benzyl (S)-2-(dibenzylamino)-5-oxopentanoate | 850209-99-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: benzyl (S)-2-(dibenzylamino)-5-oxopentanoate
• 英文别名: benzyl (2S)-2-(dibenzylamino)-5-oxopentanoate
• CAS: 850209-99-3
• 化学式: C₂₆H₂₇NO₃
• 分子量: 401.505
• InChiKey: SREOBCCTYUETBC-VWLOTQADSA-N

物化性质

• 沸点：
  543.3±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.143±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.5
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.23
• 拓扑面积：
  46.6
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  benzyl (S)-2-(dibenzylamino)-5-oxopentanoate 在 palladium dihydroxide 盐酸 、 氢气 、 N,N-二异丙基乙胺 、 lithium chloride 、 lithium hexamethyldisilazane 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 乙酸乙酯 、 乙腈 为溶剂， 20.0 ℃ 、607.95 kPa 条件下， 反应 96.33h， 生成 (2S)-2-氨基-8-氧代癸酸
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 2-Amino-8-oxodecanoic Acids (Aodas) Present in Natural Hystone Deacetylase Inhibitors

  摘要：

  Differently substituted 2-amino-8-oxodecanoic acids (Aodas), present in naturally occurring inhibitors of hystone deacetylase (HDAC), have been prepared using a convergent approach. The configuration in position 2 was derived from enantiomerically pure allylglycine or glutamic acid, whereas the stereochemistry of the substituent in position 9 derived from lactic acid or glyceraldehyde derivatives. Starting from allylglycine, (S)-Aodas, protected at the nitrogen as Boc or Fmoc, were obtained in four steps in about 30% overall yield. These products have been used to prepare a simplified analogue of a natural cyclic tetrapeptide HDAC inhibitor by SPPS.

  DOI：

  10.1021/jo0518250
• 作为产物：
  描述：

  L-谷氨酸 在 草酰氯 、 二异丁基氢化铝 、 potassium carbonate 、 二甲基亚砜 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 水 、 甲苯 为溶剂， 反应 6.75h， 生成 benzyl (S)-2-(dibenzylamino)-5-oxopentanoate
  参考文献：
  名称：

  基于SNAIL1肽的不可逆赖氨酸特异性脱甲基酶1-选择性失活剂的鉴定。

  摘要：

  赖氨酸特异性脱甲基酶1（LSD1），一种黄素依赖性组蛋白脱甲基酶的抑制作用，最近已成为治疗癌症和其他疾病的新策略。LSD1与SNAIL1物理相互作用，SNAIL1是SNAIL / SCRATCH转录因子家族的成员。这项研究描述了基于SNAIL1肽的LSD1灭活剂的发现。我们设计并制备了带有炔丙基胺，肼或苯基环丙烷部分的SNAIL1肽。其中，带有肼的肽3在酶法测定中显示出最有效的LSD1抑制活性。动力学研究和质谱分析表明，肽3是一种基于机理的LSD1抑制剂。此外，肽37和38由与肽3结合的可透过细胞膜的寡精氨酸组成，可诱导HeLa细胞中组蛋白H3的二甲基化Lys4剂量依赖性增加，这表明它们很可能在细胞内表现出LSD1抑制活性。另外，肽37降低了HeLa细胞的活力。我们相信，这种针对LSD1的新方法为开发LSD1的有效选择性抑制剂和生物探针提供了基础。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.5b01323

文献信息

• Mechanism-Based Inhibitors of the Human Sirtuin 5 Deacylase: Structure-Activity Relationship, Biostructural, and Kinetic Insight
  作者：Nima Rajabi、Marina Auth、Kathrin R. Troelsen、Martin Pannek、Dhaval P. Bhatt、Martin Fontenas、Matthew D. Hirschey、Clemens Steegborn、Andreas S. Madsen、Christian A. Olsen

  DOI：10.1002/anie.201709050

  日期：2017.11.20

  The sirtuin enzymes are important regulatory deacylases in a variety of biochemical contexts and may therefore be potential therapeutic targets through either activation or inhibition by small molecules. Here, we describe the discovery of the most potent inhibitor of sirtuin 5 (SIRT5) reported to date. We provide rationalization of the mode of binding by solving co‐crystal structures of selected inhibitors

  sirtuin酶在各种生化环境中是重要的调节性去酰基化酶，因此可能通过小分子的激活或抑制而成为潜在的治疗靶标。在这里，我们描述了迄今为止报道的最有效的sirtuin 5（SIRT5）抑制剂的发现。通过解决与人类和斑马鱼SIRT5复杂的选定抑制剂的共晶体结构，我们提供了结合模式的合理化方法，这为进一步优化具有更多“类药物”性质的抑制剂提供了见识。重要的是，酶动力学评估显示出缓慢，紧密的抑制机制，这对于SIRT5而言是前所未有的。当将抑制剂应用于生物学探测机制时，这是重要的信息。
• Oxime Amides as a Novel Zinc Binding Group in Histone Deacetylase Inhibitors: Synthesis, Biological Activity, and Computational Evaluation
  作者：Cinzia B. Botta、Walter Cabri、Elena Cini、Lucia De Cesare、Caterina Fattorusso、Giuseppe Giannini、Marco Persico、Antonello Petrella、Francesca Rondinelli、Manuela Rodriquez、Adele Russo、Maurizio Taddei

  DOI：10.1021/jm101373a

  日期：2011.4.14

  explored to select a potentially new biasing binding element for the zinc in HDAC catalytic site. All compounds were evaluated for their in vitro inhibitory activity against the 11 human HDACs isoforms. After identification of a “hit” molecule, a programmed variation at the cap group and at the linker was carried out in order to increase HDAC inhibition and/or paralogue selectivity. Some of the new

  探索了几种以SAHA样结构为特征的含肟分子，为HDAC催化位点的锌选择潜在的新偏置结合元素。评价所有化合物对11种人类HDAC同工型的体外抑制活性。鉴定“命中”分子后，在帽基团和接头处进行了程序设计的变异，以增加HDAC抑制和/或旁系同源物的选择性。一些新衍生物显示出对许多HDAC同工型的增强活性，即使它们的总体活性范围仍远未达到SAHA报道的抑制值。而且，与报道的异羟肟酸类似物不同，新的α-肟酰胺衍生物不在I类和II类HDAC之间进行选择。而是针对每个类别的特定同工型。这些矛盾的结果最终通过计算辅助SAR得以合理化，这使我们有机会了解肟衍生物如何与催化部位相互作用并证明观察到的活性分布合理。
• Synthesis of Enantiopure 7-Substituted Azepane-2-carboxylic Acids as Templates for Conformationally Constrained Peptidomimetics
  作者：Elena Cini、Giuseppe Bifulco、Gloria Menchi、Manuela Rodriquez、Maurizio Taddei

  DOI：10.1002/ejoc.201101387

  日期：2012.4

  The introduction of a cyclic amino acid in a peptide is one of the best methods to rigidify a strand. A general approach towards a new class of seven-membered ring amino acids is described starting from (S)-tribenzyl glutamic acid γ-aldehyde, which reacts with β-keto phosphonates to generate the Horner–Wadsworth–Emmons product. In the presence of H2 and a Pd catalyst, a four-step process occurs involving

  在肽中引入环状氨基酸是刚性链的最佳方法之一。从 (S)-三苄基谷氨酸 γ-醛开始描述了一种新的七元环氨基酸的一般方法，它与 β-酮膦酸酯反应生成霍纳-沃兹沃思-埃蒙斯产物。在 H2 和 Pd 催化剂存在下，发生四步过程，包括双键加氢、三个苄基保护基的氢解、亚胺形成和还原胺化，以产生良好的 7-取代氮杂环庚烷羧酸。
• Photo Cross‐Linking Probes Containing ϵ‐ <i>N</i> ‐Thioacyllysine and ϵ‐ <i>N</i> ‐Acyl‐(δ‐aza)lysine Residues
  作者：Michael Bæk、Pablo Martín‐Gago、Jonas S. Laursen、Julie L. H. Madsen、Saswati Chakladar、Christian A. Olsen

  DOI：10.1002/chem.201905338

  日期：2020.3.23

  functionalization of the covalent adducts were systematically optimized by applying fluorophore labeling and gel electrophoresis (in-gel fluorescence measurements). Finally, selected probes, containing the ϵ-N-glutaryllysine and ϵ-N-myristoyllysine analogues, were successfully applied for the enrichment of native, endogenous proteins from cell lysate, recapitulating the expected interactions of SIRT5 and SIRT2,

  翻译后修饰 (PTM) 对于蛋白质功能、运输、定位和降解标记的调节非常重要。这项工作描述了基于肽活性/亲和力的探针的开发，用于发现识别蛋白质组中赖氨酸残基上新型基于酰基的 PTM 的蛋白质。通过引入酰肼或硫代酰胺官能团，探针含有ε-N-酰基赖氨酸的替代物，以避免实验过程中修饰的水解。除了修饰的 PTM 之外，还分析了开发的化学型对肽序列的影响。通过应用荧光团标记和凝胶电泳（凝胶内荧光测量）系统地优化光交联条件和随后的共价加合物的官能化。最后，选定的含有 ϵ-N-戊二酰赖氨酸和 ε-N-肉豆蔻酰赖氨酸类似物的探针，成功应用于从细胞裂解物中富集天然内源蛋白，分别概括了 SIRT5 和 SIRT2 的预期相互作用。有趣的是，提到的后者能够拉下 SIRT2 的两种不同的剪接变体，这是以前用共价探针无法实现的。基于这项精心设计的概念验证研究，我们预计该技术将在未来将新型 PTM 与细胞中靶向它们的蛋白质配对方面具有广泛的应用。
• A Simple Procedure for the Transformation of<scp>l</scp>-Glutamic Acid into the Corresponding γ-Aldehyde
  作者：Maurizio Taddei、Manuela Rodriquez

  DOI：10.1055/s-2004-834865

  日期：——

  2-Dibenzylamino-5-oxopentanoic acid benzyl ester has been obtained in good yields by complete benzylation of L -glutamic acidin NaOH and Na 2 CO 3 , selective reduction of the g-ester into alcohol with DIBAL and further transformation into aldehyde using Swernoxidation. The overall three-step procedure from Glu gave aldehyde in 49% yield. Key words: aldehydes, amino acids, reductions, oxidations, protecting

  摘 要：将 L-谷氨酸在 NaOH 和 Na 2 CO 3 中完全苄基化，用 DIBAL 将 g-酯选择性还原为醇，再利用氧化。来自 Glu 的整个三步程序以 49% 的收率得到醛。关键词：醛类、氨基酸、还原、氧化、保护基团 自然界中存在许多具有光学活性的α-氨基酸，是多种具有重要生物活性的产物的组成部分。此外，药物和有机化学家使用几种修饰的非天然氨基酸来影响肽和其他相关分子的活性。1,2 即使不断发现极好的不对称合成，3 将简单编码的氨基酸转化为更复杂的化合物仍然是获得“外来”结构的有吸引力的途径。L-谷氨酸是一种潜在有价值的结构单元，前提是两个羧基可以区分。谷氨酸g-醛是用于合成多功能醛官能团的侧链的关键中间体。为了分离这种醛，NH 的两个氢原子