N-苯甲酰基-2'-O-[(2-硝基苯基)甲基]腺苷 | 64481-97-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 中文名称: N-苯甲酰基-2'-O-[(2-硝基苯基)甲基]腺苷
• 英文名称: 2'-O-(o-nitrobenzyl)-N-benzoyladenosine
• 英文别名: N⁶-benzoyl-O^2'-(2-nitro-benzyl)-adenosine；2'O-(o-Nitrobenzyl)-N-benzoyladenosin；N-Benzoyl-2'-O-[(2-nitrophenyl)methyl]adenosine；N-[9-[(2R,3R,4R,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-3-[(2-nitrophenyl)methoxy]oxolan-2-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 64481-97-6
• 化学式: C₂₄H₂₂N₆O₇
• 分子量: 506.475
• InChiKey: WYVXHDJTVMJDLP-AGFSROSKSA-N

物化性质

• 密度：
  1.60

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.8
• 重原子数：
  37
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.25
• 拓扑面积：
  177
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-苯甲酰基-2'-O-[(2-硝基苯基)甲基]腺苷 、 4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 吡啶 、 亚磷酸二苯酯 作用下， 生成
  参考文献：
  名称：

  由发夹核酶中的核碱基介导的一般酸碱催化

  摘要：

  发夹核酶加速 RNA 磷酸二酯骨架裂解或连接的催化机制尚未完全了解。有实验证据表明腺嘌呤 (A38) 和鸟嘌呤 (G8) 具有重要作用，并且已经提出它们在一般的酸碱催化中起作用。在这项工作中，我们表明用嘌呤 (A38P) 取代 A38 时裂解速率的大幅降低可以通过用硫 (5'-PS) 取代易裂磷酸盐上的 5'-氧原子来逆转，这是一个很大的最好离开小组。这与 A38 作为未修饰核酶中的一般酸一致。A38P 核酶对 5'-PS 底物的切割速率随 pH 对数线性增加，表明需要具有相对较高 pK(a) 的去质子化碱基。在用二氨基嘌呤取代 G8 时，5'-PS 底物裂解率首先随 pH 值增加，然后保持在一个高原，表现出明显的 pK(a)，与此核苷酸在一般碱催化中的作用一致。讨论了发夹核酶反应性的 pH 依赖性的替代解释，从中我们得出结论，A38 和 G8 的一般酸碱催化是与所有实验数据一致的最简单和最可能的解释。

  DOI：

  10.1021/ja3067429
• 作为产物：
  描述：

  o-nitrobenzaltosylhydrazone 在 sodium methylate 、 tin(ll) chloride 作用下， 以 甲醇 、 氯仿 、 三乙胺 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 75.0h， 生成 N-苯甲酰基-2'-O-[(2-硝基苯基)甲基]腺苷
  参考文献：
  名称：

  Studies on tRNA and related compounds. XXXVII. Synthesis and physical properties of 2'- or 3'-O-(o-nitrobenzyl)nucleosides: the use of o-nitrophenyldiazomethane as a synthetic reagent.

  摘要：

  通过将尿苷、N-苯甲酰胞苷、N-苯甲酰腺苷和N-异丁酰鸟苷分别与邻硝基苯基二氮甲烷处理，然后进行分离和去阻断，合成了尿苷、胞苷、腺苷和鸟苷的2'-和3'-O-(邻硝基苯甲基)衍生物。3'-O-(邻硝基苯甲基)鸟苷是一种新型化合物。通过使用N-酰化核苷，使在硅胶上分离2'-和3'-取代异构体成为可能，这些化合物是合成寡核糖核苷酸的有用中间体。通过紫外线、核磁共振、圆二色性等方法研究了这些化合物的一些物理性质，发现2'-取代异构体比3'-异构体具有更紧密的堆积结构。

  DOI：

  10.1248/cpb.29.318

文献信息

• Studies on transfer ribonucleic acids and related compounds. XXXVIII. A rapid method for the synthesis of ribooligonucleotides by using 3',5'-unsubstituted nucleosides. Synthesis of a hexanucleotide containing anticodon triplet of E. coli tRNAfMet.
  作者：EIKO OHTSUKA、TOSHIAKI WAKABAYASHI、MORIO IKEHARA

  DOI：10.1248/cpb.29.759

  日期：——

  N-Protected 2'-O-(o-nitrobenzyl) nucleosides have been used as condensing units with protected nucleoside 3'-phosphates. After formation of the 3'-5'linkage, the 3'-hydroxyl group of the dinucleoside monophosphate was phosphorylated by treatment with ether p-chlorophenyl phosphate plus DCC or p-chlorophenyl phosphoroditriazolide. The dinucleotide was further elongated in the 3'-direction by condensation with the N-and 2'-O-protected nucleosides followed by phosphorylation. Protected C-Gp and C-A-Up were prepared by this procedure. The trimer was used in the synthesis of hexamer C-A-U-A-A-C by condensation with the 3'-O-(o-nitrobenzyl)-containing trimer block. This hexamer corresponds to the bases 35 to 40 of E. coli tRNAMetf, which are located in the anticodon loop. A trimer containing uridine in the middle position has also been synthesized by this method in combination with an extraction procedure for the intermediate to permit rapid isolation.

  N-保护的2'-O-(o-硝基苯基)核苷被用作保护核苷3'-磷酸的缩合单元。在形成3'-5'连接后，二核苷酸单磷酸的3'-羟基通过与醚p-氯苯基磷酸和DCC或p-氯苯基磷酸二三唑化物反应被磷酸化。该二核苷酸进一步通过与N和2'-O-保护核苷的缩合进行3'-方向的延伸，随后进行磷酸化。通过这一程序制备了保护的C-Gp和C-A-Up。该三聚体被用于合成六聚体C-A-U-A-A-C，方法是与含有3'-O-(o-硝基苯基)的三聚体区块缩合。该六聚体对应于大肠杆菌tRNAMetf的35到40号碱基，位于反密码子环中。还通过该方法合成了一个中间位置含有尿苷的三聚体，并结合了中间体的提取程序，以便快速分离。
• Studies on tRNA and related compounds. XXXVII. Synthesis and physical properties of 2'- or 3'-O-(o-nitrobenzyl)nucleosides: the use of o-nitrophenyldiazomethane as a synthetic reagent.
  作者：EIKO OHTSUKA、TOSHIAKI WAKABAYASHI、SHOJI TANAKA、TOSHIKI TANAKA、KAZUYUKI OSHIE、AKIRA HASEGAWA、MORIO IKEHARA

  DOI：10.1248/cpb.29.318

  日期：——

  2'-and 3'-O-(o-Nitrobenzyl) derivatives of uridine, cytidine, adenosine and guanosine were synthesized by treatment of uridine, N-benzoylcytidine, N-benzoyladenosine and N-isobutyrylguanosine, respectively, with o-nitrophenyldiazomethane followed by isolation and deblocking. 3'-O-(o-Nitrobenzyl) guanosine is a novel compound. By using N-acylated nucleosides, separation of the 2'-and 3'-substituted isomers on silica gel became feasible and these compounds were useful intermediates for the synthesis of oligoribonucleotides. Some physical properties of these compounds were studied by ultraviolet, nuclear magnetic resonance, circular dichroism and the 2'-substituted isomers were found to have more stacked structures than the 3'-isomers.

  通过将尿苷、N-苯甲酰胞苷、N-苯甲酰腺苷和N-异丁酰鸟苷分别与邻硝基苯基二氮甲烷处理，然后进行分离和去阻断，合成了尿苷、胞苷、腺苷和鸟苷的2'-和3'-O-(邻硝基苯甲基)衍生物。3'-O-(邻硝基苯甲基)鸟苷是一种新型化合物。通过使用N-酰化核苷，使在硅胶上分离2'-和3'-取代异构体成为可能，这些化合物是合成寡核糖核苷酸的有用中间体。通过紫外线、核磁共振、圆二色性等方法研究了这些化合物的一些物理性质，发现2'-取代异构体比3'-异构体具有更紧密的堆积结构。
• General Acid–Base Catalysis Mediated by Nucleobases in the Hairpin Ribozyme
  作者：Stephanie Kath-Schorr、Timothy J. Wilson、Nan-Sheng Li、Jun Lu、Joseph A. Piccirilli、David M. J. Lilley

  DOI：10.1021/ja3067429

  日期：2012.10.10

  increases with pH and then remains at a plateau, exhibiting an apparent pK(a) consistent with this nucleotide acting in general base catalysis. Alternative explanations for the pH dependence of hairpin ribozyme reactivity are discussed, from which we conclude that general acid-base catalysis by A38 and G8 is the simplest and most probable explanation consistent with all the experimental data.

  发夹核酶加速 RNA 磷酸二酯骨架裂解或连接的催化机制尚未完全了解。有实验证据表明腺嘌呤 (A38) 和鸟嘌呤 (G8) 具有重要作用，并且已经提出它们在一般的酸碱催化中起作用。在这项工作中，我们表明用嘌呤 (A38P) 取代 A38 时裂解速率的大幅降低可以通过用硫 (5'-PS) 取代易裂磷酸盐上的 5'-氧原子来逆转，这是一个很大的最好离开小组。这与 A38 作为未修饰核酶中的一般酸一致。A38P 核酶对 5'-PS 底物的切割速率随 pH 对数线性增加，表明需要具有相对较高 pK(a) 的去质子化碱基。在用二氨基嘌呤取代 G8 时，5'-PS 底物裂解率首先随 pH 值增加，然后保持在一个高原，表现出明显的 pK(a)，与此核苷酸在一般碱催化中的作用一致。讨论了发夹核酶反应性的 pH 依赖性的替代解释，从中我们得出结论，A38 和 G8 的一般酸碱催化是与所有实验数据一致的最简单和最可能的解释。