配体结合模式的表征是药物发现过程中的关键步骤,在表型筛选引起的活动中尤为重要,其中蛋白质靶标和结合模式在开始时是未知的。靶标结合区域的阐明通常通过 X 射线晶体学或光亲和标记 (PAL) 方法实现;然而,这些方法也带来了重大挑战。X 射线晶体学是彻底改变药物发现的主要技术,但在许多情况下,结构表征具有挑战性或不可能。PAL 还实现了肽和
氨基酸水平分辨率的结合位点定位;然而,
化学计量激活模式会导致信号不佳和常驻结合口袋的覆盖率。此外,每个 PAL 探针都可以有自己的碎裂模式,这使得质谱分析复杂化。在这里,我们建立了一种稳健且通用的光催化方法,用于蛋白质结合位点的定位,我们将其定义为识别
配体结合口袋附近的残基。通过利用催化激活模式,我们在靶蛋白结合位点附近获得一组标记的
氨基酸。我们使用这种方法在体外绘制六个蛋白质靶点的结合位点,包括几种激酶和分子胶靶点,并进一步研究 STAT3
抑制剂 MM-206