{(2R,3S)-3-[(tert-butyldimethylsilyl)oxy]-2,3-dihydrofuran-2-yl}methanol | 181871-82-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二氢呋喃
• 英文名称: {(2R,3S)-3-[(tert-butyldimethylsilyl)oxy]-2,3-dihydrofuran-2-yl}methanol
• 英文别名: 3-O-(tert-butyldimethylsilyl)-1,2-didehydro-1,2-dideoxy-D-ribofuranose；[(2R,3S)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-2,3-dihydrofuran-2-yl]methanol
• CAS: 181871-82-9
• 化学式: C₁₁H₂₂O₃Si
• 分子量: 230.379
• InChiKey: YFEBVQGJASGUTI-VHSXEESVSA-N

物化性质

• 沸点：
  265.2±40.0 °C(Predicted)
• 密度：
  0.99±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.28
• 重原子数：
  15
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.82
• 拓扑面积：
  38.7
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  {(2R,3S)-3-[(tert-butyldimethylsilyl)oxy]-2,3-dihydrofuran-2-yl}methanol 在 氨 、 palladium diacetate 、 三乙酰氧基硼氢化钠 、 溶剂黄146 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 silver carbonate 、 三(五氟苯基)膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 氯仿 、 乙腈 为溶剂， 反应 178.16h， 生成 1β-(2-chloro-4-aminoyrimidin-5-yl)-1,2-dideoxy-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  一般的区域选择性方法对2,4-二取代的嘧啶-5-基C-2-脱氧核糖核苷

  摘要：

  的多样2,4-二取代的嘧啶-5-基甲新的模块化合成Ç通过2,6-二氯嘧啶-5-基的区域选择性顺序反应-2'-脱氧核糖核苷Ç核苷被开发。通过将2，6-二氯-5-碘嘧啶与糖类进行Heck偶联，然后进行甲硅烷基化和还原来制备中间体。其轻度的亲核取代或交叉偶联反应在第4位区域选择性进行，而在高温或过量试剂的作用下，发生了双重取代。对2-氯-4-取代的中间体进行另一次取代或偶联，以得到各种2，4-二取代的嘧啶-5-基C -2-脱氧核糖核苷酸的二维文库。 核苷-交叉偶联-Heck反应-亲核芳族取代-区域选择性

  DOI：

  10.1055/s-0031-1289694
• 作为产物：
  描述：

  3,5-双-o-(t-丁基二甲基甲硅烷基)胸腺嘧啶脱氧核苷 在 硫酸氢铵 、 四丁基氟化铵 、 六甲基二硅氮烷 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 5.5h， 生成 {(2R,3S)-3-[(tert-butyldimethylsilyl)oxy]-2,3-dihydrofuran-2-yl}methanol
  参考文献：
  名称：

  遗传密码扩展有利于生物物理研究中 RNA 的位置选择性标记

  摘要：

  大自然依赖于高保真度地读取和合成遗传密码。因此，与规范的 A-T 和 G-C 碱基对正交的核酸构件特别适合促进核酸的位置特异性标记。在这里，我们使用正交 kappa-黄苷碱基对进行标记 RNA 的体外转录。我们设计了一种改进的合成路线，在固相合成中获得 kappa 核苷脱氧形式的亚磷酰胺。通过该 DNA 模板，我们证明了体外转录过程中黄嘌呤核苷的可靠掺入。使用核磁共振波谱法，我们表明黄嘌呤核苷仅在 RNA 螺旋中引入微小的结构变化。我们还合成了一种可点击的 7-脱氮黄苷，它允许用荧光团或其他标签对转录的 RNA 分子进行位点特异性修饰。

  DOI：

  10.1002/chem.201904623

文献信息

• 2,6‐Dimercuriphenol as a Bifacial Dinuclear Organometallic Nucleobase
  作者：Dattatraya Uttam Ukale、Tuomas Lönnberg

  DOI：10.1002/anie.201809398

  日期：2018.12.3

  HgII‐mediated base triples with adenine, cytosine, and thymine (or uracil) in solution as well as within a triple‐helical oligonucleotide. A single HgII‐mediated base triple between 2,6‐dimercuriphenol and two thymines increased both Hoogsteen and Watson–Crick melting temperatures of a 15‐mer pyrimidine⋅purine*pyrimidine triple helix by more than 10 °C relative to an unmodified triple helix of the same length

  已经合成了一个以2,6-二巯基苯酚为碱基部分的C-核苷，并将其掺入到寡核苷酸中。NMR和UV熔解实验揭示了这种双面有机金属核碱基能够与溶液中以及三螺旋寡核苷酸中的腺嘌呤，胞嘧啶和胸腺嘧啶（或尿嘧啶）形成稳定的由Hg II介导的双核Hg II介导的碱基三元组。单汞II介导的2,6-二巯基苯酚和两个胸腺嘧啶之间的碱基三元组相对于相同长度的未修饰三元组螺旋，使15-元嘧啶·嘌呤*嘧啶三元组螺旋的Hoogsteen和Watson-Crick熔化温度均提高了10°C 。这种新颖的结合模式可用于靶向某些致病性核酸以及DNA纳米技术。
• Synthesis of Nucleoside Derivatives of <i>N</i>-Acetyl-7-nitroindoline, Their Incorporation into the DNA Oligomer, and Evaluation of Their Photoreactivity in the DNA/RNA Duplex
  作者：Kenji Kikuta、Jan Barta、Yosuke Taniguchi、Shigeki Sasaki

  DOI：10.1248/cpb.c20-00594

  日期：2020.12.1

  oligodeoxynucleotides, and their photo-reactivities toward the complementary RNA were evaluated. The acetyl group of 1 was photo-activated to form the deacelylated nitroso derivative without affecting the RNA strand. The photoreaction with 2 suggested acetylation of the RNA strand. In contrast, compound 3 formed the photo-cross-linked adduct with the RNA. These results have shown the potential application of N-acetyl-7-nitroindoline

  N-乙酰基-7-硝基二氢吲哚具有特征性反应，其乙酰基被光激活以乙酰化胺以形成酰胺。在这项研究中，Ñ -乙酰基-7-硝基二氢吲哚部分在3-位或5-位或甘油单元连接到2'-脱氧核糖部分在通过乙烯接头（3-位1，2，和3）。将它们掺入寡脱氧核苷酸中，并评估它们对互补RNA的光反应性。的乙酰基1是光活化以形成deacelylated亚硝基衍生物，而不会影响RNA链。与2的光反应建议RNA链的乙酰化。相反，化合物3与RNA形成光交联的加合物。这些结果表明了N-乙酰基-7-硝基二氢吲哚单元在水溶液中的潜在应用。 图形抽象全尺寸图像
• An Isosteric and Fluorescent DNA Base Pair Consisting of 4-aminophthalimide and 2,4-diaminopyrimidine as C-Nucleosides
  作者：Marcus Merkel、Lars Dehmel、Nikolaus P. Ernsting、Hans-Achim Wagenknecht

  DOI：10.1002/anie.201608712

  日期：2017.1.2

  A 13mer DNA duplex containing the artificial 4‐aminophthalimide:2,4‐diaminopyrimidine (4AP:DAP) base pair in the central position was characterized by optical and NMR spectroscopy. The fluorescence of 4AP in the duplex has a large Stokes shift of Δλ=124 nm and a quantum yield of ΦF=24 %. The NMR structure shows that two interstrand hydrogen bonds are formed and confirms the artificial base pairing

  通过光学和NMR光谱分析了一个13mer DNA双链体，该双链体在中心位置包含人工4-氨基邻苯二甲酰亚胺：2,4-二氨基嘧啶（4AP：DAP）碱基对。4AP的在双面的荧光具有Δ的斯托克斯频移大λ = 124 nm和的量子产率Φ ˚F = 24％。NMR结构表明形成了两个链间氢键并证实了人工碱基配对。相反，4- N，N-二甲基氨基邻苯二甲酰亚胺部分更喜欢合成DNA中的构象。该生色团在DNA中的荧光强度非常低，并且NMR结构与DAP没有明显的相互作用。用DNA聚合酶进行引物延伸实验表明，不仅4AP C核苷酸掺入了模板中DAP相对的所需位置，而且聚合酶也能够越过该位置得到全长产物。观察到的选择性支持NMR结果。
• Synthesis of 4-Aminophthalimide and 2,4-Diaminopyrimidine <i>C</i>-Nucleosides as Isosteric Fluorescent DNA Base Substitutes
  作者：Michael Weinberger、Falko Berndt、Rainer Mahrwald、Nikolaus P. Ernsting、Hans-Achim Wagenknecht

  DOI：10.1021/jo302768f

  日期：2013.3.15

  be further processed to the corresponding phosphoramidite as DNA building blocks that allow incorporation of these chromophores as artificial DNA bases by automated DNA synthesis. The combination of the poor stacking properties of 1 and the hydrogen bonding interface at the phthalimide functionality that does not fit to any of natural DNA bases in the counterstrand yields destabilization of the duplex

  4 aminophthalimide C-核苷1被设计为一个等量DNA碱基替代，以及合成路线核苷1与2,4-二氨基嘧啶-C-核苷一起2作为一个潜在的counterbase被制定。两种合成途径中的关键步骤均代表与2'-脱氧核糖呋喃糖苷糖基的立体选择性Heck型钯催化的交叉偶联，然后由NaBH（OAc）3进行立体选择性还原。核苷1在高极性和具有氢键合能力的溶剂中显示出溶剂化荧光色行为和明显的红移荧光。核苷1和2可以进一步加工成相应的亚磷酰胺作为DNA构建基块，从而可以通过自动DNA合成将这些生色团作为人工DNA碱基掺入。1的较差堆积特性和邻苯二甲酰亚胺官能团上的氢键键合界面（不适合反链中的任何天然DNA碱基）的组合会导致双链体在4-11°C时不稳定。代表性双链DNA中1的荧光特征是较大的斯托克斯位移和约12％的量子产率。考虑到发色团的尺寸非常小，这些都是非凡的光学性质，表明这些核苷类似物在荧光DNA分析和成像中具有很高的潜力。
• Synthesis of 2,6-disubstituted pyridin-3-yl C-2′-deoxyribonucleosides through chemoselective transformations of bromo-chloropyridine C-nucleosides
  作者：Tomáš Kubelka、Lenka Slavětínská、Václav Eigner、Michal Hocek

  DOI：10.1039/c3ob40774h

  日期：——

  2-Bromo-6-chloro- and 6-bromo-2-chloropyridin-3-yl deoxyribonucleosides were prepared by the Heck coupling of bromo-chloro-iodopyridines with TBS-protected deoxyribose glycal. Some of their Pd-catalyzed cross-coupling reactions proceeded chemoselectively at the position of the bromine, whereas nucleophilic substitutions were unselective and gave mixtures of products. The mono-substituted intermediates were used for another coupling or nucleophilic substitution giving rise to a small library of title 2,6-disubstituted pyridine C-deoxyribonucleosides. The title nucleosides did not exert antiviral or cytostatic effects.

  通过溴-氯-碘吡啶与 TBS 保护的脱氧核糖糖醛的赫克偶联，制备了 2-溴-6-氯和 6-溴-2-氯吡啶-3-基脱氧核苷。其中一些钯催化的交叉耦合反应在溴的位置上进行化学选择性反应，而亲核取代反应则是非选择性的，得到的产物是混合物。单取代中间体被用于另一种偶联或亲核取代，从而产生了一个小型的 2,6-二取代吡啶 C-脱氧核苷库。标题核苷不具有抗病毒或细胞抑制作用。