N⁴-propargyl-2'-deoxycytidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N⁴-propargyl-2'-deoxycytidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-4-(prop-2-ynylamino)pyrimidin-2-one
• 化学式: C₁₂H₁₅N₃O₄
• 分子量: 265.269
• InChiKey: YSAGXVRLAQCCOM-IQJOONFLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.3
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  94.4
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  保护-2'-脱氧尿苷 在 咪唑 、 4-二甲氨基吡啶 、 四丁基氟化铵 、 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 N⁴-propargyl-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  Intermolecular 'cross-torque': the N4-cytosine propargyl residue is rotated to the 'CH'-edge as a result of Watson-Crick interaction

  摘要：

  炔丙基是极具吸引力的标记官能团，因为它们可以进行 CuAAC 介导的生物连接。它们的大小比甲基小得多，后者在天然核苷酸修饰中很常见。为了了解在什么情况下含丙炔的寡去氧核苷酸能保持碱基配对，我们重点研究了胞苷的外环胺。连接到外环 N4 的残基可能会偏离或朝向 Watson-Crick 面，从而导致碱基配对特性发生巨大变化。ROESY-NMR 实验表明，在脱氧胞苷和 5-甲基脱氧胞苷的衍生物中，N4-丙炔基残基统一朝向沃森-克里克面。然而，在寡脱氧核苷酸中，紫外线熔解表明 N4-丙炔基脱氧胞苷会发生标准碱基配对。这意味着由于沃森-克里克面上的碱基配对，丙炔分子向'CH'边旋转。在含有相应的 5-甲基脱氧胞苷衍生物的寡核苷酸中，熔化温度的急剧下降表明 Watson-Crick 碱基配对受到了影响。这归因于丙炔基与 5-甲基基团的立体冲突，它阻止了向'CH'边的反向旋转，从而阻碍了 Watson-Crick 几何结构。我们的研究结果表明，如果'CH'边上不存在立体阻碍，对立的核酸链倾向于机械旋转单个 N4-取代基，为沃森-克里克碱基配对让路。

  DOI：

  10.1093/nar/gkv285