4-O-(2-氨基-2-脱氧-alpha-D-吡喃葡萄糖基)-2-脱氧-D-链霉胺 | 534-47-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 中文名称: 4-O-(2-氨基-2-脱氧-alpha-D-吡喃葡萄糖基)-2-脱氧-D-链霉胺
• 中文别名: 4-O-(2-氨基-2-脱氧-ALPHA-D-吡喃葡萄糖基)-2-脱氧-D-链霉胺
• 英文名称: Paromamine
• 英文别名: (2R,3S,4R,5R,6S)-5-amino-6-[(1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl]oxy-2-(hydroxymethyl)oxane-3,4-diol
• CAS: 534-47-4
• 化学式: C₁₂H₂₅N₃O₇
• 分子量: 323.346
• InChiKey: JGSMDVGTXBPWIM-HKEUSBCWSA-N

物化性质

• 沸点：
  593.6±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.56±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.1
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  1.0
• 拓扑面积：
  198
• 氢给体数：
  8
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  4-O-(2-氨基-2-脱氧-alpha-D-吡喃葡萄糖基)-2-脱氧-D-链霉胺 在 吡啶 、 sodium hydroxide 、 molecular sieve 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 triflic azide 、 sodium methylate 、 potassium carbonate 、 三甲基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 49.5h， 生成 6'-hydroxyl-ribostamycin
  参考文献：
  名称：

  有效合成新霉素B相关氨基糖苷

  摘要：

  化学合成了氨基糖苷类6'-羟基-核糖霉素和5-（α-新烟酰胺）-2-脱氧链胺胺。这些化合物将用作比较新霉素B与RNA结合的亲和力和特异性的标准。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)00586-4
• 作为产物：
  描述：

  硫酸巴龙霉素 在 乙酰氯 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 4.42h， 以94%的产率得到4-O-(2-氨基-2-脱氧-alpha-D-吡喃葡萄糖基)-2-脱氧-D-链霉胺
  参考文献：
  名称：

  Novel aminoglycosides and uses thereof in the treatment of genetic disorders

  摘要：

  提供了一类新型的巴罗霉素衍生氨基糖苷类化合物，具有高效的终止密码子突变抑制活性、低毒性和高选择性作用于真核细胞。同时提供了制备这些巴罗霉素衍生氨基糖苷类化合物及其中间体的化学和化酶过程，以及含有它们的药物组合物，并在遗传疾病治疗中的应用。

  公开号：

  US20090093418A1

文献信息

• The neomycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces fradiae NCIMB 8233: genetic and biochemical evidence for the roles of two glycosyltransferases and a deacetylase
  作者：Qingzhi Fan、Fanglu Huang、Peter F. Leadlay、Jonathan B. Spencer

  DOI：10.1039/b808734b

  日期：——

  An efficient protocol has been developed for the genetic manipulation of Streptomyces fradiae NCIMB 8233, which produces the 2-deoxystreptamine (2-DOS)-containing aminoglycoside antibiotic neomycin. This has allowed the in vivo analysis of the respective roles of the glycosyltransferases Neo8 and Neo15, and of the deacetylase Neo16 in neomycin biosynthesis. Specific deletion of each of the neo8, neo15 and neo16 genes confirmed that they are all essential for neomycin biosynthesis. The pattern of metabolites produced by feeding putative pathway intermediates to these mutants provided unambiguous support for a scheme in which Neo8 and Neo15, whose three-dimensional structures are predicted to be highly similar, have distinct roles: Neo8 catalyses transfer of N-acetylglucosamine to 2-DOS early in the pathway, while Neo15 catalyses transfer of the same aminosugar to ribostamycin later in the pathway. The in vitro substrate specificity of Neo15, purified from recombinant Escherichia coli, was fully consistent with these findings. The in vitro activity of Neo16, the only deacetylase so far recognised in the neo gene cluster, showed that it is capable of acting in tandem with both Neo8 and Neo15 as previously proposed. However, the deacetylation of N-acetylglucosaminylribostamycin was still observed in a strain deleted of the neo16 gene and fed with suitable pathway precursors, providing evidence for the existence of a second enzyme in S. fradiae with this activity.

  针对产生含2-脱氧链霉胺（2-DOS）的氨基糖苷类抗生素新霉素的Streptomyces fradiae NCIMB 8233，已开发出一种高效的基因操作协议。这一协议使得能够在活体内分析糖基转移酶Neo8和Neo15以及脱乙酰酶Neo16在新霉素生物合成中所发挥的各自作用。对neo8、neo15和neo16基因的特异性删除确认了它们对于新霉素的生物合成都是必不可少的。向这些突变体中添加假定途径中间体所产生的代谢物模式明确支持了以下方案：Neo8和Neo15的三维结构预测高度相似，但它们的角色截然不同：Neo8在途径的早期催化N-乙酰葡萄糖胺向2-DOS的转移，而Neo15则在途径的后期催化同一氨基糖向瑞斯托霉素的转移。从重组的大肠杆菌中纯化得到的Neo15的体外底物特异性完全符合这些发现。作为目前唯一被认识到的neo基因簇中的脱乙酰酶，Neo16的体外活性显示它能够像先前所提议的那样与Neo8和Neo15进行串联作用。然而，在删除了neo16基因且喂食了适宜途径前体的菌株中，仍然观察到了N-乙酰葡萄糖胺瑞斯托霉素的脱乙酰作用，这为S. fradiae中存在第二种具有此活性的酶提供了证据。
• Mechanistic Investigation of 1,2-Diol Dehydration of Paromamine Catalyzed by the Radical <i>S</i>-Adenosyl-<scp>l</scp>-methionine Enzyme AprD4
  作者：Yu-Cheng Yeh、Hak Joong Kim、Hung-wen Liu

  DOI：10.1021/jacs.1c00076

  日期：2021.4.7

  mechanism, several substrate analogues were synthesized and their fates upon incubation with AprD4 were analyzed. The results support a mechanism involving formation of a ketyl radical intermediate followed by direct elimination of the C3′-hydroxyl group rather than that of a gem-diol intermediate generated via 1,2-migration of the C3′-hydroxyl group to C4′. The stereochemistry of hydrogen atom incorporation

  AprD4 是一种自由基S-腺苷-1-甲硫氨酸 (SAM) 酶，可催化巴马明的 C3'-脱氧以形成 4'-氧代-维生素 B。它是自由基 SAM 酶超家族中唯一已在体外被鉴定和表征的 1,2-二醇脱水酶. AprD4 催化的 1,2-二醇脱水是几种 C3'-脱氧-氨基糖苷生物合成的关键步骤。虽然已经建立了由 AprD4 催化的氢原子提取的区域化学，但后续化学转化的机制仍未完全了解。为了研究该机制，合成了几种底物类似物，并分析了它们与 AprD4 孵育后的命运。结果支持涉及形成羰基自由基中间体然后直接消除 C3'-羟基的机制，而不是通过 C3'-羟基向 C4' 的 1,2-迁移产生的偕二醇中间体的机制。还建立了自由基介导的脱水后氢原子掺入的立体化学。
• Combined Chemical-Enzymatic Assembly of Aminoglycoside Derivatives with N-1-AHB Side Chain
  作者：Igor Nudelman、Lilach Chen、Nicholas M. Llewellyn、El-Habib Sahraoui、Marina Cherniavsky、Jonathan B. Spencer、Timor Baasov

  DOI：10.1002/adsc.200800229

  日期：2008.8.4

  A series of unprotected pseudo-disaccharides and pseudo-trisaccharides of 2-deoxystreptamine-containing aminoglycosides have been selectively acylated at the N-1 position with the valuable (S)-4-amino-2-hydroxybutanoyl (AHB) pharmacophore by using the recombinant BtrH and BtrG enzymes from butirosin biosynthesis in combination with a synthetic acyl donor. The process was optimized by performing two

  通过使用重组体，在有价值的（S）-4-氨基-2-羟基丁酰基（AHB）药效基团的N-1位选择性地酰化了一系列含2-脱氧链胺胺的氨基糖苷的一系列未保护的伪二糖和伪三糖。Butirosin生物合成中的BtrH和BtrG酶与合成的酰基供体结合。通过在不纯化中间产物的情况下依次进行两个酶促步骤来优化工艺。
• Chemoenzymatic acylation of aminoglycoside antibiotics
  作者：Nicholas M. Llewellyn、Jonathan B. Spencer

  DOI：10.1039/b802248h

  日期：——

  The chemoenzymatic installation of the clinically valuable (S)-4-amino-2-hydroxybutyryl side chain onto a number of 2-deoxystreptamine-containing aminoglycosides is described using the purified Bacillus circulans biosynthetic enzymes BtrH and BtrG in combination with a synthetic acyl-SNAC surrogate substrate.

  描述了通过使用纯化的巴氏芽孢杆菌生物合成酶BtrH和BtrG，以及合成的酰基-SNAC替代底物，化学酶法将具有临床价值的(S)-4-氨基-2-羟基丁酰侧链接入多种含2-去氧链霉素的氨基糖苷中。
• Design and Synthesis of New Aminoglycoside Antibiotics Containing Neamine as an Optimal Core Structure:  Correlation of Antibiotic Activity with in Vitro Inhibition of Translation
  作者：William A. Greenberg、E. Scott Priestley、Pamela S. Sears、Phil B. Alper、Christoph Rosenbohm、Martin Hendrix、Shang-Cheng Hung、Chi-Huey Wong

  DOI：10.1021/ja9910356

  日期：1999.7.1

  The structure and activity of the pseudodisaccharide core found in aminoglycoside antibiotics was probed with a series of synthetic analogues in which the position of amino groups was varied around the glucopyranose ring. The naturally occurring structure neamine was the best in the series according to assays for in vitro RNA binding and antibiotic activity. With this result in hand, neamine was used

  在氨基糖苷类抗生素中发现的假二糖核心的结构和活性是用一系列合成类似物探测的，其中氨基的位置在吡喃葡萄糖环周围发生变化。根据体外 RNA 结合和抗生素活性的测定，天然存在的结构 neamine 是该系列中最好的。有了这个结果，neamine 被用作合成新抗生素的共同核心结构，评估其与大肠杆菌 16S A 位点核糖体 RNA 模型的结合、体外蛋白质合成抑制和抗生素活性。RNA结合的分析揭示了RNA结合的相对亲和力和特异性与抗菌功效之间的一些相关性。然而，相关性不是线性的。这一结果促使我们开发了体外翻译试验，以更好地了解氨基糖苷类-RNA 的相互作用。体外翻译抑制与抗生素活性之间的线性相关性...