(6R)-2,6-脱水-1-脱氧-6-(硝基甲基)-D-半乳糖醇 | 263008-59-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 中文名称: (6R)-2,6-脱水-1-脱氧-6-(硝基甲基)-D-半乳糖醇
• 英文名称: nitromethyl β-L-fucopyranoside
• 英文别名: β-L-fucopyranosylnitromethane；beta-L-Fucopyranosyl nitromethane；(2S,3S,4R,5S,6R)-2-methyl-6-(nitromethyl)oxane-3,4,5-triol
• CAS: 263008-59-9
• 化学式: C₇H₁₃NO₆
• 分子量: 207.183
• InChiKey: VKASWJUVZZNJIX-CQOGJGKDSA-N

物化性质

• 沸点：
  416.4±45.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.456±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.7
• 重原子数：
  14
• 可旋转键数：
  1
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  1.0
• 拓扑面积：
  116
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (6R)-2,6-脱水-1-脱氧-6-(硝基甲基)-D-半乳糖醇 在 盐酸 、 platinum on activated charcoal 、 氢气 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 48.0h， 生成 cinnamide, N-(β-L-fucopyranosyl methyl)
  参考文献：
  名称：

  拟糖、口服生物可利用的 LecB 抑制剂阻断铜绿假单胞菌的生物膜形成

  摘要：

  机会性革兰氏阴性菌铜绿假单胞菌是免疫功能低下患者和囊性纤维化患者感染的主要病原体。它能够从浮游生物转变为聚集体，形成所谓的生物膜，是抗菌素耐药性的前线机制。细菌碳水化合物结合蛋白 LecB 是生物膜形成不可或缺的组成部分。在这里，我们报告了一类新的类药物低分子量凝集素 LecB 抑制剂，具有纳摩尔亲和力和优异的受体结合动力学和热力学。这类糖模拟抑制剂在体外有效阻断铜绿假单胞菌的生物膜形成，而天然单价碳水化合物配体则失效。此外，还实现了优异的选择性和药代动力学特性。尤其，

  DOI：

  10.1021/jacs.7b11133
• 作为产物：
  描述：

  硝基甲烷 、 L(-)岩藻糖 在 sodium methylate 、 盐酸 作用下， 以 甲醇 、 二甲基亚砜 、 水 为溶剂， 以46 %的产率得到(6R)-2,6-脱水-1-脱氧-6-(硝基甲基)-D-半乳糖醇
  参考文献：
  名称：

  发现 N-β-l-岩藻糖酰胺作为铜绿假单胞菌凝集素 LecB 的高亲和力配体

  摘要：

  革兰氏阴性病原体铜绿假单胞菌主要在免疫功能低下或囊性纤维化患者中引起严重感染，并且能够抵抗抗菌治疗。细胞外凝集素 LecB 在细菌粘附宿主和生物膜形成中发挥关键作用。为了抑制LecB，我们设计并合成了一组岩藻糖酰胺、磺酰胺和硫脲衍生物。然后，我们在竞争性和直接结合测定中分析了它们与 LecB 的结合。我们将 β-岩藻糖基酰胺确定为两位数纳摩尔范围内前所未有的高亲和力配体。 N-岩藻糖酰胺的一种 α- 和一种 β-异头物与 LecB 复合物的 X 射线晶体学揭示了导致 β-异头物在原子水平上高亲和力的相互作用。此外，该分子在小鼠和人类血浆和肝脏代谢中表现出良好的稳定性，为未来开发抗菌药物奠定了基础。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.2c01373

文献信息

• Anti-biofilm Agents against <i>Pseudomonas aeruginosa</i>: A Structure–Activity Relationship Study of <i>C</i>-Glycosidic LecB Inhibitors
  作者：Roman Sommer、Katharina Rox、Stefanie Wagner、Dirk Hauck、Sarah S. Henrikus、Shelby Newsad、Tatjana Arnold、Thomas Ryckmans、Mark Brönstrup、Anne Imberty、Annabelle Varrot、Rolf W. Hartmann、Alexander Titz

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.9b01120

  日期：2019.10.24

  bioavailable C-glycosidic inhibitors of the Pseudomonas aeruginosa lectin LecB with antibiofilm activity. They proved efficient in target binding, were metabolically stable, nontoxic, selective, and potent in inhibiting formation of bacterial biofilm. Here, we designed and synthesized six new carboxamides and 24 new sulfonamides for a detailed structure–activity relationship for two clinically representative

  生物膜的形成是抗菌素耐药性的关键机制。我们最近报道了铜绿假单胞菌的两种口服生物利用的C-糖苷抑制剂具有抗生物膜活性的凝集素LecB。他们证明了在靶标结合方面有效，在代谢上稳定，无毒，选择性强，并且在抑制细菌生物膜形成方面很有效。在这里，我们设计和合成了6种新的羧酰胺和24种新的磺酰胺，以详细说明两种具有临床代表性的LecB变体的结构-活性关系。与羧酰胺相比，磺酰胺通常表现出更高的抑制作用，这是根据晶体结构分析合理化的。噻吩磺酰胺的取代通过与亲脂性蛋白补丁的广泛接触而增加了结合。这些代谢稳定的化合物显示出对靶标的效力和生物膜抑制测定法的进一步提高。一般来说，
• A Biophysical Study with Carbohydrate Derivatives Explains the Molecular Basis of Monosaccharide Selectivity of the Pseudomonas aeruginosa Lectin LecB
  作者：Roman Sommer、Thomas E. Exner、Alexander Titz

  DOI：10.1371/journal.pone.0112822

  日期：——

  The rise of resistances against antibiotics in bacteria is a major threat for public health and demands the development of novel antibacterial therapies. Infections with Pseudomonas aeruginosa are a severe problem for hospitalized patients and for patients suffering from cystic fibrosis. These bacteria can form biofilms and thereby increase their resistance towards antibiotics. The bacterial lectin LecB was shown to be necessary for biofilm formation and the inhibition with its carbohydrate ligands resulted in reduced amounts of biofilm. The natural ligands for LecB are glycosides of d-mannose and l-fucose, the latter displaying an unusual strong affinity. Interestingly, although mannosides are much weaker ligands for LecB, they do form an additional hydrogen bond with the protein in the crystal structure. To analyze the individual contributions of the methyl group in fucosides and the hydroxymethyl group in mannosides to the binding, we designed and synthesized derivatives of these saccharides. We report glycomimetic inhibitors that dissect the individual interactions of their saccharide precursors with LecB and give insight into the biophysics of binding by LecB. Furthermore, theoretical calculations supported by experimental thermodynamic data suggest a perturbed hydrogen bonding network for mannose derivatives as molecular basis for the selectivity of LecB for fucosides. Knowledge gained on the mode of interaction of LecB with its ligands at ambient conditions will be useful for future drug design.

  细菌对抗生素耐药性的增加是公共卫生的一大威胁，需要开发新型抗菌疗法。铜绿假单胞菌感染是住院病人和囊性纤维化患者面临的一个严重问题。这些细菌会形成生物膜，从而增加对抗生素的耐药性。研究表明，细菌凝集素 LecB 是生物膜形成的必要条件，使用其碳水化合物配体进行抑制可减少生物膜的数量。LecB 的天然配体是 d-甘露糖苷和 l-岩藻糖苷，后者显示出不同寻常的强亲和力。有趣的是，虽然甘露糖苷对 LecB 的配体作用要弱得多，但在晶体结构中，它们确实与蛋白质形成了额外的氢键。为了分析岩藻糖苷中的甲基和甘露糖苷中的羟甲基对结合的贡献，我们设计并合成了这些糖苷的衍生物。我们报告的仿糖抑制剂剖析了其糖类前体与 LecB 的单独相互作用，并深入揭示了 LecB 结合的生物物理学原理。此外，实验热力学数据支持的理论计算表明，甘露糖衍生物的氢键网络是 LecB 对岩藻糖苷具有选择性的分子基础。有关 LecB 与其配体在环境条件下的相互作用模式的知识将有助于未来的药物设计。
• A Convenient Synthesis <b>o</b>f Pyranosyl-1-carbaldoximes
  作者：Kenneth W. J. Baker、Andrew Gibb、Andrew R. March、Simon Parsons、R. Michael Paton

  DOI：10.1081/scc-120018932

  日期：2003.1.6

  A simple high-yielding procedure is described for the preparation of tri-O-acetyl-beta-L-fucopyranosylformaldoxime (1) involving stannate(II)-mediated reduction of the readily accessible tri-O-acetyl-beta-L-fucopyranosylnitromethane (3). The D-mannosyl, D-glucosyl, D-galactosyl, and D-xylosyl analogues 7-12 were prepared similarly. The structure of tetra-O-acetyl-beta-D-mannopyranosylformaldoxime (7) was determined by X-ray crystallography.
• Henry condensations with 4,6-O-benzylidenylated and non-protected d-glucose and l-fucose via DBU-catalysis
  作者：Pasit Phiasivongsa、Vyacheslav V. Samoshin、Paul H. Gross

  DOI：10.1016/s0040-4039(03)01328-5

  日期：2003.7

  Mechanistic intermediates, and thermodynamically favored side products, in the Henry condensations of partially protected and non-protected pyranoses with a free anomeric hemiacetal function with nitromethane in various solvents for the kinetically controlled syntheses of C-glycopyranosides in the presence of DBU/molecular sieve catalyst system were identified. (C) 2003 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.
• Glycomimetic, Orally Bioavailable LecB Inhibitors Block Biofilm Formation of <i>Pseudomonas aeruginosa</i>
  作者：Roman Sommer、Stefanie Wagner、Katharina Rox、Annabelle Varrot、Dirk Hauck、Eike-Christian Wamhoff、Janine Schreiber、Thomas Ryckmans、Thomas Brunner、Christoph Rademacher、Rolf W. Hartmann、Mark Brönstrup、Anne Imberty、Alexander Titz

  DOI：10.1021/jacs.7b11133

  日期：2018.2.21

  we report a new class of drug-like low molecular weight inhibitors of the lectin LecB with nanomolar affinities and excellent receptor binding kinetics and thermodynamics. This class of glycomimetic inhibitors efficiently blocked biofilm formation of P. aeruginosa in vitro while the natural monovalent carbohydrate ligands failed. Furthermore, excellent selectivity and pharmacokinetic properties were

  机会性革兰氏阴性菌铜绿假单胞菌是免疫功能低下患者和囊性纤维化患者感染的主要病原体。它能够从浮游生物转变为聚集体，形成所谓的生物膜，是抗菌素耐药性的前线机制。细菌碳水化合物结合蛋白 LecB 是生物膜形成不可或缺的组成部分。在这里，我们报告了一类新的类药物低分子量凝集素 LecB 抑制剂，具有纳摩尔亲和力和优异的受体结合动力学和热力学。这类糖模拟抑制剂在体外有效阻断铜绿假单胞菌的生物膜形成，而天然单价碳水化合物配体则失效。此外，还实现了优异的选择性和药代动力学特性。尤其，