3'-O-(methylthiomethyl)thymidine | 133510-56-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3'-O-(methylthiomethyl)thymidine
• 英文别名: 3'-O-methylthiomethylthymidine；1-[(2R,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-4-(methylsulfanylmethoxy)tetrahydrofuran-2-yl]-5-methyl-pyrimidine-2,4-dione；1-[(2R,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-4-(methylsulfanylmethoxy)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 133510-56-2
• 化学式: C₁₂H₁₈N₂O₅S
• 分子量: 302.351
• InChiKey: GIDHRJXXCIGXFT-IVZWLZJFSA-N

物化性质

• 密度：
  1.39±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-(methylthiomethyl)thymidine 在 sodium hydroxide 、 磺酰氯 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 9.86h， 生成 N⁴-benzoyl-5'-O-dimethoxytrityl-3'-O-methylene-2'-deoxycitydylyl-(3'->5')-3'-O-methylene-5'-deoxy-5'-thiothymidylyl-(3'->5')-N⁶-benzoyl-3'-O-tert-butyldimethylsilyl-2',5'-dideoxy-5'-thioadenosine
  参考文献：
  名称：

  A versatile approach to the synthesis of oligonucleotide analogs containing neutral 5<i>'</i>-thioformacetal internucleoside linkages

  摘要：

  DOI：

  10.1139/cjc-77-8-1410
• 作为产物：
  描述：

  保护胸苷 在 2,6-二甲基吡啶 、 溶剂黄146 、 过氧化苯甲酰 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 2.5h， 生成 3'-O-(methylthiomethyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  一种有效的合成含有磷酸酯-等位亚甲基缩醛键的胸苷衍生物的方法

  摘要：

  探索了碘鎓离子促进了适当保护的3'- O-甲硫基甲基或3' - O-（4-戊烯-1-氧甲基）-胸苷与3' - O-甲氧基乙酰基胸苷的缩合。对碘鎓源和保护基的明智选择导致有效制备具有核苷间3'5'）-亚甲基键的胸苷二聚体。后一种方法用于在溶液中和在固体支持物上合成含有一个或多个T- CH 2 -T二聚体的DNA片段。此外，事实证明5'- O-甲硫基甲基-3'- O-甲氧基乙酰基-N 3-苯甲酰基胸苷是引入5'- O的合适供体。在2,3,4,6-四-O-苄基-D-葡萄糖，苄基N-苄氧羰基-L-丝氨酸和磷酸二苄酯之间的-亚甲基缩醛键。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)86429-2

文献信息

• An Alternative Route to the Preparation of (3′ → 5′) Methylene Acetal Linked Di- and Trinucleosides
  作者：Peter J. L. M. Quaedflieg、Cornelis M. Timmers、Gijs A. van der Marel、Esther Kuyl-Yeheskiely、Jacques H. van Boom

  DOI：10.1055/s-1993-25915

  日期：——

  Reaction of deoxynucleoside 3′-O-(methylthiomethyl) acetals 1 with N-iodosuccinimide (NIS) and dibutyl phosphate furnished the corresponding 3′-O-(dibutoxyphosphoryloxy)methyl acetals 6. Condensation of the latter with appropriately protected deoxynucleoside acceptors 3, in the presence of trimethylsilyl trifluoromethanesulfonate (TMSOTf), afforded in most cases the (3′ → 5′) methylene acetal linked d(B1 Î¥ B2) dimers 4. In addition, TMSOTf-promoted coupling of donor 6 (B1 = CBz) with 3′-O-(methylthiomethyl)thymidine (8) yielded dimer 9. Reaction of 9 with NIS and dibutyl phosphate gave dimer 10, which was applied successfully in the TMSOTf-assisted fusion with acceptors 3(B2 = CBz and ABz), to afford the corresponding trimers d(CÎ¥TÎ¥C) 11 and d(CÎ¥TÎ¥A) 12.

  脱氧核苷3′-O-(甲硫基甲基)乙缩醛1与碘代琥珀酰亚胺(NIS)和二丁基磷酸酯反应，生成相应的3′-O-(二丁氧基磷酰氧)甲基乙缩醛6。后者与适当保护的脱氧核苷受体3在三甲基硅基三氟甲磺酸盐(TMSOTf)的存在下缩合，通常得到(3′ → 5′)亚甲基乙缩醛连接的二聚体d(B1 ∧ B2) 4。此外，TMSOTf促进的供体6 (B1 = CBz)与3′-O-(甲硫基甲基)胸苷(8)的偶联反应生成二聚体9。9与NIS和二丁基磷酸酯反应生成二聚体10，成功用于与受体3(B2 = CBz和ABz)的TMSOTf辅助融合，得到相应的三聚体d(C∧T∧C) 11和d(C∧T∧A) 12。