(2S,4S,5R,6R)-2,4,5-Trihydroxy-6-((1R,2R)-1,2,3-trihydroxy-propyl)-tetrahydro-pyran-2-carboxylic acid | 120104-31-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: (2S,4S,5R,6R)-2,4,5-Trihydroxy-6-((1R,2R)-1,2,3-trihydroxy-propyl)-tetrahydro-pyran-2-carboxylic acid
• 英文别名: 3-deoxy-D-glycero-β-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid；3-deoxy-D-glucoro-D-galacto-2-nonulopyranosonic acid；2-keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nononic acid；2-keto-3-deoxy-G-glycero-D-galactonononic acid；3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nonulosonic acid；2-keto-3-deoxy-nonulosonic acid；Deamino-beta-neuraminic acid；(2S,4S,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid
• CAS: 120104-31-6
• 化学式: C₉H₁₆O₉
• 分子量: 268.221
• InChiKey: CLRLHXKNIYJWAW-YOQZMRDMSA-N

物化性质

• 沸点：
  726.8±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.860±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.5
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.89
• 拓扑面积：
  168
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2S,4S,5R,6R)-2,4,5-Trihydroxy-6-((1R,2R)-1,2,3-trihydroxy-propyl)-tetrahydro-pyran-2-carboxylic acid 生成 3-deoxy-D-glycero-β-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid methyl ester
  参考文献：
  名称：

  Studies on sialic acids. XIII. Isolation of 3-deoxy-D-glycero-D-galacto-2-nonulopyranosonic acid (KDN) from chum salmon, Oncorhynchus keta.

  摘要：

  采用强碱性阴离子交换树脂，建立了高效液相色谱法（HPLC）分析3-脱氧-D-甘油-D-半乳-2-壬磺吡喃糖酸（KDN）的方法。该方法用于检测大马哈鱼（Oncorhynchus keta）受精卵冲洗水中的游离 KDN。此外，还从水中分离出了 KDN 的完全保护衍生物。

  DOI：

  10.1248/cpb.37.2204
• 作为产物：
  描述：

  (4S,5R)-5-[(1S,2R)-1,2-Bis-(tert-butyl-dimethyl-silanyloxy)-3-hydroxy-propyl]-2,2-dimethyl-[1,3]dioxolane-4-carboxylic acid methyl ester 在 2,6-二甲基吡啶 、 lithium aluminium tetrahydride 、 草酰氯 、 二甲基硫 、 水 、 氯化铵 、 臭氧 、 二甲基亚砜 、 三乙胺 、 三氟乙酸 、 锌 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 38.53h， 生成 (2S,4S,5R,6R)-2,4,5-Trihydroxy-6-((1R,2R)-1,2,3-trihydroxy-propyl)-tetrahydro-pyran-2-carboxylic acid
  参考文献：
  名称：

  First total synthesis of (+)-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-2-nonulosonic acid (KDN) from a non-carbohydrate source

  摘要：

  对映体纯顺式-1,2-二氢邻苯二酚 2 是通过微生物氧化氯苯得到的产物，通过十步反应顺序转化为 KDN 1。

  DOI：

  10.1039/a801889h

文献信息

• Microbial Glycosyltransferases for Carbohydrate Synthesis:  α-2,3-Sialyltransferase from <i>Neisseria </i><i>g</i><i>onorrheae</i>
  作者：Masayuki Izumi、Gwo-Jenn Shen、Shirley Wacowich-Sgarbi、Takuji Nakatani、Oliver Plettenburg、Chi-Huey Wong

  DOI：10.1021/ja011382r

  日期：2001.11.1

  exploitation of its substrate specificity and synthetic utility. Several potential acceptor substrates were synthesized in this study, including mono- and oligosaccharides, glycolipids, and glycopeptides and their sulfate derivatives. Some CMP-sialic acid derivatives with modification at the C-5 position were also prepared for evaluation as donor substrates. It was found that the enzyme exhibits a broader

  来自淋病奈瑟菌的 α-2,3-唾液酸转移酶在大肠杆菌中过度生产，以利用其底物特异性和合成效用。本研究合成了几种潜在的受体底物，包括单糖和寡糖、糖脂、糖肽及其硫酸盐衍生物。还制备了一些在 C-5 位进行修饰的 CMP-唾液酸衍生物作为供体底物进行评估。发现与其他唾液酸转移酶相比，该酶表现出更广泛的受体底物特异性，尽管供体特异性非常有限。已证明该酶在代表性唾液酸糖缀合物的制备性合成中的应用。在这项工作和其他人的工作的基础上，
• A concise chemical synthesis of (+)-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nonulosonic acid (KDN)
  作者：Tak-Hang Chan、Chao-Jun Li

  DOI：10.1039/c39920000747

  日期：——

  The sialic acid KDN is synthesized stereoselectively in three steps from D-mannose by taking advantage of an indium mediated coupling reaction in aqueous medium.

  唾液酸KDN通过三步选择性地从D-甘露糖合成，利用了水相中铟介导的偶联反应。
• Glycoside Cleavage by a New Mechanism in Unsaturated Glucuronyl Hydrolases
  作者：Seino A. K. Jongkees、Stephen G. Withers

  DOI：10.1021/ja209067v

  日期：2011.12.7

  evidence for this mechanism has been lacking. In this study, analysis of the products of UGL-catalyzed reactions in water, deuterium oxide, and dilute methanol in water, in conjunction with the demonstration that UGL rapidly cleaves thioglycosides and glycosides of inverted anomeric configuration (substrates that are resistant to hydrolysis by classical glycosidases), provides strong support for this new mechanism

  来自 CAZy 分类系统的 GH 家族 88 的不饱和葡萄糖醛酸水解酶 (UGL) 从细胞外细菌多糖裂解酶释放的寡糖产物中切割出末端不饱和糖。这条通路涉及细胞外细菌感染，在哺乳动物中没有等价物。先前已经提出了 UGL 的新机制，其中酶催化底物中乙烯基醚基团的水合，随后重排导致糖苷键断裂。然而，缺乏这种机制的明确证据。在本研究中，分析了 UGL 催化的水中反应产物、氧化氘和水中的稀甲醇，结合 UGL 快速切割硫糖苷和反向异头构型的糖苷（耐经典糖苷酶水解的底物）的证明，为这种新机制提供了强有力的支持。观察到的 UGL 催化的 C-糖苷底物类似物的水合作用进一步支持了水合作用引发的过程。最后，对小的 β-二次动力学同位素效应的观察表明具有氧碳鎓离子特征的过渡态，其中碳 4 处的氢采用轴向几何形状。总之，这些观察结果验证了新的乙烯基醚水合机制，并且与在碳 1 处反转或保留直接水解酶机制不一致。观察到的
• Novel practical synthesis of Kdn2en and its C-4 nitrogen-modified derivatives
  作者：Xue-Long Sun、Noriko Sato、Toshitsugu Kai、Kimio Furuhata

  DOI：10.1016/s0008-6215(99)00236-0

  日期：1999.1

  A practical synthesis of Kdn2en and 4-amino-4-deoxy-Kdn2en has been achieved via a key intermediate, methyl 4,5,7,8,9-penta-O-acetyl-2,6-anhydro-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-non-2- enonate, which has been prepared from Kdn in three steps in 91% overall yield.

  已通过关键中间体甲基4,5,7,8,9-戊-O-乙酰基-2,6-脱水3-脱氧-甲基完成了Kdn2en和4-氨基-4-脱氧-Kdn2en的实用合成。 D-甘油-D-半乳糖-非-2-烯酸酯，它是由Kdn分三步制备的，总产率为91％。
• CMP-Sialate Synthetase from<i>Neisseria meningitidis</i>− Overexpression and Application to the Synthesis of Oligosaccharides Containing Modified Sialic Acids
  作者：Marion Knorst、Wolf-Dieter Fessner

  DOI：10.1002/1615-4169(200108)343:6/7<698::aid-adsc698>3.0.co;2-j

  日期：2001.8

  obtained in high yields (>85%) and with a high specific activity (⩾134 U/mg protein) by an efficient, two-step scheme consisting of DEAE anion-exchange chromatography and ammonium sulfate precipitation. In contrast to known bacterial CMP-sialate synthetases, this enzyme was found to exhibit a broad substrate tolerance, particularly by accepting C5-modified Neu5Ac derivatives as substrates. This included

  使用表达载体 pKK223-3 亚克隆来自脑膜炎奈瑟菌血清群 B 的编码 CMP-唾液酸合成酶 [EC 2.7.7.43] 的基因 siaB 用于在大肠杆菌 K12 中过表达。使用重组菌株，在 10 L 规模（1350 U/g 细胞；20 U/mg 蛋白质）上，每升细胞培养物可产生 7500 U 的合成酶。通过由 DEAE 阴离子交换色谱和硫酸铵沉淀组成的高效两步方案，以高产率（>85%）和高比活性（134 U/mg 蛋白质）获得纯化的酶。与已知的细菌 CMP-唾液酸合成酶相比，该酶被发现表现出广泛的底物耐受性，特别是通过接受 C5 修饰的 Neu5Ac 衍生物作为底物。这包括具有不同长度和体积的典型保护基团的神经氨酸 N-氨基甲酰化、不饱和丙烯酰胺衍生物和相应的饱和部分，以及脱氨基的 KDN 类似物。此外，后一种结构可以通过脱氧、C5 或末端链差向异构化以及通过将链长缩短为辛糖酸来改变