1,3,2′,6′,2‴,6‴-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5″-O-(2,4,6-triisopropylbenzenesulfonyl)-neomycin | 241820-93-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1,3,2′,6′,2‴,6‴-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5″-O-(2,4,6-triisopropylbenzenesulfonyl)-neomycin
• 英文别名: 1,3,2',6',2''',6'''-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5''-O-(2,4,6-triisopropylbenzenesulfonyl)-neomycin B；5''-O-TIPS-Boc6-neomycin B；5″-O-TIPS-Boc₆-neomycin B
• CAS: 241820-93-9
• 化学式: C₆₈H₁₁₆N₆O₂₇S
• 分子量: 1481.76
• InChiKey: QZUGIYUDQPWCKQ-ZGVPXIBESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.28
• 重原子数：
  102.0
• 可旋转键数：
  21.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.82
• 拓扑面积：
  450.11
• 氢给体数：
  12.0
• 氢受体数：
  27.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1,3,2′,6′,2‴,6‴-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5″-O-(2,4,6-triisopropylbenzenesulfonyl)-neomycin 在 sodium azide 、 palladium on activated charcoal 、 氢气 作用下， 以 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙醇 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 hexa-N-Boc deoxy-neomycin-5’’-amine
  参考文献：
  名称：

  Utilization of chromic polydiacetylene assemblies as a platform to probe specific binding between drug and RNA

  摘要：

  识别核酸仍然是生物学中的重要工作。

  DOI：

  10.1039/c7ra07178g
• 作为产物：
  描述：

  2,4,6-三异丙基苯磺酰氯 、 hexa-N-Boc neomycin B 在 吡啶 作用下， 反应 40.0h， 以50%的产率得到1,3,2′,6′,2‴,6‴-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5″-O-(2,4,6-triisopropylbenzenesulfonyl)-neomycin
  参考文献：
  名称：

  Pyrene–neomycin conjugate: dual recognition of a DNA triple helixElectronic supplementary information (ESI) available: NMR spectra, UV spectra, extinction coefficients, melting curves of pyrene–neomycin conjugate, details of modeling studies. See http://www.rsc.org/suppdata/cc/b1/b108171c/

  摘要：

  我们报道了芘-新霉素 conjugate 的合成及其稳定 DNA/RNA 三重螺旋的能力。

  DOI：

  10.1039/b108171c

文献信息

• Assisted enzyme replacement therapy
  申请人：Esko Jeffrey D.

  公开号：US09889182B2

  公开（公告）日：2018-02-13

  Reagents and methods useful for the synthesis of conjugates comprising guanidinylated cyclic acetals are provided. Also provided are methods for increasing the cellular uptake of various therapeutic compounds and treatment modalities using these conjugates.

  提供了用于合成包含胍基化环状缩醛的结合物的试剂和方法。还提供了利用这些结合物增加各种治疗化合物的细胞摄取和治疗方法。
• Synthesis of nucleobase-neomycin conjugates and evaluation of their DNA binding, cytotoxicities, and antibacterial properties
  作者：Siwen Wang、Mandeep Singh、Mingheng Ling、Danni Li、Krege M. Christison、Joan Lin-Cereghino、Geoff P. Lin-Cereghino、Liang Xue

  DOI：10.1007/s00044-018-2169-x

  日期：2018.5

  nucleobase and neomycin conjugates via click chemistry. All four conjugates stabilized a DNA oligonucleotide triplex in the thermal denaturation experiments monitored by UV. The guanine-neomycin conjugate (6b) showed a better triplex stabilization effect than neomycin. All the conjugates, as well as neomycin, exhibited no thermal stabilization effect on a human telomeric DNA G-quadruplex. These results

  已知新霉素优先结合A型核酸结构，包括三链DNA，DNA和RNA杂合体以及双链RNA。将DNA嵌入剂部分束缚到新霉素环III的C5”位置是一种通过协同作用开发靶向各种核酸二级结构的有效结合剂的实用方法。然而，展示该效果所需的插入部分的最小堆积表面仍不清楚。在目前的工作中，我们通过点击化学合成了四个核碱基和新霉素结合物。在紫外监测的热变性实验中，所有四种缀合物均稳定了DNA寡核苷酸三链体。鸟嘌呤-新霉素结合物（6b）显示出比新霉素更好的三链体稳定作用。所有缀合物以及新霉素对人端粒DNA G-四链体均无热稳定作用。这些结果表明结合的协同作用在很大程度上取决于缀合物的堆积部分的表面积。此外，将核碱基拴系在新霉素的C5”位置可增强新霉素对MCF-7和HeLa癌细胞的细胞毒性，但会降低新霉素对几种革兰氏阴性和革兰氏阳性细菌的抗菌作用。
• Enhanced RNA binding of dimerized aminoglycosides
  作者：Katja Michael、Hai Wang、Yitzhak Tor

  DOI：10.1016/s0968-0896(99)00071-1

  日期：1999.7

  symmetrical and nonsymmetrical dimeric aminoglycosides. These unnatural derivatives were compared to their natural "monomeric" counterparts in their ability to inhibit the Tetrahymena ribozyme. The dimeric aminoglycosides inhibit ribozyme function 20 to 1.2 x 10(3) fold more effectively than their natural parent compounds. The inhibition curves of dimeric aminoglycosides have characteristic shapes suggesting

  氨基糖苷类抗生素最近已成为一个有趣的RNA结合分子家族，它们已成为设计新型RNA配体的主要结构。氨基糖苷-RNA识别现象的去神秘化是开发高级结合剂所必需的。为了探索大RNA分子中多个结合位点的存在，我们合成了共价连接的对称和非对称二聚氨基糖苷。将这些非天然衍生物与它们的天然“单体”对应物在抑制四膜虫核酶方面的能力进行了比较。二聚氨基糖苷比其天然母体化合物更有效地抑制核酶功能20到1.2 x 10（3）倍。二聚氨基糖苷的抑制曲线具有特征性形状，表明在核酶的三维折叠中存在至少两个高亲和力结合位点。提出了二聚氨基糖苷与RNA分子的两个互补位点的相互作用。这种结合基序可能对靶向细菌和病毒病原体的关键RNA分子的新药物的开发有影响。
• Rapid Synthesis, RNA Binding, and Antibacterial Screening of a Peptidic-Aminosugar (PA) Library
  作者：Liuwei Jiang、Derrick Watkins、Yi Jin、Changjun Gong、Ada King、Arren Z. Washington、Keith D. Green、Sylvie Garneau-Tsodikova、Adegboyega K. Oyelere、Dev P. Arya

  DOI：10.1021/cb5010367

  日期：2015.5.15

  215-member mono- and diamino acid peptidic-aminosugar (PA) library, with neomycin as the model aminosugar, was systematically and rapidly synthesized via solid phase synthesis. Antibacterial activities of the PA library, on 13 bacterial strains (seven Gram-positive and six Gram-negative bacterial strains), and binding affinities of the PA library for a 27-base model of the bacterial 16S ribosomal A-site

  通过固相合成系统快速地合成了一个由215名成员组成的单氨基酸和二氨基酸肽氨基糖（PA）文库，其中新霉素为氨基糖模型。使用以下方法评估了PA文库对13种细菌菌株（七株革兰氏阳性和6种革兰氏阴性细菌）的抗菌活性以及PA库对细菌16S核糖体A位RNA的27个碱基的模型的结合亲和力。高通量筛选。使用核糖体结合细菌抑制图（RB-BIP）分析将这两种测定的结果进行关联，以提供结构-活性关系（SAR）信息。通过这项工作，我们确定了可以区分大肠杆菌的PA与人类A位点的A位点的结合亲和力最多相差28倍。氨基糖苷修饰酶活性研究表明，APH（2''）-Ia具有大量PA，几乎完全去除了活性。化合物库的合成和筛选均可快速进行，从而实现了氨基糖苷合成的迭代过程，并筛选了PA库以实现最佳结合和抗菌活性以鉴定铅。
• [EN] ANIONIC CONJUGATES OF GLYCOSYLATED BACTERIAL METABOLITE<br/>[FR] CONJUGUÉS ANIONIQUES D'UN MÉTABOLITE BACTÉRIEN GLYCOSYLÉ
  申请人：GLYCAN BIOSCIENCES PTY LTD

  公开号：WO2010037179A1

  公开（公告）日：2010-04-08

  The invention relates to anionic conjugates of glycosylated bacterial metabolites that may be used to mimic the structure and/or activity of the anionic bioactive molecules known as glycosaminoglycans (GAGs). The invention also relates to processes for the preparation of the conjugates. Such conjugates are useful in the prophylaxis and/or treatment of disease conditions and in particular chronic disease conditions such as inflammatory (including allergic) diseases, metastatic cancers and infection by pathogenic agents including bacteria, viruses or parasites.

  该发明涉及与糖基化细菌代谢产物的阴离子结合物，可用于模拟被称为糖胺聚糖（GAGs）的阴离子生物活性分子的结构和/或活性。该发明还涉及制备这些结合物的过程。这些结合物在预防和/或治疗疾病条件方面具有用处，特别是慢性疾病条件，如炎症（包括过敏）疾病、转移性癌症和感染病原体（包括细菌、病毒或寄生虫）的情况。