环(L-色氨酰-L-色氨酰) | 20829-55-4

• 物质功能分类: 生物 - 细胞培养 - 添加剂
• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 中文名称: 环(L-色氨酰-L-色氨酰)
• 英文名称: (3S,6S)-3,6-Bis-(1H-indol-3-ylmethyl)-piperazine-2,5-dione
• 英文别名: cyclo(L-Trp-L-Trp)；cyclo(Trp-Trp)；cyclo(L-tryptophanyl-L-tryptophanyl)；(3S,6S)-3,6-bis((1H-Indol-3-yl)methyl)piperazine-2,5-dione；(3S,6S)-3,6-bis(1H-indol-3-ylmethyl)piperazine-2,5-dione
• CAS: 20829-55-4
• 化学式: C₂₂H₂₀N₄O₂
• 分子量: 372.426
• InChiKey: DNHODRZUCGXYKU-PMACEKPBSA-N

物化性质

• 沸点：
  813.4±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.364±0.06 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  DMF：30mg/mL； DMSO：30mg/mL； DMSO:PBS (pH 7.2) (1:10)：0.1 mg/ml；乙醇：5mg/mL

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.9
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.18
• 拓扑面积：
  89.8
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  2

安全信息

• 海关编码：
  2933990090

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  环(L-色氨酰-L-色氨酰) 在 盐酸 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 L-色氨酸
  参考文献：
  名称：

  一个tRNA依赖的两个酶途径生成单和双甲基化的双色氨酸2，5-二酮哌嗪。

  摘要：

  已从各种微生物来源中分离出了含有2，5-二酮哌嗪（DKP）部分的大量生物活性天然产物。尤其是含色氨酸的环状二肽（CDP）表现出巨大的结构和功能多样性，而对其生物合成途径知之甚少。在这里，我们描述了来自中华猕猴桃的跨环链肽合酶（CDPS）的基因簇的生物信息学分析，该簇跨越2.9 kb，其中包含两个推定的DKP修饰酶。我们建立了通过体内和体外导致两个甲基化二色氨酸CDP的生物合成途径分析。我们的研究确定了第一个CDPS（Amir_4627），该CDPS显示出高底物特异性，只能合成一种主要产物，即cyclo（Trp-Trp）（cWW）。它是可形成双色氨酸DKP的CDPS家族的第一个成员，也是第一个原核CDPS，其主要产物成分不同于依赖CDPS的CDP中通常存在的四个氨基酸（Phe，Leu，Tyr和Met）。我们表明，cWW形成后，S-腺苷-1-蛋氨酸依赖的N-甲基转移酶（Amir_4628）在D

  DOI：

  10.1021/bi4004827
• 作为产物：
  描述：

  Boc-Trp-Trp-OMe 在 甲酸 作用下， 以 甲苯 、 仲丁醇 为溶剂， 生成 环(L-色氨酰-L-色氨酰)
  参考文献：
  名称：

  底物许可二酮哌嗪反向异戊二烯基转移酶 NotF 的数据科学驱动分析：在蛋白质工程和 (−)-Eurotiumin A 的级联生物催化合成中的应用

  摘要：

  异戊二烯转移是一种早期碳氢键 (C–H) 功能化，普遍存在于多种具有生物活性的细菌、真菌、植物和后生动物二酮哌嗪 (DKP) 生物碱的生物合成中。为了开发异戊二烯化 DKP 吲哚生物碱生物催化构建的统一策略，我们试图鉴定和表征底物允许的 C2 反向异戊二烯基转移酶 (PT)。作为细胞毒性诺托酰胺代谢物生物合成中的第一个剪裁事件，PT NotF 催化短维胺 F 的 C2 反向异戊烯转移。解析 NotF 的晶体结构（与天然底物和异戊烯供体模拟物二甲基烯丙基 S-硫代二磷酸 (DMSPP) 形成复合物）揭示了一个大的，暴露于溶剂的活性位点，提示 NotF 可能具有非常广泛的底物范围。为了评估 NotF 的底物选择性，我们合成了一组 30 种空间和电子分化的色氨酸 DKP，其中大部分在合成有用的转化（2 至 >99%）中被 NotF 选择性异戊二烯化。该底物库的定量表示和描述性统计模型的开发提供了对

  DOI：

  10.1021/jacs.2c06631

文献信息

• Three Types of Induced Tryptophan Optical Activity Compared in Model Dipeptides: Theory and Experiment
  作者：Jana Hudecová、Jan Horníček、Miloš Buděšínský、Jaroslav Šebestík、Martin Šafařík、Ge Zhang、Timothy A. Keiderling、Petr Bouř

  DOI：10.1002/cphc.201200201

  日期：2012.8.6

  dipeptides c‐(Trp‐X) (where X=Gly, Ala, Trp, Leu, nLeu, and Pro) are analyzed on the basis of experimental spectra and density functional theory (DFT) computations. The results provide valuable insight into the molecular conformational and spectroscopic behavior of Trp. Whereas the ECD is dominated by Trp π–π* transitions, VCD is dominated by the amide modes, well separated from minor Trp contributions. The

  手性基质中的色氨酸（Trp）芳香族残基通常表现出较大的光学活性，因此可提供有价值的结构信息。但是，它也可能掩盖其他肽部分的光谱贡献。为了更好地理解含Trp的环状二肽c-（Trp-X）（其中X = Gly，Ala，在实验光谱和密度泛函理论（DFT）计算的基础上分析了Trp，Leu，nLeu和Pro）。结果为Trp的分子构象和光谱行为提供了有价值的见解。ECD主要由Trpπ-π*跃迁控制，而VCD主要由酰胺模态控制，与少量Trp贡献区分开。ROA信号最复杂。-1表示本地χ 2在该残基的角度值时，根据前面的理论预测。光谱和计算还表明，肽环是非平面的，具有较浅的电势，因此非平面性主要是由侧链引起的。色散校正的DFT计算比普通DFT提供更好的结果，但与实验的比较表明，它们高估了折叠构象异构体的稳定性。分子动力学模拟和NMR结果也证实了在非水溶剂中分散DFT模型的准确性有限。因此，手性光谱学与理论分析
• Total Synthesis of Homo- and Heterodimeric Bispyrrolidinoindoline Dioxopiperazine Natural Products
  作者：Andrea Areal、Marta Domínguez、Pim Vendrig、Susana Alvarez、Rosana Álvarez、Ángel R. de Lera

  DOI：10.1021/acs.jnatprod.0c01273

  日期：2021.6.25

  Total synthesis and structural confirmation of homo- and heterodimeric bispyrrolidinoindoline dioxopiperazine alkaloids isolated from fungi and bacteria, namely, ditryptoleucine A, ditryptoleucine B (11), the N,N′-bis-demethylated analogue (+)-12, (−)-dibrevianamide F (13), (−)-SF-5280-451 (14), tetratryptomycin A (15), (−)-tryprophenaline (17), and (−)-SF-5280-415 (18), has been carried out starting

  从真菌和细菌中分离的同型和异型二聚二吡咯烷二氢吲哚二氧代哌嗪生物碱的全合成和结构确认，即双色亮氨酸 A、双色亮氨酸 B ( 11 )、N,N' -双-去甲基类似物 (+)- 12 , (-)-双短酚酰胺 F ( 13 )、 (-)-SF-5280-451 ( 14 )、四色霉素 A ( 15 )、 (-)-色氨酸 ( 17 ) 和 (-)-SF-5280-415 ( 18 ))，从色氨酸衍生的相应双吡咯烷二氢吲哚开始。我们合成天然双色亮氨酸分离物的所有可能的非对映异构体的努力揭示了决定二氧代哌嗪环形成速率和效率的结构因素，在某些情况下通过伴随的差向异构化导致非对映异构体混合物的形成，从而形成其推定的单体二氧代哌嗪二肽生物遗传前体，以及与稠合的 1,3,5-triazepan-6-one 杂环的二聚体的替代形成。
• Synergism between genome sequencing, tandem mass spectrometry and bio-inspired synthesis reveals insights into nocardioazine B biogenesis
  作者：Norah Alqahtani、Suheel K. Porwal、Elle D. James、Dana M. Bis、Jonathan A. Karty、Amy L. Lane、Rajesh Viswanathan

  DOI：10.1039/c5ob00537j

  日期：——

  experimentally connected the noz cluster to indole alkaloid natural product biosynthesis. Results from bioinformatics analyses of the noz pathway along with challenges in actinomycete genetics prompted us to use asymmetric synthesis and mass spectrometry to determine biosynthetic intermediates in the noz pathway. The structures of hypothesized biosynthetic intermediates 5 and 12–17 were firmly established

  海洋放线菌来源的天然产物继续激发化学和生物学研究。Nocardioazines A和B（3和4），来自拟诺卡氏菌属菌种 CMB-M0232是结构独特的生物碱，具有被吲哚C3-异戊烯基以及吲哚C3-和N-甲基官能化的2,5-二酮哌嗪（DKP）核。它们的组装逻辑仍然是神秘的。Nocardiopsis sp。的生物信息学分析。CMB-M0232基因组草图提供的NOZ簇，跨越基因组的两个区域，并编码假定的开放阅读框，在诺卡达嗪的生物合成中起作用，包括环二肽合酶（CDPS），异戊二烯基转移酶，甲基转移酶和细胞色素P450同源物。来自天蓝色链霉菌中noz簇的十二个基因重叠群的异源表达导致环-L- Trp - L - Trp DKP的积累（5）。这将noz团簇与吲哚生物碱天然产物的生物合成进行了实验连接。Noz的生物信息学分析结果放线菌遗传学中的挑战促使我们使用不对称合成和质谱法来确定noz途径中的生物
• Peptide bond formation by aminolysin-A catalysis: A simple approach to enzymatic synthesis of diverse short oligopeptides and biologically active puromycins
  作者：Hirokazu Usuki、Yukihiro Yamamoto、Jiro Arima、Masaki Iwabuchi、Shozo Miyoshi、Teruhiko Nitoda、Tadashi Hatanaka

  DOI：10.1039/c0ob00403k

  日期：——

  peptide bonds to give linear homo-oligopeptides, hetero-dipeptides, and cyclic dipeptides using cost-effective substrates in a one-pot reaction. Aminolysin-A can recognize several C-terminal-modified amino acids, including the L- and D-forms, as acyl donors as well as free amines, including amino acids and puromycin aminonucleoside, as acyl acceptors. The absence of amino acid esters prevents the formation

  新S9系列的氨肽酶从嗜热放线菌衍生Acidothermus了解纤维素被催化丝氨酸的定点突变克隆和工程化到transaminopeptidase 491到半胱氨酸。经过工程改造的生物催化剂，称为氨基溶素A，可以在一锅反应中使用经济高效的底物来催化肽键的形成，从而生成线性同型寡肽，杂二肽和环状二肽。氨基溶素A可以识别多个C末端修饰的氨基酸（包括L-和D-形式）作为酰基供体，以及游离胺（包括氨基酸和嘌呤霉素氨基核苷）作为酰基受体。氨基酸酯的缺乏阻止了肽的形成。因此，反应机理涉及氨解而不是水解的逆反应。氨基溶素系统将是通过简单方法制备结构多样的肽模拟物的有益工具。
• Fragmentation of deprotonated cyclic dipeptides by electrospray ionization mass spectrometry
  作者：Yanchun Guo、Shuxia Cao、Donghui Wei、Xiangkun Zong、Xingbo Yuan、Mingsheng Tang、Yufen Zhao

  DOI：10.1002/jms.1595

  日期：2009.8

  the high-resolution mass spectrometry (Q-TOF) and theoretical calculations were used to rationalize the proposed fragmentation pathways and to verify the differences between the fragmentation pathways. The relative Gibbs free energies (DeltaG) of the product ions and possible fragmentation pathways were estimated using the B3LYP/6-31++G(d, p) model. The results have some potential applications in the

  已通过负离子电喷雾电离多级质谱（ESI-MSn）研究了去质子化的环状二肽的裂解途径。结果表明，去质子化的环二肽的断裂途径主要取决于不同的取代基，即二酮哌嗪环上氨基酸残基的侧链。在去质子化的环状二肽的光谱中，首先在ESI模式下观察到离子[MH-取代基]。特征性碎片离子[MH-取代基]-和[MH-（取代基-H）]-可用作特定环状二肽的符号。氢/氘（H / D）交换实验，使用高分辨率质谱（Q-TOF）和理论计算来合理化建议的碎裂途径并验证碎裂途径之间的差异。使用B3LYP / 6-31 ++ G（d，p）模型估算了产物离子的相对吉布斯自由能（DeltaG）和可能的裂解途径。结果在同源化合物的结构解析和质谱解释中具有潜在的应用前景，并将丰富环状二肽的气相ESI-MS离子化学。