((2R,3S,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-(5-(4-methoxyphenyl)-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate | 1300529-31-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: ((2R,3S,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-(5-(4-methoxyphenyl)-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate
• 英文别名: [(2R,3S,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-[5-(4-methoxyphenyl)-2,4-dioxopyrimidin-1-yl]oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate
• CAS: 1300529-31-0
• 化学式: C₁₆H₁₉N₂O₁₀P
• 分子量: 430.308
• InChiKey: UFLLHMVOBPSREP-RGCMKSIDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.3
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  175
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  5-碘尿苷 在 sodium tetrachloropalladate(II) 、 trisodium tris(3-sulfophenyl)phosphine 、 caesium carbonate 、 三氯氧磷 作用下， 以 水 、 丙酮 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 ((2R,3S,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-(5-(4-methoxyphenyl)-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate
  参考文献：
  名称：

  探索 5-取代基对 5-芳基和 5-杂芳基尿嘧啶核苷酸的固有荧光的作用：一项系统研究†‡

  摘要：

  UMP 的衍生物 (尿苷一磷酸) 在 5 位有一个荧光取代基，代表了一个小而独特的荧光团，在化学生物学和生物分子化学中发现了重要的应用。在这项研究中，我们合成了一系列在5位具有不同芳香族和杂芳香族取代基的尿嘧啶核苷酸UMP、UDP和UTP的衍生物，以系统地研究5-取代基对荧光发射的影响。我们已经确定了该系列中所有衍生物的相关光物理参数，包括最佳荧光团的量子产率。在尿嘧啶碱基的第 5 位使用 5-formylthien-2-yl 取代基观察到最强的荧光发射，而相应的 3-formylthien-2-yl-取代的区域异构体的荧光显着降低。在不同极性和质子的溶剂中进一步研究了 5-(5-formylthien-2-yl) 尿嘧啶荧光团。结合基于 NMR 数据和计算实验的构象分析结果，这些发现提供了对控制此类荧光团中荧光发射的空间和电子因素的见解。特别是，它们突出了本系列中荧光发射和构象之间的相互作用。最后，我们用

  DOI：

  10.1039/c3ob40485d

文献信息

• OLIGONUCLEOTIDE
  申请人：Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd.

  公开号：US20150376611A1

  公开（公告）日：2015-12-31

  The present invention provides an oligonucleotide having improved affinity for AGO2, and the like. The oligonucleotide has a nucleotide residue or a nucleoside residue represented by formula (I) wherein X 1 is an oxygen atom or the like, R 1 is formula (IIA) (wherein R 5A is halogen or the like, and R 6A is a hydrogen atom or the like) or formula (IVA) (wherein Y 3A is a nitrogen atom or the like, and Y 4A is CH or the like), or the like, R 2 is a hydrogen atom, hydroxy, halogen, or optionally substituted lower alkoxy, and R 3 is a hydrogen atom or the like} at the 5′ end thereof, and the nucleotide residue or the nucleoside residue binds to an adjacent nucleotide residue through the oxygen atom at position 3.

  本发明提供了一种具有改善对AGO2亲和力的寡核苷酸等。该寡核苷酸在其5'端具有由式(I)表示的核苷酸残基或核苷酸残基其中X 1 是氧原子或类似物，R 1 是式(IIA)（其中R 5A 是卤素或类似物，而R 6A 是氢原子或类似物）或式(IVA)（其中Y 3A 是氮原子或类似物，而Y 4A 是CH或类似物），或类似物，R 2 是氢原子、羟基、卤素或可选择地取代的较低烷氧基，而R 3 是氢原子或类似物}，并且该核苷酸残基或核苷酸残基通过位于位置3的氧原子与相邻核苷酸残基结合。
• OLIGONUCLEOTIDE HAVING NON-NATURAL NUCLEOTIDE AT 5'-TERMINAL THEREOF
  申请人：Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd.

  公开号：US20170354673A1

  公开（公告）日：2017-12-14

  An oligonucleotide having a nucleotide residue or a nucleoside residue represented by formula (I) wherein X 1 is an oxygen atom or the like, R 1 is formula (IIA) (wherein R 5A is halogen or the like, and R 6A is a hydrogen atom or the like), formula (IVA) (wherein Y 3A is a nitrogen atom or the like, and Y 4A is CH or the like), or the like, R 2 is a hydrogen atom, hydroxy, halogen, or optionally substituted lower alkoxy, and R 3 is a hydrogen atom or the like, or formula (VI) (wherein n2 is 1, 2 or 3)} at the 5′ end thereof, wherein the nucleotide residue or the nucleoside residue binds to an adjacent nucleotide residue through the oxygen atom at position 3, is provided.

  具有由式(I)表示的核苷酸残基或核苷酸残基的寡核苷酸其中X1是氧原子或类似物，R1是式(IIA)（其中R5A是卤素或类似物，而R6A是氢原子或类似物），式(IVA)（其中Y3A是氮原子或类似物，而Y4A是CH或类似物），或类似物，R2是氢原子，羟基，卤素，或可选择地取代的较低烷氧基，而R3是氢原子或类似物，或式(VI)（其中n2为1、2或3）}在其5'端，其中核苷酸残基或核苷酸残基通过位于位置3的氧原子与相邻核苷酸残基结合。
• Oligonucleotide having non-natural nucleotide at 5′-terminal thereof
  申请人：Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd.

  公开号：US10342819B2

  公开（公告）日：2019-07-09

  An oligonucleotide having a nucleotide residue or a nucleoside residue represented by formula (I) wherein X1 is an oxygen atom or the like, R1 is formula (IIA) (wherein R5A is halogen or the like, and R6A is a hydrogen atom or the like), formula (IVA) (wherein Y3A is a nitrogen atom or the like, and Y4A is CH or the like), or the like, R2 is a hydrogen atom, hydroxy, halogen, or optionally substituted lower alkoxy, and R3 is a hydrogen atom or the like, or formula (VI) (wherein n2 is 1, 2 or 3)} at the 5′ end thereof, wherein the nucleotide residue or the nucleoside residue binds to an adjacent nucleotide residue through the oxygen atom at position 3, is provided.

  具有由式(I)代表的核苷酸残基或核苷残基的寡核苷酸其中X1是氧原子或类似物，R1是式(IIA)（其中R5A是卤素或类似物，R6A是氢原子或类似物），式(IVA)（其中Y3A是氮原子或类似物，Y4A是CH或类似物），或类似物、R2是氢原子、羟基、卤素或任选取代的低级烷氧基，R3是氢原子或类似物，或式（VI）（其中n2是1、2或3）}在其5′端，其中核苷酸残基或核苷残基通过位置3的氧原子与相邻的核苷酸残基结合。
• Oligonucleotide
  申请人：Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd.

  公开号：US10378011B2

  公开（公告）日：2019-08-13

  An oligonucleotide having improved affinity for AGO2 is disclosed. The oligonucleotide has a nucleotide residue or a nucleoside residue represented by formula (I) wherein X1 is an oxygen atom or the like, R1 is formula (IIA), wherein R5A is halogen or the like, and R6A is a hydrogen atom or the like, or formula (IVA) wherein Y3A is a nitrogen atom or the like, and Y4A is CH or the like, or the like, R2 is a hydrogen atom, hydroxy, halogen, or optionally substituted lower alkoxy, and R3 is a hydrogen atom or the like at the 5′ end thereof, and the nucleotide residue or the nucleoside residue binds to an adjacent nucleotide residue through the oxygen atom at position 3. A method for improving the knockdown activity of an oligonucleotide wherein the oligonucleotide has a knockdown activity against an mRNA encoding a protein involved in a disease.

  本发明公开了一种对 AGO2 具有更好亲和力的寡核苷酸。该寡核苷酸具有由式（I）代表的核苷酸残基或核苷残基，其中 X1 是氧原子或类似物，R1 是式（IIA），其中 R5A 是卤素或类似物，R6A 是氢原子或类似物，或式（IVA），其中 Y3A 是氮原子或类似物、和 Y4A 是 CH 或类似物，或类似物，R2 是氢原子、羟基、卤素或任选取代的低级烷氧基，R3 是其 5′端的氢原子或类似物，核苷酸残基或核苷残基通过位置 3 的氧原子与相邻的核苷酸残基结合。一种提高寡核苷酸敲除活性的方法，其中寡核苷酸对编码涉及疾病的蛋白质的mRNA具有敲除活性。
• Exploring the role of the 5-substituent for the intrinsic fluorescence of 5-aryl and 5-heteroaryl uracil nucleotides: a systematic study
  作者：Thomas Pesnot、Lauren M. Tedaldi、Pablo G. Jambrina、Edina Rosta、Gerd K. Wagner

  DOI：10.1039/c3ob40485d

  日期：——

  and proticity. In conjunction with results from a conformational analysis based on NMR data and computational experiments, these findings provide insights into the steric and electronic factors that govern fluorescence emission in this class of fluorophores. In particular, they highlight the interplay between fluorescence emission and conformation in this series. Finally, we carried out ligand-binding

  UMP 的衍生物 (尿苷一磷酸) 在 5 位有一个荧光取代基，代表了一个小而独特的荧光团，在化学生物学和生物分子化学中发现了重要的应用。在这项研究中，我们合成了一系列在5位具有不同芳香族和杂芳香族取代基的尿嘧啶核苷酸UMP、UDP和UTP的衍生物，以系统地研究5-取代基对荧光发射的影响。我们已经确定了该系列中所有衍生物的相关光物理参数，包括最佳荧光团的量子产率。在尿嘧啶碱基的第 5 位使用 5-formylthien-2-yl 取代基观察到最强的荧光发射，而相应的 3-formylthien-2-yl-取代的区域异构体的荧光显着降低。在不同极性和质子的溶剂中进一步研究了 5-(5-formylthien-2-yl) 尿嘧啶荧光团。结合基于 NMR 数据和计算实验的构象分析结果，这些发现提供了对控制此类荧光团中荧光发射的空间和电子因素的见解。特别是，它们突出了本系列中荧光发射和构象之间的相互作用。最后，我们用