[1,1-2H2]farnesyl diphosphate | 118655-72-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 异戊烯醇脂质
• 英文名称: [1,1-2H2]farnesyl diphosphate
• 英文别名: <1,1-(2)H2>farnesyl diphosphate；[(2E,6E)-1,1-dideuterio-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienyl] phosphono hydrogen phosphate
• CAS: 118655-72-4
• 化学式: C₁₅H₂₈O₇P₂
• 分子量: 384.315
• InChiKey: VWFJDQUYCIWHTN-DUYWUJRSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.6
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [1,1-2H2]farnesyl diphosphate 以 水 、 甘油 为溶剂， 反应 4.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Bergamotene biosynthesis and the enzymic cyclization of farnesyl pyrophosphate

  摘要：

  DOI：

  10.1021/ja00185a068
• 作为产物：
  描述：

  (2E,6E)-<1,1-²H2>-farnesol 在 N-氯代丁二酰亚胺 、 tris(tetra-n-butylammonium) hydrogen pyrophosphate 作用下， 生成 [1,1-2H2]farnesyl diphosphate
  参考文献：
  名称：

  青蒿素生物合成中的关键酶 amorpha-4,11-diene 合酶的环化机制。

  摘要：

  通过 amorpha-4,11-二烯合酶 (ADS) 将法呢基二磷酸环化为 amorpha-4,11-二烯，启动青蒿素的生物合成，青蒿素是临床上重要的抗疟药物前体。提出了三种可能的闭环机制，其中两种涉及红没药基碳阳离子中间体，然后是 1,3-氢化物转移或两个连续的 1,2-转移，另一种涉及锗烯基碳阳离子，并通过分析法呢基二磷酸的命运进行测试H-1 氢原子通过 (1)H 和 (2)H NMR 光谱。[1,1-(2)H(2)] 法呢基二磷酸的一个氘原子迁移到 amorpha-4,11-二烯的 H-10 中，挑出了具有 1,3-氢化物转变的红没药基碳正离子机制。通过与 (1R)- 和 (1S)-[1-(2)H] 法呢基二磷酸的酶反应获得了进一步的确认。结果表明，1R 化合物的氘保持在 H-6，而 1S 化合物的氘迁移到 amorpha-4,11-二烯的 H-10。当反应在 (2)H(2)O 中进行时，观察到一种氘在环化过程中并入

  DOI：

  10.1021/np050356u

文献信息

• Geosmin Biosynthesis. <i>Streptomyces coelicolor </i>Germacradienol/Germacrene D Synthase Converts Farnesyl Diphosphate to Geosmin
  作者：Jiaoyang Jiang、Xiaofei He、David E. Cane

  DOI：10.1021/ja062669x

  日期：2006.6.1

  diphosphate (2, FPP) in the presence of Mg2+ gave a mixture of (4S,7R)-germacra-1(10)E,5E-diene-11-ol (3) (74%), (-)-(7S)-germacrene D (4) (10%), geosmin (1) (13%), and a hydrocarbon, tentatively assigned the structure of octalin 5 (3%). Individual incubations of recombinant germacradienol synthase with [1,1-2H2]FPP (2a), (1R)-[1-2H]-FPP (2b), and (1S)-[1-2H]-FPP (2c), as well as with FPP (2) in D2O, and

  土臭素是造成潮湿土壤特有气味的原因。由革兰氏阳性土壤细菌天蓝色链霉菌的 SCO6073 (SC9B1.20) 基因编码的重组germacradienol 合酶与法呢基二磷酸 (2, FPP) 在 Mg2+ 存在下孵育，得到 (4S,7R)-germacra 的混合物-1(10)E,5E-diene-11-ol (3) (74%), (-)-(7S)-germacrene D (4) (10%), geosmin (1) (13%), 和一种碳氢化合物，暂定为八烷 5 (3%) 的结构。[1,1-2H2]FPP (2a)、(1R)-[1-2H]-FPP (2b) 和 (1S)-[1-2H]-FPP (2c) 与重组细菌二烯醇合酶的单独孵育，以及 D2O 中的 FPP (2)，
• Unveiling Biosynthesis of the Phytohormone Abscisic Acid in Fungi: Unprecedented Mechanism of Core Scaffold Formation Catalyzed by an Unusual Sesquiterpene Synthase
  作者：Junya Takino、Takuto Kozaki、Yoshiro Sato、Chengwei Liu、Taro Ozaki、Atsushi Minami、Hideaki Oikawa

  DOI：10.1021/jacs.8b08925

  日期：2018.10.3

  novel type of sesquiterpene synthase BcABA3 and its unprecedented three-step reaction mechanism involving two neutral intermediates, β-farnesene and allofarnesene. Database searches showed that BcABA3 has no homology with typical sesquiterpene synthases and that the homologous enzyme genes are found in more than 100 bacteria, suggesting that these enzymes form a new family of sesquiterpene synthases.

  脱落酸（ABA）是一种众所周知的调节非生物胁迫的植物激素。真菌产生的 ABA 也被认为是真菌病原体的毒力因子。尽管其在真菌中的生物合成途径是由一系列饲养实验提出的，但催化法呢基二磷酸到 α-亚亚乙基乙烷反应的酶仍有待确定。在这项工作中，我们确定了新型倍半萜烯合酶 BcABA3 及其前所未有的三步反应机制，涉及两种中性中间体，β-法呢烯和异法呢烯。数据库搜索表明，BcABA3与典型的倍半萜合酶没有同源性，在100多种细菌中发现了同源酶基因，表明这些酶形成了一个新的倍半萜合酶家族。
• Genome Mining in <i>Streptomyces avermitilis</i>: Cloning and Characterization of SAV_76, the Synthase for a New Sesquiterpene, Avermitilol
  作者：Wayne K. W. Chou、Immacolata Fanizza、Takuma Uchiyama、Mamoru Komatsu、Haruo Ikeda、David E. Cane

  DOI：10.1021/ja103087w

  日期：2010.7.7

  (S)-Mosher esters. The steady state kinetic parameters were k(cat) 0.040 +/- 0.001 s(-1) and K(m) 1.06 +/- 0.11 microM. Individual incubations of recombinant avermitilol synthase with [1,1-(2)H(2)]FPP (1a), (1S)-[1-(2)H]-FPP (1b), and (1R)-[1-(2)H]-FPP (1c) and NMR analysis of the resulting avermitilols supported a cyclization mechanism involving the loss of H-1(re) to generate the intermediate bicyclogermacrene

  由 Streptomyces avermtilis 的 sav76 基因编码的萜烯合酶在大肠杆菌中表达为 N 端-His(6)-标签蛋白，使用密码子优化的合成基因。在 Mg(2+) 存在下将重组蛋白 SAV_76 与二磷酸法呢酯 (1, FPP) 一起孵育得到一种新的倍半萜醇阿维醇 (2)，其结构和立体化学由 (1)H、 (13) C、COSY、HMQC、HMBC 和 NOESY NMR，以及少量的锗烯 A (3)、锗烯 B (4) 和绿萝 (5)。2 的绝对构型由相应的 (R)-和 (S)-Mosher 酯的 (1)H NMR 分析确定。稳态动力学参数是 k(cat) 0.040 + /-0.001 s(-1) 和 K(m) 1.06 + /-0.11 microM。[1,1-(2)H(2)]FPP (1a) 与重组阿维菌醇合酶的单独孵育，(1S)-[1-(2)H]-FPP (1b) 和
• Biosynthesis of (+)-cubenene and (+)-epicubenol by cell-free extracts of cultured cells of Heteroscyphus planus and cyclization of [2H]farnesyl diphosphates
  作者：Kensuke Nabeta、Kazuyoshi Kigure、Masaru Fujita、Tomomi Nagoya、Takehiro Ishikawa、Hiroshi Okuyama、Toshihide Takasawa

  DOI：10.1039/p19950001935

  日期：——

  The absolute stereochemistry of cubenene and epicubenol from cultured cells of Heteroscyphus planus was determined as both (+)-isomers by H-1 and C-13 NMR spectroscopy, GLC using a chiral capillary column, and optical rotations. Incubation of two geometrical isomers of deuteriated farnesyl diphosphate (FPP) with a cell-free extract from cultured cells indicated that both compounds were specifically formed from (2E,6E)-FPP. Gas-liquid chromatography-mass spectrometry (GLC-MS) and H-2 NMR analyses of(+)-cubenene and (+)-epicubenol generated from [1,1-H-2(2)]- and [6-H-2]-FPP confirmed the presence of 1,2- and 1,3-hydride shifts in their formation.
• Genome Mining in <i>Streptomyces </i><i>c</i><i>oelicolor</i>:  Molecular Cloning and Characterization of a New Sesquiterpene Synthase
  作者：Xin Lin、Russell Hopson、David E. Cane

  DOI：10.1021/ja061292s

  日期：2006.5.1

  The terpene synthase encoded by the SCO5222 (SC7E4.19) gene of Streptomyces coelicolor was cloned by PCR and expressed in Escherichia coli as an N-terminal-His6-tag protein. Incubation of the recombinant protein, SCO5222p, with farnesyl diphosphate (1, FPP) in the presence of Mg(II) gave a new sesquiterpene, (+)-epi-isozizaene (2), whose structure and stereochemistry were determined by a combination of 1H, 13C, COSY, HMQC, HMBC, and NOESY NMR. The steady-state kinetic parameters were kcat 0.049 +/- 0.001 s-1 and a Km (FPP) of 147 +/- 14 nM. Individual incubations of recombinant epi-isozizaene synthase with [1,1-2H2]FPP (1a), (1R)-[1-2H]-FPP (1b), and (1S)-[1-2H]-FPP (1c) and NMR analysis of the resulting deuterated epi-isozizaenes supported an isomerization-cyclization-rearrangement mechanism involving the intermediacy of (3R)-nerolidyl diphosphate (3).