D-Ribamin

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: D-Ribamin
• 英文别名: D-ribitylamine；1-amino-1-deoxy-D-ribitol；ribitylamine；(2R,3S,4S)-5-aminopentane-1,2,3,4-tetraol；(2R,3S,4S)-5-aminopentane-1,2,3,4-tetrol
• 化学式: C₅H₁₃NO₄
• 分子量: 151.163
• InChiKey: RNHXWPCUJTZBAR-LMVFSUKVSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.7
• 重原子数：
  10
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  1.0
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  D-Ribamin 在 palladium on activated charcoal 、 氢气 、 溶剂黄146 、 三乙胺 、 sodium nitrite 作用下， 以 水 、 乙二醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 ethyl N-[2,4-dioxo-6-[[(2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrahydroxypentyl]amino]-1H-pyrimidin-5-yl]carbamate
  参考文献：
  名称：

  在回收内体中访问MR1的MAIT细胞前药激动剂的化学合成，稳定性和活性。

  摘要：

  粘膜相关不变性T（MAIT）细胞是抗菌效应T细胞，可与源自单态分子MR1的细菌核黄素合成的嘧啶反应。MAIT细胞研究中的主要挑战是常用的MAIT激动剂前体5-氨基-6-d-核糖胺基尿嘧啶（5-A-RU）对自氧化不稳定，导致生物活性丧失。在这里，我们通过LCMS描述了两个独立的自氧化过程。为了克服明显的不稳定性，我们报道了通过用可裂解的缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苯甲酸氨基甲酸酯修饰5-氨基而生成的5-A-RU前药的合成。该化合物以前药形式稳定，只有在酶促裂解后才释放母体胺（即5-A-RU）。与5-A-RU相比，对前药的体外和体内分析显示MAIT细胞活化特性增强，这与循环内体中的优先加载有关，这是某些天然激动剂使用的途径。因此，该前药设计克服了生物学研究中与5-A-RU相关的难题，并为探索不同的呈递途径提供了机会。

  DOI：

  10.1021/acschembio.9b00902
• 作为产物：
  描述：

  D-核糖 在 platinum(IV) oxide 、 盐酸羟胺 、 氢气 、 sodium methylate 、 溶剂黄146 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 20.0~70.0 ℃ 、310.27 kPa 条件下， 生成 D-Ribamin
  参考文献：
  名称：

  醇、二醇和碳水化合物取代的茚并异喹啉作为拓扑异构酶 I 抑制剂：研究涉及立体化学、氢键和生物活性的关系

  摘要：

  DNA松弛酶拓扑异构酶I（Top1）可以被杂环化合物如吲哚并咔唑和茚并异喹啉抑制。碳水化合物和含羟基的侧链对于吲哚并咔唑的生物活性是必不可少的。目前的研究调查了如何将相似的功能“转化”到茚并异喹啉系统，以及立体化学和氢键如何影响生物活性。本文描述了用短链醇、二醇和碳水化合物取代的茚并异喹啉的制备和测定。几种化合物（包括那些来自糖的化合物）显示出有效的 Top1 中毒和抗增殖活性。二醇取代的茚并异喹啉的 Top1 中毒活性取决于立体化学。虽然效果惊人，由于配体和 Top1-DNA 复合物之间类似的计算相互作用以及结合模式的模糊性，分子建模和对接研究没有表明活性差异的任何原因。还观察到碳水化合物衍生的茚并异喹啉具有立体化学依赖性。尽管在其他类别的 Top1 抑制剂中观察到了类似的趋势，但这种效应的确切性质尚未阐明。

  DOI：

  10.1021/jm101338z

文献信息

• Aminopolyols from Carbohydrates: Amination of Sugars and Sugar‐Derived Tetrahydrofurans with Transaminases
  作者：Fabiana Subrizi、Laure Benhamou、John M. Ward、Tom D. Sheppard、Helen C. Hailes

  DOI：10.1002/anie.201813712

  日期：2019.3.18

  strategies. Demonstrated here is the reaction of TAms with sugar‐derived tetrahydrofuran (THF) aldehydes, obtained from the regioselective dehydration of biomass‐derived sugars, to provide access to cyclic aminodiols in high yields. In a preliminary study we have also established the direct transamination of sugars to give acyclic aminopolyols. Notably, the reaction of the ketose d‐fructose proceeds with

  碳水化合物是生物质的主要组成部分，由于其成本低、易于获得和立体化学多样性，作为化学品、材料和生物燃料的可持续来源具有独特的潜力。为了升级碳水化合物以获得有价值的含氮糖类化合物（例如氨基多元醇），使用转氨酶（TAms）的生物催化胺化已被研究作为传统合成策略的可持续替代方案。这里展示了 TAms 与糖衍生的四氢呋喃 (THF) 醛的反应，该醛是通过生物质衍生的糖的区域选择性脱水获得的，从而以高产率获得环状氨基二醇。在一项初步研究中，我们还建立了糖的直接转氨基作用以产生无环氨基多元醇。值得注意的是，酮糖d-果糖的反应以完全立体选择性进行，产生高纯度的有价值的氨基糖。
• An <i>in vitro–in vivo</i> sequential cascade for the synthesis of iminosugars from aldoses
  作者：Justyna Kuska、Freya Taday、Kathryn Yeow、James Ryan、Elaine O'Reilly

  DOI：10.1039/d1cy00698c

  日期：——

  Here, we report a chemoenzymatic approach for the preparation of a small panel of biologically important iminosugars from readily available aldoses, employing a transaminase in combination with Gluconobacter oxydans whole cells.

  在这里，我们报告了一种化学酶法，用于从易于获得的醛糖制备一组具有重要生物学意义的亚硝基糖，方法是使用转氨酶与氧化葡萄糖菌全细胞结合。

• Synthesis and Biological Evaluation of New Carbohydrate-Substituted Indenoisoquinoline Topoisomerase I Inhibitors and Improved Syntheses of the Experimental Anticancer Agents Indotecan (LMP400) and Indimitecan (LMP776)
  作者：Daniel E. Beck、Keli Agama、Christophe Marchand、Adel Chergui、Yves Pommier、Mark Cushman

  DOI：10.1021/jm401814y

  日期：2014.2.27

  Carbohydrate moieties were strategically transported from the indolocarbazole topoisomerase I (Top1) inhibitor class to the indenoisoquinoline system in search of structurally novel and potent Top1 inhibitors. The syntheses and biological evaluation of 20 new indenoisoquinolines glycosylated with linear and cyclic sugar moieties are reported. Aromatic ring substitution with 2,3-dimethoxy-8,9-methylenedioxy

  碳水化合物部分被策略性地从吲哚并咔唑拓扑异构酶 I (Top1) 抑制剂类转移到茚并异喹啉系统，以寻找结构新颖且有效的 Top1 抑制剂。报告了 20 种新型茚并异喹啉糖基化的线性和环状糖基的合成和生物学评价。2,3-二甲氧基-8,9-亚甲二氧基或3-硝基的芳环取代对抗增殖和Top1抑制活性有很强的影响。虽然碳水化合物侧链的长度与抗增殖活性明显相关，但立体化学和生物活性之间的关系不太清楚。12 种新茚并异喹啉表现出等于或优于喜树碱的 Top1 抑制活性。
• Design, Synthesis, and Evaluation of 9-<scp>d</scp>-Ribitylamino-1,3,7,9-tetrahydro-2,6,8-purinetriones Bearing Alkyl Phosphate and α,α-Difluorophosphonate Substituents as Inhibitors of Riboflavin Synthase and Lumazine Synthase
  作者：Mark Cushman、Thota Sambaiah、Guangyi Jin、Boris Illarionov、Markus Fischer、Adelbert Bacher

  DOI：10.1021/jo030278k

  日期：2004.2.1

  consistent with the observed increase in Km of the 3,4-dihydroxybutanone-4-phosphate substrate from 5.2 μM in Tris buffer or from 6.7 μM in MOPS buffer to 50 μM in phosphate buffer when tested on Bacillus subtilis lumazine synthase. However, when tested in Tris buffer vs Mycobacterium tuberculosis lumazine synthase, three of the phosphate inhibitors displayed inhibition constants in the 4−5 nM range

  Lumazine合酶和核黄素合酶催化核黄素的生物合成中的最后两个步骤，核黄素是电子传输过程中必需的代谢产物。为了获得这两种酶的结构探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂，合成了一系列带有烷基磷酸酯和α，α-二氟膦酸酯取代基的核嘌呤嘌呤三酮。由于嘌呤三酮环系统和核糖基羟基可被烷基化，因此在进行所需的烷基化反应之前，合成需要以保护形式生成这两个部分。这些物质被设计为会与其磷酸结合位点结合的鲁那嗪合酶的中间类似物抑制剂。发现所有化合物都是这两种化合物的有效抑制剂。枯草芽孢杆菌lumazine合酶以及大肠杆菌核黄素合酶。3-（1,3,7,9-四氢-9- d -ribityl-2,6,8-三氧嘌呤-7-基）丙烷1-磷酸结合的分子模型为这些化合物的结构提供了结构解释能够有效抑制两种酶。有趣的是，与母体嘌呤三酮相比，这些新化合物的酶动力学出乎意料地证明了磷酸酯和膦酸酯取代基对结合起了负面作用。这些对l
• Agonistic or antagonistic mucosal-associated invariant T (MAIT) cell activity is determined by the 6-alkylamino substituent on uracil MR1 ligands
  作者：Chriselle D. Braganza、Chihiro Motozono、Koh-Hei Sonoda、Sho Yamasaki、Kensuke Shibata、Mattie S. M. Timmer、Bridget L. Stocker

  DOI：10.1039/d0cc00247j

  日期：——

  The 6-alkylamino side chain of aminouracil MR1 ligands controls MAIT cell agonistic or antagonistic activity.

  6-烷基氨基尿嘧啶MR1配体的侧链控制MAIT细胞的激动或拮抗活性。