methyl 2-N-methyl-(2-benzyloxy)acetamido-2-deoxy-3,4,6-tri-O-benzyl-β-D-glucopyranoside | 1398410-94-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: methyl 2-N-methyl-(2-benzyloxy)acetamido-2-deoxy-3,4,6-tri-O-benzyl-β-D-glucopyranoside
• 英文别名: N-[(2R,3R,4R,5S,6R)-2-methoxy-4,5-bis(phenylmethoxy)-6-(phenylmethoxymethyl)oxan-3-yl]-N-methyl-2-phenylmethoxyacetamide
• CAS: 1398410-94-0
• 化学式: C₃₈H₄₃NO₇
• 分子量: 625.762
• InChiKey: XFFUSHRTYWEWOQ-GEOORHAFSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  16
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.34
• 拓扑面积：
  75.7
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl 2-N-methyl-(2-benzyloxy)acetamido-2-deoxy-3,4,6-tri-O-benzyl-β-D-glucopyranoside 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 12.0h， 以82%的产率得到methyl 2-N-methyl-(2-hydroxy)acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranoside
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and evaluation of inhibitors of E. coli PgaB, a polysaccharide de-N-acetylase involved in biofilm formation

  摘要：

  许多在医学上具有重要意义的生物膜形成细菌会产生类似的多糖细胞间粘附素（PIA），由部分去 N-乙酰化的 β-（1 → 6）-N-乙酰葡糖胺聚合物（dPNAG）组成。在大肠杆菌中，β-(1→6)-N-乙酰葡糖胺聚合物（PNAG）的去 N-乙酰化作用是由碳水化合物酯酶家族 4 的去乙酰化酶 PgaB 催化的。PNAG 的去 N-乙酰化是 PNAG 依赖性生物膜形成的关键。在此，我们介绍了用于体外监测 PgaB 活性的荧光测定法的开发以及一系列 PgaB 抑制剂的合成。合成的抑制剂由氨基葡萄糖支架上的金属螯合官能团组成，靶向 PgaB 的活性位点金属离子。N-thioglycolyl amide（Ki = 480 μM）和 N-methyl-N-glycolyl amide（Ki = 320 μM）葡糖胺衍生物的抑制效果最佳。通过化学酶法合成 N-硫代甘氨酰酰胺 PNAG 五糖，得到了一种 Ki 值为 280 μM 的抑制剂。

  DOI：

  10.1039/c2ob26105g
• 作为产物：
  描述：

  methyl 2-(N-acetylamino)-3,4,6-tri-O-benzyl-2-deoxy-β-D-glucopyranoside 在 甲醇 、 4-二甲氨基吡啶 、 lithium aluminium tetrahydride 、 sodium methylate 、 三乙胺 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 32.0h， 生成 methyl 2-N-methyl-(2-benzyloxy)acetamido-2-deoxy-3,4,6-tri-O-benzyl-β-D-glucopyranoside
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and evaluation of inhibitors of E. coli PgaB, a polysaccharide de-N-acetylase involved in biofilm formation

  摘要：

  许多在医学上具有重要意义的生物膜形成细菌会产生类似的多糖细胞间粘附素（PIA），由部分去 N-乙酰化的 β-（1 → 6）-N-乙酰葡糖胺聚合物（dPNAG）组成。在大肠杆菌中，β-(1→6)-N-乙酰葡糖胺聚合物（PNAG）的去 N-乙酰化作用是由碳水化合物酯酶家族 4 的去乙酰化酶 PgaB 催化的。PNAG 的去 N-乙酰化是 PNAG 依赖性生物膜形成的关键。在此，我们介绍了用于体外监测 PgaB 活性的荧光测定法的开发以及一系列 PgaB 抑制剂的合成。合成的抑制剂由氨基葡萄糖支架上的金属螯合官能团组成，靶向 PgaB 的活性位点金属离子。N-thioglycolyl amide（Ki = 480 μM）和 N-methyl-N-glycolyl amide（Ki = 320 μM）葡糖胺衍生物的抑制效果最佳。通过化学酶法合成 N-硫代甘氨酰酰胺 PNAG 五糖，得到了一种 Ki 值为 280 μM 的抑制剂。

  DOI：

  10.1039/c2ob26105g

文献信息

• Synthesis and evaluation of inhibitors of E. coli PgaB, a polysaccharide de-N-acetylase involved in biofilm formation
  作者：Anthony Chibba、Joanna Poloczek、Dustin J. Little、P. Lynne Howell、Mark Nitz

  DOI：10.1039/c2ob26105g

  日期：——

  Many medically important biofilm forming bacteria produce similar polysaccharide intercellular adhesins (PIA) consisting of partially de-N-acetylated β-(1 → 6)-N-acetylglucosamine polymers (dPNAG). In Escherichia coli, de-N-acetylation of the β-(1 → 6)-N-acetylglucosamine polymer (PNAG) is catalysed by the carbohydrate esterase family 4 deacetylase PgaB. The de-N-acetylation of PNAG is essential for productive PNAG-dependent biofilm formation. Here, we describe the development of a fluorogenic assay to monitor PgaB activity in vitro and the synthesis of a series of PgaB inhibitors. The synthesized inhibitors consist of a metal chelating functional group on a glucosamine scaffold to target the active site metal ion of PgaB. Optimal inhibition was observed with N-thioglycolyl amide (Ki = 480 μM) and N-methyl-N-glycolyl amide (Ki = 320 μM) glucosamine derivatives. A chemoenzymatic synthesis of an N-thioglycolyl amide PNAG pentasaccharide led to an inhibitor with an improved Ki of 280 μM.

  许多在医学上具有重要意义的生物膜形成细菌会产生类似的多糖细胞间粘附素（PIA），由部分去 N-乙酰化的 β-（1 → 6）-N-乙酰葡糖胺聚合物（dPNAG）组成。在大肠杆菌中，β-(1→6)-N-乙酰葡糖胺聚合物（PNAG）的去 N-乙酰化作用是由碳水化合物酯酶家族 4 的去乙酰化酶 PgaB 催化的。PNAG 的去 N-乙酰化是 PNAG 依赖性生物膜形成的关键。在此，我们介绍了用于体外监测 PgaB 活性的荧光测定法的开发以及一系列 PgaB 抑制剂的合成。合成的抑制剂由氨基葡萄糖支架上的金属螯合官能团组成，靶向 PgaB 的活性位点金属离子。N-thioglycolyl amide（Ki = 480 μM）和 N-methyl-N-glycolyl amide（Ki = 320 μM）葡糖胺衍生物的抑制效果最佳。通过化学酶法合成 N-硫代甘氨酰酰胺 PNAG 五糖，得到了一种 Ki 值为 280 μM 的抑制剂。