5'(S)-C-allyl-3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)thymidine | 244035-21-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5'(S)-C-allyl-3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)thymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-[(1S)-1-hydroxybut-3-enyl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 244035-21-0
• 化学式: C₂₉H₃₆N₂O₅Si
• 分子量: 520.701
• InChiKey: NMOMWIUIPHZUEZ-QEGGNFSNSA-N

物化性质

• 熔点：
  83-84 °C
• 密度：
  1.20±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.01
• 重原子数：
  37
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  88.1
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'(S)-C-allyl-3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)thymidine 在 sodium hydroxide 、 dimethyl sulfide borane 、 双氧水 、 三氧化硫吡啶 、 二甲基亚砜 、 三乙胺 、 六甲基二硅氮烷 作用下， 以 吡啶 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 6.67h， 生成 5'-O-(trimethylsilyl), 3'-O-(t-butyldiphenylsilyl)-(5S)'-C-(oxo-propan)-thymidine
  参考文献：
  名称：

  Allylsilanes in the preparation of 5′-C-hydroxy or bromo alkylthymidines

  摘要：

  The reaction of 5'-C-thymidine aldehyde with allytrimethylsilane promoted by BF3:Et2O lead stereoselectively to 5'-C(S)-allylthymidine which is converted to 5'-C(S) C(S)-hydroxyhexylthymidine. 5'-C-(R or S) hydroxypentylthymidine can be obtained by using omega-tertButyldimethylsilyloxyallyltrimethylsilane in the Sakurai reaction. In the same conditions, omega-Bromoallyltrimethylsilane adds to the aldehyde with a complete transposition of the siliranium intermediate and allows the preparation of the 5'-C(S)-bromopentene derivative, (C) 1999 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(99)00246-x
• 作为产物：
  描述：

  1-(2-deoxy-3-O-tert-butyldiphenylsilyl-β-D-erythro-pentadialdo-1,4-furanosyl)-5-methyluracil 在 palladium on activated charcoal 、 氢气 、 锌 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲苯 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 5'(S)-C-allyl-3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  DNA Three Way Junction Core Decorated with Amino Acids-Like Residues-Synthesis and Characterization

  摘要：

  本文描述了在核心的非配对位置上由类蛋白质残基（咪唑、醇和羧酸）功能化的 DNA 三向连接（3WJ）的结构和物理化学行为。每条链上都特别加入了一个 5′-C(S)-丙炔基胸苷核苷酸，通过合成后的 CuACC 反应与受保护的咪唑、羟基或羧基氮化物发生反应。研究了 5′-C(S)官能化对结构的影响，以评估 3WJ 的灵活性/稳定性受到了怎样的影响。

  DOI：

  10.3390/molecules21091082

文献信息

• Nucleic acid secondary structures containing the double-headed nucleoside 5′(S)-C-(2-(thymin-1-yl)ethyl)thymidine
  作者：Charlotte Andersen、Pawan K. Sharma、Mikkel S. Christensen、Signe I. Steffansen、Charlotte M. Madsen、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/b810930c

  日期：——

  Oligodeoxynucleotides containing the double-headed nucleoside 5'(S)-C-(2-(thymin-1-yl)ethyl)thymidine were prepared by standard solid phase synthesis. The synthetic building block for incorporating the double-headed moiety was prepared from thymidine, which was stereoselectively converted to a protected 5'(S)-C-hydroxyethyl derivative and used to alkylate the additional thymine by a Mitsunobu reaction

  通过标准固相合成制备含有双头核苷5'（S）-C-（2-（胸苷-1-基）乙基）胸苷的寡脱氧核苷酸。由胸苷制备用于掺入双头部分的合成结构单元，将其立体选择性地转化为受保护的5'（S）-C-羟乙基衍生物，并通过Mitsunobu反应将其用于附加的胸腺嘧啶的烷基化。在不同的核酸二级结构中研究了寡脱氧核苷酸：双链体，凸出的双链体，三向连接和人工DNA拉链基序。研究了这些复合物的热稳定性，证明了将一个双头核苷部分掺入双链体或凸起的双链体中几乎均匀的热损失，可与先前报道的双头核苷5'的作用相媲美。（S）-C-（胸腺嘧啶-1-基）甲基胸苷。当掺入DNA或RNA三向连接时，附加碱基仅显示出很小的作用。各种DNA拉链排列表明，将连接子从亚甲基延伸至乙烯几乎完全消除了在（-3）拉链中观察到的亚甲基连接子的选择性小沟碱基-碱基堆积相互作用，而观察到的相互作用虽然稍小，但仍能观察到。 （-4）-拉链图案中的乙烯接头。
• A cyclic dinucleotide with a four-carbon 5′-C-to-5′-C connection; synthesis by RCM, NMR-examination and incorporation into secondary nucleic acid structures
  作者：Pawan K. Sharma、Birgitte H. Mikkelsen、Mikkel S. Christensen、Katrine E. Nielsen、Claus Kirchhoff、Søren L. Pedersen、Anders M. Sørensen、Kirsten Østergaard、Michael Petersen、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/b603830a

  日期：——

  as a substrate for a ring-closing metathesis (RCM) reaction and after deprotection, a 1 : 1 mixture of E- and Z-isomers of a cyclic dinucleotide with an unsaturated 5'-C-to-5'-C connection was obtained. Alternatively, a hydrogenation of the double bond and deprotection afforded a saturated cyclic dinucleotide. An advanced NMR-examination confirmed the constitution of this molecule and indicated a restriction

  通过应用立体选择性烯丙基化方法由胸苷制备5'-C-烯丙基胸苷衍生物，并确认了其5'（S）-构型。从该核苷衍生物制备适当保护的结构单元，并使用标准亚磷酰胺化学方法偶联，得到具有两个5'-C-烯丙基的二核苷酸。该分子用作闭环复分解（RCM）反应的底物，去保护后，是环状二核苷酸的E-和Z-异构体与不饱和5'-C-至-5'-的1：1混合物。获得了C连接。或者，双键的氢化和脱保护得到饱和的环状二核苷酸。先进的NMR检查证实了该分子的结构，并表明了其整体构象自由度受到限制。在改变保护基策略之后，获得了具有5'-O-位的饱和环状二核苷酸的亚磷酰胺结构单元，其被保护为pixyl ether，并且磷酸盐被保护为甲基磷酸三酯。该构件用于制备由于环二核苷酸部分而具有中央人工弯曲的两个14-mer寡核苷酸。发现这些可以使双链体不稳定，稍微使凸起的双链体不稳定，但是在一定程度上可以稳定高Mg（2+）浓度的三向连接。
• Synthesis of Phostone-Constrained Nucleic Acid (P-CNA) Dinucleotides Through Intramolecular Arbuzov's Reaction
  作者：Dan-Andrei Catana、Marie Maturano、Corinne Payrastre、Pierre Lavedan、Nathalie Tarrat、Jean-Marc Escudier

  DOI：10.1002/ejoc.201101061

  日期：2011.12

  P-CNAs are dinucleotide building blocks in which the torsional angles α and β of the sugar/phosphate backbone are constrained to non-canonical values within a cyclic phosphonate structure (phostone) synthesised by diastereoselective intramolecular Arbuzov reaction. The reaction has been improved through the use of microwave activation and addition of lithium bromide.

  P-CNA 是二核苷酸结构单元，其中糖/磷酸盐骨架的扭转角 α 和 β 被限制为非对映选择性分子内 Arbuzov 反应合成的环状膦酸酯结构（膦）内的非规范值。通过使用微波活化和添加溴化锂，该反应得到了改进。
• Synthesis and evaluation of (<i>S</i>)-5′-<i>C</i>-aminopropyl and (<i>S</i>)-5′-<i>C</i>-aminopropyl-2′-arabinofluoro modified DNA oligomers for novel RNase H-dependent antisense oligonucleotides
  作者：Yujun Zhou、Ryohei Kajino、Seiichiro Ishii、Kenji Yamagishi、Yoshihito Ueno

  DOI：10.1039/d0ra08468a

  日期：——

  structure of the DNA/RNA duplexes and a molecular fluctuation in monomers derived from the (S)-5′-C-aminopropyl side chain, as well as from a variation in sugar puckering derived from the 2′-arabinofluoro modification. Meanwhile, the incorporation of these analogs significantly enhanced the nuclease resistance of the DNA oligomers. Moreover, the (S)-5′-C-aminopropyl-2′-arabinofluoro-modified DNA/RNA duplexes

  我们设计并合成了两种新型胸苷类似物：( S )-5'- C-氨丙基-胸苷和( S )-5'- C-氨丙基-2'-β-氟胸苷。然后，合成含有这些类似物的DNA寡聚物，并评估它们的功能特性。与天然胸苷相比，( S )-5'- C-氨丙基-2'-阿拉伯氟胸苷具有足够的热稳定性，而( S )-5' - C-氨丙基-胸苷则具有热不稳定的特征。热稳定性的差异是由于 DNA/RNA 双链体二级结构的适度变化和源自 ( S )-5'- C-氨丙基侧链的单体的分子波动以及糖的变化造成的源自 2'-阿拉伯氟修饰的褶皱。同时，这些类似物的掺入显着增强了DNA寡聚物的核酸酶抗性。此外，与( S )-5'- C相比，( S ) -5'-C-氨丙基-2'-阿拉伯氟修饰的DNA/RNA双链体显示出更优异的激活RNase H介导的RNA链切割的能力。 -氨丙基修饰的DNA/RNA双链体。
• Dinucleotides of 4′-C-vinyl- and 5′-C-allylthymidine as substrates for ring-closing metathesis reactions
  作者：Claus Kirchhoff、Poul Nielsen

  DOI：10.1016/s0040-4039(03)01584-3

  日期：2003.8

  Thymidine derivatives containing a 4'-C-vinyl group or a 5'-C-allyl group are synthesized and used as building blocks for three different dinucleotides. These are evaluated as substrates for ring-closing metathesis cyclisations, and a protected 5'-C-allylthymidine homo-dimer is found to be the most reactive. A protected precursor for a conformationally restricted cyclic dinucleotide with a four carbon 5'-C to 5'-C connection is hereby efficiently obtained, whereas a corresponding three carbon 4'-C to 5'-C connection is obtained in a lower yield. (C) 2003 Elsevier Ltd. All rights reserved.