benzyl N-tris[(2-carboxyethyloxy)methyl]methylcarbamate | 200133-16-0

• 物质功能分类: 生物化工 - 氨基酸及其衍生物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: benzyl N-tris[(2-carboxyethyloxy)methyl]methylcarbamate
• 英文别名: 3,3’-((2-(((benzyloxy)carbonyl)amino)-2-((2-carboxyethoxy)methyl)propane-1,3-diyl)bis(oxy))dipropionic acid；3-[2-Benzyloxycarbonylamino-3-(2-carboxy-ethoxy)-2-(2-carboxy-ethoxymethyl)-propoxy]-propionic acid；3-[3-(2-carboxyethoxy)-2-(2-carboxyethoxymethyl)-2-(phenylmethoxycarbonylamino)propoxy]propanoic acid
• CAS: 200133-16-0
• 化学式: C₂₁H₂₉NO₁₁
• 分子量: 471.461
• InChiKey: NQLURFNELQYXEY-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  745.9±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.338±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.6
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  19
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.52
• 拓扑面积：
  178
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  11

安全信息

• 危险性防范说明：
  P264,P280,P302+P352,P337+P313,P305+P351+P338,P362+P364,P332+P313
• 危险性描述：
  H315,H319
• 储存条件：
  室温、密闭保存，并保持干燥。

制备方法与用途

概述

3,3'-[[2-(CBZ-氨基)-2-[(2-羧基乙氧基)甲基]丙烷-1,3-二基]双(氧基)]二丙酸是一种复杂的有机化合物，主要用于合成多肽和蛋白质。这种化合物通常用作偶联剂，激活氨基酸上的羧基，从而促进肽键的形成。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  benzyl N-tris[(2-carboxyethyloxy)methyl]methylcarbamate 在 palladium on activated charcoal 氢气 、 对甲苯磺酸 作用下， 以 乙醇 、 苯 为溶剂， 生成 3-[2-Amino-3-(2-ethoxycarbonyl-ethoxy)-2-(2-ethoxycarbonyl-ethoxymethyl)-propoxy]-propionic acid ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  Self-Association of Protected Newkome-Type Second-Generation Dendrimers at Nanomolar Level Concentrations in Aqueous Solution

  摘要：

  Protected Newkome-type second-generation dendrimers (based on Lin's amine) were synthesized with a pyrene moiety attached to the core. The photophysical property in aqueous solution of the protected dendrimers shows self-association behavior in water. Pyrene excimer emission at 475 nm is observed in water even at very low concentrations of protected dendrimer (ca. 5 x 10(-8) M). This emission band is absent in other solvents even up to a concentration of 10(-5) M. The corresponding unprotected dendrimer does not show the pyrene excimer fluorescence. The amide of pyrene butyric acid with tert-butylamine shows the formation of excimer, albeit with very low intensity. Quenching studies on the dendrimer with hydrophilic quencher iodide anion (I-) reveal that there is significant quenching of fluorescence intensity in the case of N-tert-butyl-4-pyren-1-ylbutyramide as compared to that of the pyrene-attached second-generation protected dendrimer. This shows that the pyrene moiety in the case of the protected dendrimer is significantly shielded from the surrounding.

  DOI：

  10.1021/ma0498215
• 作为产物：
  描述：

  tris(cyanoethoxymethyl)aminomethane 在 硫酸 、 sodium carbonate 、 sodium hydroxide 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 水 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 benzyl N-tris[(2-carboxyethyloxy)methyl]methylcarbamate
  参考文献：
  名称：

  与三个顺序连接的N-乙酰半乳糖胺部分相连的肽核酸向肝细胞的受体特异性传递。

  摘要：

  肽核酸（PNA）是DNA类似物，它们以序列特异性方式与DNA和RNA高亲和力结合，但细胞通透性差，限制了其作为治疗剂的用途。此处描述的工作是受最近报道的，即通过与三触角N-乙酰半乳糖胺（GalNAc）（脱唾液酸糖蛋白受体（ASGPR）识别的配体）缀合的小干扰RNA在肝细胞中有效进行基因沉默所激发。的PNA缀合到在N末端或者三触角的GalNAc（支化结构），或位于C锚定的单体的GalNAc部分γ的三个连续的PNA单体的ñ - （2-氨基乙基）甘氨酸（AEG在固相上合成支架（顺序结构）。如紫外和圆二色光谱法所示，它们与互补的DNA和RNA形成双链体。GalNAc偶联的PNA的荧光标记类似物被表达ASGPR的HepG2细胞内在化，但缺少该受体的HEK-293细胞却不吸收。如共聚焦显微镜所证实的，相继缀合物比分支缀合物更有效地内化到HepG2细胞中，大约13倍。此处提出的结果突出了GalNAc偶联

  DOI：

  10.1021/acs.joc.0c00601

文献信息

• CARBOHYDRATE CONJUGATES AS DELIVERY AGENTS FOR OLIGONUCLEOTIDES
  申请人：Alnylam Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US20160051691A1

  公开（公告）日：2016-02-25

  The present invention provides iRNA agents comprising at least one subunit of the formula (I): wherein: A and B are each independently for each occurrence O, N(R N ) or S; X and Y are each independently for each occurrence H, OH, a hydroxyl protecting group, a phosphate group, a phosphodiester group, an activated phosphate group, an activated phosphite group, a phosphoramidite, a solid support, —P(Z′)(Z″)O-nucleoside, —P(Z′)(Z″)O-oligonucleotide, a lipid, a PEG, a steroid, a lipophile, a polymer, —P(Z′)(Z″)O-Linker-OP(Z′″)(Z″″)O-oligonucleotide, a nucleotide, an oligonucleotide, —P(Z′)(Z″)-formula(I), —P(Z′)(Z″)— or -Linker-R; R is L G , -Linker-L G , or has the structure shown below: L G is independently for each occurrence a carbohydrate, e.g., monosaccharide, disaccharide, trisaccharide, tetrasaccharide, oligosaccharide, polysaccharide; R N is independently for each occurrence H, methyl, ethyl, propyl, isopropyl, butyl, or benzyl; and Z′, Z″, Z′″ and Z″″ are each independently for each occurrence O or S.

  本发明提供了包含至少一个式(I)的亚单位的iRNA试剂： 其中： A和B分别独立于每次出现O、N(RN)或S； X和Y分别独立于每次出现H、OH、一个羟基保护基团、一个磷酸基团、一个磷酸二酯基团、一个活化磷酸基团、一个活化亚磷酸基团、一个磷酰胺基团、一个固相支持、-P(Z')(Z″)O-核苷、-P(Z')(Z″)O-寡核苷酸、一个脂质、一个PEG、一个类固醇、一个亲脂物质、一个聚合物、-P(Z')(Z″)O-连接子-OP(Z′″)(Z″″)O-寡核苷酸、一个核苷酸、一个寡核苷酸、-P(Z')(Z″)-式(I)、-P(Z')(Z″)-或-连接子-R； R是LG、-连接子-LG，或具有下面所示结构： LG独立于每次出现的是一种碳水化合物，例如，单糖、双糖、三糖、四糖、寡糖、多糖； RN独立于每次出现的是H、甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基或苄基； Z'、Z″、Z′″和Z″″分别独立于每次出现的是O或S。
• Affinity Enhancement by Dendritic Side Chains in Synthetic Carbohydrate Receptors
  作者：Harry Destecroix、Charles M. Renney、Tiddo J. Mooibroek、Tom S. Carter、Patrick F. N. Stewart、Matthew P. Crump、Anthony P. Davis

  DOI：10.1002/anie.201409124

  日期：2015.2.9

  Dendritic side chains have been used to modify the binding environment in anthracene‐based synthetic carbohydrate receptors. Control of length, charge, and branching enabled the positioning of side‐chain carboxylate groups in such a way that they assisted in binding substrates rather than blocking the cavity. Conformational degeneracy in the dendrimers resulted in effective preorganization despite

  树突侧链已被用来修饰基于蒽的合成碳水化合物受体的结合环境。长度、电荷和支化的控制使得侧链羧酸酯基团的定位能够帮助结合底物而不是阻塞空腔。尽管系统具有灵活性，但树枝状聚合物的构象简并性导致了有效的预组织。观察到与水中的葡萄糖铵离子的强结合，K a 值高达7000  M -1。尽管存在溶剂竞争且不存在静电相互作用，但对不带电底物（葡萄糖和N-乙酰氨基葡萄糖）的亲和力也得到增强。
• [EN] CONJUGATED ANTISENSE COMPOUNDS AND THEIR USE<br/>[FR] COMPOSÉS ANTISENS CONJUGUÉS ET LEUR UTILISATION
  申请人：ISIS PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2014179620A1

  公开（公告）日：2014-11-06

  Provided herein are oligomeric compounds with conjugate groups. In certain embodiments, the oligomeric compounds are conjugated to N-Acetylgalactosamine.

  本文提供了具有共轭基团的寡聚化合物。在某些实施例中，这些寡聚化合物与N-乙酰半乳糖结合。
• [EN] TARGETED THERAPEUTIC NUCLEOSIDES AND THEIR USE<br/>[FR] NUCLÉOSIDES THÉRAPEUTIQUES CIBLÉES ET LEUR UTILISATION
  申请人：ISIS PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2015042447A1

  公开（公告）日：2015-03-26

  Provided herein are compounds comprising one or more therapeutic nucleosides and one or more targeting groups. In certain embodiments, the compounds further comprise one or more oligonucleotides. In certain embodiments, a targeting group comprises one or more N-Acetylgalactosamine.

  本文提供的化合物包括一个或多个治疗性核苷和一个或多个靶向基团。在某些实施例中，这些化合物进一步包括一个或多个寡核苷酸。在某些实施例中，一个靶向基团包括一个或多个N-乙酰半乳糖胺。
• Quantifying the Effect of Surface Ligands on Dendron-DNA Interactions: Insights into Multivalency through a Combined Experimental and Theoretical Approach
  作者：Simon P. Jones、Giovanni M. Pavan、Andrea Danani、Sabrina Pricl、David K. Smith

  DOI：10.1002/chem.200902546

  日期：2010.4.19

  modest). In order to provide deeper insight into the experimental data, we performed a molecular dynamics simulation of the interactions between the dendrons and DNA. The results of these simulations demonstrated that, in general terms, the enthalpic contribution to binding was roughly proportional to the dendron surface charge, but that dendrons with DAP (and DAPMA) surface amines had significant entropic

  我们报告的合成，DNA结合能力，并与不同的胺表面基团，1,3-二氨基丙烷（DAP）树突的初步基因递送简档，Ñ，ñ -二（3-氨基丙基） - ñ-（甲基）胺（DAPMA）和精胺（SPM）。通过结合使用溴化乙锭置换，凝胶电泳和转染分析，表明具有SPM基团的树突是最有效的DNA结合物，而DAPMA功能化的树突是最有效的基因传递系统（尽管基因传递）个人资料仍然不多）。为了更深入地了解实验数据，我们对树枝状分子与DNA之间的相互作用进行了分子动力学模拟。这些模拟的结果表明，总的来说，焓对结合的贡献大致与树突表面电荷成正比，但是具有DAP（和DAPMA）表面胺的树突具有与DNA结合的显着熵成本。对于DAP，这是由于必须对整个树状结构进行组织以使每个单胺电荷与DNA有效接触这一事实的结果。但是，对于SPM，每个表面配体已经是多价三胺，因此，每个单个电荷的结合熵成本都低得多。对于DAPMA，我们观察到受阻