O⁶-(benzotriazol-1-yl)-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyinosine | 927818-50-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: O⁶-(benzotriazol-1-yl)-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyinosine
• 英文别名: o6-(Benzotriazol-1-yl)-3',5'-bis-o-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyinosine；[(2R,3S,5R)-5-[6-(benzotriazol-1-yloxy)purin-9-yl]-2-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-3-yl]oxy-tert-butyl-dimethylsilane
• CAS: 927818-50-6
• 化学式: C₂₈H₄₃N₇O₄Si₂
• 分子量: 597.865
• InChiKey: KQAKTLMRTUDJIO-YTFSRNRJSA-N

物化性质

• 沸点：
  634.5±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.21±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.11
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.61
• 拓扑面积：
  111
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  O⁶-(benzotriazol-1-yl)-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyinosine 在 4-二甲氨基吡啶 、 caesium carbonate 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 7.5h， 生成 levulinic acid
  参考文献：
  名称：

  含氧化脱碱基位点类似物的交联 DNA 的合成

  摘要：

  DNA 链间交联是阻止复制和转录的重要 DNA 损伤家族。最近，发现氧化的无碱基位点与相反的 DNA 链反应以产生链间交联。2'-脱氧腺苷和氧化脱碱基位点 5'-(2-磷酰基-1,4-二氧丁烷) (DOB) 和 C4-羟基化脱碱基位点 (C4-AP) 之间的一些交联可逆地形成. 化学不稳定性阻碍了这些交联双链体的生化、结构和物理化学表征。为了克服这些限制，我们开发了通过固相寡核苷酸合成制备稳定的 DOB 和 C4-AP 交联类似物的方法。任何序列的寡核苷酸都可以通过合成亚磷酰胺来获得，其中使用光化学不稳定和肼不稳定基团正交保护交联产物的羟基。在固相合成交联 DNA 的一个臂之前，选择性地揭露单个羟基。该方法与市售的亚磷酰胺和其他寡核苷酸合成试剂兼容。在固相支持物上合成了含有多达 54 nt 的交联双链体。一种交联产物的后续酶连接提供了 60 bp 双链体，适用于核苷酸切除修复研究。在固相合成交联

  DOI：

  10.1021/jo500944g
• 作为产物：
  描述：

  1-羟基苯并三唑 、 3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyinosine 在 碘 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三苯基膦 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 48.0h， 以93%的产率得到O⁶-(benzotriazol-1-yl)-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyinosine
  参考文献：
  名称：

  与O 6-（Benzotriazol-1-yl）肌苷衍生物相关的异常脱氧和反应性研究

  摘要：

  报道了与O 6-（苯并三唑-1-基）肌苷衍生物的化学有关的新的和不寻常的进展。首先，已经开发了一种通过使用PPh 3 / I 2 / HOBt合成其的简单，可扩展的方法，并通过31 P { 1 H} NMR对其进行了机理研究。然后对O 6-（苯并三唑-1-基）肌苷核苷与双（频哪醇）二硼（pinB-Bpin）之间独特的氧转移反应进行了研究，导致形成C-6（苯并三唑-1-基）嘌呤核苷衍生物和pinB-O-Bpin。该反应已被11 B { 11 H NMR并与通过氧化pinB-Bpin获得的pinB-O-Bpin进行比较。C-6（苯并三唑-1-基）嘌呤核苷的结构已通过溴嘌呤核苷与1 H-苯并三唑之间的Pd介导的C-N键形成而明确建立。的1最后，短和极其简单的合成，Ñ 6 -ethano-和1，Ñ 6 -propano-2'-脱氧腺苷被报告以便证明所述的合成的通用性ø 6 - （苯并三唑-1-基）

  DOI：

  10.1021/jo7021795

文献信息

• Azide−Tetrazole Equilibrium of C-6 Azidopurine Nucleosides and Their Ligation Reactions with Alkynes
  作者：Mahesh K. Lakshman、Manish K. Singh、Damon Parrish、Raghavan Balachandran、Billy W. Day

  DOI：10.1021/jo902342z

  日期：2010.4.16

  nucleosides, access to the azido derivatives could be readily attained via displacement of BtO− from the O6-(benzotriazol-1-yl)inosine nucleosides by azide anion. Use of diphenylphosphoryl azide/DBU as a simple route to the acetyl-protected azido nucleosides was also evaluated, but this proved to be inferior. Since these azido nucleosides can exist in an azide·tetrazole equilibrium, the effect of solvent

  已经开发了C-6叠氮嘌呤核糖核苷和2'-脱氧核糖核苷的简便合成方法。对于甲硅烷基和乙酰基保护的以及未受保护的核苷，获得了叠氮基的衍生物，可以很容易地通过BTO的位移达到-从ø 6 -叠氮阴离子（苯并三唑-1-基）肌苷核苷。还评估了使用二苯基磷酰基叠氮化物/ DBU作为获得乙酰基保护的叠氮核苷的简单途径，但事实证明这是较差的。由于这些叠氮基核苷可以在叠氮化物·四唑平衡中存在，因此研究了溶剂极性对该平衡的影响。随后，对Cu介导的叠氮化物-炔（“点击”）连接进行了详细分析。双相CH 2 Cl 2 / H事实证明，2 O介质最适合连接反应，从而抑制了竞争中不希望的叠氮化物还原。有趣的是，尽管在CD 2 Cl 2和CD 2 Cl 2 / D 2中四唑基异构体占主导（约80％）。O，Cu催化的点击反应与甲硅烷基保护的核糖核苷和2'-脱氧核糖核苷顺利进行，从而导致C-6三唑基产物的收率非常好。因此，反应
• <i>O</i>⁶-(Benzotriazol-1-yl)inosine Derivatives:  Easily Synthesized, Reactive Nucleosides
  作者：Suyeal Bae、Mahesh K. Lakshman

  DOI：10.1021/ja064682n

  日期：2007.1.1

  additional nucleophile, the released 1-hydroxybenzotriazole undergoes reaction with the formed phosphonium salt leading to the requisite O6-(benzotriazol-1-yl)inosine or 2'-deoxyinosine derivatives. Isolation and characterization of the phosphonium salt as well as analysis by 31P1H} NMR appear to be consistent with this reaction pathway. The resulting O6-(benzotriazol-1-yl)inosine derivatives are effective

  一类新的 O6-(苯并三唑-1-基)肌苷以及相应的 2'-脱氧衍生物可以通过糖保护或未保护的肌苷或 2'-脱氧肌苷核苷与 1H-苯并三唑- 1-基氧基-三（二甲氨基）鏻六氟磷酸盐 (BOP)。该反应似乎是通过核苷鏻盐进行的，并且在没有任何其他亲核试剂的情况下，释放的 1-羟基苯并三唑与形成的鏻盐发生反应，生成必需的 O6-(苯并三唑-1-基)肌苷或 2'-脱氧肌苷衍生物。鏻盐的分离和表征以及 31 P1H} NMR 分析似乎与该反应途径一致。所得的 O6-(苯并三唑-1-基)肌苷衍生物作为亲电子核苷是有效的，与各种亲核试剂如醇、酚、胺和硫醇发生轻松反应。还从 O6-(苯并三唑-1-基)-2'-脱氧肌苷衍生物合成了不寻常且具有挑战性的核苷衍生物，例如芳基桥接二聚体、核苷-氨基酸偶联物和核苷-核苷二聚体。最后，已制备出完全受保护的 DNA 构件 O6-(苯并三唑-1-基)-2'-脱氧肌苷 5'-O-DMT
• OLIGONUCLEOTIDE HAVING NON-NATURAL NUCLEOTIDE AT 5'-TERMINAL THEREOF
  申请人：Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd.

  公开号：US20170354673A1

  公开（公告）日：2017-12-14

  An oligonucleotide having a nucleotide residue or a nucleoside residue represented by formula (I) wherein X 1 is an oxygen atom or the like, R 1 is formula (IIA) (wherein R 5A is halogen or the like, and R 6A is a hydrogen atom or the like), formula (IVA) (wherein Y 3A is a nitrogen atom or the like, and Y 4A is CH or the like), or the like, R 2 is a hydrogen atom, hydroxy, halogen, or optionally substituted lower alkoxy, and R 3 is a hydrogen atom or the like, or formula (VI) (wherein n2 is 1, 2 or 3)} at the 5′ end thereof, wherein the nucleotide residue or the nucleoside residue binds to an adjacent nucleotide residue through the oxygen atom at position 3, is provided.

  具有由式(I)表示的核苷酸残基或核苷酸残基的寡核苷酸其中X1是氧原子或类似物，R1是式(IIA)（其中R5A是卤素或类似物，而R6A是氢原子或类似物），式(IVA)（其中Y3A是氮原子或类似物，而Y4A是CH或类似物），或类似物，R2是氢原子，羟基，卤素，或可选择地取代的较低烷氧基，而R3是氢原子或类似物，或式(VI)（其中n2为1、2或3）}在其5'端，其中核苷酸残基或核苷酸残基通过位于位置3的氧原子与相邻核苷酸残基结合。
• Pyrenylmethyldeoxyadenosine: A 3′-Cap for Universal DNA Hybridization Probes
  作者：Michael Printz、Clemens Richert

  DOI：10.1002/chem.200801587

  日期：2009.3.23

  Effect of a PAH on base pairing: A polycyclic aromatic hydrocarbon (PAH) covalently linked to the N6‐position of a dangling deoxyadenosine residue (see scheme) of an oligonucleotide increases target affinity, but decreases base‐pairing selectivity. Melting point increases of up to 28 °C (14 °C per residue) were observed, and 20 out of 24 mismatch‐containing duplexes are stabilized more strongly by

  PAH对碱基配对的影响：与寡核苷酸悬挂的脱氧腺苷残基的N 6位共价连接的多环芳香烃（PAH）（参见方案）可增加靶标亲和力，但会降低碱基配对的选择性。观察到熔点升高到28°C（每个残基14°C），并且与完全匹配的PAH取代基相比，PAH取代基在24个含错配的双链中更稳定了20个。
• Aminyl Radical Generation via Tandem Norrish Type I Photocleavage, β-Fragmentation: Independent Generation and Reactivity of the 2′-Deoxyadenosin- <i>N</i>6-yl Radical
  作者：Liwei Zheng、Markus Griesser、Derek A. Pratt、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/acs.joc.7b00093

  日期：2017.4.7

  approach for the independent generation of the purine radical resulting from hydrogen atom abstraction from the N6-amine of 2′-deoxyadenosine (dA•). The method involves sequential Norrish Type I photocleavage of a ketone (7b) and β-fragmentation of the initially formed alkyl radical (8b) to form dA• and acetone. The formation of dA• was followed by laser flash photolysis, which yields a transient with

  从嘌呤核苷中的氮氢键中提取出正式的氢原子，会产生对核酸氧化很重要的反应性中间体。本文中，我们描述了一种从2'-脱氧腺苷（dA•）的N 6-胺中提取氢原子而独立产生嘌呤自由基的方法。该方法涉及对酮（7b）进行顺序的Norrish I型光裂解，以及对最初形成的烷基（8b）进行β片段化以形成dA•和丙酮。DA•的形成随后激光闪光光解，这产生与λ的瞬时最大≈340纳米和更广泛的弱吸收在~560为中心。此瞬态以≥2×10 5 s –1的速度增长; 但是，计算和反应性数据表明，β片段的发生要快得多，这意味着在形成dA•时会消耗掉它。在亚铁离子或硫酚的存在下，7b的连续光解产生了良好的dA收率，而反应性较低的硫醇大概是由于极性不匹配而提供了较低的收率。通常，这种串联的光化学，β片段化方法有望用于核酸低聚物和/或聚合物中dA•的位点特异性生产，以及通常也可用于生产氨基自由基。