(S)-benzyl 1-((R)-2-(tert-butoxycarbonylamino)-3-phenylpropanoyl)pyrrolidine-2-carboxylate | 64471-88-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (S)-benzyl 1-((R)-2-(tert-butoxycarbonylamino)-3-phenylpropanoyl)pyrrolidine-2-carboxylate
• 英文别名: Boc-D-Phe-Pro-OCH2Ph；Boc-D-Phe-Pro-OBzl；Boc-(D)Phe-Pro-OBzl；benzyl (2S)-1-[(2R)-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]-3-phenylpropanoyl]pyrrolidine-2-carboxylate
• CAS: 64471-88-1
• 化学式: C₂₆H₃₂N₂O₅
• 分子量: 452.55
• InChiKey: MBOFRGUFKSOFGH-YADHBBJMSA-N

物化性质

• 沸点：
  626.6±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.185±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.4
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  84.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (S)-benzyl 1-((R)-2-(tert-butoxycarbonylamino)-3-phenylpropanoyl)pyrrolidine-2-carboxylate 在 palladium on activated charcoal N-甲基吗啉 、 氢气 、 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 乙醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 N-[[1-(Aminoiminomethyl)-4-piperidinyl]methyl]-1-D-phenylalanyl-L-prolinamide
  参考文献：
  名称：

  Molecular design and structure–Activity relationships leading to the potent, selective, and orally active thrombin active site inhibitor BMS-189664

  摘要：

  A series of structurally novel small molecule inhibitors of human alpha -thrombin was prepared to elucidate their structure-activity relationships (SARs), selectivity and activity in vivo. BMS-189664 (3) is identified as a potent, selective, and orally active reversible inhibitor of human alpha -thrombin which is efficacious in vivo in a mouse lethality model, and at inhibiting both arterial and venous thrombosis in cynomolgus monkey models. (C) 2001 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/s0960-894x(01)00667-9
• 作为产物：
  描述：

  Boc-L-proline benzyl ester 在 (benzotriazo-1-yloxy)tris(dimethylamino)phosphonium hexafluorophosphate 、 三氟乙酸 作用下， 生成 (S)-benzyl 1-((R)-2-(tert-butoxycarbonylamino)-3-phenylpropanoyl)pyrrolidine-2-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  环六肽催产素拮抗剂。效能，选择性和溶解度增强修饰。

  摘要：

  DOI：

  10.1021/jm00169a001

文献信息

• Synthesis and Properties of Gramicidin S Analogs Containing D-Phe–L-Pro–D-Val or L-Phe–L-Pro–D-Val Sequences in Place of D-Phe–L-Pro–L-Val Sequence in the β-Turn Part of the Antibiotic
  作者：Makoto Tamaki、Tadashige Okitsu、Mie Araki、Honami Sakamoto、Michiaki Takimoto、Ichiro Muramatsu

  DOI：10.1246/bcsj.58.531

  日期：1985.2

  residues around Pro residues in gramicidin S to its activity and conformation, [D-Val1,1′]- and [D-Val1,1′ L-Phe4,4′]-gramicidin S were synthesized by a liquid-phase method. The CD spectra of these analogs and gramicidin S in aqueous solutions differ from each other, indicating that these peptides have different conformations. These analogs have practically no activity against the Gram-positive microorganisms

  为了研究短杆菌肽 S 中 Pro 残基周围的氨基酸残基构型对其活性和构象的贡献，[D-Val1,1']- 和 [D-Val1,1' L-Phe4,4']-短杆菌肽S是通过液相法合成的。这些类似物和短杆菌肽 S 在水溶液中的 CD 光谱彼此不同，表明这些肽具有不同的构象。这些类似物对所测试的革兰氏阳性微生物几乎没有活性，表明短杆菌肽 S 中存在 D-Phe-Pro-Val 序列对活性的重要性。
• Enhancement of Hydrophobic Interactions and Hydrogen Bond Strength by Cooperativity: Synthesis, Modeling, and Molecular Dynamics Simulations of a Congeneric Series of Thrombin Inhibitors
  作者：Laveena Muley、Bernhard Baum、Michael Smolinski、Marek Freindorf、Andreas Heine、Gerhard Klebe、David G. Hangauer

  DOI：10.1021/jm9016416

  日期：2010.3.11

  that engages in a hydrogen bond with Gly 216. The first series of inhibitors has a m-chlorobenzyl moiety binding in the S1 pocket, and the second has a benzamidine moiety. When the adjacent hydrogen bond is present, the enhanced binding affinity per Å2 of hydrophobic contact surface in the S3 pocket improves by 75% and 59%, respectively, over the inhibitors lacking this hydrogen bond. This improvement

  通过计算方法准确预测配体与其受体的结合亲和力是基于结构的药物设计的主要挑战之一。这些预测中潜在的重大错误之一是非共价相互作用的配体结合亲和力贡献是可加的共同假设。本文中，我们介绍了从两个单独的凝血酶抑制剂系列中获得的数据，这些凝血酶抑制剂的大小不断增加，并结合在S3口袋中，并带有或不带有与Gly 216氢键键合的相邻胺的疏水侧链。一米的S1'袋-氯苄基部分结合，并且所述第二具有苄脒部分。当相邻氢键存在时，增强的每的结合亲和力2与缺少该氢键的抑制剂相比，S3袋中疏水接触表面的表面张力分别提高了75％和59％。每结合亲和力的这种改进2演示了疏水相互作用和氢键间的协同性。
• In-Depth Study of Tripeptide-Based α-Ketoheterocycles as Inhibitors of Thrombin. Effective Utilization of the S₁‘ Subsite and Its Implications to Structure-Based Drug Design
  作者：Michael J. Costanzo、Harold R. Almond、Leonard R. Hecker、Mary R. Schott、Stephen C. Yabut、Han-Cheng Zhang、Patricia Andrade-Gordon、Thomas W. Corcoran、Edward C. Giardino、Jack A. Kauffman、Joan M. Lewis、Lawrence de Garavilla、Barbara J. Haertlein、Bruce E. Maryanoff

  DOI：10.1021/jm0303857

  日期：2005.3.1

  structures of the ternary complexes 3-thrombin-hirugen and 4-thrombin-hirugen depict novel interactions in the S(1)' region, with the benzothiazole ring forming a hydrogen bond with His-57 and an aromatic stacking interaction with Trp-60D of thrombin's insertion loop. The benzothiazole ring of 3 displaces the Lys-60F side chain into a U-shaped gauche conformation, whereas the benzothiazole carboxylate

  凝血酶抑制剂由于其抗凝和抗血栓形成作用而可能在医学上有用。我们基于d-Phe-Pro-Arg以及相关的凝血酶活性位点识别基序合成和评估了各种杂环活化的酮，作为候选抑制剂。基于肽的α-酮杂环通常通过亚氨酸酯或Weinreb酰胺途径制备（方案1和2），事实证明后者更为普遍。通常测定测试化合物对人α-凝血酶和牛胰蛋白酶的抑制作用。从基于结构的设计角度来看，杂环允许人们探索和调节凝血酶S1'亚位点内的相互作用。优选的α-酮杂环是富含pi的2取代的吡咯，在带有酮基的碳原子的附近至少有两个杂原子，优选的凝血酶抑制剂是2-酮基苯并噻唑3，其有效K（i）值为0.2 nM，约为1。选择性比胰蛋白酶高15倍。2-酮苯并噻唑13表现出极强的凝血酶抑制作用（K（i）= 0.000 65 nM;缓慢紧密结合）。几个α-酮杂环化合物的凝血酶K（i）值在0.1-400 nM范围内。在温和的碱性条件下，α-酮杂环的“ A
• Novel amidine-containing peptidyl phosphonates as irreversible inhibitors for blood coagulation and related serine proteases
  作者：Jozef Oleksyszyn、Bogdan Boduszek、Chih-Min Kam、James C. Powers

  DOI：10.1021/jm00028a004

  日期：1994.1

  e diphenyl esters containing the 4-amidinophenyl group were synthesized and tested as irreversible inhibitors for thrombin and other trypsin-like enzymes. These phosphonates irreversibly inhibited several coagulation enzymes and trypsin. Boc-D-Phe-Pro-(4-AmPhGly)P(OPh)2 is the best human thrombin inhibitor in the series with a k(obs)/[I] value of 11,000 M-1 s-1, and it inhibits thrombin more than 5-fold

  合成了一系列含有4-ami基苯基的新的肽基（α-氨基烷基）膦酸二苯酯，并作为凝血酶和其他胰蛋白酶样酶的不可逆抑制剂进行了测试。这些膦酸酯不可逆地抑制了几种凝血酶和胰蛋白酶。Boc-D-Phe-Pro-（4-AmPhGly）P（OPh）2是该系列中最佳的人类凝血酶抑制剂，其ak（obs）/ [I]值为11,000 M-1 s-1，并且可以抑制凝血酶比其他测试酶高出5倍以上。Z-（4-AmPhGly）P（OPh）2是血浆激肽释放酶的最佳抑制剂，其ak（obs）/ [I]值为18,000 M-1 s-1。通常，（4-AmPhGly）P（OPh）2衍生物比相应的（4-AmPhe）P（OPh）2衍生物是凝血酶和胰蛋白酶的更好抑制剂，后者含有一个额外的CH2，可将a基苯基与肽骨架分开。mid基膦酸酯不抑制乙酰胆碱酯酶，并且在中性缓冲液中化学稳定。另外，被抑制的胰蛋白酶衍生物在除去过量的抑制剂并在pH 7
• Synthesis and Properties of Gramicidin S Analogs Containing Pro–D-Phe Sequence in Place of D-Phe–Pro Sequence in the β-Turn Part of the Antibiotic
  作者：Makoto Tamaki、Michiaki Takimoto、Ichiro Muramatsu

  DOI：10.1246/bcsj.58.1469

  日期：1985.5

  that of gramicidin S, and its activity toward other microorganisms tested was 1/2 that of gramicidin S. The CD spectra of these analogs and gramicidin S in an aqueous solution differ from each other, indicating that these peptides have different conformations in aqueous solutions. The CD spectrum of [L-Pro4, D-Phe5]-gramicidin S resembles a graphical average of the CD spectra of gramicidin S and [L-Pro4

  合成了两种短杆菌肽 S 类似物 [L-Pro4, D-Phe5]-短杆菌肽 S 和 [L-Pro4,4', D-Phe5,5']-短杆菌肽 S，以研究 Pro 位置之间的关系残留物、抗生素活性和 CD 谱。[L-Pro4,4', D-Phe5,5']-短杆菌肽 S 几乎没有活性。另一方面，[L-Pro4, D-Phe5]-短杆菌肽S对枯草杆菌和黄微球菌的活性与短杆菌肽S相同，对其他微生物的活性是短杆菌肽S的1/2这些类似物和短杆菌肽S在水溶液中的CD谱互不相同，说明这些肽在水溶液中具有不同的构象。[L-Pro4, D-Phe5]-短杆菌肽 S 的 CD 光谱类似于短杆菌肽 S 和 [L-Pro4,4', D-Phe5,5']-短杆菌肽 S 的 CD 光谱的图形平均值。