N-(2'-deoxy-β-D-erythropentofuranosyl) formamide | 57609-73-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: N-(2'-deoxy-β-D-erythropentofuranosyl) formamide
• 英文别名: N-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]formamide
• CAS: 57609-73-1
• 化学式: C₆H₁₁NO₄
• 分子量: 161.158
• InChiKey: XMKVMFPSKVZMDZ-KVQBGUIXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1
• 重原子数：
  11
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.83
• 拓扑面积：
  78.8
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(2'-deoxy-β-D-erythropentofuranosyl) formamide 在 吡啶 、 N-甲基咪唑 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-ribofuranosyl-N-formamide-3-O-<(2-chlorophenyl)-(2-cyanoethyl)-phosphate>
  参考文献：
  名称：

  Chemical Synthesis and Properties of an Oligodeoxyribonucleotide Containing a 2-Deoxyribosylformamide Residue.

  摘要：

  为了阐明含有2-去氧核糖酰胺残基（dF）的DNA的构象特性，采用标准固相磷酸三酯法合成了一种在核苷酸序列特定位置包含该无基残基的寡脱氧核糖核酸。合成的寡核苷酸在常规的碱性和酸性条件下进行了去保护。通过离子喷雾质谱法确认了寡聚物中dF残基的存在。研究发现，dF残基显著影响DNA双链的稳定性，此结论是通过dF含量双链的熔融行为得出的。

  DOI：

  10.1248/cpb.41.961
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 吡啶 、 sodium periodate 、 溴 作用下， 生成 N-(2'-deoxy-β-D-erythropentofuranosyl) formamide
  参考文献：
  名称：

  Cadet, J.; Nardin, R.; Voituriez, L., Canadian Journal of Chemistry, 1981, vol. 59, p. 3313 - 3318

  摘要：

  DOI：

文献信息

• The reactions of thymine and thymidine with ozone
  作者：Roman Flyunt、Jacob A. Theruvathu、Achim Leitzke、Clemens von Sonntag

  DOI：10.1039/b204067k

  日期：2002.8.27

  The ozonolysis of thymine and thymidine has been investigated by a product study complemented by kinetic studies using spectrophotometry, conductometry and stopped-flow with optical and conductometric detection. Material balance has been obtained. Ozonolysis of thymine (k = 3.4 × 104 dm3 mol−1 s−1) leads to the formation of the acidic (pKa = 4) hydroperoxide 1-hydroperoxymethylene-3-(2-oxopropanoyl)urea 5 (∼34%), neutral hydroperoxides (possibly mainly 1-hydroperoxyhydroxymethyl-3-(2-oxopropanoyl)urea 6, total ∼41%) and H2O2 (25%, with corresponding formation of 1-formyl-5-hydroxy-5-methylhydantoin 11). The organic hydroperoxides decay (∼1.1 × 10−3 s−1 at 20 °C, 1.3 × 10−4 s−1 at 3 °C) releasing formic acid (formation of 5-hydroperoxy-5-methylhydantoin 18) and also to some extent H2O2 (and 11). After 100 min, the formic acid yield is 75%. Upon treatment at high pH, it increases to 100%. Reduction of the organic hydroperoxides with bis(2-hydroxyethyl) sulfide (k = 50 dm3 mol−1 s−1) leads to 11 whose subsequent treatment with base yields 5-hydroxy-5-methylhydantoin 13 in 100% yield. It is suggested that the Criegee ozonide formed upon reaction with ozone at the C(5)–C(6) double bond opens heterolytically in two directions with subsequent opening of the C(5)–C(6) bond. In the preferred route (75%), the positive charge resides at C(6). Deprotonation at N(1) gives rise to 5, while its reaction with water yields 6. Loss of formic acid yields 5-hydroperoxy-5-methylhydantoin 18. Reduction of 5 and 6 with the sulfide yields 11. In the minor route (25%), the positive charge remains at C(5) followed by a reaction with water. The resulting α-hydroxy hydroperoxide rapidly loses H2O2 (formation of 11). In basic solution, singlet dioxygen is formed (8%). The concomitant product, 5,6-dihydroxy-5,6-dihydrothymine has been detected. In the ozonolysis of thymidine, the rapid formation of conductance (k = 0.55 s−1) is due to the release of acetic acid (18%). In this reaction a short-lived hydroperoxide is destroyed. As a consequence of this, 25 s after ozonolysis the total hydroperoxide yield is only ∼78% (including 8% H2O2). The products corresponding to acetic acid are suggested to be CO2 and N-(2-deoxy-β-D-erythropentofuranosyl)formylurea 22. A number of organic hydroperoxides have been detected by HPLC by post-column derivatisation with iodide. An acidic hydroperoxide such as 5 in the case of thymine is not among the products. Upon sulfide reduction, the organic hydroperoxides yield mainly (43–50%) N1-(2-deoxy-β-D-erythropentofuranosyl)-5-hydroxy-5-methylhydantoin 23. The reasons for some striking differences in the ozonolyses of thymine and thymidine are discussed.

  胸腺嘧啶和胸腺嘧啶脱氧核苷的臭氧化反应已通过产物研究和利用分光光度法、电导法和带有光学和电导检测的停流技术的动力学研究得到补充。得到了物料平衡。胸腺嘧啶（k= 3.4 × 104 dm3 mol−1 s−1）的臭氧化反应导致形成酸性（pKa= 4）氢过氧化物1-羟过氧亚甲基-3-（2-氧丙酰基）脲5（约34%）、中性氢过氧化物（可能主要是1-羟过氧羟甲基-3-（2-氧丙酰基）脲6，总计约41%）和H2O2（25%，相应地形成1-甲酰基-5-羟基-5-甲基乙内酰脲11）。有机氢过氧化物衰减（20 °C下约为1.1 × 10−3 s−1，3 °C下为1.3 × 10−4 s−1），释放甲酸（形成5-羟过氧-5-甲基乙内酰脲18），也在一定程度上释放H2O2（和11）。100分钟后，甲酸产率为75%。在碱性高pH条件下处理后，产率增加到100%。用二（2-羟乙基）硫醚（k= 50 dm3 mol−1 s−1）还原有机氢过氧化物，产生11，其后续在碱性条件下的处理以100%的产率得到5-羟基-5-甲基乙内酰脲13。提出的机理是，在C(5)-C(6)双键与臭氧反应形成的Criegee臭氧化物在两个方向上异裂开环，随后C(5)-C(6)键断裂。在优先的路径（75%）中，正电荷位于C(6)。在N(1)处去质子化产生5，而其与水的反应产生6。失去甲酸形成5-羟过氧-5-甲基乙内酰脲18。用硫醚还原5和6产生11。在次要路径（25%）中，正电荷保持在C(5)，然后与水反应。产生的α-羟基氢过氧化物迅速失去H2O2（形成11）。在碱性溶液中，形成单线态双氧（8%）。同时产物5,6-二羟基-5,6-二氢胸腺嘧啶已被检测到。在胸腺嘧啶脱氧核苷的臭氧化反应中，快速形成的电导（k= 0.55 s−1）是由于释放乙酸（18%）。在这个反应中，一种短寿命的氢过氧化物被破坏。因此，臭氧化反应25秒后，总氢过氧化物产率仅为约78%（包括8% H2O2）。与乙酸对应的产物被认为是CO2和N-(2-脱氧-β-D-赤藓糖戊糖基)甲酰脲22。通过碘化物的柱后衍生化，通过HPLC检测到多种有机氢过氧化物。像胸腺嘧啶中的5这样的酸性氢过氧化物不在产物之列。用硫醚还原时，有机氢过氧化物主要（43-50%）产生的为N1-(2-脱氧-β-D-赤藓糖戊糖基)-5-羟基-5-甲基乙内酰脲23。讨论了胸腺嘧啶和胸腺嘧啶脱氧核苷臭氧化反应中一些显著差异的原因。
• Radiation-induced binding of 2,2,6,6-tetramethyl-1,4-piperidone-<i>N</i>-oxyl to thymidine in oxygen-free aqueous solutions. Isolation and characterization of the adducts
  作者：Maurice Berger、Jean Cadet、Jacques Ulrich

  DOI：10.1139/v85-002

  日期：1985.1.1

  Steady-state γ-radiolysis of deaerated aqueous solutions of thymidine has been carried out in the presence of 2,2,6,6-tetramethyl-1,4-piperidone-N-oxyl (TAN), a well-known radiosensitizing agent. The eight main radiation-induced TAN addition products to thymidine have been isolated and characterized by 1H and 13C nmr, cd, and fast-atom bombardment mass spectrometry measurements.

  已在 2,2,6,6-四甲基-1,4-哌啶酮-N-氧基 (TAN)（一种众所周知的放射增敏剂）存在下对脱气的胸苷水溶液进行稳态 γ-辐射分解。胸苷的八种主要辐射诱导的 TAN 加成产物已被分离出来，并通过 1H 和 13C nmr、cd 和快速原子轰击质谱测量进行表征。
• Hydroxyl-Radical-Induced Decomposition of 2‘-Deoxycytidine in Aerated Aqueous Solutions
  作者：J. Richard Wagner、Chantal Decarroz、Maurice Berger、Jean Cadet

  DOI：10.1021/ja982461e

  日期：1999.5.1

  The stable products resulting from γ-irradiation of 2‘-deoxycytidine in aerated aqueous solutions have been purified to homogeneity and characterized by MS and NMR analyses. The main group of products, which are similar in structure to those that arise from the •OH-mediated decomposition of thymidine, included four diastereomers of 5,6-dihydroxy-5,6-dihydro-2‘-deoxyuridine (2−5), 5-hydroxy-2‘-deoxycytidine

  由 2'-脱氧胞苷在充气水溶液中的 γ-辐照产生的稳定产物已被纯化至均一，并通过 MS 和 NMR 分析进行表征。主要产品组在结构上与由 •OH 介导的胸苷分解产生的产品相似，包括 5,6-二羟基-5,6-二氢-2'-脱氧尿苷 (2-5) 的四种非对映异构体, 5-羟基-2'-脱氧胞苷 (6)、N1-(2-脱氧-β-d-赤型-戊呋喃糖基)-5-羟基乙内酰脲 (7 和 8) 和 N1-(2-脱氧-β) 的两种非对映异构体-d-赤型-戊呋喃糖基）甲酰胺（9）。这些产物可能通过中间体 5(6)-羟基-6(5)-过氧自由基或相应的氢过氧化物形成。在标记实验中，18O2 被掺入到产品 2-9 中，其中大约 30% 的标记位于 C5，60% 位于 C6。在充气水溶液中 2'-脱氧胞苷的 γ-辐照中观察到了几种其他产物。它们包括缩二脲 (10-13) 的四种异构核苷、N1-(2-脱氧-β-d-赤型-pe
• Cadet, J.; Voituriez, L.; Berger, M., Zeitschrift fur Naturforschung, Teil B: Anorganische Chemie, Organische Chemie, 1983, vol. 38, # 12, p. 1643 - 1651
  作者：Cadet, J.、Voituriez, L.、Berger, M.、Myers, L. S., (Jr.)

  DOI：——

  日期：——
• Girault, I.; Molko, D.; Cadet, J., Journal de Chimie Physique et de Physico-Chimie Biologique, 1993, vol. 90, # 4, p. 863 - 870
  作者：Girault, I.、Molko, D.、Cadet, J.

  DOI：——

  日期：——