5-iodo-2'-deoxy-2'-(R)-fluoro-cytidine | 80791-93-1

• 物质功能分类: 医药中间体 - 原料药中间体
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5-iodo-2'-deoxy-2'-(R)-fluoro-cytidine
• 英文别名: 2'-deoxy-2'-fluoro-5-iodocytidine；5-iodo-2'-fluoro-2-deoxycytidine；4-amino-1-[(2R,3R,4R,5R)-3-fluoro-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-iodopyrimidin-2-one
• CAS: 80791-93-1
• 化学式: C₉H₁₁FIN₃O₄
• 分子量: 371.107
• InChiKey: GIMSJJHKKXRFGV-UAKXSSHOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.7
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-iodo-2'-deoxy-2'-(R)-fluoro-cytidine 在 吡啶 、 咪唑 、 甲醇 、 tris(dibenzylideneacetone)dipalladium(0) chloroform complex 、 sodium tetrahydroborate 、 cerium(III) chloride heptahydrate 、 三正丁基氢锡 、 sodium hydride 、 氟化氢吡啶 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙酸乙酯 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 、 mineral oil 为溶剂， 60.0 ℃ 、350.01 kPa 条件下， 反应 104.0h， 生成 4,5-(1,3-[3H,6H]-oxazin-2-one)-2'-deoxy-2'-(R)-fluoro-cytidine
  参考文献：
  名称：

  （R）-构型的2'-氟代mC，hmC，fC和caC的合成磷酰胺和寡核苷酸

  摘要：

  要研究新的表观遗传学碱基的功能，需要开发在碱基切除修复（BER）过程中保持稳定的稳定类似物。在这里，我们报告了5-甲基胞嘧啶（mC），5-羟甲基胞嘧啶（hmC），5-甲酰基胞嘧啶（fC）和5-羧胞嘧啶（caC）的亚磷酰胺的2'-（R）-氟化形式的合成。对于含有2'-（R）-F-fdC的寡核苷酸，我们显示这些化合物不能被主要的BER酶胸腺嘧啶-DNA糖基化酶（TDG）裂解。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.6b02110
• 作为产物：
  描述：

  Acetic acid (2R,3R,4R,5R)-2-acetoxymethyl-5-(4-amino-2-oxo-2H-pyrimidin-1-yl)-4-fluoro-tetrahydro-furan-3-yl ester; hydrochloride 在 盐酸 、 碘 、 碘酸 、 溶剂黄146 作用下， 以 甲醇 、 四氯化碳 、 水 为溶剂， 反应 48.0h， 生成 5-iodo-2'-deoxy-2'-(R)-fluoro-cytidine
  参考文献：
  名称：

  核苷。123.抗病毒核苷的合成：5-取代的1-（2-脱氧-2-卤代-β-D-阿拉伯呋喃糖基）胞嘧啶和-尿嘧啶。一些结构-活动关系。

  摘要：

  描述了几种2'-卤素-5-取代-阿拉伯呋喃糖基胞嘧啶和-尿嘧啶的合成，并研究了结构与体外抗疱疹病毒活性的关系。与2'-溴类似物的2'-氯相比，那些含有2'-氟功能的阿拉伯核苷通常表现出更有效的抗疱疹病毒（HSV）活性。2'-氟-5-碘-ara-C [3a，FIAC]优于2'-氟-5-碘-ara-C [3a，FIAC]的活性证明了氟在2'-“ up”（阿拉伯糖）构型中增强抗病毒效力的重要性。 '-氟-5-碘-核糖-C。在本文测试的所有核苷中，FIAC表现出最强的抗HSV体外活性。2'

  DOI：

  10.1021/jm00356a007

文献信息

• [EN] NUCLEIC ACID CHEMICAL MODIFICATIONS<br/>[FR] MODIFICATIONS CHIMIQUES D'ACIDE NUCLÉIQUE
  申请人：ALNYLAM PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2010101951A1

  公开（公告）日：2010-09-10

  he present invention provides nucleosides of formula (1) and oligonucleotides comprising at least on nucleoside of formula (2): Another aspect of the invention relates to a method of inhibiting the expression of a gene in cell, the method comprising (a) contacting an oligonucleotide of the invention with the cell; and (b) maintaining the cell from step (a) for a time sufficient to obtain degradation of the mRNA of the target gene.

  本发明提供了式（1）的核苷和包含至少一种式（2）核苷的寡核苷酸；发明的另一个方面涉及一种抑制细胞中基因表达的方法，该方法包括（a）将本发明的寡核苷酸与细胞接触；和（b）维持步骤（a）中的细胞足够长的时间以获得目标基因mRNA的降解。
• Nucleotide mimics and their prodrugs
  申请人：——

  公开号：US20040059104A1

  公开（公告）日：2004-03-25

  The present invention relates to nucleoside diphosphate mimics and nucleoside triphosphate mimics, which contain diphosphate or triphosphate moiety mimics and optionally sugar-modifications and/or base-modifications. The nucleotide mimics of the present invention, in a form of a pharmaceutically acceptable salt, a pharmaceutically acceptable prodrug, or a pharmaceutical formulation, are useful as antiviral, antimicrobial, and anticancer agents. The present invention provides a method for the treatment of viral infections, microbial infections, and proliferative disorders. The present invention also relates to pharmaceutical compositions comprising the compounds of the present invention optionally in combination with other pharmaceutically active agents.

  本发明涉及核苷二磷酸模拟物和核苷三磷酸模拟物，其中包含二磷酸或三磷酸基团模拟物，以及可选的糖修饰和/或碱基修饰。本发明的核苷酸模拟物，以药学上可接受的盐、药学上可接受的前药或药物配方的形式，可用作抗病毒、抗微生物和抗癌剂。本发明提供了一种治疗病毒感染、微生物感染和增生性疾病的方法。本发明还涉及包含本发明化合物的药物组合物，可选地与其他药理活性剂结合。
• Synthesis and anti-viral activity of a series of d- and l-2′-deoxy-2′-fluororibonucleosides in the subgenomic HCV replicon system
  作者：Junxing Shi、Jinfa Du、Tianwei Ma、Krzysztof W. Pankiewicz、Steven E. Patterson、Phillip M. Tharnish、Tamara R. McBrayer、Lieven J. Stuyver、Michael J. Otto、Chung K. Chu

  DOI：10.1016/j.bmc.2004.12.011

  日期：2005.3.1

  of the N(4)-hydroxyl and the 2'-fluoro into one molecule, resulting (2'R)-d-2'-deoxy-2'-fluoro-N(4)-hydroxycytidine (23). However, this nucleoside showed neither anti-HCV activity nor toxicity. All the l-forms of the analogues were devoid of anti-HCV activity. None of the compounds showed anti-BVDV activity, suggesting that the BVDV system cannot always predict anti-HCV activity.

  基于发现（2'R）-d-2'-deoxy-2'-氟胞苷作为有效的抗丙型肝炎病毒（HCV）剂，一系列d-和1-2'-deoxy-2'合成了具有5-和/或4-位修饰的-氟核糖核苷，并评估了其抗HCV和牛病毒性腹泻病毒（BVDV）的体外活性。合成中的关键步骤，即2'-氟基团的引入是通过用氟化氢-吡啶或氟化钾对2,2'-脱水核苷进行氟化，或用DAST对阿拉伯糖核苷进行氟化来实现的。在合成的27个类似物中，只有5-氟化合物，即（2'R）-d-2'-deoxy-2'，5-difluorocytidine（13），显示出有效的抗HCV活性和对核糖体RNA的毒性。用硫醇基取代4-氨基会导致活性降低，而4-甲硫基取代的类似物（25）会抑制核糖体RNA。由于N（4）-羟基胞嘧啶核苷（NHC）先前显示出有效的抗HCV活性，我们将N（4）-羟基和2'-氟的两个功能合并为一个分子，得到（2'R）-d -2'-脱氧-
• [EN] CYTIDINE-5-CARBOXAMIDE MODIFIED NUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND METHODS RELATED THERETO<br/>[FR] COMPOSITIONS NUCLÉOTIDIQUES DE CYTIDINES À MODIFICATION 5-CARBOXAMIDE ET PROCÉDÉS ASSOCIÉS
  申请人：SOMALOGIC INC

  公开号：WO2015077292A1

  公开（公告）日：2015-05-28

  Described herein are 5-position modified cytosine nucleotides and nucleosides as well as phosphoramidites and triphosphates derivatives thereof. Further provided are methods of making and using the same, and compositions and uses of the modified nucleosides as part of a nucleic acid molecule (e.g., aptamer).

  本文描述了5位修饰的胞嘧啶核苷酸和核苷以及它们的磷酰胺酰胺和三磷酸盐衍生物。此外还提供了制备和使用这些物质的方法，以及修饰核苷酸作为核酸分子（例如aptamer）一部分的组成和用途。
• Practical Synthesis of Cytidine-5-Carboxamide-Modified Nucleotide Reagents
  作者：John C. Rohloff、Catherine Fowler、Brian Ream、Jeffrey D. Carter、Greg Wardle、Tim Fitzwater

  DOI：10.1080/15257770.2014.978011

  日期：2015.3.4

  practical synthesis of 5-(N-benzylcarboxamide)-2′-deoxycytidine, and the corresponding 5-(N-1-naphthylmethylcarboxamide)- and 5-(N-3-phenylpropylcarboxamide)-2′-deoxycytidine analogs, as both the suitably-protected 3′-O-cyanoethylphosphoramidite reagents (CEP; gram scale) and the 5′-O-triphosphate reagents (TPP; milligram-scale). The key step in the syntheses is a mild, palladium(0)-catalyzed carboxyamidation

  带有5-（N-取代-羧酰胺）官能团的胞苷的化学修饰衍生物是用于通过SELEX方法（通过指数富集的配体系统进化）发现适体的新试剂。在此，我们公开了5-（N-苄基甲酰胺）-2'-脱氧胞苷和相应的5-（N-1-萘甲基甲酰胺）-和5-（N-3-苯基丙基甲酰胺）-2'-脱氧胞苷类似物的实用合成。作为适当保护的3'-O-氰基乙基亚磷酰胺试剂（CEP；克级）和5'-O-三磷酸盐试剂（TPP；毫克级）。合成中的关键步骤是温和的钯（0）催化的未保护的5-碘胞苷的羧酰胺化。证明了CEP试剂可用于固相寡核苷酸合成，并且在引物延伸分析中通过KOD聚合酶掺入TPP试剂证实了这些试剂可用于SELEX。最后，羧基酰胺化反应还用于制备抗核酸酶的糖变体：5-（N-苄基羧酰胺）-2'-O-甲基胞苷和5-（N-3-苯基丙基羧酰胺）-2'-脱氧- 2'-氟胞苷。