔTm 值为 +1 至 +3 °C与相应的未修饰 DNA·DNA 和 DNA·RNA 参考双链体相比，DNA 和 +4 至 +5°C 的 RNA。立体规则 f 每次修改的相应

  DOI：

  10.1021/ja0168763

文献信息

• Synthesis of locked nucleic acid derivatives
  申请人：——

  公开号：US20040014959A1

  公开（公告）日：2004-01-22

  The invention relates to a novel strategy for the synthesis of Locked Nucleic Acid derivatives, such as &agr;-L-oxy-LNA, amino-LNA, &agr;-L-amino-LNA, thio-LNA, &agr;-L-thio-LNA, seleno-LNA and methylene LNA, which provides scalable high yielding reactions utilising intermediates that also can produce other LNA analogues such as oxy-LNA. Also, the compounds of the formula X are important intermediates that may be reacted with varieties of nucleophiles leading to a wide variety of LNA analogues. 1

  该发明涉及一种用于合成锁定核酸衍生物的新策略，例如α-L-氧基-LNA、氨基-LNA、α-L-氨基-LNA、硫基-LNA、α-L-硫基-LNA、硒基-LNA和亚甲基-LNA，该策略利用中间体进行可扩展的高产率反应，这些中间体还可以产生其他LNA类似物，如氧基-LNA。另外，公式X的化合物是重要的中间体，可以与多种亲核试剂反应，生成各种LNA类似物。
• Synthesis and Characterization of Oligodeoxyribonucleotides Modified with 2′-Amino-α-<scp>l</scp>-LNA Adenine Monomers: High-Affinity Targeting of Single-Stranded DNA
  作者：Nicolai K. Andersen、Brooke A. Anderson、Jesper Wengel、Patrick J. Hrdlicka

  DOI：10.1021/jo4022937

  日期：2013.12.20

  acid targets, improved binding specificity, and enhanced enzymatic stability relative to unmodified strands. Here we present the synthesis and biophysical characterization of oligodeoxyribonucleotides (ONs) modified with 2′-amino-α-l-LNA adenine monomers W–Z. The synthesis of the target phosphoramidites 1–4 is initiated from pentafuranose 5, which upon Vorbrüggen glycosylation, O2′-deacylation, O2′-activation

  由于在反义、反基因和其他基因靶向策略中的成功应用，构象受限核苷酸构建模块的开发继续吸引着相当大的兴趣。锁核酸 (LNA) 及其非对映异构体 α- 1- LNA 是其中两个有趣的例子。相对于未修饰的链，用这些单元修饰的寡核苷酸显示出对核酸靶标的极大增加的亲和力、改进的结合特异性和增强的酶稳定性。在这里，我们展示了用 2'-氨基-α - l - LNA 腺嘌呤单体W - Z修饰的寡脱氧核糖核苷酸 (ON) 的合成和生物物理表征。目标亚磷酰胺的合成1 –4从五呋喃糖5 开始，在 Vorbrüggen 糖基化、O2'-脱酰化、O2'-活化和 C2'-叠氮化物引入后产生核苷8。一锅串联施陶丁格/分子内亲核取代将8转化为 2'-氨基-α - l -LNA 腺嘌呤中间体9，经过一系列非平凡的保护基操作后提供关键中间体15。随后的化学选择性N2'官能化和O3'-亚磷酸化给予目标1 - 4在~1-3％的总收率从超过11个步骤5。用芘功能化的
• SYNTHESIS OF LOCKED NUCLEIC ACID DERIVATIVES
  申请人：Sørensen Mads Detlef

  公开号：US20120165514A1

  公开（公告）日：2012-06-28

  The invention relates to a novel strategy for the synthesis of Locked Nucleic Acid derivatives, such as α- L -oxy-LNA, amino-LNA, α- L -amino-LNA, thio-LNA, α- L -thio-LNA, seleno-LNA and methylene LNA, which provides scalable high yielding reactions utilising intermediates that also can produce other LNA analogues such as oxy-LNA. Also, the compounds of the formula X are important intermediates that may be reacted with varieties of nucleophiles leading to a wide variety of LNA analogues.

  本发明涉及一种新颖的锁定核酸衍生物合成策略，例如α-L-氧基-LNA、氨基-LNA、α-L-氨基-LNA、硫基-LNA、α-L-硫基-LNA、硒基-LNA和亚甲基LNA等，该策略利用中间体进行可扩展高产率反应，这些中间体还可以产生其他LNA类似物，如氧基-LNA。此外，公式X的化合物是重要的中间体，可以与各种亲核试剂反应，导致各种LNA类似物的广泛产生。
• N2′-Functionalized 2′-Amino-α-L-LNA Adenine Derivatives—Efficient Targeting of Single Stranded DNA
  作者：Nicolai K. Andersen、Jesper Wengel、Patrick J. Hrdlicka

  DOI：10.1080/15257770701539153

  日期：2007.11.26

  The synthesis of two pyrene-functionalized 2'-amino-alpha-L-LNA adenine building blocks is outlined and initial results from thermal denaturation studies are presented.
• α-<scp>l</scp>-<i>ribo</i>-Configured Locked Nucleic Acid (α-L-LNA):  Synthesis and Properties
  作者：Mads D. Sørensen、Lisbet Kværnø、Torsten Bryld、Anders E. Håkansson、Birgit Verbeure、Gilles Gaubert、Piet Herdewijn、Jesper Wengel

  DOI：10.1021/ja0168763

  日期：2002.3.1

  The syntheses of monomeric nucleosides and 3‘-O-phosphoramidite building blocks en route to α-l-ribo-configured locked nucleic acids (α-L-LNA), composed entirely of α-L-LNA monomers (α-l-ribo configuration) or of a mixture of α-L-LNA and DNA monomers (β-d-ribo configuration), are described and the α-L-LNA oligomers are studied. Bicyclic 5-methylcytosin-1-yl and adenin-9-yl nucleoside derivatives have

  单体核苷和 3'-O-亚磷酰胺结构单元的合成在生成 α-l-核糖构型锁核酸 (α-L-LNA) 的过程中，完全由 α-L-LNA 单体（α-l-核糖核酸）组成构型）或 α-L-LNA 和 DNA 单体的混合物（β-d-核糖构型），进行了描述，并研究了 α-L-LNA 低聚物。已制备双环 5-甲基胞嘧啶-1-基和腺嘌呤-9-基核苷衍生物，亚磷酰胺方法已用于自动寡聚化，从而产生 α-L-LNA 寡聚体。结合研究表明可以非常有效地识别单链 DNA 和 RNA 靶寡核苷酸链。因此，包含 α-L-LNA 单体和 DNA 单体混合物（“mix-mer α-L-LNA”）的立体不规则 α-L-LNA 11-mers 显示每次修改的 ΔTm 值为 +1 至 +3 °C与相应的未修饰 DNA·DNA 和 DNA·RNA 参考双链体相比，DNA 和 +4 至 +5°C 的 RNA。立体规则 f 每次修改的相应