(1S,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(2-N-isobutyrylguanin-9-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane | 212970-86-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: (1S,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(2-N-isobutyrylguanin-9-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
• 英文别名: 3'O-benzyl-2'-O,4'-C-methylene-N2-isobutyrylguanosine；N-[9-[(1S,3R,4R,7S)-1-(hydroxymethyl)-7-phenylmethoxy-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-3-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 212970-86-0
• 化学式: C₂₂H₂₅N₅O₆
• 分子量: 455.47
• InChiKey: KQZLWYOPMVFLBN-HRSBRNJNSA-N

物化性质

• 熔点：
  228-229 °C(Solv: ethyl ether (60-29-7))
• 密度：
  1.57±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.1
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  136
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1S,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(2-N-isobutyrylguanin-9-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane 在 palladium on activated charcoal 甲酸 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 5.0h， 以80%的产率得到(1S,3R,4R,7S)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-3-(2-N-isobutyrylguanin-9-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  通往2'-O，4'-C-亚甲基连接的双环核糖核苷（锁定核酸）的简便有效途径。

  摘要：

  描述了一种合成锁核酸（LNA）单体的新型有效方法。通过聚合合成制备了含有胸腺嘧啶，4-N-乙酰基和4-N-苯甲酰基胞嘧啶，6-N-苯甲酰腺嘌呤和2-N-异丁酰鸟嘌呤作为核碱基的LNA 5'，3'-二醇。该方法基于使用常见的糖中间体1,2-二-O-乙酰基-3-O-苄基-4-C-甲磺酰氧基甲基-5-O-甲磺酰-D-赤型戊呋喃糖（8）可以从D-葡萄糖以克数制得。使用改良的Vorbrüggen程序将四个不同的核碱基立体选择性地偶联到8个核碱基上，得到相应的4'-C-支链核苷衍生物。随后的闭环提供了受保护的LNA核苷。使用苯甲酸钠通过亲核取代有效地置换了5'-O-甲磺酰基。将5'-苯甲酸酯皂化，然后催化除去3'-O-苄基，得到游离的LNA二醇。腺苷和胞苷的环外氨基被选择性地酰化，得到4-N-乙酰基或4-N-苯甲酰基-LNA-C和6-N-苯甲酰基-LNA-A。在制备2-N-异丁酰基-LNA-G期间，鸟

  DOI：

  10.1021/jo010732p
• 作为产物：
  描述：

  N-(6,7-二氢-6-氧代-1H-嘌呤-2-基)-2-甲基丙酰胺 在 sodium hydroxide 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 作用下， 以 吡啶 、 乙醇 、 1,2-二氯乙烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 7.0h， 生成 (1S,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(2-N-isobutyrylguanin-9-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  通往2'-O，4'-C-亚甲基连接的双环核糖核苷（锁定核酸）的简便有效途径。

  摘要：

  描述了一种合成锁核酸（LNA）单体的新型有效方法。通过聚合合成制备了含有胸腺嘧啶，4-N-乙酰基和4-N-苯甲酰基胞嘧啶，6-N-苯甲酰腺嘌呤和2-N-异丁酰鸟嘌呤作为核碱基的LNA 5'，3'-二醇。该方法基于使用常见的糖中间体1,2-二-O-乙酰基-3-O-苄基-4-C-甲磺酰氧基甲基-5-O-甲磺酰-D-赤型戊呋喃糖（8）可以从D-葡萄糖以克数制得。使用改良的Vorbrüggen程序将四个不同的核碱基立体选择性地偶联到8个核碱基上，得到相应的4'-C-支链核苷衍生物。随后的闭环提供了受保护的LNA核苷。使用苯甲酸钠通过亲核取代有效地置换了5'-O-甲磺酰基。将5'-苯甲酸酯皂化，然后催化除去3'-O-苄基，得到游离的LNA二醇。腺苷和胞苷的环外氨基被选择性地酰化，得到4-N-乙酰基或4-N-苯甲酰基-LNA-C和6-N-苯甲酰基-LNA-A。在制备2-N-异丁酰基-LNA-G期间，鸟

  DOI：

  10.1021/jo010732p

文献信息

• Synthesis of [2.2.1]bicyclo nucleosides
  申请人：Exiqon A/S

  公开号：US20030092905A1

  公开（公告）日：2003-05-15

  A synthesis of [2.2.1]bicyclo nucleosides which is shorter and provides higher overall yields proceeds via the key intermediate of the general formula III, wherein R 4 and R 5 are, for instance, sulfonates and R 7 is, for instance, a halogen or an acetate. From compounds of the general formula II, such as 3-O-aryl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-&agr;-D-ribofuranose, intermediates of the general formula III are suitable for coupling with silylated nucleobases. Upon one-pot base-induced ring-closure and desulfonation of the formed [2.2.1]bicyclo nucleoside, a short route to each the LNA (Locked Nucleic Acid) derivatives of adenosine, cytosine, uridine, thymidine and guanidine is demonstrated. The use of the 5′-sulfonated ring-closed intermediate also allows for synthesis of 5′-amino- and thio-LNAs. 1

  通过通式III的关键中间体进行合成[2.2.1]双环核苷，该方法较短且提供更高的总收率，其中R4和R5例如为磺酸盐，R7例如为卤素或醋酸盐。从通式II的化合物，例如3-O-芳基-4-C-羟甲基-1,2-O-异丙基亚-D-核糖，通式III的中间体适用于与硅化核苷碱进行偶联。通过一锅法碱催化环闭合和去磺酸化形成的[2.2.1]双环核苷，演示了腺嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶和鸟嘌呤的LNA（锁定核酸）衍生物的短路线。使用5'-磺酸化环闭合中间体还允许合成5'-氨基和硫代-LNA。
• Novel bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue
  申请人：Takeshi IMANISHI

  公开号：US20030105309A1

  公开（公告）日：2003-06-05

  An oligo- or polynucleotide analogue having one or more structures of the general formula 1 where B is a pyrimidine or purine nucleic acid base, or an analogue thereof, is disclosed. The use of this analogue provides an oligonucleotide analogue antisense molecule, which is minimally hydrolyzable with an enzyme in vivo, has a high sense strand binding ability, and is easily synthesized.

  本发明公开了一种具有下列通式1中一种或多种结构的寡核苷酸或多核苷酸类似物，其中B是嘧啶或嘌呤核酸碱基或其类似物。该类似物的使用提供了一种寡核苷酸类似物反义分子，该反义分子在体内最小限度地被酶水解，具有高的正链结合能力，并且易于合成。
• Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue
  申请人：Imanishi Takeshi

  公开号：US06770748B2

  公开（公告）日：2004-08-03

  An oligo- or polynucleotide analogue having one or more structures of the general formula where B is a pyrimidine or purine nucleic acid base, or an analogue thereof, is disclosed. The use of this analogue provides an oligonucleotide analogue antisense molecule, which is minimally hydrolyzable with an enzyme in vivo, has a high sense strand binding ability, and is easily synthesized.

  本发明揭示了一种具有下列一种或多种结构的寡核苷酸或多核苷酸类似物，其中B是嘧啶或嘌呤核酸碱基或其类似物。使用该类似物提供了一种寡核苷酸类似物反义分子，该分子在体内最小限度水解，并具有高的正链结合能力，易于合成。
• Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogues
  申请人：Takeshi Imanishi

  公开号：US06268490B1

  公开（公告）日：2001-07-31

  An oligo- or polynucleotide analogue having one or more structures of the general formula where B is a pyrimidine or purine nucleic acid base, or an analogue thereof, is disclosed. The use of this analogue provides an oligonucleotide analogue antisense molecule, which is minimally hydrolyzable with an enzyme in vivo, has a high sense strand binding ability, and is easily synthesized.

  本发明揭示了一种具有一种或多种结构的寡核苷酸或多核苷酸类似物，其中B是嘧啶或嘌呤核酸碱基或其类似物的一般公式。使用这种类似物可以提供一种寡核苷酸类似物反义分子，它在体内与酶的最小水解能力，具有高的正链结合能力，并且易于合成。
• Synthesis of [2.2.1]bicyclo nucleosides
  申请人：Exiqon A/S

  公开号：US06639059B1

  公开（公告）日：2003-10-28

  A synthesis of [2.2.1]bicyclo nucleosides which is shorter and provides higher overall yields proceeds via the key intermediate of the general formula III, wherein R4 and R5 are, for instance, sulfonates and R7 is, for instance, a halogen or an acetate. From compounds of the general formula II, such as 3-O-aryl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-&agr;-D-ribofuranose, intermediates of the general formula III are suitable for coupling with silylated nucleobases. Upon one-pot base-induced ring-closure and desulfonation of the formed [2.2.1]bicyclo nucleoside, a short route to each the LNA (Locked Nucleic Acid) derivatives of adenosine, cytosine, uridine, thymidine and guanidine is demonstrated. The use of the 5′-sulfonated ring-closed intermediate also allows for synthesis of 5′-amino- and thio-LNAs.

  通过通用式III的关键中间体进行合成，该合成方法可制得较短且总收率较高的[2.2.1]双环核苷。在通用式II化合物（例如3-O-芳基-4-C-羟甲基-1,2-O-异丙基亚-D-核糖）的基础上，通用式III的中间体适合与硅化核碱基耦合。在一锅法碱诱导的环闭合和去磺酸化反应中，形成的[2.2.1]双环核苷可快速合成腺嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶和鸟嘌呤的LNA（锁定核酸）衍生物。使用5'-磺酸化的环闭合中间体还允许合成5'-氨基和硫代-LNA。