1-(2-deoxy-3-O-tert-butyldiphenylsilyl-β-D-erythro-pentadialdo-1,4-furanosyl)-5-methyluracil | 146604-43-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 1-(2-deoxy-3-O-tert-butyldiphenylsilyl-β-D-erythro-pentadialdo-1,4-furanosyl)-5-methyluracil
• 英文别名: 1-<3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-2'-deoxy-β-D-erythro-pento-5-dialdo-1,4-furanosyl>thymine；1-(3-O-tert-butyldiphenylsilyl-2-deoxy-β-D-erythro-pentadialdo-1,4-furanosyl)-5-methyluracil；5'-dehydro-3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)thymidine；3'-O-tert-butyldiphenylsilylthymidine 5'-aldehyde；3'-O-t-butyl-diphenylsilyl-5'-formyl thymidine；3'-O-TBDPS-5'aldehyde-thymidine；(2S,3S,5R)-3-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolane-2-carbaldehyde
• CAS: 146604-43-5
• 化学式: C₂₆H₃₀N₂O₅Si
• 分子量: 478.62
• InChiKey: QGNPHDBINDBKMI-YTFSRNRJSA-N

物化性质

• 密度：
  1.23±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.28
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  84.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(2-deoxy-3-O-tert-butyldiphenylsilyl-β-D-erythro-pentadialdo-1,4-furanosyl)-5-methyluracil 在 palladium on activated charcoal sodium hydroxide 、 正丁基锂 、 dimethyl sulfide borane 、 三氟化硼乙醚 、 氢气 、 双氧水 、 三氧化硫吡啶 、 对甲苯磺酸 、 二甲基亚砜 、 三乙胺 、 六甲基二硅氮烷 作用下， 以 吡啶 、 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 18.75h， 生成 3'-O-(t-butyldiphenylsilyl)-(5S)'-C-(hexan-1-ol)-thymidine
  参考文献：
  名称：

  Allylsilanes in the preparation of 5′-C-hydroxy or bromo alkylthymidines

  摘要：

  The reaction of 5'-C-thymidine aldehyde with allytrimethylsilane promoted by BF3:Et2O lead stereoselectively to 5'-C(S)-allylthymidine which is converted to 5'-C(S) C(S)-hydroxyhexylthymidine. 5'-C-(R or S) hydroxypentylthymidine can be obtained by using omega-tertButyldimethylsilyloxyallyltrimethylsilane in the Sakurai reaction. In the same conditions, omega-Bromoallyltrimethylsilane adds to the aldehyde with a complete transposition of the siliranium intermediate and allows the preparation of the 5'-C(S)-bromopentene derivative, (C) 1999 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(99)00246-x
• 作为产物：
  描述：

  叔丁基二苯基氯硅烷 在 吡啶 、 二氯乙酸 、 叔丁基二甲基氯硅烷 、 二甲基亚砜 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 生成 1-(2-deoxy-3-O-tert-butyldiphenylsilyl-β-D-erythro-pentadialdo-1,4-furanosyl)-5-methyluracil
  参考文献：
  名称：

  核糖二氧杂膦烷限制核酸二核苷酸 (ribo-α,β-D-CNA) 的合成与结构研究

  摘要：

  随着对控制核酸构象以定义活性核糖开关或 siRNA 的兴趣日益浓厚，我们在此展示了我们对核二核苷酸的立体控制合成和构象分析的努力，其中 a 和 β 扭转角被限制在二氧杂磷烷结构（ribo-a ,β-D-CNA)。一个 a,beta-D-CNA TU 二聚体的晶体结构分析证明了新创建的不对称中心的绝对立体化学。NMR 和 CD 分析允许完全分配和确定 a,beta-D-CNA UU 非对映异构体中的扭转角。

  DOI：

  10.1002/ejoc.201101353

文献信息

• [EN] COMPOUNDS, COMPOSITIONS AND METHODS FOR SYNTHESIS<br/>[FR] COMPOSÉS, COMPOSITIONS ET PROCÉDÉS DE SYNTHÈSE
  申请人：WAVE LIFE SCIENCES LTD

  公开号：WO2018237194A1

  公开（公告）日：2018-12-27

  The present disclosure, among other things, provides technologies for synthesis, including reagents and methods for stereoselective synthesis. In some embodiments, the present disclosure provides compounds useful as chiral auxiliaries. In some embodiments, the present disclosure provides reagents and methods for oligonucleotide synthesis. In some embodiments, the present disclosure provides reagents and methods for chirally controlled preparation of oligonucleotides. In some embodiments, technologies of the present disclosure are particularly useful for constructing challenging internucleotidic linkages, providing high yields and stereoselectivity.

  本公开内容提供了合成技术，包括用于立体选择性合成的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容提供了作为手性辅助剂有用的化合物。在某些实施例中，本公开内容提供了用于寡核苷酸合成的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容提供了用于手性控制寡核苷酸制备的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容的技术特别适用于构建具有挑战性的核苷酸间连接，提供高产率和立体选择性。
• A Click Chemistry Approach to Pleuromutilin Conjugates with Nucleosides or Acyclic Nucleoside Derivatives and Their Binding to the Bacterial Ribosome
  作者：Line Lolk、Jacob Pøhlsgaard、Anne Sofie Jepsen、Lykke H. Hansen、Henrik Nielsen、Signe I. Steffansen、Laura Sparving、Annette B. Nielsen、Birte Vester、Poul Nielsen

  DOI：10.1021/jm800261u

  日期：2008.8.1

  Pleuromutilin and its derivatives are antibacterial drugs that inhibit protein synthesis in bacteria by binding to ribosomes. To promote rational design of pleuromutilin based drugs, 19 pleuromutilin conjugates with different nucleoside fragments as side chain extensions were synthesized by a click chemistry protocol. Binding was assessed by chemical footprinting of nucleotide U2506 in 23S rRNA, and

  截短侧耳素及其衍生物是通过与核糖体结合而抑制细菌中蛋白质合成的抗菌药物。为了促进基于截短侧耳素的药物的合理设计，通过点击化学方案合成了19种截短侧耳素作为侧链延伸的截短侧耳素缀合物。通过23S rRNA中核苷酸U2506的化学足迹评估结合，所有结合物均以不同程度结合，反映了其与肽基转移酶中心的结合亲和力。侧链延伸部分还在位置U2585处显示了各种保护。对具有最高亲和力的结合物的对接研究支持以下结论：尽管存在各种结合，截短侧耳素骨架仍在相同的结合袋中结合。共轭三唑部分的位置很好，核碱基位于50S核糖体亚基的不同口袋中。与截短侧耳素本身相比，具有最高亲和力和明显更好结合的衍生物包含与截短侧耳素C-22的腺嘌呤9-基丙烯三唑缀合物。
• Nucleic acid secondary structures containing the double-headed nucleoside 5′(S)-C-(2-(thymin-1-yl)ethyl)thymidine
  作者：Charlotte Andersen、Pawan K. Sharma、Mikkel S. Christensen、Signe I. Steffansen、Charlotte M. Madsen、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/b810930c

  日期：——

  Oligodeoxynucleotides containing the double-headed nucleoside 5'(S)-C-(2-(thymin-1-yl)ethyl)thymidine were prepared by standard solid phase synthesis. The synthetic building block for incorporating the double-headed moiety was prepared from thymidine, which was stereoselectively converted to a protected 5'(S)-C-hydroxyethyl derivative and used to alkylate the additional thymine by a Mitsunobu reaction

  通过标准固相合成制备含有双头核苷5'（S）-C-（2-（胸苷-1-基）乙基）胸苷的寡脱氧核苷酸。由胸苷制备用于掺入双头部分的合成结构单元，将其立体选择性地转化为受保护的5'（S）-C-羟乙基衍生物，并通过Mitsunobu反应将其用于附加的胸腺嘧啶的烷基化。在不同的核酸二级结构中研究了寡脱氧核苷酸：双链体，凸出的双链体，三向连接和人工DNA拉链基序。研究了这些复合物的热稳定性，证明了将一个双头核苷部分掺入双链体或凸起的双链体中几乎均匀的热损失，可与先前报道的双头核苷5'的作用相媲美。（S）-C-（胸腺嘧啶-1-基）甲基胸苷。当掺入DNA或RNA三向连接时，附加碱基仅显示出很小的作用。各种DNA拉链排列表明，将连接子从亚甲基延伸至乙烯几乎完全消除了在（-3）拉链中观察到的亚甲基连接子的选择性小沟碱基-碱基堆积相互作用，而观察到的相互作用虽然稍小，但仍能观察到。 （-4）-拉链图案中的乙烯接头。
• COMPOSITIONS AND METHODS FOR CHEMICAL CLEAVAGE AND DEPROTECTION OF SURFACE-BOUND OLIGONUCLEOTIDES
  申请人：Illumina, Inc.

  公开号：US20190352327A1

  公开（公告）日：2019-11-21

  Embodiments of the present disclosure relate to methods of preparation of templates for polynucleotide sequencing. In particular, the disclosure relates to linearization of clustered polynucleotides in preparation for sequencing by cleavage of one or more first strands of double-stranded polynucleotides immobilized on a solid support by a transition metal complex, for example, a palladium complex or a nickel complex. Further disclosure relate to linearization of clustered polynucleotides by cleaving one or more second strands of double double-stranded polynucleotides immobilized on a solid support comprising azobenzene linker by Na 2 S 2 O 4 . Nucleotides and oligonucleotides comprising a 3′ phosphate moiety blocking group, and methods of removing the same using a fluoride reagent are also disclosed.

  本公开的实施例涉及用于多核苷酸测序模板制备的方法。具体而言，本公开涉及通过过渡金属络合物（例如钯络合物或镍络合物）裂解固定在固体支持物上的双链多核苷酸的一条或多条第一链，以便为测序做准备。进一步公开涉及通过Na2S2O4裂解固定在含有偶氮苯联结剂的固体支持物上的双链多核苷酸的一条或多条第二链来线性化团簇化的多核苷酸。还公开了含有3'磷酸酯基团阻断基团的核苷酸和寡核苷酸，以及使用氟化试剂去除这些基团的方法。
• Straightforward Synthesis of Purine 4′-Alkoxy-2′-deoxynucleosides: First Report of Mixed Purine–Pyrimidine 4′-Alkoxyoligodeoxynucleotides as New RNA Mimics
  作者：Magdalena Petrová、Ondřej Páv、Miloš Buděšínský、Eva Zborníková、Pavel Novák、Šárka Rosenbergová、Ondřej Pačes、Radek Liboska、Ivana Dvořáková、Ondřej Šimák、Ivan Rosenberg

  DOI：10.1021/acs.orglett.5b01430

  日期：2015.7.17

  were efficiently prepared from nucleoside 4′-5′-enol acetates in three steps by N-iodosuccinimide promoted alkoxylation, hydrolysis, and reduction followed by conversion to phosphoramidite monomers for the solid-phase synthesis of the oligonucleotides. Fully modified 4′-alkoxyoligodeoxynucleotides, which are characterized by a prevalent N-type (RNA-like) conformation, exhibited superior chemical and

  通过N-碘代琥珀酰亚胺促进的烷氧基化，水解和还原反应，然后转化为亚磷酰胺单体进行固相分三步，由核苷4'-5'-烯醇乙酸酯高效地制备了嘌呤和嘧啶4'-烷氧基-2'-脱氧核苷寡核苷酸的合成。以普遍的N型（RNA样）构象为特征的经过完全修饰的4'-烷氧基寡聚脱氧核苷酸表现出优异的化学和核酸酶抗性以及出色的杂交特性，具有很强的RNA选择性杂交趋势，表明其潜在的应用前景。反义技术中的4'-烷氧基-寡脱氧核苷酸。