3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-(2-hydroxyethyl)-N⁶-isobutyryladenosine | 853748-61-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-(2-hydroxyethyl)-N⁶-isobutyryladenosine
• 英文别名: N-[9-[(2R,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-3-(2-hydroxyethoxy)oxolan-2-yl]purin-6-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 853748-61-5
• 化学式: C₂₈H₅₁N₅O₆Si₂
• 分子量: 609.914
• InChiKey: RFUBPVRJEGEYFW-RKCWLVDCSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.11
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.79
• 拓扑面积：
  130
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-(2-hydroxyethyl)-N⁶-isobutyryladenosine 在 palladium on activated charcoal sodium azide 、 氢气 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 5.5h， 生成
  参考文献：
  名称：

  胺和硫醇修饰的核苷亚磷酰胺的合成，用于将生物物理探针特异性引入RNA

  摘要：

  为了研究RNA结构，折叠和催化作用，通常使用核苷亚磷酰胺通过固相合成RNA寡核苷酸来引入位点特异性修饰。在这里，我们报告了两个完整系列的RNA核苷亚磷酰胺的制备；每个具有适当保护的胺或硫醇官能团。第一个系列包括四个常见的RNA核苷酸U，C，A和G，每个核苷酸均带有2'-（2-氨基乙氧基）-2'-脱氧取代基（即与2'-氧通过二碳连接基）。第二个系列包含四个常见的RNA核苷酸，每个核苷酸均具有类似的2'-（2-巯基乙氧基）-2'-脱氧取代（即系链的2'-硫醇）。胺可用于酰化和还原胺化反应，除其他可能的应用外，硫醇还参与置换和氧化交联反应。新的亚磷酰胺对于实现将生物物理探针的特定位点引入和限制进入RNA方面将特别有价值。

  DOI：

  10.1021/jo050061l
• 作为产物：
  描述：

  腺苷 在 吡啶 、 咪唑 、 lithium aluminium tetrahydride 、 三甲基氯硅烷 、 sodium hydride 作用下， 以 乙醚 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 32.0h， 生成 3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-(2-hydroxyethyl)-N⁶-isobutyryladenosine
  参考文献：
  名称：

  胺和硫醇修饰的核苷亚磷酰胺的合成，用于将生物物理探针特异性引入RNA

  摘要：

  为了研究RNA结构，折叠和催化作用，通常使用核苷亚磷酰胺通过固相合成RNA寡核苷酸来引入位点特异性修饰。在这里，我们报告了两个完整系列的RNA核苷亚磷酰胺的制备；每个具有适当保护的胺或硫醇官能团。第一个系列包括四个常见的RNA核苷酸U，C，A和G，每个核苷酸均带有2'-（2-氨基乙氧基）-2'-脱氧取代基（即与2'-氧通过二碳连接基）。第二个系列包含四个常见的RNA核苷酸，每个核苷酸均具有类似的2'-（2-巯基乙氧基）-2'-脱氧取代（即系链的2'-硫醇）。胺可用于酰化和还原胺化反应，除其他可能的应用外，硫醇还参与置换和氧化交联反应。新的亚磷酰胺对于实现将生物物理探针的特定位点引入和限制进入RNA方面将特别有价值。

  DOI：

  10.1021/jo050061l

文献信息

• [EN] ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES WITH IMPROVED PHARMACOKINETIC PROPERTIES<br/>[FR] OLIGONUCLÉOTIDES ANTISENS AYANT DES PROPRIÉTÉS PHARMACOCINÉTIQUES AMÉLIORÉES
  申请人：UNIV VIENNA

  公开号：WO2015032968A1

  公开（公告）日：2015-03-12

  The invention relates to an antisense or siRNA oligonucleotide or conjugate with improved pharmacokinetic properties, methods of producing the same as well as the use of such compounds and conjugates, e.g. as pharmaceutical composition, a pharmaceutical kit, a medicament or a tool in biomedical research. The conjugates of the invention have the formula I being P - (L - S - S - Y - X)n, wherein P represents a natural, artificial and/or modified oligonucleotide, L represents a linker group attached to one or more nucleosides at any position within the oligonucleotides sequence; S represents sulfur; X represents a ligand; Y represents a spacer and n is an integer ranging from 1 to the oligonucleotide length of P. The oligonucleotides of the invention have the formula II being P- (L - S - R)n, wherein P represents a natural, artificial and /or modified oligonucleotide, L represents a linker group attached to one or more nucleosides at any position within the oligonucleotides sequence, S represents sulfur, R represents either hydrogen or a thiol protecting group, preferably trityl or tertiary butyl, and n is an integer ranging from 1 to the oligonucleotide length of P. In addition, the pharmaceutical composition or pharmaceutical kit or conjugate can be used for the treatment of a disease or disorder that can be at least in part alleviated by therapy, wherein the disease or disorder is selected from the group consisting of bacterial infections, viral infections, cancer, metabolic diseases and immunological disorders and preferably cancer.

  该发明涉及具有改进的药代动力学性质的反义物或siRNA寡核苷酸或结合物，以及生产这些物质的方法，以及这些化合物和结合物的用途，例如作为药物组合物、药物工具包、药物或生物医学研究中的工具。该发明的结合物具有公式I，其中P代表天然、人工和/或修饰的寡核苷酸，L代表连接基团，连接到寡核苷酸序列中的一个或多个核苷酸的任何位置；S代表硫；X代表配体；Y代表间隔物，n是一个整数，范围从1到P的寡核苷酸长度。该发明的寡核苷酸具有公式II，其中P代表天然、人工和/或修饰的寡核苷酸，L代表连接基团，连接到寡核苷酸序列中的一个或多个核苷酸的任何位置，S代表硫，R代表氢或硫醇保护基团，优选三苯甲基或叔丁基，n是一个整数，范围从1到P的寡核苷酸长度。此外，药物组合物或药物工具包或结合物可用于治疗至少部分可通过治疗缓解的疾病或紊乱，其中所述疾病或紊乱选自细菌感染、病毒感染、癌症、代谢性疾病和免疫紊乱等组成的一组，优选癌症。
• Antisense oligonucleotides with improved pharmacokinetic properties
  申请人：University of Vienna

  公开号：EP2845607A1

  公开（公告）日：2015-03-11

  The invention relates to an antisense or siRNA oligonucleotide or conjugate with improved pharmacokinetic properties, methods of producing the same as well as the use of such compounds and conjugates, e.g. as pharmaceutical composition, a pharmaceutical kit, a medicament or a tool in biomedical research. The conjugates of the invention have the formula I being P - (L - S - S - Y - X)n, wherein P represents a natural, artificial and/or modified oligonucleotide, L represents a linker group attached to one or more nucleosides at any position within the oligonucleotides sequence; S represents sulfur; X represents a ligand; Y represents a spacer and n is an integer ranging from 1 to the oligonucleotide length of P. The oligonucleotides of the invention have the formula II being P- (L - S - R)n, wherein P represents a natural, artificial and /or modified oligonucleotide, L represents a linker group attached to one or more nucleosides at any position within the oligonucleotides sequence, S represents sulfur, R represents either hydrogen or a thiol protecting group, preferably trityl or tertiary butyl, and n is an integer ranging from 1 to the oligonucleotide length of P. In addition, the pharmaceutical composition or pharmaceutical kit or conjugate can be used for the treatment of a disease or disorder that can be at least in part alleviated by therapy, wherein the disease or disorder is selected from the group consisting of bacterial infections, viral infections, cancer, metabolic diseases and immunological disorders and preferably cancer.

  该发明涉及具有改进药代动力学性质的反义或siRNA寡核苷酸或结合物，以及生产这些物质的方法，以及这些化合物和结合物的用途，例如作为药物组合物、药物配套工具、药物或生物医学研究工具。 该发明的结合物具有公式I，其中P代表天然、人工和/或修饰的寡核苷酸，L代表连接基团，连接到寡核苷酸序列中的一个或多个核苷酸的任何位置；S代表硫；X代表配体；Y代表间隔物；n是一个整数，范围从1到P的寡核苷酸长度。 该发明的寡核苷酸具有公式II，其中P代表天然、人工和/或修饰的寡核苷酸，L代表连接基团，连接到寡核苷酸序列中的一个或多个核苷酸的任何位置，S代表硫，R代表氢或硫醇保护基团，优选三苯基或叔丁基，n是一个整数，范围从1到P的寡核苷酸长度。 此外，药物组合物或药物配套工具或结合物可用于治疗至少部分可以通过治疗缓解的疾病或紊乱，其中该疾病或紊乱选自细菌感染、病毒感染、癌症、代谢性疾病和免疫紊乱等疾病或紊乱。
• Fragment-based solid-phase assembly of oligonucleotide conjugates with peptide and polyethylene glycol ligands
  作者：Mehrdad Dirin、Ernst Urban、Christian R. Noe、Johannes Winkler

  DOI：10.1016/j.ejmech.2016.05.001

  日期：2016.10

  Ligand conjugation to oligonucleotides is an attractive strategy for enhancing the therapeutic potential of antisense and siRNA agents by inferring properties such as improved cellular uptake or better pharmacokinetic properties. Disulfide linkages enable dissociation of ligands and oligonucleotides in reducing environments found in endosomal compartments after cellular uptake. Solution-phase fragment

  配体与寡核苷酸的结合是一种引人注目的策略，可通过推断诸如改善的细胞摄取或更好的药代动力学特性等特性来增强反义和siRNA试剂的治疗潜力。二硫键可在细胞摄取后在内体区室的还原性环境中解离配体和寡核苷酸。用于产生寡核苷酸缀合物的溶液相片段偶联程序通常是乏味的，产生中等的产率并且反应副产物通常难以去除。我们已经开发出一种在固相合成后直接通过二硫键将配体固相偶联至寡核苷酸的改进方法。使用N-丁基膦在受控孔玻璃固体支持物上正交脱保护使用修饰的核苷酸构件引入的2'-硫醇。寡赖氨酸肽和短的单分散乙二醇链成功地与脱保护的硫醇偶联。使用甲醇氨，从树脂上裂解并完全除去寡核苷酸保护基。标准脱盐后，无需进一步纯化，即可获得均质的共轭物，如HPLC，凝胶电泳和质谱法所示。两亲和阳离子配体的结合证明了缀合过程的多功能性。
• Synthesis of Amine- and Thiol-Modified Nucleoside Phosphoramidites for Site-Specific Introduction of Biophysical Probes into RNA
  作者：Shengxi Jin、Chandrasekhar V. Miduturu、David C. McKinney、Scott K. Silverman

  DOI：10.1021/jo050061l

  日期：2005.5.1

  substitution (i.e., a tethered 2‘-thiol). The amines are useful for acylation and reductive amination reactions, and the thiols participate in displacement and oxidative cross-linking reactions, among other likely applications. The new phosphoramidites will be particularly valuable for enabling site-specific introduction of biophysical probes and constraints into RNA.

  为了研究RNA结构，折叠和催化作用，通常使用核苷亚磷酰胺通过固相合成RNA寡核苷酸来引入位点特异性修饰。在这里，我们报告了两个完整系列的RNA核苷亚磷酰胺的制备；每个具有适当保护的胺或硫醇官能团。第一个系列包括四个常见的RNA核苷酸U，C，A和G，每个核苷酸均带有2'-（2-氨基乙氧基）-2'-脱氧取代基（即与2'-氧通过二碳连接基）。第二个系列包含四个常见的RNA核苷酸，每个核苷酸均具有类似的2'-（2-巯基乙氧基）-2'-脱氧取代（即系链的2'-硫醇）。胺可用于酰化和还原胺化反应，除其他可能的应用外，硫醇还参与置换和氧化交联反应。新的亚磷酰胺对于实现将生物物理探针的特定位点引入和限制进入RNA方面将特别有价值。