保护-2'-脱氧尿苷 | 23669-79-6

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物 - 脱氧核苷酸及其类似物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 保护-2'-脱氧尿苷
• 中文别名: 保护-2’-脱氧尿苷；5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基甲基)-2'-脱氧尿苷；保护-2'-脱氧尿甙；DMT保护性脱氧尿苷；5'-O-[双(4-甲氧基苯基)苄基]-2'-脱氧尿苷；保护-2"-脱氧尿苷；保护-2"-脱氧尿甙；5"-O-[双(4-甲氧基苯基)苄基]-2"-脱氧尿苷
• 英文名称: DMT-dU
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyuridine；2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine；1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 23669-79-6
• 化学式: C₃₀H₃₀N₂O₇
• 分子量: 530.577
• InChiKey: BYGKUWPLEGHFKX-ZRRKCSAHSA-N

物化性质

• 熔点：
  120 °C
• 密度：
  1.294±0.06 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  溶于乙腈，浓度为 20mg/ml

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

安全信息

• 危险品标志：
  Xn
• 安全说明：
  S22,S26,S36
• 危险类别码：
  R20/22,R36/37/38
• WGK Germany：
  3
• 海关编码：
  29349990
• 危险性防范说明：
  P261,P280,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H332,H335
• 储存条件：
  -20°C

制备方法与用途

5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧尿苷（5'-O-DMT-dU）是一种竞争性的大肠杆菌dUTP核苷酸水解酶(dUTPase)抑制剂，其Ki值高于1000 μM。此外，5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧尿苷还用于合成核苷亚磷酰胺嵌段，以辅助DNA的合成。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  保护-2'-脱氧尿苷 在 重铬酸吡啶 、 3 Angstroem MS 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 以80%的产率得到5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-keto-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  3'氘代嘧啶核苷的立体特异性合成及其将位点特异性掺入DNA中。

  摘要：

  [反应：见正文] 2'-Deoxy-3'-氘代嘧啶已高产率合成，并使用标准亚磷酰胺化学方法掺入到脱氧寡核苷酸中。关键的合成步骤是使用三乙酰氧基硼氘化钠对3'-酮核苷进行立体定向还原，从而得到3'-氘代胸腺嘧啶核苷和2'-脱氧尿苷核苷。相应的phorphoramidite 7a和7b首次转化为4-triazolo衍生物，使得能够将2'-脱氧-3'-氘胞苷和2'-脱氧-3'-氘-5-甲基胞苷掺入寡核苷酸中。 。

  DOI：

  10.1021/ol034102g
• 作为产物：
  描述：

  二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲醇 在 tetrafluoroboric acid 、 lithium carbonate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 为溶剂， 反应 0.67h， 生成 保护-2'-脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  使用无临时保护基团的 2'-脱氧尿苷向 2'-脱氧胞苷转化改进 5-羟甲基-2'-脱氧胞苷亚磷酰胺的合成

  摘要：

  5-羟甲基胞嘧啶最近被定性为人类 DNA 中的“第六个碱基”。为了能够对这种 DNA 修饰进行研究，我们报告了一种合成 5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 ( 5-HOMe dC) 亚磷酰胺的改进方法，用于位点特异性掺入寡核苷酸中。为了最大限度地减少操作，我们采用了一种利用相转移催化的临时无保护基团 2'-脱氧尿苷到 2'-脱氧胞苷的转化过程。所需的5-HOMe dC 亚磷酰胺通过 6 个步骤从 2'-脱氧尿苷中获得，总产率为 24%。

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2010.12.098

文献信息

• SUBSTITUTED NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND ANALOGS THEREOF
  申请人：ALIOS BIOPHARMA, INC.

  公开号：US20150366888A1

  公开（公告）日：2015-12-24

  Disclosed herein are nucleosides, nucleotides and nucleotide analogs, methods of synthesizing the same and methods of treating diseases and/or conditions such as a Coronaviridae virus, a Togaviridae virus, a Hepeviridae virus and/or a Bunyaviridae virus infection with one or more nucleosides, nucleotides and nucleotide analogs.

  本文披露了核苷、核苷酸和核苷酸类似物，其合成方法以及利用一个或多个核苷、核苷酸和核苷酸类似物治疗冠状病毒科病毒、托加病毒科病毒、肝炎病毒科病毒和/或布尼亚病毒科病毒感染的方法。
• [EN] DUTPASE INHIBITORS<br/>[FR] INHIBITEURS DE DUTPASE
  申请人：MEDIVIR AB

  公开号：WO2005065689A1

  公开（公告）日：2005-07-21

  Deoxyuridine derivatives of the formula (I) where R1 is H or various substituents; D is -NHCO-, -CONH-, -0-, -C(=O)-, -CH=CH, -CΞC-, -NR5-; R4 is hydrogen or various substituents; R5 is H, C1-C4 alkyl, C1-C4 alkanoyl; E is Si or C; R6, R7 and R8 are independently selected from C1-C8 alkyl, C2-C8 alkenyl, C2-C8 alkynyl or a stable monocyclic, bicyclic or tricyclic ring system; G is -O-, -S-, -CHR10-, -C(=O)-; J is -CH2-, or when G is CHR10 may also be -O- or -NH-; R10 is H, F, -CH3, -CH2NH2, -CH2OH; -OH R11 is H, F, -CH3, -CH2 NH2, -CH2OH, CH(OH)CH3, CH(NH3)CH3; or R10 and R11 together define an olefinic bond, or together form a -CH2-group, thereby defining a cis or trans cyclopropyl group; have utility in the prophylaxis or treatment of protozoal diseases such as malaria.

  脱氧尿嘧啶衍生物的公式(I)，其中R1是H或不同的取代基；D是-NHCO-，-CONH-，-0-，-C(=O)-，-CH=CH，-CΞC-，-NR5-；R4是氢或不同的取代基；R5是H，C1-C4烷基，C1-C4烷酰基；E是Si或C；R6、R7和R8独立地选自C1-C8烷基，C2-C8烯基，C2-C8炔基或稳定的单环、双环或三环环系；G是-O-，-S-，-CHR10-，-C(=O)-；J是-CH2-，或者当G是CHR10时，也可以是-O-或-NH-；R10是H，F，-CH3，-CH2NH2，-CH2OH；-OH R11是H，F，-CH3，-CH2 NH2，-CH2OH，CH(OH)CH3，CH(NH3)CH3；或者R10和R11共同定义一个烯丙基键，或者共同形成一个-CH2-基团，从而定义一个顺式或反式环丙基基团；在预防或治疗疟疾等原虫性疾病方面具有用途。
• Synthesis and Characterization of DNA Duplexes Containing an N⁴C−Ethyl−N⁴C Interstrand Cross-Link
  作者：David M. Noll、Anne M. Noronha、Paul S. Miller

  DOI：10.1021/ja003340t

  日期：2001.4.1

  Short DNA duplexes containing an N(4)C-ethyl-N(4)C interstrand cross-link, C-C, were synthesized on controlled pore glass supports. Duplexes having two, three, or four A/T base pairs on either side of the C-C cross-link and terminating with a C(4) overhang at their 5'-ends were prepared. The cross-link was introduced using a convertible nucleoside approach. Thus, an oligonucleotide terminating at its

  包含 N(4)C-乙基-N(4)C 链间交联、CC 的短 DNA 双链体在受控孔玻璃支持物上合成。准备了在 CC 交联两侧具有两个、三个或四个 A/T 碱基对并在其 5' 末端以 C(4) 悬垂终止的双工。使用可转换核苷方法引入交联。因此，首先在载体上制备了在其 5'-末端带有 O(4)-triazoyl-2'-deoxyuridine 的寡核苷酸。与载体结合的低聚物的三唑基团被 5'-二甲氧基三苯甲基-3'-O-叔丁基二甲基甲硅烷基-N(4)-(2-氨基乙基)脱氧胞苷的氨基乙基基团取代以产生交联。二甲氧基三苯甲基被去除，双链体的上下链从两个5'端延伸 -使用受保护的核苷 3'-亚磷酰胺交联的羟基。然后除去所得部分双链体的叔丁基二甲基甲硅烷基，并使用受保护的核苷5'-亚磷酰胺从所得交联的3'-羟基沿3'-方向延伸链。交联的双链体通过 HPLC 纯化，并通过酶消化和 MALDI-TOF 质谱法表征。在
• Modified 5′-Trityl Nucleosides as Inhibitors of<i>Plasmodium falciparum</i>dUTPase
  作者：Gian Filippo Ruda、Corinne Nguyen、Przemysław Ziemkowski、Krzysztof Felczak、Ganasan Kasinathan、Alexander Musso-Buendia、Christian Sund、Xiao Xiong Zhou、Marcel Kaiser、Luis M. Ruiz-Pérez、Reto Brun、Tadeusz Kulikowski、Nils Gunnar Johansson、Dolores González-Pacanowska、Ian H. Gilbert

  DOI：10.1002/cmdc.201000445

  日期：2011.2.7

  2′‐Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase (dUTPase) is a potential drug target for the treatment of malaria. We previously reported the discovery of 5′‐tritylated analogues of deoxyuridine as selective inhibitors of this Plasmodium falciparum enzyme. Herein we report further structure–activity studies; in particular, variations of the 5′‐trityl group, the introduction of various substituents

  2'-脱氧尿苷三磷酸核苷酸水解酶（dUTPase）是治疗疟疾的潜在药物靶标。我们之前曾报道过发现脱氧尿苷的5'-三苯甲基化类似物可作为恶性疟原虫的选择性抑制剂酶。在这里，我们报告了进一步的结构活动研究；特别是5'-三苯甲基的变体，在脱氧尿苷的3'-位置引入了各种取代基以及修饰了碱基。测试了针对酶和寄生虫的化合物。5'-三苯甲基和3'-取代基的变异具有良好的耐受性，并产生了活性化合物。然而，由于尿嘧啶环的修饰导致酶抑制作用的丧失和抗血浆作用的显着降低，因此对尿嘧啶碱基的活性有明确的要求。
• New carbamate supports for the preparation of 3′-amino-modified oligonucleotides
  作者：Anna Aviñó、Ramon Güimil Garcia、Fernando Albericio、Matthias Mann、Matthias Wilm、Gitte Neubauer、Ramon Eritja

  DOI：10.1016/0968-0896(96)00156-3

  日期：1996.10

  A novel approach for the preparation of oligonucleotides carrying amino groups at the 3'-end is described. Several CPG supports having aminoalkyl groups and 3'-amino-2',3'-dideoxynucleosides linked through base-labile carbamate linkages such as 2-(2-nitrophenyl)ethoxycarbonyl and fluorenylmethoxycarbonyl were prepared using two different strategies. These supports are compatible to the standard solid

  描述了一种制备在3'-末端带有氨基的寡核苷酸的新颖方法。使用两种不同的策略制备了具有氨基烷基和通过碱不稳定的氨基甲酸酯键如2-（2-硝基苯基）乙氧基羰基和芴基甲氧基羰基连接的3'-氨基-2'，3'-二脱氧核苷的几种CPG载体。这些支持物与标准的固相亚磷酸三酯方法兼容，并产生在3'端含有氨基的寡核苷酸。讨论了3'-氨基寡核苷酸的几种特性，例如核酸酶抗性，杂交和寡核苷酸缀合物的制备。