4-[5,5,27,27-Tetramethyl-25-(4-sulfophenyl)-2-oxonia-7,25-diazaheptacyclo[15.11.0.03,15.04,8.09,14.018,23.024,28]octacosa-1(17),2,4(8),9,11,13,15,18,20,22,24(28)-undecaen-7-yl]benzoic acid

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯丙烷和聚酮 - 异黄酮类化合物
• 英文名称: 4-[5,5,27,27-Tetramethyl-25-(4-sulfophenyl)-2-oxonia-7,25-diazaheptacyclo[15.11.0.03,15.04,8.09,14.018,23.024,28]octacosa-1(17),2,4(8),9,11,13,15,18,20,22,24(28)-undecaen-7-yl]benzoic acid
• 化学式: C42H35N2O6S+
• 分子量: 695.8
• InChiKey: ANGQLVTUEHKCNW-UHFFFAOYSA-O

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.98
• 重原子数：
  51
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  9.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.19
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

文献信息

• Intermediates for synthesizing dibenzorhodamine dyes
  申请人：Applera Corporation

  公开号：EP2186801A2

  公开（公告）日：2010-05-19

  Intermediates useful for synthesizing dibenzorhodamine compounds having structure (1), including nitrogen- and aryl-substituted forms thereof, are disclosed, such intermediates having structure formula (I). In formula (I), R1 is H or -C(O)Y wherein Y is H, lower alkyl, lower alkene, lower alkyne, aromatic, phenyl, polycyclic aromatic, heterocycle, water-solubilizing group, or linking group, including substituted forms thereof. When R1 is H, the C-12-bonded nitrogen and the C-12 and C-13 carbons form a first ring structure having from 4 to 7 members, and/or the C-12-bonded nitrogen and the C-11 and C-12 carbons form a second ring structure having from 5 to 7 members.

  本发明公开了用于合成具有结构(1)的二苯并罗丹明化合物的中间体，包括其氮代和芳基取代形式，此类中间体具有结构式(I)。在式 (I) 中，R1 是 H 或 -C(O)Y 其中 Y 是 H、低级烷基、低级烯基、低级炔基、芳香族、苯基、多环芳香族、杂环、水溶性基团或连接基团，包括其取代形式。当 R1 为 H 时，C-12 键氮与 C-12 和 C-13 碳形成具有 4 至 7 个成员的第一环结构，和/或 C-12 键氮与 C-11 和 C-12 碳形成具有 5 至 7 个成员的第二环结构。
• Dibenzorhodamine dyes useful as fluorescent labelling agents
  申请人：Applera Corporation

  公开号：EP2295503A1

  公开（公告）日：2011-03-16

  The invention includes energy transfer dyes comprising dibenzorhodamine compounds having structure (1), including nitrogen- and aryl-substituted forms thereof. In addition, intermediates useful for synthesizing such dibenzorhodamine compounds, nucleosides labeled with the dibenzorhodamine compounds, and nucleic acid analysis methods employing the dibenzorhodamine compounds are disclosed.

  本发明包括由具有结构(1)的二苯并罗丹明化合物组成的能量转移染料，包括其氮代和芳基代形式。此外，本发明还公开了用于合成此类二苯并二罗丹明化合物的中间体、用二苯并二罗丹明化合物标记的核苷以及使用二苯并二罗丹明化合物的核酸分析方法。