5″-azide-1,3,2′,6′,2′″,6′″-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5″-deoxy-neomycin B | 849676-07-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 5″-azide-1,3,2′,6′,2′″,6′″-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5″-deoxy-neomycin B
• 英文别名: 1,3,2′,6′,2‴,6‴-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5″-azido-neomycin；5''-azido-1,3,2',6',2''',6'''-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5''-deoxy-neomycin B；5''-azido-1,3,2',6',2''',6'''-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5''-deoxy-neomycin；D-streptamine；5"-azido-1,3,2',6',2'",6'"-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5"-deoxy-neomycin
• CAS: 849676-07-9
• 化学式: C₅₃H₉₃N₉O₂₄
• 分子量: 1240.37
• InChiKey: VGMVPJYEKHQTFL-VSOBSSQXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.82
• 重原子数：
  86.0
• 可旋转键数：
  16.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.89
• 拓扑面积：
  455.5
• 氢给体数：
  12.0
• 氢受体数：
  25.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5″-azide-1,3,2′,6′,2′″,6′″-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5″-deoxy-neomycin B 在 palladium on activated charcoal 、 氢气 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 9.0h， 生成 hexa-N-Boc deoxy-neomycin-5’’-isothiocyanate
  参考文献：
  名称：

  Methods and compositions related to viral inhibition

  摘要：

  本文揭示了与病毒抑制相关的化合物、组合物和方法。在某些形式中，这些化合物、组合物和方法与结合RNA有关。

  公开号：

  US09072761B2
• 作为产物：
  描述：

  新霉素标液 在 吡啶 、 sodium azide 、 三乙胺 作用下， 以 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 57.0h， 生成 5″-azide-1,3,2′,6′,2′″,6′″-hexa-N-(tert-butoxycarbonyl)-5″-deoxy-neomycin B
  参考文献：
  名称：

  “通过三唑连接的新霉素二聚体识别 HIV TAR RNA”的勘误 [Bioorg. 医学。化学。莱特。21 (2011) 4788–4792]

  摘要：

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2011.12.058

文献信息

• Multivalency in the recognition and antagonism of a HIV TAR RNA–TAT assembly using an aminoglycoside benzimidazole scaffold
  作者：Sunil Kumar、Nihar Ranjan、Patrick Kellish、Changjun Gong、Derrick Watkins、Dev P. Arya

  DOI：10.1039/c5ob02016f

  日期：——

  significantly enhances the thermal stability of HIV TAR RNA and interacts stoichiometrically with HIV TAR RNA with a low nanomolar affinity. 5 displayed enhanced binding compared to its individual building blocks including the neomycin dimer azide and benzimidazole alkyne. In essence, a high affinity multivalent ligand was designed and synthesized to target HIV TAR RNA.

  通过高亲和力结合小分子识别RNA对于扩大现有的RNA识别方法以及开发新型RNA结合药物至关重要。新型新霉素二聚体苯并咪唑共轭物5（DPA 83）的合成是通过将新霉素二聚体与苯并咪唑炔烃偶联，并使用点击化学方法靶向HIV TAR RNA上的多个结合位点。配体5显着增强了HIV TAR RNA的热稳定性，并与化学计量学上相互作用的HIV TAR RNA具有较低的纳摩尔摩尔亲和力。与包括新霉素二聚体叠氮化物和苯并咪唑炔烃在内的各个组成部分相比，图5所示的结合增强。本质上，设计并合成了靶向HIV TAR RNA的高亲和力多价配体。
• Synthesis of nucleobase-neomycin conjugates and evaluation of their DNA binding, cytotoxicities, and antibacterial properties
  作者：Siwen Wang、Mandeep Singh、Mingheng Ling、Danni Li、Krege M. Christison、Joan Lin-Cereghino、Geoff P. Lin-Cereghino、Liang Xue

  DOI：10.1007/s00044-018-2169-x

  日期：2018.5

  nucleobase and neomycin conjugates via click chemistry. All four conjugates stabilized a DNA oligonucleotide triplex in the thermal denaturation experiments monitored by UV. The guanine-neomycin conjugate (6b) showed a better triplex stabilization effect than neomycin. All the conjugates, as well as neomycin, exhibited no thermal stabilization effect on a human telomeric DNA G-quadruplex. These results

  已知新霉素优先结合A型核酸结构，包括三链DNA，DNA和RNA杂合体以及双链RNA。将DNA嵌入剂部分束缚到新霉素环III的C5”位置是一种通过协同作用开发靶向各种核酸二级结构的有效结合剂的实用方法。然而，展示该效果所需的插入部分的最小堆积表面仍不清楚。在目前的工作中，我们通过点击化学合成了四个核碱基和新霉素结合物。在紫外监测的热变性实验中，所有四种缀合物均稳定了DNA寡核苷酸三链体。鸟嘌呤-新霉素结合物（6b）显示出比新霉素更好的三链体稳定作用。所有缀合物以及新霉素对人端粒DNA G-四链体均无热稳定作用。这些结果表明结合的协同作用在很大程度上取决于缀合物的堆积部分的表面积。此外，将核碱基拴系在新霉素的C5”位置可增强新霉素对MCF-7和HeLa癌细胞的细胞毒性，但会降低新霉素对几种革兰氏阴性和革兰氏阳性细菌的抗菌作用。
• Design and Implementation of Synthetic RNA Binders for the Inhibition of miR-21 Biogenesis
  作者：Chloé Maucort、Duc Duy Vo、Samy Aouad、Coralie Charrat、Stéphane Azoulay、Audrey Di Giorgio、Maria Duca

  DOI：10.1021/acsmedchemlett.0c00682

  日期：2021.6.10

  Targeting RNAs using small molecules is an emerging field of medicinal chemistry and holds promise for the discovery of efficient tools for chemical biology. MicroRNAs are particularly interesting targets since they are involved in a number of pathologies such as cancers. Indeed, overexpressed microRNAs in cancer are oncogenic and various series of inhibitors of microRNAs biogenesis have been developed

  使用小分子靶向 RNA 是药物化学的一个新兴领域，有望发现有效的化学生物学工具。MicroRNA 是特别有趣的靶标，因为它们涉及多种疾病，例如癌症。事实上，癌症中过表达的 microRNA 是致癌的，近年来已经开发了各种系列的 microRNA 生物发生抑制剂。在这里，我们描述了基于结构的新型高效 microRNA-21 抑制剂的设计。从先前确定的命中开始，我们进行了生化研究和分子对接，以设计一系列新霉素氨基糖苷与人工核碱基和氨基酸的优化缀合物。
• HYDROPHOBICALLY ENHANCED AMINOGLYCOSIDES
  申请人：Bera Smritilekha

  公开号：US20110178037A1

  公开（公告）日：2011-07-21

  Hydrophobically enhanced aminoglycosides have been prepared and shown to be effective antibacterial agents. These agents may be used in the treatment or prevention of various bacterial infections. Methods of preparing these agents also permit facile synthetic access. Formula (I).

  疏水增强型氨基糖苷类化合物已经制备并显示出有效的抗菌作用。这些化合物可以用于治疗或预防各种细菌感染。制备这些化合物的方法也便于合成。公式（I）。
• Rapid Synthesis, RNA Binding, and Antibacterial Screening of a Peptidic-Aminosugar (PA) Library
  作者：Liuwei Jiang、Derrick Watkins、Yi Jin、Changjun Gong、Ada King、Arren Z. Washington、Keith D. Green、Sylvie Garneau-Tsodikova、Adegboyega K. Oyelere、Dev P. Arya

  DOI：10.1021/cb5010367

  日期：2015.5.15

  215-member mono- and diamino acid peptidic-aminosugar (PA) library, with neomycin as the model aminosugar, was systematically and rapidly synthesized via solid phase synthesis. Antibacterial activities of the PA library, on 13 bacterial strains (seven Gram-positive and six Gram-negative bacterial strains), and binding affinities of the PA library for a 27-base model of the bacterial 16S ribosomal A-site

  通过固相合成系统快速地合成了一个由215名成员组成的单氨基酸和二氨基酸肽氨基糖（PA）文库，其中新霉素为氨基糖模型。使用以下方法评估了PA文库对13种细菌菌株（七株革兰氏阳性和6种革兰氏阴性细菌）的抗菌活性以及PA库对细菌16S核糖体A位RNA的27个碱基的模型的结合亲和力。高通量筛选。使用核糖体结合细菌抑制图（RB-BIP）分析将这两种测定的结果进行关联，以提供结构-活性关系（SAR）信息。通过这项工作，我们确定了可以区分大肠杆菌的PA与人类A位点的A位点的结合亲和力最多相差28倍。氨基糖苷修饰酶活性研究表明，APH（2''）-Ia具有大量PA，几乎完全去除了活性。化合物库的合成和筛选均可快速进行，从而实现了氨基糖苷合成的迭代过程，并筛选了PA库以实现最佳结合和抗菌活性以鉴定铅。