5'-O-Levulinoyl-3'-O-(methylthiomethyl)thymidine | 133510-57-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-Levulinoyl-3'-O-(methylthiomethyl)thymidine
• 英文别名: 5'-O-levulinoyl-3'-O-methylthiomethyl-thymidine；[(2R,3S,5R)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3-(methylsulfanylmethoxy)oxolan-2-yl]methyl 4-oxopentanoate
• CAS: 133510-57-3
• 化学式: C₁₇H₂₄N₂O₇S
• 分子量: 400.453
• InChiKey: IPFAMJFVRGSNRS-BFHYXJOUSA-N

物化性质

• 密度：
  1.33±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.1
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.65
• 拓扑面积：
  137
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-Levulinoyl-3'-O-(methylthiomethyl)thymidine 在 吡啶 、 ammonium hydroxide 、 N-碘代丁二酰亚胺 、 三氟甲磺酸 、 4 A molecular sieve 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 5.75h， 生成 1-[(2R,4S,5R)-5-[[(2R,3S,5R)-2-[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxymethoxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxymethoxymethyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  在预定位置包含（3'5'）-O-CH 2 -O-键的十核苷酸的合成和理化性质

  摘要：

  改性decadeoxynucleotides的合成16-20具有序列d（G 1 PC 2 PG）3的pT 4 X 1 Ť 5 X 2 Ť 6 X 3 Ť 7的pG 8 PC 9的pG 10）和含有一个（X2 = CH 2， X1 = X3 = p，即，16），两个（X1 = X3 = CH 2，X 2 = p，即，17，X2 = X3 = CH 2，X 1 = p，即，18并且x1 = x2 = CH 2，x3 = p。即，19）或三个（X1 = X2 = X3 = CH 2，即，20）-O-CH 2 -O-键可以使用相应的单- ，二-或三（-O-CH来完成2 -O ）3'-O-亚磷酰胺6、10和14作为进入的合成子。16-20与它们的天然互补链的杂交提供了稳定的双链体，通过1D和2D - 1 H-NMR和UV超色性技术对其进行了研究。

  DOI：

  10.1002/recl.19931120104
• 作为产物：
  描述：

  保护胸苷 在 N-甲基咪唑 、 2,6-二甲基吡啶 、 溶剂黄146 、 过氧化苯甲酰 作用下， 以 吡啶 、 乙腈 为溶剂， 反应 4.5h， 生成 5'-O-Levulinoyl-3'-O-(methylthiomethyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  一种有效的合成含有磷酸酯-等位亚甲基缩醛键的胸苷衍生物的方法

  摘要：

  探索了碘鎓离子促进了适当保护的3'- O-甲硫基甲基或3' - O-（4-戊烯-1-氧甲基）-胸苷与3' - O-甲氧基乙酰基胸苷的缩合。对碘鎓源和保护基的明智选择导致有效制备具有核苷间3'5'）-亚甲基键的胸苷二聚体。后一种方法用于在溶液中和在固体支持物上合成含有一个或多个T- CH 2 -T二聚体的DNA片段。此外，事实证明5'- O-甲硫基甲基-3'- O-甲氧基乙酰基-N 3-苯甲酰基胸苷是引入5'- O的合适供体。在2,3,4,6-四-O-苄基-D-葡萄糖，苄基N-苄氧羰基-L-丝氨酸和磷酸二苄酯之间的-亚甲基缩醛键。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)86429-2

文献信息

• Synthesis of Formacetal-Linked Dinucleotides to Facilitate dsDNA Bending and Binding to the Homeodomain of Pax6
  作者：Marian Pitulescu、Marcel Grapp、Ralph Krätzner、Willhart Knepel、Ulf Diederichsen

  DOI：10.1002/ejoc.200701178

  日期：2008.4

  Two formacetal-linked dinucleotides TT and TA were synthesized as phosphoramidite building blocks for solid-phase synthesis. Incorporated in a 29-mer DNA, the oligomers P3TT and P3TA were studied with respect to the binding activity towards the Pax6 homeodomain. Substitution of the negatively charged phosphodiester by a neutral formacetal linker facilitates the bent conformation of double-stranded

  合成了两个甲缩醛连接的二核苷酸 TT 和 TA 作为固相合成的亚磷酰胺结构单元。结合在 29 聚体 DNA 中，研究了寡聚体 P3TT 和 P3TA 对 Pax6 同源结构域的结合活性。中性甲缩醛接头取代带负电荷的磷酸二酯有利于双链 DNA 的弯曲构象。双链体稳定性受 TT 甲缩醛修饰的影响更显着，而由 TA 引起的不稳定影响不太明显。基于CD光谱，TA甲缩醛修饰的寡聚体P3TA主要具有B-DNA拓扑结构，而P3TT修饰的寡聚体显着偏离B-型DNA。P3 寡聚体对 Pax6 HD 的结合亲和力通过体外 EMSA 实验进行了研究，提供了对 P3TT 寡聚体的结合亲和力的小幅增加。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2008)
• An alternative approach towards the synthesis of (3′→5′) methylene acetal linked dinucleosides
  作者：P.J.L.M. Quaedflieg、C.M. Timmers、V.E. Kal、G.A. van der Marel、E. Kuyl-Yeheskiely、J.H. van Boom

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)79605-5

  日期：1992.5

  appropriately protected thymidine, d-cytidine or d-guanosine acceptors 5a–c, using trimethylsilyl trifluoromethanesulfonate (TMSOTf) as the activating system, furnished the respective (3′→5′) methylene acetal linked dimers d(T∧T), d(T∧G). Similarly, TMSOtf-promoted condensation of (5′-O,4-N)dibenzoyl-3′-O-acetyloxymethyl-2′-deoxycytidine with acceptors 5a–c yielded the corresponding d(C∧T), d(C∧C)

  使用三甲基甲硅烷基三氟甲磺酸酯（5a-c）将5'-O-乙酰丙酰基-3'-O-苯甲酰氧基甲基胸苷或5'-O-苯甲酰基-3'-O-乙酰氧基甲基胸苷与适当保护的胸苷，d-胞苷或d-鸟苷受体5a–c缩合（ TMSOTf）作为活化系统，提供了各自的（3'→5'）亚甲基缩醛连接的二聚体d（T∧T），d（T∧G）。同样，TMSOtf促进的（5'-O，4-N）二苯甲酰基-3'-O-乙酰氧基甲基-2'-脱氧胞苷与受体5a–c的缩合产生相应的d（C∧T），d（C∧C ）和d（C∧G）二聚体。
• An efficient approach to the synthesis of thymidine derivatives containing phosphate-isosteric methylene acetal linkages
  作者：G.H. Veeneman、G.A. Van Der Marel、H. Van Den Elst、J.H. Van Boom

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)86429-2

  日期：1991.1

  judicious choice of the iodoinium source and protecting groups led to an efficient preparation of thymidine dimers having internucleosidic-3′5′)-methylene bonds. The latter procedure was utilized towards the synthesis, in solution and on a solid support, of DNA-fragments containing one or more T-CH2-T dimers. Further, 5′-O-methylthiomethyl-3′-O-methoxyacetyl-N3-benzoyl-thymidine proved to be a suitable

  探索了碘鎓离子促进了适当保护的3'- O-甲硫基甲基或3' - O-（4-戊烯-1-氧甲基）-胸苷与3' - O-甲氧基乙酰基胸苷的缩合。对碘鎓源和保护基的明智选择导致有效制备具有核苷间3'5'）-亚甲基键的胸苷二聚体。后一种方法用于在溶液中和在固体支持物上合成含有一个或多个T- CH 2 -T二聚体的DNA片段。此外，事实证明5'- O-甲硫基甲基-3'- O-甲氧基乙酰基-N 3-苯甲酰基胸苷是引入5'- O的合适供体。在2,3,4,6-四-O-苄基-D-葡萄糖，苄基N-苄氧羰基-L-丝氨酸和磷酸二苄酯之间的-亚甲基缩醛键。
• Synthesis and physicochemical properties of decanucleotides containing (3′→ 5′)-O-CH2-O-linkages at predetermined positions
  作者：P. J. L. M. Quaedflieg、J. A. Pikkemaat、G. A. van der Marel、E. Kuyl-Yeheskiely、C. Altona、J. H. van Boom

  DOI：10.1002/recl.19931120104

  日期：——

  Synthesis of the modified decadeoxynucleotides 16–20 having the sequence d(G1pC2pG)3pT4x1T5x2T6x3T7pG8pC9pG10) and containing one (x2 = CH2, x1 = x3 = p, i.e., 16), two (x1 = x3 = CH2, x2 = p, i.e., 17, x2 = x3 = CH2, x1 = p, i.e., 18 and x1 = x2 = CH2, x3 = p. i.e., 19) or three (x1 = x2 = x3 = CH2, i.e., 20) -O-CH2-O- linkages could be accomplished using the respective mono-, di- or tri(-O-CH2-O)

  改性decadeoxynucleotides的合成16-20具有序列d（G 1 PC 2 PG）3的pT 4 X 1 Ť 5 X 2 Ť 6 X 3 Ť 7的pG 8 PC 9的pG 10）和含有一个（X2 = CH 2， X1 = X3 = p，即，16），两个（X1 = X3 = CH 2，X 2 = p，即，17，X2 = X3 = CH 2，X 1 = p，即，18并且x1 = x2 = CH 2，x3 = p。即，19）或三个（X1 = X2 = X3 = CH 2，即，20）-O-CH 2 -O-键可以使用相应的单- ，二-或三（-O-CH来完成2 -O ）3'-O-亚磷酰胺6、10和14作为进入的合成子。16-20与它们的天然互补链的杂交提供了稳定的双链体，通过1D和2D - 1 H-NMR和UV超色性技术对其进行了研究。