3'-azido-N4-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2',3'-dideoxycytidine | 170236-33-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-azido-N4-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2',3'-dideoxycytidine
• 英文别名: N-[1-[(2R,4S,5S)-4-azido-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]oxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 170236-33-6
• 化学式: C₃₇H₃₄N₆O₆
• 分子量: 658.714
• InChiKey: DZURZOUMDZXFPC-VOTWKOMSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.4
• 重原子数：
  49
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.22
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-azido-N4-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2',3'-dideoxycytidine 在 palladium on activated charcoal 、 氢气 、 碳酸氢钠 作用下， 以 乙醇 、 水 为溶剂， 反应 6.0h， 以93%的产率得到3'-amino-N4-benzoyl-2',3'-dideoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidine
  参考文献：
  名称：

  3'-Amino-2'，3'-Dideoxynucleosides，它们的5'-Monophosphates和3'-Aminoterminal Oligodeoxynucleotide Primers的便捷合成

  摘要：

  从脱氧核苷开始，通过叠氮化物以五至六步制备含有四个规范核碱基（A / C / G / T）中任何一个的5'-保护的3'-氨基-2'，3'-二脱氧核苷。对于嘧啶，合成途径涉及脱水核苷的亲核打开。对于嘌呤，原位氧化/还原序列，然后与二苯基-2-吡啶基膦和叠氮化钠的Mitsunobu反应，以高收率和纯度提供了3'-叠氮核苷。对于固相合成氨基末端寡核苷酸，氨基核苷通过新型六氟戊二酸接头与受控孔玻璃相连。这些支持物通过常规的DNA链组装和氨水一步脱保护/释放，以高产率和高纯度提供了3'-氨基末端引物。如此制备的引物在无酶化学引物延伸中成功进行了测试，这是一种用于基因分型和标记的廉价方法。还制备了3'-氨基-2'，3'-二脱氧核苷的受保护的5'-单磷酸酯，为制备标记的或光敏性受保护的单体用于化学引物延伸提供了起始原料。

  DOI：

  10.1021/jo8018889
• 作为产物：
  描述：

  保护-2'-脱氧尿苷 在 吡啶 、 三乙烯二胺 、 4-二甲氨基吡啶 、 叠氮化锂 、 氨 、 potassium phtalimide 、 三乙胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 59.83h， 生成 3'-azido-N4-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2',3'-dideoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  用于制备3'-氨基修饰的寡核苷酸的新型氨基甲酸酯载体。

  摘要：

  描述了一种制备在3'-末端带有氨基的寡核苷酸的新颖方法。使用两种不同的策略制备了具有氨基烷基和通过碱不稳定的氨基甲酸酯键如2-（2-硝基苯基）乙氧基羰基和芴基甲氧基羰基连接的3'-氨基-2'，3'-二脱氧核苷的几种CPG载体。这些支持物与标准的固相亚磷酸三酯方法兼容，并产生在3'端含有氨基的寡核苷酸。讨论了3'-氨基寡核苷酸的几种特性，例如核酸酶抗性，杂交和寡核苷酸缀合物的制备。

  DOI：

  10.1016/0968-0896(96)00156-3

文献信息

• New carbamate supports for the preparation of 3′-amino-modified oligonucleotides
  作者：Anna Aviñó、Ramon Güimil Garcia、Fernando Albericio、Matthias Mann、Matthias Wilm、Gitte Neubauer、Ramon Eritja

  DOI：10.1016/0968-0896(96)00156-3

  日期：1996.10

  A novel approach for the preparation of oligonucleotides carrying amino groups at the 3'-end is described. Several CPG supports having aminoalkyl groups and 3'-amino-2',3'-dideoxynucleosides linked through base-labile carbamate linkages such as 2-(2-nitrophenyl)ethoxycarbonyl and fluorenylmethoxycarbonyl were prepared using two different strategies. These supports are compatible to the standard solid

  描述了一种制备在3'-末端带有氨基的寡核苷酸的新颖方法。使用两种不同的策略制备了具有氨基烷基和通过碱不稳定的氨基甲酸酯键如2-（2-硝基苯基）乙氧基羰基和芴基甲氧基羰基连接的3'-氨基-2'，3'-二脱氧核苷的几种CPG载体。这些支持物与标准的固相亚磷酸三酯方法兼容，并产生在3'端含有氨基的寡核苷酸。讨论了3'-氨基寡核苷酸的几种特性，例如核酸酶抗性，杂交和寡核苷酸缀合物的制备。
• Convenient Syntheses of 3′-Amino-2′,3′-dideoxynucleosides, Their 5′-Monophosphates, and 3′-Aminoterminal Oligodeoxynucleotide Primers
  作者：Ralf Eisenhuth、Clemens Richert

  DOI：10.1021/jo8018889

  日期：2009.1.2

  5′-Protected 3′-amino-2′,3′-dideoxynucleosides containing any of the four canonical nucleobases (A/C/G/T) were prepared via azides in five to six steps, starting from deoxynucleosides. For pyrimidines, the synthetic route involved nucleophilic opening of anhydronucleosides. For purines, an in situ oxidation/reduction sequence, followed by a Mitsunobu reaction with diphenyl-2-pyridylphosphine and sodium

  从脱氧核苷开始，通过叠氮化物以五至六步制备含有四个规范核碱基（A / C / G / T）中任何一个的5'-保护的3'-氨基-2'，3'-二脱氧核苷。对于嘧啶，合成途径涉及脱水核苷的亲核打开。对于嘌呤，原位氧化/还原序列，然后与二苯基-2-吡啶基膦和叠氮化钠的Mitsunobu反应，以高收率和纯度提供了3'-叠氮核苷。对于固相合成氨基末端寡核苷酸，氨基核苷通过新型六氟戊二酸接头与受控孔玻璃相连。这些支持物通过常规的DNA链组装和氨水一步脱保护/释放，以高产率和高纯度提供了3'-氨基末端引物。如此制备的引物在无酶化学引物延伸中成功进行了测试，这是一种用于基因分型和标记的廉价方法。还制备了3'-氨基-2'，3'-二脱氧核苷的受保护的5'-单磷酸酯，为制备标记的或光敏性受保护的单体用于化学引物延伸提供了起始原料。