1-((2R,4S,5S)-4-hydroxy-5-(iodomethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 2 '，5'-二脱氧核苷
• 英文名称: 1-((2R,4S,5S)-4-hydroxy-5-(iodomethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
• 英文别名: 5'-deoxy-5'-iodothymidine；5'-Iodo-5'-deoxythymidine；1-[(2R,4S,5S)-4-hydroxy-5-(iodomethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• 化学式: C₁₀H₁₃IN₂O₄
• 分子量: 352.129
• InChiKey: LEQXAJKTJWCXEC-XLPZGREQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.1
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  78.9
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-((2R,4S,5S)-4-hydroxy-5-(iodomethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 在 sodium azide 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 17.0h， 以90%的产率得到5-叠氮基-5-脱氧胸腺嘧啶脱氧核苷
  参考文献：
  名称：

  含异羟肟酸的核苷抑制DNA修复核酸酶SNM1A。

  摘要：

  九个修饰的核苷，结合锌结合药效基团，已经合成并评估为DNA修复核酸酶SNM1A的抑制剂。该系列包括氧酰胺，异羟肟酸，异羟肟酸酯，酰肼，方酸酯和方酰胺。异羟肟酸衍生的核苷抑制了该酶，通过使用合理设计的核苷衍生的抑制剂为潜在的治疗开发提供了一种新方法。

  DOI：

  10.1039/c9ob01133a
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 吡啶 、 碘 、 三苯基膦 作用下， 生成 1-((2R,4S,5S)-4-hydroxy-5-(iodomethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  通过二亚甲基砜取代扭曲双链 DNA：一类新的“过渡态类似物”限制酶抑制剂

  摘要：

  因此，在未结合状态下产生这种扭曲的 DNA 类似物（不改变酶识别的底物的其他特征）应该以比 DNA 底物本身更高的亲和力与这些限制性内切酶结合。当然，这通常是过渡态类似物的基本原理，它们在结构上近似于酶促反应的“扭曲”过渡态（或扭曲的高能中间体）。最近，我们注意到具有取代磷酸酯的二亚甲基砜单元的双链核酸具有扭曲的骨架构象5，这让人想起限制酶和其他蛋白质在结合时弯曲 DNA 所产生的扭曲。特别是，在由二核苷酸类似物 r(GSO2C) 构建的双链体中观察到的扭曲低 20.8°（而不是 34.7°），类似于在携带与 EcoRV 结合的识别序列的 DNA 中心四个碱基对之间观察到的扭曲（19.3-23.0°）（表 1）。因此，具有连接这些碱基对的二亚甲基砜取代的 DNA 双链体应在其基态“预扭曲”，因此与 EcoRV 的结合比同源 DNA 底物本身更紧密。为了使这种寡核苷酸类似物成为酶的有效抑制剂

  DOI：

  10.1021/ja972768y
• 作为试剂：
  描述：

  beta-胸苷 、 吡啶 、 三苯基膦 、 碘 在 乙酸乙酯 、 水 、 disodium;dioxido-oxo-sulfanylidene-λ6-sulfane 、 Brine 、 1-((2R,4S,5S)-4-hydroxy-5-(iodomethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 为溶剂， 反应 7.0h， 以affording 5'-deoxy-5'-iodothymidine (0.806 g)的产率得到1-((2R,4S,5S)-4-hydroxy-5-(iodomethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  Antiviral agents

  摘要：

  式子为##STR1##的核苷化合物，其中：B为嘌呤或嘧啶；X和X'为H、OH或F，但至少有一个为H；Y和Y'为H、OH、OCH.sub.3或F，但至少有一个为H；Y'和Z一起形成环磷酸酯，前提是Y为H；或者Z为##STR2##其中n为零、一、二或三；Z'为N.sub.3或OCH.sub.3；前提是当X'和Y'为OH且Z'为N.sub.3时，B不是胞嘧啶，当X'和Y'为OH且Z'为OCH.sub.3时，B不是尿嘧啶、腺嘌呤或胞嘧啶。这些化合物的药物可接受的酯、醚和盐已被发现具有高疗效比的强效抗病毒活性。

  公开号：

  US05449664A1

文献信息

• Synthesis and antiviral evaluation of 4′-(1,2,3-triazol-1-yl)thymidines
  作者：Sanjeev Kumar V. Vernekar、Li Qiu、Jeana Zacharias、Robert J. Geraghty、Zhengqiang Wang

  DOI：10.1039/c4md00039k

  日期：——

  novel antiviral nucleoside scaffolds, we have explored azide–alkyne cycloaddition reactions with 4′-azidothymidine (ADRT). The Ru-mediated reaction failed and the Cu-catalyzed variant generated 1,2,3-triazoles (9a–y) with only modest yields and efficiencies, indicating a substantial steric barrier around the 4′-azido group. Antiviral screening identified a few triazole analogues moderately active against

  在4'位置带有线性取代基（叠氮基或乙炔基）的非专性链终止核苷代表了抗病毒发现中一类重要的化合物，特别是针对丙型肝炎病毒（HCV）和人类免疫缺陷病毒（HIV）的化合物。先前我们已经证明3'-叠氮胸苷（AZT）衍生的1,2,3-三唑可能是HIV-1的有效抑制剂。为了评估功能化4'-线性取代基并可能产生新的抗病毒核苷支架的药物化学影响，我们探索了4'-叠氮胸苷（ADRT）的叠氮化物-炔烃环加成反应。Ru介导的反应失败，Cu催化的变异体生成1,2,3-三唑（9a–y）仅具有适度的产量和效率，表明4'-叠氮基团周围存在明显的空间位阻。抗病毒筛选确定了一些三唑类似物，对HIV-1（对10μM的抑制率为18–62％）和/或甲型流感病毒（对10μM的抑制率为15–50％）具有中等活性，对西尼罗河病毒（WNV）没有活性或HCV。这些结果表明，ADRT的线性4'叠氮基可能对靶标结合必不可少，并且其化学操作可能会大大削弱抗病毒效力。
• A new way to do an old reaction: highly efficient reduction of organic azides by sodium iodide in the presence of acidic ion exchange resin
  作者：Kajitha Suthagar、Antony J. Fairbanks

  DOI：10.1039/c6cc08574a

  日期：——

  Organic azides are readily reduced to the corresponding amines by treatment with sodium iodide in the presence of acidic ion exchange resin. The process, optimal when performed at 40 oC...

  通过在酸性离子交换树脂的存在下用碘化钠处理，有机叠氮化物容易还原为相应的胺。该过程在40 oC下执行时最佳...
• Synthesis and anti-HIV activity of 4'-azido- and 4'-methoxynucleosides
  作者：Hans Maag、Robert M. Rydzewski、Mary Jane McRoberts、Diane Crawford-Ruth、Julien P. H. Verheyden、Ernest J. Prisbe

  DOI：10.1021/jm00086a013

  日期：1992.4

  magnitude less active and less toxic than their azido counterparts. Modifications at the 2'- or 3'-position of the 4'-substituted-2'-deoxynucleosides tended to diminish activity. Further evaluation of 4'-azidothymidine (6a) in H9, PBL, and MT-2 cells infected with HIV demonstrated a similar inhibitory profile to that of AZT. However, 4'-azidothymidine (6a) retained its activity against HIV mutants which

  合成了一系列核苷，其中4'-氢被叠氮基或甲氧基取代。合成4'-叠氮基类似物的关键步骤是将叠氮化碘立体和区域选择性加成到4'-不饱和核苷前体中，然后通过氧化辅助置换5'-碘基。4'-甲氧基核苷是通过4'-不饱和核苷的环氧化制得的，合适的环氧化物是用甲醇打开的。反应机理考虑，经验构象规则，基于NMR的构象计算和NOE实验表明4'-叠氮核苷偏爱呋喃糖部分的3'-内（N型）构象。当评估它们在A3.01细胞培养物中对HIV的抑制作用时，所有4'-azido-2' -脱氧-β-D-核苷表现出有效的活性。IC50的范围从4'-叠氮基2'-脱氧尿苷（6c）的0.80 microM到4'-叠氮基2'-脱氧鸟苷（6e）的0.003 microM。在该系列中，检测到的细胞毒性是IC50的50-1500倍。4'-甲氧基-2'-脱氧-β-D-核苷的活性比其叠氮基对应物低2-3个数量级，并且毒性更低。4'-取代的-2
• The synthesis of di- and oligo-nucleotides containing a phosphorodithioate internucleotide linkage with one of the sulfur atoms in a 5′-bridging position
  作者：Magdalena Olesiak、Wojciech J. Stec、Andrzej Okruszek

  DOI：10.1039/b901791g

  日期：——

  phosphorodithioate linkage is described, wherein one of the sulfur atoms occupies a 5′-bridging position. Representative dinucleotides possessing such a bond were synthesized by S-alkylation of nucleoside-3′-O-phosphorodithioates with 5′-halogeno-5′-deoxy-nucleosides. A fully protected dithymidylate containing internucleotide 5′-S-phosphorodithioate linkage was converted into a 3′-O-phosphoramidite

  描述了一种新型的核苷酸间二硫代磷酸酯键，其中一个硫原子占据5'-桥接位置。具有这种键的代表性二核苷酸是通过将核苷-3'- O-二硫代磷酸酯与5'-卤素-5'-脱氧核苷进行S-烷基化而合成的。将含有核苷酸间5'- S-二硫代磷酸酯键的完全保护的二胸苷酸转化为3'- O-亚磷酰胺衍生物，并用于将修饰的二核苷酸引入寡核苷酸序列的预定位置。5'- S发现二核苷酸类似物中的β-二硫代磷酸酯键抗蛇毒PDE和核酸酶P1的核酸降解。然而，在小牛脾PDE处理下，观察到5'- S-二硫代磷酸二硫代二胸苷类似物的非对映异构体的P-立体选择性降解。在碘的存在下碘溶液容易降解新的5'- S-磷酸二硫酯键。水。还发现含有单个5'- S-磷酸二硫酯键的寡胸苷酸酯与其互补序列形成弱得多的双链体。
• Synthesis and Properties of Diuridine Phosphate Analogues Containing Thio and Amino Modifications
  作者：James B. Thomson、Bhisma K. Patel、Victor Jiménez、Klaus Eckart、Fritz Eckstein

  DOI：10.1021/jo960795l

  日期：1996.1.1

  pH 9, indicating that attack on the phosphorus by the 2'-oxo anion is rate-limiting in the hydrolysis mechanism. In contrast, the rate of uridylyl (3'-5') 5'-amino-5'-deoxyuridine (UpnU) hydrolysis fell from a value of 1802 x 10(-)(6) s(-)(1) at pH 5 to 140 x 10(-)(6) s(-)(1) at pH 7.5, where it remained constant up to pH 11.5, thus indicating an acid-catalyzed reaction. The analogue 2'-amino-2'-deoxyuridylyl

  为了研究为什么用2'-氨基取代2'-羟基会阻止水解，合成了磷酸二尿苷（UpU）的几种类似物。设计这些类似物以研究2'-取代基和5'-离去基团对水解速率的影响。所有类似物都比UpU对酸碱催化的水解更加不稳定。在6到9的pH范围内，尿嘧啶（3'-5'）5'-硫代5'-脱氧尿苷（UpsU）的水解速率以对数线性方式从5 x 10的值上升。 （-）（6）s（-）（1）在pH 6到3200 x 10（-）（6）s（-）（1）在pH 9时，表明2'-氧代阴离子对磷的攻击在水解机理中是限速的。相反，尿酸（3'-5'）5'-氨基-5'的比率 -脱氧尿苷（UpnU）水解从pH 5的1802 x 10（-）（6）s（-）（1）降至pH 7.5的140 x 10（-）（6）s（-）（1） ，在高达11.5的pH值下保持恒定，因此表明是酸催化的反应。与amUpT的水解稳定性相反，类似物2'-氨基-2'-脱氧尿苷（3