2'-O-(2-methoxyethyl)-5'-(R)-methyl-3'-O-tert-butyldimethylsilyl-5-methyluridine | 1221967-27-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 2'-O-(2-methoxyethyl)-5'-(R)-methyl-3'-O-tert-butyldimethylsilyl-5-methyluridine
• 英文别名: 1-[(2R,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[(1R)-1-hydroxyethyl]-3-(2-methoxyethoxy)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1221967-27-6
• 化学式: C₂₀H₃₆N₂O₇Si
• 分子量: 444.601
• InChiKey: SYRVONSKIXUBEU-XSDHEKCYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.55
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.8
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-O-(2-methoxyethyl)-5'-(R)-methyl-3'-O-tert-butyldimethylsilyl-5-methyluridine 在 吡啶 、 N-甲基咪唑 、 四氮唑 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 93.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-(2-methoxyethyl)-5'-(R)-methyl-5-methyluridine-3'-(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  LIPID FORMULATED SINGLE STRANDED RNA

  摘要：

  本发明提供了包含核酸脂质粒子和寡核苷酸化合物的组合物及其用途。在某些实施方式中，这些组合物可用作反义物质。某些这样的反义物质可用作RNase H反义物质或RNAi物质。

  公开号：

  US20130156845A1
• 作为产物：
  描述：

  5-O-benzyol-3-O-(2-methylnaphthalene)-1,2-O-bis(acetyl)-5-(R)-methyl-ribose 在 吡啶 、 咪唑 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 sodium hydride 、 苯甲酰氯 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 、 mineral oil 为溶剂， 反应 54.25h， 生成 2'-O-(2-methoxyethyl)-5'-(R)-methyl-3'-O-tert-butyldimethylsilyl-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  LIPID FORMULATED SINGLE STRANDED RNA

  摘要：

  本发明提供了包含核酸脂质粒子和寡核苷酸化合物的组合物及其用途。在某些实施方式中，这些组合物可用作反义物质。某些这样的反义物质可用作RNase H反义物质或RNAi物质。

  公开号：

  US20130156845A1

文献信息

• Identification of metabolically stable 5′-phosphate analogs that support single-stranded siRNA activity
  作者：Thazha P. Prakash、Walt F. Lima、Heather M. Murray、Wenyu Li、Garth A. Kinberger、Alfred E. Chappell、Hans Gaus、Punit P. Seth、Balkrishen Bhat、Stanley T. Crooke、Eric E. Swayze

  DOI：10.1093/nar/gkv162

  日期：2015.3.31

  The ss-siRNA activity in vivo requires a metabolically stable 5′-phosphate analog. In this report we used crystal structure of the 5′-phosphate binding pocket of Ago-2 bound with guide strand to design and synthesize ss-siRNAs containing various 5′-phosphate analogs. Our results indicate that the electronic and spatial orientation of the 5′-phosphate analog was critical for ss-siRNA activity. Chemically modified ss-siRNA targeting human apoC III mRNA demonstrated good potency for inhibiting ApoC III mRNA and protein in transgenic mice. Moreover, ApoC III ss-siRNAs were able to reduce the triglyceride and LDL cholesterol in transgenic mice demonstrating pharmacological effect of ss-siRNA. Our study provides guidance to develop surrogate phosphate analog for ss-siRNA and demonstrates that ss-siRNA provides an alternative strategy for therapeutic gene silencing.

  体内的ss-siRNA活性需要一个代谢稳定的5′-磷酸盐类物质。在本报告中，我们利用与引导链结合的Ago-2的5′-磷酸结合口袋的晶体结构，设计并合成了含有不同5′-磷酸盐类物质的ss-siRNA。我们的结果表明，5′-磷酸盐类物质的电子和空间取向对ss-siRNA活性至关重要。化学修饰的ss-siRNA靶向人类apoC III mRNA，显示出对转基因小鼠中ApoC III mRNA和蛋白质的良好抑制效力。此外，ApoC III ss-siRNA能够降低转基因小鼠中的甘油三酯和低密度脂蛋白胆固醇，表现出ss-siRNA的药理效应。我们的研究为开发ss-siRNA的替代磷酸盐类物质提供了指导，并证明ss-siRNA提供了一种治疗性基因沉默的替代策略。
• OLIGOMERIC COMPOUNDS AND METHODS
  申请人：Swayze Eric E.

  公开号：US20110313019A1

  公开（公告）日：2011-12-22

  The present invention provides oligomeric compounds and uses thereof. In certain embodiments, such oligomeric compounds are useful as antisense compounds. Certain such antisense compounds are useful as RNase H antisense compounds or as RNAi compounds.

  本发明提供了寡聚物化合物及其用途。在某些实施例中，这些寡聚物化合物可用作反义物质。某些这样的反义物质可用作RNase H反义物质或RNAi化合物。
• Oligomeric compounds and methods
  申请人：Swayze Eric E.

  公开号：US08987435B2

  公开（公告）日：2015-03-24

  The present invention provides oligomeric compounds and uses thereof. In certain embodiments, such oligomeric compounds are useful as antisense compounds. Certain such antisense compounds are useful as RNase H antisense compounds or as RNAi compounds.

  本发明提供了寡聚物化合物及其用途。在某些实施例中，这些寡聚物化合物可用作反义物质。某些这样的反义物质可用作RNase H反义物质或RNAi化合物。
• LIPID FORMULATED SINGLE STRANDED RNA
  申请人：Manoharan Muthiah

  公开号：US20130156845A1

  公开（公告）日：2013-06-20

  The present invention provides compositions comprising a nucleic acid lipid particle and an oligomeric compound and uses thereof. In certain embodiments, such compositions are useful as antisense compounds. Certain such antisense compounds are useful as RNase H antisense compounds or as RNAi compounds.

  本发明提供了包含核酸脂质粒子和寡核苷酸化合物的组合物及其用途。在某些实施方式中，这些组合物可用作反义物质。某些这样的反义物质可用作RNase H反义物质或RNAi物质。