N⁶-benzoyl-5'-O-[(tert-butyl)diphenylsilyl]-2'-deoxy-3'-de(phosphinicooxy)adenylylmethylenesulfonylmethylene-(3'->5')-3'-O-[(tert-butyl)diphenylsilyl]-2',5'-dideoxythymidine | 206982-57-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 英文名称: N⁶-benzoyl-5'-O-[(tert-butyl)diphenylsilyl]-2'-deoxy-3'-de(phosphinicooxy)adenylylmethylenesulfonylmethylene-(3'->5')-3'-O-[(tert-butyl)diphenylsilyl]-2',5'-dideoxythymidine
• 英文别名: N-[9-[(2R,4S,5S)-5-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-4-[2-[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]ethylsulfonylmethyl]oxolan-2-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 206982-57-2
• 化学式: C₆₁H₆₉N₇O₉SSi₂
• 分子量: 1132.5
• InChiKey: QPPURGSTPCNUNR-FKKVLZGYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.27±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.46
• 重原子数：
  80.0
• 可旋转键数：
  18.0
• 环数：
  10.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.34
• 拓扑面积：
  198.62
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  14.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁶-benzoyl-5'-O-[(tert-butyl)diphenylsilyl]-2'-deoxy-3'-de(phosphinicooxy)adenylylmethylenesulfonylmethylene-(3'->5')-3'-O-[(tert-butyl)diphenylsilyl]-2',5'-dideoxythymidine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 TEA 、 氢氟酸 、 二异丙基铵盐四氮唑 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 生成 N⁶-benzoyl-2'-deoxy-3'-de(phosphinicooxy)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)adenylylmethylenesulfonylmethylene-(3'->5')-2',5'-dideoxythymidine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  通过二亚甲基砜取代扭曲双链 DNA：一类新的“过渡态类似物”限制酶抑制剂

  摘要：

  因此，在未结合状态下产生这种扭曲的 DNA 类似物（不改变酶识别的底物的其他特征）应该以比 DNA 底物本身更高的亲和力与这些限制性内切酶结合。当然，这通常是过渡态类似物的基本原理，它们在结构上近似于酶促反应的“扭曲”过渡态（或扭曲的高能中间体）。最近，我们注意到具有取代磷酸酯的二亚甲基砜单元的双链核酸具有扭曲的骨架构象5，这让人想起限制酶和其他蛋白质在结合时弯曲 DNA 所产生的扭曲。特别是，在由二核苷酸类似物 r(GSO2C) 构建的双链体中观察到的扭曲低 20.8°（而不是 34.7°），类似于在携带与 EcoRV 结合的识别序列的 DNA 中心四个碱基对之间观察到的扭曲（19.3-23.0°）（表 1）。因此，具有连接这些碱基对的二亚甲基砜取代的 DNA 双链体应在其基态“预扭曲”，因此与 EcoRV 的结合比同源 DNA 底物本身更紧密。为了使这种寡核苷酸类似物成为酶的有效抑制剂

  DOI：

  10.1021/ja972768y
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-tert-Butyldiphenylsilyl-5'-iodo-5'-deoxythymidine 在 六甲基磷酰三胺 、 Oxone 、 碘 、 sodium acetate 、 caesium carbonate 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 苯 为溶剂， 生成 N⁶-benzoyl-5'-O-[(tert-butyl)diphenylsilyl]-2'-deoxy-3'-de(phosphinicooxy)adenylylmethylenesulfonylmethylene-(3'->5')-3'-O-[(tert-butyl)diphenylsilyl]-2',5'-dideoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  通过二亚甲基砜取代扭曲双链 DNA：一类新的“过渡态类似物”限制酶抑制剂

  摘要：

  因此，在未结合状态下产生这种扭曲的 DNA 类似物（不改变酶识别的底物的其他特征）应该以比 DNA 底物本身更高的亲和力与这些限制性内切酶结合。当然，这通常是过渡态类似物的基本原理，它们在结构上近似于酶促反应的“扭曲”过渡态（或扭曲的高能中间体）。最近，我们注意到具有取代磷酸酯的二亚甲基砜单元的双链核酸具有扭曲的骨架构象5，这让人想起限制酶和其他蛋白质在结合时弯曲 DNA 所产生的扭曲。特别是，在由二核苷酸类似物 r(GSO2C) 构建的双链体中观察到的扭曲低 20.8°（而不是 34.7°），类似于在携带与 EcoRV 结合的识别序列的 DNA 中心四个碱基对之间观察到的扭曲（19.3-23.0°）（表 1）。因此，具有连接这些碱基对的二亚甲基砜取代的 DNA 双链体应在其基态“预扭曲”，因此与 EcoRV 的结合比同源 DNA 底物本身更紧密。为了使这种寡核苷酸类似物成为酶的有效抑制剂

  DOI：

  10.1021/ja972768y

文献信息

• ——
  作者：Daniel Hutter、Monika O. Blaettler、Steven A. Benner

  DOI：10.1002/1522-2675(200209)85:9<2777::aid-hlca2777>3.0.co;2-1

  日期：2002.9

  Chimeric DNA molecules containing four different linking groups, the natural phosphate, 5'-methylenephosphonate. bis(methylene)phosphinate, and bis(methylene) sulfone (see Fig.1), were directly compared for their ability to form duplexes with complementary DNA and DNA chimeras. From melting temperatures for analogous complementary sequences, general conclusions about the impact of geometric distortion of the internucleotide linkage around the two P-O-C bridges were drawn, as were conclusions about the impact on duplex stability that arises from the removal of the negative charge in the linking group. Each structural perturbation diminished the melting temperature, by ca. -2.5degrees per modification for the 5'-methylenephosphonate, -3.5degrees per modification for the bis(methylene)phosphinate, and -4.5degrees per modification for the bis(methylene) sulfone linker. These results have implications for DNA chemistry including the design of 'antisense' candidates and the proposal of alternative genetic materials in the search for non-terrean life.