6-N-benzoyl-9-(5-O-tert-butyldiphenylsilyl-β-D-ribofuranosyl)adenine | 77244-83-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 6-N-benzoyl-9-(5-O-tert-butyldiphenylsilyl-β-D-ribofuranosyl)adenine
• 英文别名: N⁶-benzoyl-5′-O-(tert-butyldiphenylsilyl)adenosine；N⁶-benzoyl-5'-O-[(tert-butyl)diphenylsilyl]adenosine；6-N-benzoyl-5'-O-tert-butyldiphenylsilyl-adenosine；6-N-benzoyl-5'-O-tert-butyldiphenylsilyladenosine；6-N-benzoyl-5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)adenosine；Adenosine, N-benzoyl-5'-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-；N-[9-[(2R,3R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 77244-83-8
• 化学式: C₃₃H₃₅N₅O₅Si
• 分子量: 609.757
• InChiKey: DXDHVNNXLTVJCH-CRDHKZEPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.27
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  132
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-N-benzoyl-9-(5-O-tert-butyldiphenylsilyl-β-D-ribofuranosyl)adenine 在 4-二甲氨基吡啶 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 为溶剂， 反应 42.5h， 生成 N⁶-benzoyl-9-(2',3'-di-O-acetyl-β-D-ribofuranosyl)adenine
  参考文献：
  名称：

  半合成3'（2'）- O-（氨酰基）-tRNA衍生物作为核糖体底物

  摘要：

  描述了（3'-末端）3'（2'）- O-氨基酰化的pCpA衍生物的有效合成，这可能导致在T4 RNA连接酶介导的连接后产生（氨酰基）-tRNA。四氢呋喃基（thf）基团是胞苷部分2'-OH的永久保护基，可在纯化3'（2'）- O-氨基酰化-pCpA时将其除去。该方法允许（3'-末端）3'（2'）- O-氨基酰化的寡核苷酸的一般合成。完全保护的pCpA 14是通过亚磷酰胺化学合成的，并用NH 3溶液处理以除去2-氰基乙基和苯甲酰基（  15；方案1和2）。2'- Ô -THF保护的PCPA 15被加上α -氨基甲酸氰甲基酯和产物20A - Ç去保护并用AcOH缓冲液纯化，得到3'（2'） - ö -aminoacylated PCPA 21A - c高产。3'（2'）- O-氨基酰化的pCpA与tRNA（-CA）有效连接，得到（氨酰基）-tRNA，它是核糖体的活性底物。

  DOI：

  10.1002/hlca.200790034
• 作为产物：
  描述：

  O^2'_,O3'_,O5'-tris-trimethylsilanyl-adenosine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 ammonium hydroxide 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 生成 6-N-benzoyl-9-(5-O-tert-butyldiphenylsilyl-β-D-ribofuranosyl)adenine
  参考文献：
  名称：

  由腺苷和鸟苷有效合成受保护的3'-脱氧腺苷和3'-脱氧鸟苷

  摘要：

  描述了由腺苷和鸟苷高效合成保护的3'-脱氧腺苷和3'-脱氧鸟苷。2'，3'-二醇保护的腺苷和鸟苷，用α-乙酰氧基异丁酰溴反应，得到9-（2'- ø -乙酰基3'-溴-5'- ø -叔-butyldiphenylsilyl -3'-脱氧-β-d呋喃木糖基）-6- ñ -苯甲酰基腺嘌呤和9-（2'- ø -乙酰基3'-溴-5'- ø -叔-butyldiphenylsilyl -3'-脱氧-β-d呋喃木糖基） -2- ñ - （ñ '，ñ '-dimethylaminomethylene）鸟嘌呤，随后用三-加热ñ-丁基氢化锡在2,2'-偶氮二异丁腈的存在下，以全部收率提供66-73％的受保护的3'-脱氧腺苷和3'-脱氧鸟苷。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)02041-4

文献信息

• Synthesis of oligoribonucleotides with phosphonate-modified linkages
  作者：Ondřej Páv、Ivana Košiová、Ivan Barvík、Radek Pohl、Miloš Buděšínský、Ivan Rosenberg

  DOI：10.1039/c1ob05488k

  日期：——

  Solid phase synthesis of phosphonate-modified oligoribonucleotides using 2′-O-benzoyloxymethoxymethyl protected monomers is presented in both 3′→5′ and 5′→3′ directions. Hybridisation properties and enzymatic stability of oligoribonucleotides modified by regioisomeric 3′- and 5′-phosphonate linkages are evaluated. The introduction of the 5′-phosphonate units resulted in moderate destabilisation of

  固相合成膦酸酯修饰的寡核糖核苷酸 2′- O-苯甲酰氧基甲氧基甲基被保护的单体在3'→5'和5'→3'两个方向上均存在。区域异构体3'-和-修饰的寡核糖核苷酸的杂交特性和酶稳定性5'-膦酸酯链接被评估。的介绍5'-膦酸酯 单位导致RNA / RNA双链体的适度去稳定化（ΔT米 -1.8°C / mod。），而引入 3'-膦酸酯 单元导致双工的相当大的不稳定（ΔT米-5.7°C / mod。）。分子动力学模拟已被用来解释这种行为。在核糖核酸酶A，磷酸二酯酶I和磷酸二酯酶II的存在下，两种类型的膦酸酯键均显示出显着的抗性。
• 2′,3′-O-Phosphonoalkylidene derivatives of ribonucleosides: Synthesis and reactivity
  作者：Magdalena Endová、Milena Masojídková、Miloš Buděšínský、Ivan Rosenberg

  DOI：10.1016/s0040-4020(98)00653-x

  日期：1998.9

  A novel type of nucleotide analogues, the 2′,3′-O-(1-diethylphosphono)alkylidene derivatives of ribonucleosides was prepared by redox reaction of diethyl chlorophosphite with various nucleoside orthoesters. Some of these compounds undergo interesting rearrangements when treated with nucleophiles. The configuration of the title compounds was determined by 2D-ROESY experiments. Biological activity of

  新型的核苷酸类似物，核糖核苷的2'，3'-O-（1-二乙基膦酰基）亚烷基衍生物是通过亚磷酸二乙酯与各种原核苷的氧化还原反应制备的。当用亲核试剂处理时，这些化合物中的一些会发生有趣的重排。通过2D-ROESY实验确定标题化合物的构型。还讨论了部分受保护的核苷酸类似物的生物活性。
• Synthesis of 2′-end modified 2′-5′-adenylate trimers
  作者：Joachim Engels

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)77852-x

  日期：1980.1

  Trimeric 2′,5′-linked adenylates incorporating deoxyribosides and arabinoside of adenine in the 2′-end were synthesized by the phosphotriester approach using quinoline-8-sulfonyl nitrotriazoline as an effective condensing agent.

  使用喹啉-8-磺酰基硝基三唑啉作为有效的缩合剂，通过磷酸三酯法合成了在2'-末端掺入脱氧核糖苷和腺嘌呤的阿拉伯糖苷的三聚体2'，5'-连接的腺苷酸。
• Oxidative cleavage of ribofuranose 5-(α-hydroxyphosphonates): a route to erythrofuranose-based nucleoside phosphonic acids
  作者：Šárka Králíková、Miloš Buděšínský、Ivana Tomečková、Ivan Rosenberg

  DOI：10.1016/j.tet.2006.07.056

  日期：2006.10

  protected shortened AMP analogue with adenosine derivatives, however, provided only the 2′,5′-linked ApA analogue. Study on hybridization of the modified 2′-5′ ApA with polyU revealed its ability to form stable triplex-like complex, similar to natural 2′-5′ r(ApA) and 3′-5′ r(ApA). NMR spectroscopy study showed that the erythrofuranose part of the phosphonate nucleotide unit of modified 2′-5′ ApA was predominantly

  我们在这里报告在强酸性和中性条件下，高碘酸根阴离子对（5 R）-和（5 S）-呋喃核糖基-5- C-膦酸酯衍生物的氧化裂解。在这两种情况下，仅（5 R）构型的化合物进行了预期的氧化反应，并提供了所需的（4 R）-呋喃呋喃糖基膦酸酯，而第二种差向异构体（5 S）-核呋喃糖基-5- C-膦酸酯未提供相应的（4S）-呋喃呋喃糖基膦酸酯衍生物。差向异构体对氧化裂解的这种不同行为是一种重要现象。所得（4 R）-呋喃呋喃糖基膦酸酯通过经典的核苷化反应用于制备5'-磷酸腺苷的膦酸酯模拟物。然而，受保护的缩短的AMP类似物与腺苷衍生物的缩合仅提供了2'，5'-连接的ApA类似物。修饰的2'-5'ApA与polyU杂交的研究表明，它具有形成稳定的三链体样复合物的能力，类似于天然2'-5'r（ApA）和3'-5'r（ApA）。NMR光谱研究表明，修饰的2'-5'ApA的膦酸核苷酸单元的赤呋喃糖部分主要为C2'-内构象，这是B-DNA的特征。
• Synthesis and Biophysical Properties of Triazole-Incorporated PMOs (TzPMOs): A Convergent, Click Ligation Approach
  作者：Arpan Banerjee、Arnab Das、Atanu Ghosh、Abhishek Gupta、Surajit Sinha

  DOI：10.1021/acs.joc.3c02242

  日期：2024.3.1

  The synthesis of phosphorodiamidate morpholino oligonucleotides (PMOs) incorporating single or double triazole rings in the backbone has been achieved via Cu(I)-catalyzed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC). The synthetic approach implemented is fundamentally convergent, involving the ligation of a 5′-azide PMO fragment to a 3′-alkyne fragment both in solution and on solid support. To access the 3′-alkyne

  通过 Cu(I) 催化的叠氮化物-炔环加成 (CuAAC) 合成了主链中包含单或双三唑环的磷酸二酰胺吗啉代寡核苷酸 (PMO)。所实施的合成方法基本上是收敛的，涉及在溶液中和固体支持物上将 5'-叠氮 PMO 片段与 3'-炔片段连接。为了获得 3'-炔 PMO 片段，我们合成了所有四种核碱基的 3'- N-炔丙基氯代氨基磷酸酯吗啉代单体。与常规类似物相比，所得的三唑掺入的 PMO (TzPMO) 对互补脱氧核糖核酸 (DNA)/核糖核酸 (RNA) 链表现出相当或改进的结合亲和力。最后，设计了一个全长 TzPMO 来靶向 Nanog 基因，与常规版本相比，表现出几乎相同的杂交特性。圆二色性研究揭示了 TzPMO 形成的双链体具有 B 型螺旋构象。