3′,5′-O-(tert-butyldimethylsilyl)-1β-[2,4-dichloropyrimidine-5-yl]-1,2-dideoxy-D-ribofuranose | 1233209-70-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 英文名称: 3′,5′-O-(tert-butyldimethylsilyl)-1β-[2,4-dichloropyrimidine-5-yl]-1,2-dideoxy-D-ribofuranose
• 英文别名: 1β-(2,4-dichloropyrimidin-5-yl)-1,2-dideoxy-3,5-di-O(t-butyldimethylsilyl)-D-ribofuranose；tert-butyl-[[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(2,4-dichloropyrimidin-5-yl)oxolan-2-yl]methoxy]-dimethylsilane
• CAS: 1233209-70-5
• 化学式: C₂₁H₃₈Cl₂N₂O₃Si₂
• 分子量: 493.621
• InChiKey: ZOKNZWJOYRXMPW-IXDOHACOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.03
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  53.5
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3′,5′-O-(tert-butyldimethylsilyl)-1β-[2,4-dichloropyrimidine-5-yl]-1,2-dideoxy-D-ribofuranose 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 39.5h， 生成 5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-3′-O-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphino]-1β-[2-chloro-4-N-(3-iodo-2-phenoxyacetamidepyridine-5-yl)-pyrimidine-5-yl]-1,2-dideoxy-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  新型C-核苷类似物的开发，用于与包含TA和dUA碱基对的双链DNA形成反平行型三链DNA

  摘要：

  在基因组靶向领域中需要扩大三链DNA形成序列。基本上，三链体DNA是通过三链体形成寡核苷酸和高嘌呤区与靶双链体DNA之间的相互作用形成的。碱基对转化位点的存在妨碍稳定的三链体形成。为了克服该限制，必须开发一种人工核酸以识别碱基转化位点以及CG和TA碱基对。我们描述了C-核苷类似物的合成和三链体形成能力的评估。因此，组合使用新颖C-核苷类似物，AY - AY-d（Y-NH 2），AY-d（Y-C1）和我AP-d（Y-CL），能够识别双链DNA的包括TA或dUA碱基对。

  DOI：

  10.1039/d0ob00420k
• 作为产物：
  描述：

  {(2R,3S)-3-[(tert-butyldimethylsilyl)oxy]-2,3-dihydrofuran-2-yl}methanol 在 咪唑 、 palladium diacetate 、 三乙酰氧基硼氢化钠 、 溶剂黄146 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 silver carbonate 、 三(五氟苯基)膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 氯仿 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 24.16h， 生成 3′,5′-O-(tert-butyldimethylsilyl)-1β-[2,4-dichloropyrimidine-5-yl]-1,2-dideoxy-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  一般的区域选择性方法对2,4-二取代的嘧啶-5-基C-2-脱氧核糖核苷

  摘要：

  的多样2,4-二取代的嘧啶-5-基甲新的模块化合成Ç通过2,6-二氯嘧啶-5-基的区域选择性顺序反应-2'-脱氧核糖核苷Ç核苷被开发。通过将2，6-二氯-5-碘嘧啶与糖类进行Heck偶联，然后进行甲硅烷基化和还原来制备中间体。其轻度的亲核取代或交叉偶联反应在第4位区域选择性进行，而在高温或过量试剂的作用下，发生了双重取代。对2-氯-4-取代的中间体进行另一次取代或偶联，以得到各种2，4-二取代的嘧啶-5-基C -2-脱氧核糖核苷酸的二维文库。 核苷-交叉偶联-Heck反应-亲核芳族取代-区域选择性

  DOI：

  10.1055/s-0031-1289694

文献信息

• Synthesis of C-nucleoside analogues based on the pyrimidine skeleton for the formation of anti-parallel-type triplex DNA with a CG mismatch site
  作者：Ryotaro Notomi、Lei Wang、Takayuki Osuki、Hidenori Okamura、Shigeki Sasaki、Yosuke Taniguchi

  DOI：10.1016/j.bmc.2020.115782

  日期：2020.12

  The triplex DNA forming method is an attractive tool as a gene-targeting agent. Using artificial nucleoside analogues based on C-nucleoside, stable and selective triplex DNA can be formed in a specific region of duplex DNA, and its biotechnology applications will greatly expand. In this study, we designed and synthesized novel C-nucleoside analogues based on the pyrimidine skeleton, 3MeAP-d(Y-Cl) and

  三重DNA形成方法作为基因靶向剂是有吸引力的工具。使用基于C-核苷的人工核苷类似物，可以在双链体DNA的特定区域中形成稳定且选择性的三链体DNA，并且其生物技术应用将大大扩展。在这项研究中，我们设计和合成了基于嘧啶骨架，3Me AP-d（Y-Cl）和3Me的新型C-核苷类似物AP-d（YH），能够识别天然核苷无法识别的CG错配位点。将它们掺入寡核苷酸后，通过凝胶位移测定法评估其三链体形成能力。尽管它只是一个序列，即3'-GZG-5'序列，但与以前的核苷类似物相比，CG错配位点识别的稳定性大大提高了。
• Synthesis of 2,4-Disubstituted Pyrimidin-5-yl C-2′-Deoxyribonucleosides by Sequential Regioselective Reactions of 2,4-Dichloropyrimidine Nucleosides
  作者：Tomáš Kubelka、Lenka Slavětínská、Blanka Klepetářová、Michal Hocek

  DOI：10.1002/ejoc.201000164

  日期：2010.5

  A new modular synthesis of diverse 2,4-disubstituted pyrimidin-5-yl C-2′-deoxyribonucleosides by sequential regioselective reactions of 2,6-dichloropyrimidin-5-yl C-nucleosides was developed. The intermediate was prepared by the Heck coupling of 2,6-dichloro-5-iodopyrimidine with glycal followed by desilylation and reduction. Its mild nucleophilic substitutions or Fe-catalyzed cross-coupling with MeMgCl

  通过 2,6-二氯嘧啶-5-基 C-核苷的顺序区域选择性反应，开发了多种 2,4-二取代嘧啶-5-基 C-2'-脱氧核糖核苷的新模块合成。中间体通过 2,6-二氯-5-碘嘧啶与乙二醇的 Heck 偶联制备，然后脱甲硅烷基化和还原。其温和的亲核取代或与 MeMgCl 的 Fe 催化交叉偶联在位置 4 处区域选择性地进行，而在升高的温度或过量的 MeMgCl 下，发生双取代。2-氯-4-取代的中间体经过另一次取代或偶联得到2,4-二取代的衍生物。
• Development of novel C-nucleoside analogues for the formation of antiparallel-type triplex DNA with duplex DNA that includes TA and dUA base pairs
  作者：Yosuke Taniguchi、Yuya Magata、Takayuki Osuki、Ryotaro Notomi、Lei Wang、Hidenori Okamura、Shigeki Sasaki

  DOI：10.1039/d0ob00420k

  日期：——

  Expansion of the triplex DNA forming sequence is required in the genomic targeting fields. Basically, triplex DNA is formed by the interaction between the triplex-forming oligonucleotides and homo-purine region with the target duplex DNA. The presence of the base pair conversion sites hampers stable triplex formation. To overcome this limitation, it is necessary to develop an artificial nucleic acid

  在基因组靶向领域中需要扩大三链DNA形成序列。基本上，三链体DNA是通过三链体形成寡核苷酸和高嘌呤区与靶双链体DNA之间的相互作用形成的。碱基对转化位点的存在妨碍稳定的三链体形成。为了克服该限制，必须开发一种人工核酸以识别碱基转化位点以及CG和TA碱基对。我们描述了C-核苷类似物的合成和三链体形成能力的评估。因此，组合使用新颖C-核苷类似物，AY - AY-d（Y-NH 2），AY-d（Y-C1）和我AP-d（Y-CL），能够识别双链DNA的包括TA或dUA碱基对。
• A General Regioselective Approach to 2,4-Disubstituted Pyrimidin-5-yl C-2-Deoxyribonucleosides
  作者：Michal Hocek、Tomáš Kubelka、Lenka Slavětínská

  DOI：10.1055/s-0031-1289694

  日期：2012.3

  new modular synthesis of diverse 2,4-disubstituted pyrimidin-5-yl C-2′-deoxyribonucleosides by sequential regioselective reactions of 2,6-dichloropyrimidin-5-yl C-nucleoside was developed. The intermediate was prepared by the Heck coupling of 2,6-dichloro-5-iodopyrimidine with glycal followed by desilylation and reduction. Its mild nucleophilic substitutions or cross-coupling reactions proceeded regioselectively

  的多样2,4-二取代的嘧啶-5-基甲新的模块化合成Ç通过2,6-二氯嘧啶-5-基的区域选择性顺序反应-2'-脱氧核糖核苷Ç核苷被开发。通过将2，6-二氯-5-碘嘧啶与糖类进行Heck偶联，然后进行甲硅烷基化和还原来制备中间体。其轻度的亲核取代或交叉偶联反应在第4位区域选择性进行，而在高温或过量试剂的作用下，发生了双重取代。对2-氯-4-取代的中间体进行另一次取代或偶联，以得到各种2，4-二取代的嘧啶-5-基C -2-脱氧核糖核苷酸的二维文库。 核苷-交叉偶联-Heck反应-亲核芳族取代-区域选择性