Understanding the Effects of Ligand Configuration on Protoporphyrinogen IX Oxidase with Rationally Designed 3-(<i>N</i>-Phenyluracil)but-2-enoates
作者:Huang-Ze Yang、Hong-Yun Liu、Sang-Hong Li、Da-Wei Wang、Zhen Xi
DOI:10.1021/acs.jafc.3c08483
日期:2024.4.17
showed that the E isomers of 3-(N-phenyluracil)but-2-enoates displayed improved bioactivity than their corresponding Z isomers. Using molecular simulation studies, we found that the E isomers showed a relatively lower entropy change and could sample more stable binding conformation to the receptor than the Z isomers. Our density functional theory (DFT) calculations showed that the E isomers showed higher
原卟啉原 IX 氧化酶(PPO,EC 1.3.3.4)是绿色除草剂发现的一个有前景的目标。然而,配体构型对 PPO 活性的影响仍知之甚少。在此,我们利用之前开发的活性片段交换和连接(AFEL)方法设计了3-( N-苯基尿嘧啶)but-2-enoates,并合成了一系列具有纳摩尔范围的烟草PPO(NtPPO)抑制效力和前景广阔的新型化合物。除草效力。我们的系统结构-活性关系研究表明,3-( N-苯基尿嘧啶)but-2-烯酸酯的E异构体比其相应的Z异构体表现出更高的生物活性。通过分子模拟研究,我们发现E异构体比Z异构体表现出相对较低的熵变,并且可以采样到与受体更稳定的结合构象。我们的密度泛函理论(DFT)计算表明, E异构体比相应的Z异构体表现出更高的化学反应性和更低的电子化学势。化合物E - Ic成为最佳化合物,其针对 NtPPO 的K i值为 3.0 nM,在 37.5–75 g ai/ha