N-(苯氧基乙酰基)-3',5'-O-[1,1,3,3-四(异丙基)-1,3-二硅氧烷二基]鸟苷 | 131474-72-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 中文名称: N-(苯氧基乙酰基)-3',5'-O-[1,1,3,3-四(异丙基)-1,3-二硅氧烷二基]鸟苷
• 英文名称: N²-phenoxyacetyl-3',5'-O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)guanosine
• 英文别名: 3,5-TIPS-N-PAc-Guanosine；N-[9-[(6aR,8R,9R,9aS)-9-hydroxy-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-phenoxyacetamide
• CAS: 131474-72-1
• 化学式: C₃₀H₄₅N₅O₈Si₂
• 分子量: 659.887
• InChiKey: RRWDFNRJFKNJIJ-QTWDEJAXSA-N

物化性质

• 密度：
  1.32±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.35
• 重原子数：
  45
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  155
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  10

安全信息

• 储存条件：
  2-8℃

制备方法与用途

N2-苯氧基乙酰基-3′,5′-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)鸟苷是一种鸟苷类似物。一些鸟苷类似物具有免疫刺激活性，在某些动物模型中，它们还能诱导Ⅰ型干扰素的产生，从而发挥抗病毒作用。研究发现，这些鸟苷类似物的功能活性依赖于Toll样受体7(TLR7)的激活。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(苯氧基乙酰基)-3',5'-O-[1,1,3,3-四(异丙基)-1,3-二硅氧烷二基]鸟苷 在 氟化铵 、 磺酰氯 、 四丁基氟化铵 、 氨 、 水 、 乙酸酐 、 溶剂黄146 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 60.17h， 生成 鸟苷
  参考文献：
  名称：

  具有官能团的 2'-O- 或 5'-O-氨氧基甲基化核苷的永久或可逆缀合是一种方便有效的 RNA 和 DNA 序列修饰方法

  摘要：

  2'- O-氨基氧基甲基核糖核苷是通过在甲醇中用NH 4 F处理而从它们的3',5'-二甲硅烷基化的2'- O-邻苯二甲酰亚胺氧基甲基衍生物制备的。这些新型核糖核苷与 1-芘甲醛的反应导致以 69-82% 的产率有效形成稳定且可逆的核糖核苷 2'-缀合物。实际上，将这些缀合物暴露于 THF 中的0.5 M 四正丁基氟化铵 (TBAF) 会导致它们的亚氨基醚功能裂解，从而产生天然核糖核苷以及无害的腈副产物。相反，5-cholesten-3-one 或丹磺酰氯与 2'- O 的反应-氨基氧甲基尿苷提供永久性尿苷 2'-结合物，在用 TBAF 处理后基本保持完整。或者，5'- O-氨基氧基甲基胸苷通过其3'- O-乙酰丙酰基-5'- O-邻苯二甲酰亚胺氧基甲基前体的肼解制备。5'- O-氨基氧甲基胸苷的芘基化和 5'-偶联物对 TBAF 的敏感性进一步证明了这种核苷在永久性或可逆性修饰 DNA 序列方面的有用性。尽管

  DOI：

  10.1093/nar/gkr896
• 作为产物：
  描述：

  鸟苷 在 吡啶 、 三甲基氯硅烷 作用下， 反应 38.5h， 生成 N-(苯氧基乙酰基)-3',5'-O-[1,1,3,3-四(异丙基)-1,3-二硅氧烷二基]鸟苷
  参考文献：
  名称：

  核苷酸。第LXXIX部分

  摘要：

  两个系列的新的核糖核苷3'-亚磷酰胺（参见36 - 42）承载光不稳定[2-（2-硝基苯基）丙氧基]羰基处的5'- Ò位上被合成和表征作为用于光刻合成单体结构单元RNA芯片。通过2-（4-硝基苯基）乙基（npe）和[2-（4-硝基苯基）乙氧基]羰基（npeoc）基团以众所周知的方式实现了碱保护。碳水化合物部分还带有2' - O-（四氢-4-甲氧基-2 H-吡喃-4-基）基团以阻断2'-OH功能。

  DOI：

  10.1002/hlca.201000403

文献信息

• [EN] 2'-O-AMINOOXYMETHYL NUCLEOSIDE DERIVATIVES FOR USE IN THE SYNTHESIS AND MODIFICATION OF NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND OLIGONUCLEOTIDES<br/>[FR] DÉRIVÉS DE 2'-O-AMINOOXYMÉTHYL NUCLÉOSIDE POUR L'UTILISATION DANS LA SYNTHÈSE ET LA MODIFICATION DE NUCLÉOSIDES, NUCLÉOTIDES ET OLIGONUCLÉOTIDES
  申请人：US HEALTH

  公开号：WO2012138530A1

  公开（公告）日：2012-10-11

  Disclosed are O-protected compounds of the formula (I):wherein B is an optionally protected nucleobase, and R1-R3 are as described herein, a method of preparing such compounds, and a method of preparing oligonucleotides such as RNA starting from such compounds. The O-protected compounds have one or more advantages, for example, the 2'-O-protected compound is stable during the various reaction steps involved in oligonucleotide synthesis; the protecting group can be easily removed after the synthesis of the oligonucleotide, for example, by reaction with tetrabutylammonium fluoride; and/or the O-protected groups do not generate DNA/RNA alkylating side products, which have been reported during removal of 2'-O-(2-cyanoethyl)oxymethyl or 2'-O-[2-(4-tolylsulfonyl)ethoxymethyl groups under similar conditions.

  揭示了公式（I）中的O-保护化合物：其中B是可选择保护的核碱基，R1-R3如本文所述，一种制备这种化合物的方法，以及一种从这种化合物开始制备寡核苷酸（如RNA）的方法。这些O-保护化合物具有一个或多个优点，例如，2'-O-保护化合物在寡核苷酸合成中涉及的各种反应步骤中是稳定的；保护基在寡核苷酸合成后可以轻松去除，例如，通过与四丁基氟化铵反应；和/或O-保护基在类似条件下去除2'-O-(2-氰乙基)氧甲基或2'-O-[2-(4-甲苯磺酰基)乙氧甲基基团时不会产生已报道的DNA/RNA烷基化副产物。
• The 2-Cyano-2,2-dimethylethanimine-<i>N</i>-oxymethyl Group for the 2′-Hydroxyl Protection of Ribonucleosides in the Solid-Phase Synthesis of RNA Sequences
  作者：Jacek Cieślak、Cristina Ausín、Andrzej Grajkowski、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1002/chem.201204235

  日期：2013.4.2

  reaction of 2‐cyano‐2‐methyl propanal with 2′‐O‐aminooxymethylribonucleosides leads to stable and yet reversible 2′‐O‐(2‐cyano‐2,2‐dimethylethanimine‐N‐oxymethyl)ribonucleosides. Following N‐protection of the nucleobases, 5′‐dimethoxytritylation and 3′‐phosphitylation, the resulting 2′‐protected ribonucleoside phosphoramidite monomers are employed in the solid‐phase synthesis of three chimeric RNA sequences

  2-氰基-2-甲基丙醛与2'- O-氨氧基甲基核糖核苷的反应可产生稳定且可逆的2' - O-（2-氰基-2-2,2-二甲基乙胺-N-氧甲基）核糖核苷。在对核碱基进行N-保护，5'-二甲氧基三苯甲基化和3'-磷酸化之后，得到的2'-保护的核糖核苷亚磷酰胺单体被用于三个嵌合RNA序列的固相合成，每个序列的嘌呤/嘧啶比率不同。在5‐苄硫基‐1 H存在下进行亚磷酰胺单体的活化时-四唑，在180 s内平均获得99％的耦合效率。RNA链装配完成后，在标准碱性条件下进行核苷酸碱基和磷酸盐保护基的去除以及从固相支持物中释放序列，而2' - O-（2-氰基-2，通过用氟化四正丁基铵（0.5  m）处理可实现2-二甲基乙胺基-N-氧甲基）保护基（不释放RNA烷基化副产物）在干燥的DMSO中于55°C下放置24–48 h。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE），酶水解和基质辅助激光解吸/电离（MALDI）质谱对完全
• An azidomethyl protective group in the synthesis of oligoribonucleotides by the phosphotriester method
  作者：V. A. Efimov、A. V. Aralov、S. V. Fedunin、V. N. Klykov、O. G. Chakhmakhcheva

  DOI：10.1134/s1068162009020149

  日期：2009.3

  A rapid and effective method of an automatic oligoribonucleotide synthesis alternative to the phosphoroamidite one was developed based on the phosphotriester approach of internucleotide bond formation under intramolecular O-nucleophilic catalysis and the use of an azidomethyl group for protection of a nucleotide 2'-hydroxyl function.

  基于分子内O-亲核催化下核苷酸间键形成的磷酸三酯方法，并利用叠氮基甲基保护核苷酸2'-羟基功能，开发了一种快速有效的寡核苷酸自动寡核苷酸合成方法，替代了磷酰胺
• Oligoribonucleotide synthesis by the use of 1-(2-cyanoethoxy)ethyl (CEE) as a 2′-hydroxy protecting group
  作者：Tadashi Umemoto、Takeshi Wada

  DOI：10.1016/j.tetlet.2004.10.151

  日期：2004.12

  A novel method for the synthesis of oligoribonucleotides using 1-(2-cyanoethoxy)ethyl (CEE) as a 2′-hydroxy protecting group has been developed. A CEE group was introduced to the 2′-position of N-acyl-3′,5′-O-silyl-protected ribonucleosides under acidic conditions in good yields. The 2′-O-CEE group was found to be stable in an aqueous or ethanolic ammonia and was quickly removed by treatment with anhydrous

  开发了一种新的合成寡核糖核苷酸的新方法，该方法使用1-（2-氰基乙氧基）乙基（CEE）作为2'-羟基保护基。在酸性条件下，以良好的产率将CEE基团引入到N-酰基-3'，5'- O-甲硅烷基保护的核糖核苷的2'-位置。发现2'- O- CEE基团在含水氨或乙醇氨中是稳定的，并通过用无水四丁基氟化铵（TBAF）处理而被快速除去。通过结合使用N-酰基和2'- O -CEE保护基，可以可靠且完全的两步脱保护，首先是在NH 3 -EtOH中，然后是在THF中的TBAF，而无需裂解核苷酸间键。
• METHOD FOR PRODUCING GLYCOSIDE COMPOUNDS
  申请人：BONAC CORPORATION

  公开号：US20180079768A1

  公开（公告）日：2018-03-22

  The invention provides a production method of a glycoside compound or a salt thereof, which includes subjecting a thioether compound and an alcohol compound to a coupling reaction in the presence of a halogenating agent, a desiccant and a Lewis acid, and then distillation in the presence of at least one kind of additive selected from a sulfur-containing antioxidant and a maleimide group-containing compound to give a thioether compound and a step of subjecting a glycoside compound and a thioether compound to a coupling reaction in the presence of a halogenating agent, a desiccant and a Lewis acid to give a glycoside compound. By this method, a phosphoramidite preferable for the production (synthesis) of a nucleic acid can be produced more efficiently at a high purity.

  该发明提供了一种糖苷化合物或其盐的生产方法，包括在卤化剂、脱水剂和路易斯酸的存在下，使硫醚化合物和醇类化合物发生偶联反应，然后在存在硫含抗氧化剂和马来酰亚胺基团含化合物中至少选择一种添加剂的情况下进行蒸馏，从而得到硫醚化合物，并通过在卤化剂、脱水剂和路易斯酸的存在下，使糖苷化合物和硫醚化合物发生偶联反应来得到糖苷化合物。通过这种方法，可以更有效地以高纯度生产（合成）用于核酸生产的磷酰胺酸酯。