1-[4-C-allyl-3,5-di-O-benzyl-2-O-phenoxythiocarbonyl-β-D-ribofuranosyl]-thymine | 945382-98-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-[4-C-allyl-3,5-di-O-benzyl-2-O-phenoxythiocarbonyl-β-D-ribofuranosyl]-thymine
• 英文别名: 1-[4-C-Allyl-3,5-di-O-benzyl-2-O-phenoxythiocarbonyl-beta-D-ribofuranosyl]-thymine；5-methyl-1-[(2R,3R,4S,5R)-3-phenoxycarbothioyloxy-4-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)-5-prop-2-enyloxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 945382-98-9
• 化学式: C₃₄H₃₄N₂O₇S
• 分子量: 614.719
• InChiKey: DFFKDQACMAEUHZ-QPBRMJRSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.6
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.26
• 拓扑面积：
  128
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[4-C-allyl-3,5-di-O-benzyl-2-O-phenoxythiocarbonyl-β-D-ribofuranosyl]-thymine 在 三正丁基氢锡 作用下， 以 甲苯 为溶剂， 反应 2.5h， 生成 (1R,3R,4R,5R,7S)-7-benzyloxy-1-benzyloxymethyl-5-methyl-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-bicyclo[2.2.1]heptane 、 (1R,3R,4R,5S,7S)-7-benzyloxy-1-benzyloxymethyl-5-methyl-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-bicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  五元和六元构象锁定 2',4'-碳环核糖胸苷：合成、结构和生化研究

  摘要：

  两个不寻常的反应，包括 5-己烯基或 6-庚烯基自由基环化在 C4' 的远距离双键和 C2' 的胸苷核呋喃糖环的自由基中心已被用作合成 North 型构象限制顺式的关键步骤高产率的 LNA（碳环-LNA-T）和 ENA（碳环-ENA-T）的稠合双环五元和六元碳环类似物。它们的结构已通过长程 1H-13C NMR 相关 (HMBC)、TOCSY、COSY 和 NOE 实验得到明确证实。随后将碳环-LNA-T 和碳环-ENA-T 掺入反义寡核苷酸 (AON) 中，以表明它们将修饰的 AON/RNA 异源双链的 Tm 提高了 3.5-5 摄氏度和 1.5 摄氏度/碳环修饰-LNA-T 和碳环-ENA-T，分别。而发现碳环-LNA-T、碳环-ENA-T、氮杂-ENA-T和LNA-T修饰的AON/RNA双链体的相对RNase H切割率与天然对应物非常相似，无论AON 链中的类型和位点修饰，与天然的相比，将碳环-LNA

  DOI：

  10.1021/ja071106y
• 作为产物：
  描述：

  (3aR,5R,6S,6aR)-6-(benzyloxy)-5-((benzyloxy)methyl)-2,2-dimethyl-5-vinyltetrahydrofuro[2,3-d][1,3]dioxole 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 正丁基锂 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 草酰氯 、 三氟甲磺酸 、 氨 、 溶剂黄146 、 二甲基亚砜 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 正己烷 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 2.75h， 生成 1-[4-C-allyl-3,5-di-O-benzyl-2-O-phenoxythiocarbonyl-β-D-ribofuranosyl]-thymine
  参考文献：
  名称：

  五元和六元构象锁定 2',4'-碳环核糖胸苷：合成、结构和生化研究

  摘要：

  两个不寻常的反应，包括 5-己烯基或 6-庚烯基自由基环化在 C4' 的远距离双键和 C2' 的胸苷核呋喃糖环的自由基中心已被用作合成 North 型构象限制顺式的关键步骤高产率的 LNA（碳环-LNA-T）和 ENA（碳环-ENA-T）的稠合双环五元和六元碳环类似物。它们的结构已通过长程 1H-13C NMR 相关 (HMBC)、TOCSY、COSY 和 NOE 实验得到明确证实。随后将碳环-LNA-T 和碳环-ENA-T 掺入反义寡核苷酸 (AON) 中，以表明它们将修饰的 AON/RNA 异源双链的 Tm 提高了 3.5-5 摄氏度和 1.5 摄氏度/碳环修饰-LNA-T 和碳环-ENA-T，分别。而发现碳环-LNA-T、碳环-ENA-T、氮杂-ENA-T和LNA-T修饰的AON/RNA双链体的相对RNase H切割率与天然对应物非常相似，无论AON 链中的类型和位点修饰，与天然的相比，将碳环-LNA

  DOI：

  10.1021/ja071106y

文献信息

• FIVE- AND SIX-MEMBERED CONFORMATIONALLY LOCKED 2',4'-CARBOCYCLIC RIBO-THYMIDINES FOR THE TREATMENT OF INFECTIONS AND CANCER
  申请人：Chattopadhyaya Jyoti

  公开号：US20100087387A1

  公开（公告）日：2010-04-08

  Compounds (1, 2, 3, 4) according to the formulae shown below: (Formula 1, 2, 3, 4). For General Formula1-4:N=1-Thyminyl,9-Adeninyl,9-Guaninyl,1-Cytosinyl, 5-methyl-1-cytosinyl, 5-trifluoromethyl-1-cytosinyl, 5-fluoro-1-cytosinyl, 5-fluoro-1-cytosinyl, 5-trifluoromethyl-1-Uracilyl or Formula (A) (12a/12b) wherein for 12a: n=1, Q=CH 3 (R) [5-membered carbocyclic with C7′ in R configuration], 12b: n=1, Q=CH 3 (S) [5-membered carbocyclic with C7′ in S configuration].

  根据下面所示的公式，化合物（1、2、3、4）：（公式1、2、3、4）。对于一般的公式1-4：N = 1-胸腺嘧啶基，9-腺嘌呤基，9-鸟嘌呤基，1-胞嘧啶基，5-甲基-1-胞嘧啶基，5-三氟甲基-1-胞嘧啶基，5-氟-1-胞嘧啶基，5-氟-1-胞嘧啶基，5-三氟甲基-1-尿嘧啶基或公式（A）（12a / 12b），其中对于12a：n = 1，Q = CH3（R）[C7'以R构型的5元环碳环]，12b：n = 1，Q = CH3（S）[C7'以S构型的5元环碳环]。
• Five- and six-membered conformationally locked 2′,4′-carbocyclic ribo-thymidines for the treatment of infections and cancer
  申请人：Chattopadhyaya Jyoti

  公开号：US08461124B2

  公开（公告）日：2013-06-11

  Conformationally locked 2′,4′-carbocylic nucleosides with improved thermal and nuclease stability are disclosed. Oligonucleotides incorporating the locked nucleosides, and methods of treating disease states, are also disclosed.

  本文披露了构象锁定的2′,4′-环状核苷酸，具有改善的热稳定性和核酸酶稳定性。同时，本文还披露了包含锁定核苷酸的寡核苷酸以及治疗疾病状态的方法。
• WO2008/111908
  申请人：——

  公开号：——

  公开（公告）日：——
• US8461124B2
  申请人：——

  公开号：US8461124B2

  公开（公告）日：2013-06-11
• Five- and Six-Membered Conformationally Locked 2‘,4‘-Carbocyclic <i>ribo</i>-Thymidines:  Synthesis, Structure, and Biochemical Studies
  作者：Puneet Srivastava、Jharna Barman、Wimal Pathmasiri、Oleksandr Plashkevych、Małgorzata Wenska、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1021/ja071106y

  日期：2007.7.1

  radical center at C2' of the ribofuranose ring of thymidine have been used as key steps to synthesize North-type conformationally constrained cis-fused bicyclic five-membered and six-membered carbocyclic analogues of LNA (carbocyclic-LNA-T) and ENA (carbocyclic-ENA-T) in high yields. Their structures have been confirmed unambiguously by long range 1H-13C NMR correlation (HMBC), TOCSY, COSY, and NOE experiments

  两个不寻常的反应，包括 5-己烯基或 6-庚烯基自由基环化在 C4' 的远距离双键和 C2' 的胸苷核呋喃糖环的自由基中心已被用作合成 North 型构象限制顺式的关键步骤高产率的 LNA（碳环-LNA-T）和 ENA（碳环-ENA-T）的稠合双环五元和六元碳环类似物。它们的结构已通过长程 1H-13C NMR 相关 (HMBC)、TOCSY、COSY 和 NOE 实验得到明确证实。随后将碳环-LNA-T 和碳环-ENA-T 掺入反义寡核苷酸 (AON) 中，以表明它们将修饰的 AON/RNA 异源双链的 Tm 提高了 3.5-5 摄氏度和 1.5 摄氏度/碳环修饰-LNA-T 和碳环-ENA-T，分别。而发现碳环-LNA-T、碳环-ENA-T、氮杂-ENA-T和LNA-T修饰的AON/RNA双链体的相对RNase H切割率与天然对应物非常相似，无论AON 链中的类型和位点修饰，与天然的相比，将碳环-LNA