3'-O-tert-Butyldiphenylsilyl-5'-iodo-5'-deoxythymidine | 156793-45-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 2 '，5'-二脱氧核苷
• 英文名称: 3'-O-tert-Butyldiphenylsilyl-5'-iodo-5'-deoxythymidine
• 英文别名: 3'-O-(t-Butyldiphenylsilyl)-5'-Deoxy-5'-Iodothymidine；1-[(2R,4S,5S)-4-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-(iodomethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 156793-45-2
• 化学式: C₂₆H₃₁IN₂O₄Si
• 分子量: 590.533
• InChiKey: IKLBTHGVTYEFQP-YTFSRNRJSA-N

物化性质

• 密度：
  1.43±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.51
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  67.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-tert-Butyldiphenylsilyl-5'-iodo-5'-deoxythymidine 在 吡啶 、 六甲基磷酰三胺 、 4-二甲氨基吡啶 、 Oxone 、 TEA 、 氢氟酸 、 碘 、 sodium acetate 、 caesium carbonate 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 苯 为溶剂， 生成 N⁶-benzoyl-2'-deoxy-3'-de(phosphinicooxy)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)adenylylmethylenesulfonylmethylene-(3'->5')-2',5'-dideoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  通过二亚甲基砜取代扭曲双链 DNA：一类新的“过渡态类似物”限制酶抑制剂

  摘要：

  因此，在未结合状态下产生这种扭曲的 DNA 类似物（不改变酶识别的底物的其他特征）应该以比 DNA 底物本身更高的亲和力与这些限制性内切酶结合。当然，这通常是过渡态类似物的基本原理，它们在结构上近似于酶促反应的“扭曲”过渡态（或扭曲的高能中间体）。最近，我们注意到具有取代磷酸酯的二亚甲基砜单元的双链核酸具有扭曲的骨架构象5，这让人想起限制酶和其他蛋白质在结合时弯曲 DNA 所产生的扭曲。特别是，在由二核苷酸类似物 r(GSO2C) 构建的双链体中观察到的扭曲低 20.8°（而不是 34.7°），类似于在携带与 EcoRV 结合的识别序列的 DNA 中心四个碱基对之间观察到的扭曲（19.3-23.0°）（表 1）。因此，具有连接这些碱基对的二亚甲基砜取代的 DNA 双链体应在其基态“预扭曲”，因此与 EcoRV 的结合比同源 DNA 底物本身更紧密。为了使这种寡核苷酸类似物成为酶的有效抑制剂

  DOI：

  10.1021/ja972768y
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 吡啶 、 咪唑 、 碘 、 三苯基膦 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 3'-O-tert-Butyldiphenylsilyl-5'-iodo-5'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  通过二亚甲基砜取代扭曲双链 DNA：一类新的“过渡态类似物”限制酶抑制剂

  摘要：

  因此，在未结合状态下产生这种扭曲的 DNA 类似物（不改变酶识别的底物的其他特征）应该以比 DNA 底物本身更高的亲和力与这些限制性内切酶结合。当然，这通常是过渡态类似物的基本原理，它们在结构上近似于酶促反应的“扭曲”过渡态（或扭曲的高能中间体）。最近，我们注意到具有取代磷酸酯的二亚甲基砜单元的双链核酸具有扭曲的骨架构象5，这让人想起限制酶和其他蛋白质在结合时弯曲 DNA 所产生的扭曲。特别是，在由二核苷酸类似物 r(GSO2C) 构建的双链体中观察到的扭曲低 20.8°（而不是 34.7°），类似于在携带与 EcoRV 结合的识别序列的 DNA 中心四个碱基对之间观察到的扭曲（19.3-23.0°）（表 1）。因此，具有连接这些碱基对的二亚甲基砜取代的 DNA 双链体应在其基态“预扭曲”，因此与 EcoRV 的结合比同源 DNA 底物本身更紧密。为了使这种寡核苷酸类似物成为酶的有效抑制剂

  DOI：

  10.1021/ja972768y

文献信息

• Four step synthesis of a 5′-deoxy-5′-iodomethylthymidine
  作者：Daniel K. Baeschlin、Michael Daube、Monika O. Blättler、Steven A. Benner、Clemens Richert

  DOI：10.1016/0040-4039(96)00090-1

  日期：1996.3

  The conversion of an alkylsulfonate to an iodide with triphenylphosphine/iodine in benzene has been performed for a nucleoside. Starting from thymidine, 3′-protected 5′-deoxy-5′-iodomethylthymidine was synthesized in 4 steps.

  对于核苷，已经用苯中的三苯基膦/碘将烷基磺酸盐转化为碘化物。从胸苷开始，以4个步骤合成3'保护的5'-脱氧-5'-碘甲基胸苷。
• Synthesis and Hybridisation Properties of Phosphonamidate Ester Modified Nucleic Acid
  作者：Robin A. Fairhurst、Stephen P. Collingwood、David Lambert、Roger J. Taylor

  DOI：10.1055/s-2001-12328

  日期：——

  The replacement of the two backbone oxygen atoms of the phosphodiester linkage of DNA with carbon and nitrogen in the form of a phosphonamidate ester linkage, in both possible regioisomeric forms, is described. An alkylation reaction with the 3′-C-P-N-5′ methyl phosphoamidate regioisomer yielded the corresponding N-methylated analogues. For each example separation into individual phosphonamidate ester diastereoisomers was performed prior to incorporation into oligonucleotides. The effect upon duplex stability for DNA oligonucleotides containing each of these modifications with complimentary RNA is reported.

  本文介绍了用碳和氮以膦酰胺酯连接的形式取代 DNA 磷酸二酯连接的两个骨架氧原子的两种可能的异构体形式。与 3′-C-P-N-5′甲基膦酰酰胺异构体的烷基化反应产生了相应的 N-甲基化类似物。在将每个实例掺入寡核苷酸之前，先将其分离成单个膦酰酰胺酯非对映异构体。报告了含有这些修饰的 DNA 寡核苷酸与互补 RNA 对双链稳定性的影响。
• Synthesis of a New Hydroxyamino Linked Thymidine Dimer via a Radical C-C Bond Formation
  作者：Yogesh Sanghvi、P. Dan Cook

  DOI：10.1080/15257779508012489

  日期：1995.5.1

  Abstract An efficient synthesis of a thymidine nucleoside dimer [T-3′-β-O-N(CH3)-CH2-5′-T] has been accomplished via an intermolecular radical coupling reaction. The novel dimer contains an achiral and neutral backbone linkage which may have potential application in constructing backbone modified antisense oligonucleosides.

  摘要通过分子间自由基偶联反应，成功合成了胸苷核苷二聚体[T-3'-β-ON（CH3）-CH2-5'-T]。新型二聚体包含非手性和中性主链连接，在构建主链修饰的反义寡核苷中可能具有潜在的应用。
• Heteroatomic oligonucleoside linkages
  申请人：Isis Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US05623070A1

  公开（公告）日：1997-04-22

  Oligonucleotide-mimicking macromolecules that have improved nuclease resistance are provided. Replacement of the normal phosphorodiester inter-sugar linkages found in natural oligonucleotides with three or four atom linking groups provide unique oligonucleotide-mimicking macromolecules that are useful in regulating RNA expression and in therapeutics. Methods of synthesis and use also are disclosed.

  本发明提供了具有改进核酸酶抗性的寡核苷酸模拟大分子。将天然寡核苷酸中正常的磷酸二酯糖间连接替换为三个或四个原子连接基团，提供了独特的寡核苷酸模拟大分子，可用于调节RNA表达和治疗。本发明还公开了合成和使用方法。