5-(1-hydroxy-6-iminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol | 3506-01-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 5-(1-hydroxy-6-iminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol
• 英文别名: 2'-Deoxyadenosine N¹-oxide；1-oxy-2'-deoxy-adenosine；2'-deoxyadenosine 1-oxide；deoxyadenosine-1-N-oxide
• CAS: 3506-01-2
• 化学式: C₁₀H₁₃N₅O₄
• 分子量: 267.244
• InChiKey: UNOWTAUKAYUFPA-RRKCRQDMSA-N

物化性质

• 溶解度：
  溶于乙腈、甲醇、水

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.71
• 重原子数：
  19.0
• 可旋转键数：
  2.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  133.36
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-(1-hydroxy-6-iminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol 在 Raney Ni W-2 盐酸 、 sodium hydroxide 、 Amberlite IRA-402 (HCO₃-) 、 氢气 作用下， 以 N,N-二甲基乙酰胺 、 水 为溶剂， 13.0~25.0 ℃ 、101.33 kPa 条件下， 反应 11.25h， 生成 5-Amino-1-(2-deoxy-β-D-ribofuranosyl)-1H-imidazole-4-carboxamidine Hydrochloride
  参考文献：
  名称：

  Purines. XLVIII. Syntheses and proton nuclear magnetic resonance study of 2-deuterioadenines substituted or unsubstituted at the 9-position and of their N-oxygenated derivatives.

  摘要：

  详细描述了通过对氨基咪唑羧氨盐9或相应游离碱8与氨基甲酸-氘或1-(甲酰氘)-2(1H)-吡啶酮的环化，从9-取代腺苷1b-f合成9-烷基-2-氘腺苷（5b-d）、腺苷-2-d（5e）和2'-脱氧腺苷-2-d（5f）。用沸腾的0.5N盐酸水解5e，得到腺苷-2-d（5a），产率为77%。对5a-e进行过氧酸氧化，得到了相应的1-N-氧化物（12a-e），产率较好。用甲基碘（MeI）在二甲基乙腈（AcNMe2）中对9-甲基（12b）、9-苄腺苷-2-d 1-氧化物（12d）和腺苷-2-d 1-氧化物（12e）进行甲基化，得到了相应的1-甲氧基衍生物（13b、d、e），产率良好。通过游离碱14b、14d和14e对13b、13d和13e进行Dimroth重排，得到了N6-甲氧基异构体15b、15d和15e，但其同位素纯度不尽如人意。通过与标记物种（5a-f、12a-e、13b、d和14e）进行比较，明确分配了未标记腺苷（1a-f、2a-e、3b、d和10e）在质子核磁共振谱中的嘌呤环质子信号。

  DOI：

  10.1248/cpb.39.301
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧腺苷 在 间氯过氧苯甲酸 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 5.0h， 以90%的产率得到5-(1-hydroxy-6-iminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol
  参考文献：
  名称：

  Purines. LXI. An Attempted Synthesis of 2'-Deoxy-7-methyladenosine: Glycosidic Hydrolyses of the N6-Methoxy Derivative and 2'-Deoxy-NX-methyladenosines.

  摘要：

  在尝试合成 2'-脱氧-7-甲基腺苷（5b）时，2'-脱氧-N6-甲氧基腺苷（13b）在 0°C 下用 AcNMe2 中的 MeI 处理 7 小时，得到 2'-脱氧-N6-甲氧基-7-甲基腺苷盐（14b），该盐不稳定，在 16-18°C 的 H2O 中容易发生糖苷水解，生成 N6-甲氧基-7-甲基腺苷（15）。由于这种不稳定性，使用氢气和 Raney Ni 催化剂在 H2O 中对 14b 进行氢解，未能得到所需的核苷（5b）。研究发现，2'-脱氧-N6-甲基腺苷（2b）、2'-脱氧-1-甲基腺苷（3b）和 14b 在 0.1 N 的盐酸水溶液中于 25°C 发生糖苷水解，水解速率分别为 7.92×10-3 min-1（半衰期 87.5 min）、5.02×10-3 min-1（半衰期 138 min）和 2.31×10-2 min-1（半衰期 30.0 min）。2分钟-1（半衰期为0.35分钟）。

  DOI：

  10.1248/cpb.42.495

文献信息

• Nitrogen-15-labeled deoxynucleosides. 4. Synthesis of [1-15N] and [2-15N]-labeled 2'-deoxyguanosines
  作者：Bhaswati Goswami、Roger A. Jones

  DOI：10.1021/ja00002a037

  日期：1991.1

  The syntheses of [1- 15 N]- and [2- 15 N]-2'-deoxyguanosines are reported via transformation of 2'-deoxyadenosine. The 15 N source for the [1- 15 N] label is [6- 15 N]-2'-deoxyadenosine, while for the [2- 15 N] label it is [ 15 N]KCN. The synthetic route is particularly straightforward in that there are no protection and deprotection steps and only one chromatographic purification. Furthermore, it

  [1- 15 N]-和[2- 15 N]-2'-脱氧鸟苷的合成是通过2'-脱氧腺苷的转化报道的。[1- 15 N] 标签的 15 N 来源是 [6- 15 N]-2'-脱氧腺苷，而 [2- 15 N] 标签的 15 N 来源是 [ 15 N] KCN。合成路线特别简单，没有保护和脱保护步骤，只有一个色谱纯化。此外，它直接适用于标记核糖核苷的制备
• Synthesis, ring opening, and glycosidic bond cleavage of 3-methyl-2′-deoxyadenosine
  作者：Tozo Fujii、Tohru Saito、Tsuyoshi Nakasaka

  DOI：10.1039/c39800000758

  日期：——

  of N′-benzyloxy-1-(2-deoxy-β-D-ribofuranosyl)-5-formamidoimidazole-4-carboxamidine (2a) followed by hydrogenolysis of the N′-benzyloxy-group and cyclization produced the hitherto unknown 3-methyl-2′-deoxyadenosine (5a), which was readily hydrolysed to 3-methyladenine (6) in H2)O at pH ⩽7·0 and to (6) and the imidazole-(2-deoxy)riboside (4a) at pH 8·98.

  的甲基化Ñ ' -苄氧基-1-（2-脱氧β - d呋喃核糖基）-5- formamidoimidazole -4-甲脒（2A随后的氢解）ñ -苄氧基的基团和环化'制作的迄今未知的3-甲基2'-脱氧腺苷（5a），在pH⩽7·0的H 2）O中容易水解为3-甲基腺嘌呤（6），并在（6）和咪唑-（2-脱氧）核糖苷（4a）中水解在pH 8·98下。
• Purines. XXXIV. 3-Methyladenosine and 3-methyl-2'-deoxyadenosine. Their synthesis, glycosidic hydrolysis, and ring fission.
  作者：Tozo FUJII、Tohru SAITO、Tsuyoshi NAKASAKA

  DOI：10.1248/cpb.37.2601

  日期：——

  The first syntheses of 3-methyladenosine (3a) and 3-methyl-2'-deoxyadenosine (3b), both in the form of the p-toluenesulfonate salt, have been achieved through two parallel 6-step routes starting from adenosine (5a) and 2'-deoxyadenosine (5b), which are based on the "fission and reclosure" technology for modification of the adenine ring. These 3-methyladenine nucleosides (3a, b·TsOH) were very unstable under not only acidic but also alkaline conditions. At pH 1 and 25°C, 3a·TsOH (half-life 17 min) underwent glycosidic hydrolysis (depurinylation) some thousand times faster than did adenosine (5a) itself. At pH 3.34 and 25°C, the 2-deoxyribosyl analogue 3b·TsOH (half-life 2.7 min) was depurinylated 370 times more rapidly than the ribosyl analogue 3a·TsOH (half-life 1010 min). The glycosidic bond of the imidazole 2-deoxyriboside 11b, an intermediate for the present synthesis of 3b·TsOH, was also hydrolyzed easily at pH 1 and room temperature. In H2O at pH 8.32 and 25°C, 3a·TsOH readily underwent ring opening in the pyrimidine moiety and came to equilibrium with the (N-methylformamido)imidazole derivative 10a, which was further deformylated under more alkaline conditions. The ring opening was ca. 30 times as fast as that of 1-methyladenosine (17). In H2O at pH 8.98 and 25°C, the 2-deoxyribosyl analogue 3b·TsOH underwent not only similar ring opening but also glycosidic hydrolysis competitively. The possible factors responsible for the high reactivity of 3a·TsOH are discussed on the basis of its X-ray crystal structure.

  以腺苷（5a）和 2'-脱氧腺苷（5b）为起点，通过两条平行的 6 步路线，首次合成了对甲苯磺酸盐形式的 3-甲基腺苷（3a）和 3-甲基-2'-脱氧腺苷（3b），它们都是基于 "裂变和再封闭 "技术来修饰腺嘌呤环的。这些 3-甲基腺嘌呤核苷（3a、b-TsOH）在酸性和碱性条件下都非常不稳定。在 pH 值为 1 和 25°C 的条件下，3a-TsOH（半衰期为 17 分钟）发生糖苷水解（去嘌呤化）的速度比腺苷（5a）本身快数千倍。在 pH 值为 3.34 和 25°C 的条件下，2-脱氧核糖基类似物 3b-TsOH（半衰期为 2.7 分钟）的去嘌呤化速度是核糖基类似物 3a-TsOH（半衰期为 1010 分钟）的 370 倍。本次合成 3b-TsOH 的中间体咪唑 2-脱氧核苷 11b 的糖苷键在 pH 值为 1 和室温条件下也很容易水解。在 pH 值为 8.32、温度为 25°C 的 H2O 中，3a-TsOH 很容易在嘧啶分子中发生开环反应，并与（N-甲基甲酰氨基）咪唑衍生物 10a 达到平衡，后者在碱性更强的条件下进一步发生变形。开环速度约为 1-甲基腺苷（17）的 30 倍。在 pH 值为 8.98、温度为 25°C 的 H2O 中，2-脱氧核糖基类似物 3b-TsOH 不仅发生了类似的开环反应，而且还发生了糖苷水解竞争反应。本文以 3a-TsOH 的 X 射线晶体结构为基础，讨论了导致其高活性的可能因素。
• Adenosine derivatives with therapeutic activity
  申请人：The Scripps Research Institute

  公开号：US05106837A1

  公开（公告）日：1992-04-21

  Novel adenine derivatives whose structures are represented by Formula I, are disclosed, as are methods of using those compounds and others of Formula II to treat monocyte-mediated disorders and autoimmune diseases.

  本发明揭示了结构由公式I表示的新腺嘌呤衍生物，以及使用这些化合物和公式II中的其他化合物治疗单核细胞介导的疾病和自身免疫性疾病的方法。
• Method for the synthesis of isoguanosine and its 2'-derivatives
  申请人：Bayer Corporation

  公开号：EP1097939A2

  公开（公告）日：2001-05-09

  Methods are provided for substantially reducing background signals encountered in nucleic acid hybridization assays. The method is premised on the elimination or significant reduction of the phenomenon of nonspecific hybridization, so as to provide a detectable signal which is produced only in the presence of the target polynucleotide of interest. In addition, a novel method for the chemical synthesis of isoguanosine or 2'-deoxy-isoguanosine is provided. The invention also has applications in antisense and aptamer therapeutics and drug discovery.

  本发明提供了大幅降低核酸杂交试验中背景信号的方法。该方法的前提是消除或显著减少非特异性杂交现象，从而提供仅在目标多核苷酸存在时才会产生的可检测信号。此外，本发明还提供了一种化学合成异鸟苷或 2'- 脱氧异鸟苷的新方法。本发明还可应用于反义和适配体疗法以及药物发现。