5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2',3'-dideoxythymidine | 131118-68-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2',3'-dideoxythymidine
• 英文别名: 1-[(2R,5S)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 131118-68-8
• 化学式: C₁₆H₂₈N₂O₄Si
• 分子量: 340.495
• InChiKey: MUBOJBGRIODXHP-QWHCGFSZSA-N

物化性质

• 熔点：
  125-128 °C
• 密度：
  1.086±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.54
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  67.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2',3'-dideoxythymidine 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 以96%的产率得到2',3'-二脱氧胸苷
  参考文献：
  名称：

  C3'修饰核苷的合成，用于选择性生成C3'-Deoxy-3'-胸苷基自由基：LEE诱导DNA损伤的拟议中间体

  摘要：

  据信由低能电子（LEE）诱导的DNA损伤途径涉及2-脱氧核糖自由基的形成。这些自由基形成在核苷酸的C3'和C5'位置，是通过将LEEs从核碱基转移至DNA寡聚体的磷酸基团而裂解C–O磷酸二酯键的结果。已经获得了大量信息，以阐明通过该过程形成的未修饰寡核苷酸产物的身份。然而，关于由这些糖基的降解形成的修饰病变的性质的信息很少。确定通过2'，3'-二脱氧-C3'-胸苷基（C3'dephos糖自由基），苯基硒化物和酰基修饰的糖以及核苷衍生物已经合成，并且已经评估了它们作为目标自由基的光化学前体的适用性。在存在氢原子供体三丁基锡氢化物的情况下，对C3'衍生的核苷进行光化学活化后，形成2'，3'-二脱氧胸苷，表明选择性生成了C3'磷酸基团。这些前体将使鉴定和量化由LEEs产生的自由基引起的DNA损伤的产物成为可能。

  DOI：

  10.1021/jo300045m
• 作为产物：
  描述：

  5’-O-(叔丁基二甲基甲硅烷基)胸苷 在 偶氮二异丁腈 、 三正丁基氢锡 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 9.5h， 生成 5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2',3'-dideoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  六呋喃糖基胸苷通过两个环外羟基插入寡聚脱氧核苷酸。寡核苷酸的合成和RNase H的活性。

  摘要：

  六呋喃糖基核苷被认为是使用呋喃糖环将二醇主链连接至核碱基的构象受限的无环核苷。从胸腺嘧啶合成1-（2,3-二脱氧-β-D-赤型-六呋喃糖基）胸腺嘧啶的亚磷酰胺，并在C-5'处形成新的立体中心，并将核苷用于寡脱氧核苷酸（ODN）的合成。与野生型寡核苷酸相比，混合序列ODN与互补DNA和RNA的结合显示出降低的亲和力。在poly alphaT序列的中间插入导致ODN / dA（14）双链体在低离子强度下稳定，但与d（alphaT）（14）/ dA（14）相比，在中等和高盐缓冲液中观察到了下降。β和呋喃呋喃糖基胸苷都可以被RNase H裂解3'的互补混合序列RNA

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2004.03.053

文献信息

• NMR studies of pyrimidinic nucleosides derived from 2,3-dideoxy-<scp>d</scp> -ribose with inhibitory activity on LINE-1 mobility
  作者：Guillermo Banuelos-Sanchez、Francisco Franco-Montalban、Juan A. Tamayo

  DOI：10.1002/mrc.4942

  日期：2020.1

  their minimal NMR data described in Reference 10. Here in this work, we describe the complete H and C signals assignment of these 36 nucleosides having pyrimidine, 5‐ aza‐pyrimidine, and 6‐aza‐pyrimidine bases with 2,3‐ dideoxy‐D‐ribose, both 5′‐O‐protected and unprotected (1–36), by means of its 2‐D spectra as well as 1D‐NOE experiments. In addition, and as previously reported by Okabe and Lin, we

  嘧啶核苷类似物具有很高的药理学价值。它们显示出非常有用的抗 VIH、乙型肝炎病毒和抗癌活性的抗病毒活性，目前用于治疗这些疾病。鉴于其重要性，许多科学家修改了这些核苷类似物的结构，以寻求改善其特性、靶向特异性、功效并降低其毒性。由于这项研究，一些类似物被描述为具有改进的特性，其中包括源自 2,3-双脱氧-D-核糖的核苷，如齐多夫定 (AZT)、去羟肌苷 (ddI) 和扎西他滨 (ddC)。许多研究人员还研究了这些化合物的核磁共振谱。特别是，他们描述了异头构型对化合物中的 H 和 C NMR 信号的影响，例如，腺苷核苷或异核苷。作为我们抑制转座因子（如 LINE-1）研究的一部分，我们合成了（方案 1）18 种 2',3'-双脱氧核糖核苷性质的核苷类似物（化合物 1-18，图 1）及其相应的前体（化合物 19-36，图 2）和针对哺乳动物 LINE-1 逆转录转座的 1-18 检测，获得了非常
• Synthesis and Characterization of Specific Reverse Transcriptase Inhibitors for Mammalian LINE-1 Retrotransposons
  作者：Guillermo Banuelos-Sanchez、Laura Sanchez、Maria Benitez-Guijarro、Valentin Sanchez-Carnerero、Carmen Salvador-Palomeque、Pablo Tristan-Ramos、Meriem Benkaddour-Boumzaouad、Santiago Morell、Jose L. Garcia-Puche、Sara R. Heras、Francisco Franco-Montalban、Juan A. Tamayo、Jose L. Garcia-Perez

  DOI：10.1016/j.chembiol.2019.04.010

  日期：2019.8

  LINE-1-retroelements use different mechanisms for retrotransposition, although both involve the reverse transcription of an intermediate retroelement-derived RNA. Retrotransposon activity continues to effect the germline and somatic genomes, generating interindividual variability over evolution and potentially influencing cancer and brain physiology, respectively. However, relatively little is known about

  逆转座子是在哺乳动物基因组中扩增到惊人数量的一种可转座元件（TE），包括超过三分之一的人类和小鼠基因组。长时间散布的1类元素（LINE-1或L1）反转录转座子丰富，目前在人类和小鼠基因组中具有活跃的反转录元件。同样，两个基因组中都含有长末端重复序列（LTR）的逆转座子，尽管仅在小鼠中有活性。LTR和LINE-1-逆转录元件使用不同的逆转座子机制，尽管两者都涉及中间逆向元件衍生的RNA的逆转录。反转录转座子的活性继续影响种系和体细胞基因组，在进化过程中产生个体差异，并分别影响癌症和脑部生理。然而，关于逆转座的功能后果知之甚少。在这项研究中，我们已经合成和表征了针对哺乳动物LINE-1逆转座子的逆转录酶抑制剂，这可能有助于破译体内逆转座子的功能。
• Preparation of 4′-benzenesulfonyl-3′-deoxythymidine and its reaction with organoaluminum and organosilicon reagents
  作者：Hisashi Shimada、Satoshi Kikuchi、Kazuhiro Haraguchi、Hiromichi Tanaka

  DOI：10.1016/j.carres.2010.09.009

  日期：2010.12

  4'-benzenesulfonyl derivative of 3'-deoxythymidine was prepared from 3'-deoxythymidine-5'-aldehyde. The 4'-benzenesulfonyl leaving group undergoes a nucleophilic substitution with organoaluminum and organosilicon reagents to furnish a variety of 4'-substituted (Me, Et, i-Bu, trimethylsilylethynyl, CH(2)CH=CH(2), CN, N(3)) analogues.

  由3′-脱氧胸苷-5′-醛制备3′-脱氧胸苷的4′-苯磺酰基衍生物。4'-苯磺酰基离去基团经过有机铝和有机硅试剂进行亲核取代，以提供各种4'-取代的（Me，Et，i-Bu，三甲基甲硅烷基乙炔基，CH（2）CH = CH（2），CN，N （3））类似物。
• Synthesis and Properties of FluorescentcycloSal Nucleotides Based on the Pyrimidine Nucleoside m5K and Its 2′,3′-Dideoxy Analog dm5K
  作者：Henning J. Jessen、Wolfgang Fendrich、Chris Meier

  DOI：10.1002/ejoc.200500532

  日期：2006.2

  The synthesis of the fluorescent thymidine nucleoside analog 5-methyl-pyrimidin-2-one nucleoside 1 (m5K) and that of its 2′,3′-dideoxy derivative 2 (dm5K) are described. Moreover, the conversion of 1 and 2 into the corresponding 3-methyl-cycloSal-phosphate triesters 11 and 12 or an enzyme-cleavable prodrug 5-acetoxymethylpropionate-cycloSal-phosphate triester 13, and the fluorescence and hydrolysis

  描述了荧光胸苷核苷类似物 5-methyl-pyrimidin-2-one nucleoside 1 (m5K) 及其 2',3'-dideoxy 衍生物 2 (dm5K) 的合成。此外，1和2转化为相应的3-甲基-环Sal-磷酸三酯11和12或酶可裂解的前药5-乙酰氧基甲基丙酸酯-环Sal-磷酸三酯13，以及这些新的亲脂性三酯的荧光和水解特性报道。最后，在细胞提取物水解实验和细胞摄取模型研究中证明了这些 cycloSal 前核苷酸作为探针的适用性。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2006)
• [EN] PROPARGYL SUBSTITUTED NUCLEOSIDE COMPOUNDS AND METHODS<br/>[FR] COMPOSES DE NUCLEOSIDE SUBSTITUES PAR PROPARGYLE ET METHODES ASSOCIEES
  申请人：APPLERA CORP

  公开号：WO2005063787A3

  公开（公告）日：2005-08-04