propan-2-yl 2-[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]ethanesulfonate | 176097-41-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: propan-2-yl 2-[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]ethanesulfonate
• CAS: 176097-41-9
• 化学式: C₃₀H₄₀N₂O₇SSi
• 分子量: 600.808
• InChiKey: NGJHDJHBJPRUKO-KWXIBIRDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.22
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.47
• 拓扑面积：
  120
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  propan-2-yl 2-[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]ethanesulfonate 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 Oxone 、 TEA 、 氢氟酸 、 二异丙基铵盐四氮唑 、 碘 、 sodium acetate 、 caesium carbonate 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 、 苯 为溶剂， 生成 N⁶-benzoyl-2'-deoxy-3'-de(phosphinicooxy)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)adenylylmethylenesulfonylmethylene-(3'->5')-2',5'-dideoxythymidine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  通过二亚甲基砜取代扭曲双链 DNA：一类新的“过渡态类似物”限制酶抑制剂

  摘要：

  因此，在未结合状态下产生这种扭曲的 DNA 类似物（不改变酶识别的底物的其他特征）应该以比 DNA 底物本身更高的亲和力与这些限制性内切酶结合。当然，这通常是过渡态类似物的基本原理，它们在结构上近似于酶促反应的“扭曲”过渡态（或扭曲的高能中间体）。最近，我们注意到具有取代磷酸酯的二亚甲基砜单元的双链核酸具有扭曲的骨架构象5，这让人想起限制酶和其他蛋白质在结合时弯曲 DNA 所产生的扭曲。特别是，在由二核苷酸类似物 r(GSO2C) 构建的双链体中观察到的扭曲低 20.8°（而不是 34.7°），类似于在携带与 EcoRV 结合的识别序列的 DNA 中心四个碱基对之间观察到的扭曲（19.3-23.0°）（表 1）。因此，具有连接这些碱基对的二亚甲基砜取代的 DNA 双链体应在其基态“预扭曲”，因此与 EcoRV 的结合比同源 DNA 底物本身更紧密。为了使这种寡核苷酸类似物成为酶的有效抑制剂

  DOI：

  10.1021/ja972768y
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 吡啶 、 咪唑 、 六甲基磷酰三胺 、 碘 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 生成 propan-2-yl 2-[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]ethanesulfonate
  参考文献：
  名称：

  通过二亚甲基砜取代扭曲双链 DNA：一类新的“过渡态类似物”限制酶抑制剂

  摘要：

  因此，在未结合状态下产生这种扭曲的 DNA 类似物（不改变酶识别的底物的其他特征）应该以比 DNA 底物本身更高的亲和力与这些限制性内切酶结合。当然，这通常是过渡态类似物的基本原理，它们在结构上近似于酶促反应的“扭曲”过渡态（或扭曲的高能中间体）。最近，我们注意到具有取代磷酸酯的二亚甲基砜单元的双链核酸具有扭曲的骨架构象5，这让人想起限制酶和其他蛋白质在结合时弯曲 DNA 所产生的扭曲。特别是，在由二核苷酸类似物 r(GSO2C) 构建的双链体中观察到的扭曲低 20.8°（而不是 34.7°），类似于在携带与 EcoRV 结合的识别序列的 DNA 中心四个碱基对之间观察到的扭曲（19.3-23.0°）（表 1）。因此，具有连接这些碱基对的二亚甲基砜取代的 DNA 双链体应在其基态“预扭曲”，因此与 EcoRV 的结合比同源 DNA 底物本身更紧密。为了使这种寡核苷酸类似物成为酶的有效抑制剂

  DOI：

  10.1021/ja972768y

文献信息

• Four step synthesis of a 5′-deoxy-5′-iodomethylthymidine
  作者：Daniel K. Baeschlin、Michael Daube、Monika O. Blättler、Steven A. Benner、Clemens Richert

  DOI：10.1016/0040-4039(96)00090-1

  日期：1996.3

  The conversion of an alkylsulfonate to an iodide with triphenylphosphine/iodine in benzene has been performed for a nucleoside. Starting from thymidine, 3′-protected 5′-deoxy-5′-iodomethylthymidine was synthesized in 4 steps.

  对于核苷，已经用苯中的三苯基膦/碘将烷基磺酸盐转化为碘化物。从胸苷开始，以4个步骤合成3'保护的5'-脱氧-5'-碘甲基胸苷。
• Distorting Duplex DNA by Dimethylenesulfone Substitution:  A New Class of “Transition State Analog” Inhibitors for Restriction Enzymes
  作者：Monika O. Blättler、Christian Wenz、Alfred Pingoud、Steven A. Benner

  DOI：10.1021/ja972768y

  日期：1998.3.1

  generates this distortion in the unbound state (without altering other features of the substrate that are recognized by the enzyme) should bind to these restriction enzymes with a higher affinity than the DNA substrate itself. This is, of course, the principle underlying transition-state analogues generally, which approximate in structure the “distorted” transition state (or a distorted high-energy intermediate)

  因此，在未结合状态下产生这种扭曲的 DNA 类似物（不改变酶识别的底物的其他特征）应该以比 DNA 底物本身更高的亲和力与这些限制性内切酶结合。当然，这通常是过渡态类似物的基本原理，它们在结构上近似于酶促反应的“扭曲”过渡态（或扭曲的高能中间体）。最近，我们注意到具有取代磷酸酯的二亚甲基砜单元的双链核酸具有扭曲的骨架构象5，这让人想起限制酶和其他蛋白质在结合时弯曲 DNA 所产生的扭曲。特别是，在由二核苷酸类似物 r(GSO2C) 构建的双链体中观察到的扭曲低 20.8°（而不是 34.7°），类似于在携带与 EcoRV 结合的识别序列的 DNA 中心四个碱基对之间观察到的扭曲（19.3-23.0°）（表 1）。因此，具有连接这些碱基对的二亚甲基砜取代的 DNA 双链体应在其基态“预扭曲”，因此与 EcoRV 的结合比同源 DNA 底物本身更紧密。为了使这种寡核苷酸类似物成为酶的有效抑制剂