5-iodouridine-5′-monophosphate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: 5-iodouridine-5′-monophosphate
• 英文别名: 5-iodouridine-5’-monophosphate；5-iodo-UPM；5-iodo-[5']uridylic acid；5-iodouridine-5'-monophosphate；[(2R,3S,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-(5-iodo-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate
• 化学式: C₉H₁₂IN₂O₉P
• 分子量: 450.081
• InChiKey: HXJLWCWPONZYNP-UAKXSSHOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.3
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  166
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-iodouridine-5′-monophosphate 在 sodium tetrachloropalladate(II) 、 2,2'-二硫二吡啶 、 trisodium tris(3-sulfophenyl)phosphine 、 caesium carbonate 、 三苯基膦 作用下， 以 水 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 5-(5-formylthien-2-yl) UMP phosphoromorpholidate
  参考文献：
  名称：

  Uncharged nucleoside inhibitors of β-1,4-galactosyltransferase with activity in cells

  摘要：

  5-取代尿苷衍生物是无电荷的半乳糖转移酶抑制剂，可以降低人单核细胞中PSGL-1的表达。

  DOI：

  10.1039/c5cc09289b
• 作为产物：
  描述：

  尿苷5-单磷酸 在 碘 、 硝酸 作用下， 以 氯仿 为溶剂， 反应 18.0h， 以75%的产率得到5-iodouridine-5′-monophosphate
  参考文献：
  名称：

  Uncharged nucleoside inhibitors of β-1,4-galactosyltransferase with activity in cells

  摘要：

  5-取代尿苷衍生物是无电荷的半乳糖转移酶抑制剂，可以降低人单核细胞中PSGL-1的表达。

  DOI：

  10.1039/c5cc09289b

文献信息

• Structure−Activity Relationships of Uridine 5‘-Diphosphate Analogues at the Human P2Y₆ Receptor
  作者：Pedro Besada、Dae Hong Shin、Stefano Costanzi、Hyojin Ko、Christophe Mathé、Julien Gagneron、Gilles Gosselin、Savitri Maddileti、T. Kendall Harden、Kenneth A. Jacobson

  DOI：10.1021/jm060485n

  日期：2006.9.1

  been studied. Uridine 5'-diphosphate (UDP) analogues bearing substitutions of the ribose moiety, the uracil ring, and the diphosphate group were synthesized and assayed for activity at the human P2Y6 receptor. The uracil ring was modified at the 4 position, with the synthesis of 4-substituted-thiouridine 5'-diphosphate analogues, as well as at positions 2, 3, and 5. The effect of modifications at the

  研究了尿嘧啶核苷酸激活的 P2Y6 受体的结构-活性关系和分子模型。合成了带有核糖部分、尿嘧啶环和二磷酸基团取代的尿苷 5'-二磷酸 (UDP) 类似物，并测定了其对人 P2Y6 受体的活性。尿嘧啶环在 4 位上进行修饰，合成 4-取代的硫尿苷 5'-二磷酸类似物，以及在 2、3 和 5 位进行修饰。研究了磷酸链水平修饰的影响通过制备环状3',5'-二磷酸类似物、3'-二磷酸类似物和几种二核苷酸二磷酸。 5-Iodo-UDP 32 (EC50 = 0.15 microM) 与 UDP 等价，而 2'-羟基（氨基、叠氮基）的取代会大大降低效力。与 UDP 相比，2- 和 4- 硫代类似物分别为 20 和 21 也相对有效。然而，大多数其他修改大大降低了效力。分子模型表明，5'-UDP 和类似物的 β-磷酸对于与受体的三个保守阳离子残基中的两个建立静电相互作用至关重要。在4-硫醚衍生物中，4-乙硫基类似物23显示出0
• Enzymatic Production of Non-Natural Nucleoside-5′-Monophosphates by a Thermostable Uracil Phosphoribosyltransferase
  作者：Jon del Arco、Javier Acosta、Humberto M. Pereira、Almudena Perona、Neratur K. Lokanath、Naoki Kunishima、Jesús Fernández-Lucas

  DOI：10.1002/cctc.201701223

  日期：2018.1.23

  TtUPRT has been determined by protein crystallography, and its substrate specificity and biochemical characteristics have been analyzed, providing new structural insights into the substrate‐binding mode. Biochemical characterization of the recombinant protein indicates that the enzyme is a homotetramer, with activity and stability across a broad range of temperatures (50–80 °C), pH (5.5–9) and ionic strength

  使用酶作为生物催化剂来合成修饰的5'-单磷酸核苷（NMP）是传统的多步化学方法的有趣替代方法，该方法具有多种优势，例如立体，区域和对映选择性，简单的下游加工以及反应条件温和。在本文中，我们报道了嗜热栖热菌HB8（Tt UPRT）的尿嘧啶磷酸核糖基转移酶的重组表达，生产和纯化。Tt的结构UPRT已通过蛋白质晶体学确定，并对其底物特异性和生化特性进行了分析，从而为底物结合模式提供了新的结构见解。重组蛋白的生化特性表明该酶是同四聚体，在很宽的温度范围（50–80°C），pH（5.5–9）和离子强度（0–500 m m NaCl）中均具有活性和稳定性。令人惊讶的是，Tt UPRT能够识别几种5和6-取代的嘧啶作为底物。这些实验结果表明，Tt UPRT可能是合成修饰NMP的有价值的生物催化剂。
• Exploring the role of the 5-substituent for the intrinsic fluorescence of 5-aryl and 5-heteroaryl uracil nucleotides: a systematic study
  作者：Thomas Pesnot、Lauren M. Tedaldi、Pablo G. Jambrina、Edina Rosta、Gerd K. Wagner

  DOI：10.1039/c3ob40485d

  日期：——

  and proticity. In conjunction with results from a conformational analysis based on NMR data and computational experiments, these findings provide insights into the steric and electronic factors that govern fluorescence emission in this class of fluorophores. In particular, they highlight the interplay between fluorescence emission and conformation in this series. Finally, we carried out ligand-binding

  UMP 的衍生物 (尿苷一磷酸) 在 5 位有一个荧光取代基，代表了一个小而独特的荧光团，在化学生物学和生物分子化学中发现了重要的应用。在这项研究中，我们合成了一系列在5位具有不同芳香族和杂芳香族取代基的尿嘧啶核苷酸UMP、UDP和UTP的衍生物，以系统地研究5-取代基对荧光发射的影响。我们已经确定了该系列中所有衍生物的相关光物理参数，包括最佳荧光团的量子产率。在尿嘧啶碱基的第 5 位使用 5-formylthien-2-yl 取代基观察到最强的荧光发射，而相应的 3-formylthien-2-yl-取代的区域异构体的荧光显着降低。在不同极性和质子的溶剂中进一步研究了 5-(5-formylthien-2-yl) 尿嘧啶荧光团。结合基于 NMR 数据和计算实验的构象分析结果，这些发现提供了对控制此类荧光团中荧光发射的空间和电子因素的见解。特别是，它们突出了本系列中荧光发射和构象之间的相互作用。最后，我们用
• The first C-glycosidic analogue of a novel galactosyltransferase inhibitor
  作者：Karine Descroix、Gerd K. Wagner

  DOI：10.1039/c0ob00630k

  日期：——

  Structural analogues and mimics of the natural sugar-nucleotide UDP-galactose (UDP-Gal) are sought after as chemical tools for glycobiology and drug discovery. We have recently developed a novel class of galactosyltransferase (GalT) inhibitors derived from UDP-Gal, bearing an additional substituent at the 5-position of the uracil base. Herein we report the first C-glycosidic derivative of this new

  天然糖核苷酸的结构类似物和模拟物 UDP-半乳糖 （UDP-Gal作为糖生物学和药物发现的化学工具而受到追捧。我们最近开发了一种新型的半乳糖基转移酶（GalT）抑制剂，其衍生自UDP-Gal，在尿嘧啶碱基的5-位带有一个附加的取代基。在本文中，我们报道了这种新型的GalT抑制剂的第一个C-糖苷衍生物。我们描述了新的UDP-C-Gal衍生物的实用收敛合成，包括对自由基化学用于制备半乳糖基乙基膦酸酯（一种关键的合成中间体）的系统研究。新抑制剂在微摩尔浓度下显示出对细菌UDP-Gal 4'-表异构酶的活性。这是碱基修饰的UDP糖作为不是糖基转移酶的UDP糖依赖性酶的抑制剂的第一个例子，因此这些结果可能对将来设计这些酶的抑制剂有影响。
• DERIVATIVES OF URIDINE PHOSPHATE AND THEIR USES IN PROTEIN BINDING ASSAYS
  申请人：Wagner Gerd

  公开号：US20120219963A1

  公开（公告）日：2012-08-30

  The present invention relates to compounds and their use in competitive protein binding assays, for example for use with glycosyl transferase and/or glycoprocessing proteins. The present application also provides kits and apparatuses for use in the assays. In particular, the present invention provides a compound of the formula (I): wherein n is 1, 2 or 3; R 1 is selected from —OH, —OPO 3 H, —OR 4 , —NHR 4 , R 6 ; R 2 and R 3 are each independently selected from —H, —OH, optionally substituted —O-alkyl and —O-alkanoyl; R 4 is selected from an optionally substituted mono or polysaccharide, -alkyl, -alkenyl, -alkynyl, and L-Z, where L is a linking agent and Z is a binding agent; R 6 is an optionally substituted hydrocarbon group; A is either (i) a substituted heteroaryl group, the substituent on the heteroaryl group having a double bond conjugated to the heteroaryl group, or (ii) a substituted aryl group, the substituent on the aryl group having a double bond conjugated to the aryl group.

  本发明涉及化合物及其在竞争性蛋白结合测定中的应用，例如用于糖基转移酶和/或糖基加工蛋白的应用。本申请还提供用于该测定的试剂盒和装置。具体而言，本发明提供式（I）的化合物：其中n为1、2或3；R1选择自—OH、—OPO3H、—OR4、—NHR4、R6；R2和R3各自独立地选择自—H、—OH、可选地取代的—O-烷基和—O-酰基烷基；R4选择自可选地取代的单糖或多糖、-烷基、-烯基、-炔基和L-Z，其中L是连接剂，Z是结合剂；R6是可选地取代的烃基；A是（i）取代的杂环芳基，杂环芳基上的取代基具有共轭到杂环芳基的双键，或（ii）取代的芳基，芳基上的取代基具有共轭到芳基的双键。