1-deoxy-1-phenyl-β-D-ribofuranose | 32252-03-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-deoxy-1-phenyl-β-D-ribofuranose
• 英文别名: (2R,3S,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)-5-phenyl-tetrahydrofuran-3,4-diol；(2R,3S,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)-5-phenyloxolane-3,4-diol
• CAS: 32252-03-2
• 化学式: C₁₁H₁₄O₄
• 分子量: 210.23
• InChiKey: VXLIVGBVFGMEQD-DBIOUOCHSA-N

物化性质

• 熔点：
  112-113 °C(Solv: ethyl acetate (141-78-6))
• 沸点：
  430.7±45.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.343±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.1
• 重原子数：
  15
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  69.9
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-deoxy-1-phenyl-β-D-ribofuranose 在 吡啶 、 N-甲基咪唑 、 2,4,6-三甲基吡啶 、 silver nitrate 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙腈 为溶剂， 反应 24.75h， 生成 1'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-tert-butyldimethylsilyl-1'-phenyl-β-D-ribofuranose cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  C−F···H−C 核糖核酸中的氢键

  摘要：

  我们报告了 1'-deoxy-1'-(benzimidazol-1-yl)-beta-D-ribofuranose 7 和 1'-deoxy-1'-phenyl-beta-D-ribofuranose 2 的合成。 使用这两种核糖核苷类似物我们手头有一组九种不同的 RNA 构建块，它们与天然碱基是等排的。现在可以研究它们的双重稳定力。这些力是氢键、碱基堆积和溶剂化。所有构建块的亚磷酰胺都被整合到 12 聚体 RNA 中，并通过 UV 和 CD 光谱研究了所得的 RNA 双链体。我们发现一些 RNA 类似物是通用碱基。具有最低不稳定和最小天然碱基区分度的最佳通用碱基是 1 (B) 和 9 (E)。在紫外线测量的基础上，我们确定了熔点和热力学数据。我们能够证明天然碱基和 RNA 类似物之间没有氢键。根据热力学数据，我们计算了所有改性构件的基础堆积和溶剂化的贡献。12mer RNA 双链体中双修饰碱基对的计算和测量数据的比较表明，在

  DOI：

  10.1021/ja012116g
• 作为产物：
  描述：

  2,3,5-三-O-(苯基甲基)-D-呋喃核糖 在 palladium on activated charcoal 氢气 、 对甲苯磺酸 作用下， 以 甲醇 、 乙醚 、 苯 为溶剂， 20.0~25.0 ℃ 、101.33 kPa 条件下， 反应 30.0h， 生成 1-deoxy-1-phenyl-β-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and cytotoxic activity of C-glycosidic nicotinamide riboside analogs

  摘要：

  The C-glycosidic nicotinamide riboside analogue (2) was prepared by reaction of ribonolactone 24 with the lithiated oxazoline 19 followed by triethylsilane reduction to 26 and deprotection. Selective phosphorylation to the pseudonucleotide 34 was effected via the isopropylidene compound 33. In contrast to the benzoic acid riboside (28) the benzamide riboside (2) showed extremely high cytotoxicity at nanomolar concentrations to S49.1 lymphoma cells but only slightly increased dexamethasone toxicity.

  DOI：

  10.1021/jm00081a012

文献信息

• [EN] S-ANTIGEN TRANSPORT INHIBITING OLIGONUCLEOTIDE POLYMERS AND METHODS<br/>[FR] POLYMÈRES OLIGONUCLÉOTIDIQUES INHIBANT LE TRANSPORT DE L'ANTIGÈNE S ET MÉTHODES
  申请人：ALIGOS THERAPEUTICS INC

  公开号：WO2021119325A1

  公开（公告）日：2021-06-17

  Various embodiments provide STOPS™ polymers that are S-antigen transport inhibiting oligonucleotide polymers, processes for making them and methods of using them to treat diseases and conditions. In some embodiments the STOPS™ modified oligonucleotides include an at least partially phosphorothioated sequence of alternating A and C units having modifications as described herein. The sequence independent antiviral activity against hepatitis B of embodiments of STOPS™ modified oligonucleotides, as determined by HBsAg Secretion Assay, is an EC50 that is less than 100 nM.

  各种实施方式提供了STOPS™聚合物，这些聚合物是S-抗原转运抑制寡核苷酸聚合物，提供了制备它们的方法以及使用它们治疗疾病和症状的方法。在某些实施方式中，STOPS™修饰的寡核苷酸包括至少部分磷硫酸酯化的交替A和C单元序列，具有如本文所述的修饰。通过HBsAg分泌测定确定的STOPS™修饰的寡核苷酸对乙型肝炎的序列无关抗病毒活性，其EC50小于100 nM。
• A Modular Approach to Aryl-<i>C</i>-ribonucleosides via the Allylic Substitution and Ring-Closing Metathesis Sequence. A Stereocontrolled Synthesis of All Four α-/β- and <scp>d</scp>-/<scp>l</scp>-<i>C</i>-Nucleoside Stereoisomers
  作者：Jan Štambaský、Vojtěch Kapras、Martin Štefko、Ondřej Kysilka、Michal Hocek、Andrei V. Malkov、Pavel Kočovský

  DOI：10.1021/jo201110z

  日期：2011.10.7

  generated from (S)-5a, with the enantiopure allylic carbonates (R)-9a,b has been developed as the key step in a new approach to C-nucleoside analogues. The anomeric center was thus constructed via a stereocontrolled formation of the C–O rather than C–C bond with retention of configuration. The resulting bisallyl ethers 15a,b (≥90% de and >99% ee) were converted into C-ribosides 29a,b via the Ru-catalyzed

  （S）-5a生成的对映纯单保护的铜（I）对映体的铱（I）催化与对映纯烯丙基碳酸酯（R）-9a，b的烯丙基化反应已成为开发C的新方法的关键步骤-核苷类似物。因此，异头物中心是通过立体控制形成的C–O而非C–C键并保留构型而构建的。将所得的双烯丙基醚15a，b（de≥90％，ee≥99 ％）转化为C-核苷29a，b通过Ru催化的闭环复分解，然后由OsO 4或RuO 4催化的非对映选择性二羟基化和脱保护。起始片段5a和9a，b的绝对构型的变化允许所有四个α/β- d / l-组合的立体控制合成。
• Simple Entry to 3‘-Substituted Analogues of Anti-HIV Agent Stavudine Based on an Anionic O → C Stannyl Migration
  作者：Hiroki Kumamoto、Hiromichi Tanaka

  DOI：10.1021/jo0107958

  日期：2002.5.1

  hydrogens (H-3' and H-2'). When the lithiation of the 5'-O-tert-butyldiphenylsilyl derivative 5 was carried out in the presence of HMPA, an anionic silyl migration took place to give the 3'-C-silylated product 4a. The stannyl version of this reaction was found to be also possible, which has disclosed a highly simple entry to the d4T analogues variously substituted at the 3'-position by manipulating

  研究了抗HIV药物司他夫定（d4T）的5'-O保护衍生物与LTMP的反应，目的是锂化乙烯基氢（H-3'和H-2'）。当5′-O-叔丁基二苯基甲硅烷基衍生物5的锂化在HMPA存在下进行时，发生阴离子甲硅烷基迁移，得到3′-C-甲硅烷基化产物4a。发现该反应的亚锡烷基形式也是可能的，其已经公开了通过操纵3'-C-锡烷基d4T作为共同中间体而非常简单地进入在3'-位被各种取代的d4T类似物。
• The nucleoside transport proteins, NupC and NupG, from Escherichia coli: specific structural motifs necessary for the binding of ligands
  作者：Simon G. Patching、Stephen A. Baldwin、Alexander D. Baldwin、James D. Young、Maurice P. Gallagher、Peter J. F. Henderson、Richard B. Herbert

  DOI：10.1039/b414739a

  日期：——

  unrelated transporters showed similar but distinct patterns of inhibition, revealing differing selectivities for the different nucleosides and their analogues. Binding of nucleosides to NupG required the presence of hydroxyl groups at each of the C-3' and C-5' positions of ribose, while binding to NupC required only the C-3' hydroxyl substituent. The greater importance of the ribose moiety for binding to

  测试了一系列46种天然核苷和类似物（主要是基于腺苷的）作为从大肠杆菌中富集的，与H（+）连接的核苷转运蛋白NupC和NupG吸收[U-（14）C]尿苷的抑制剂。这两个在进化上不相关的转运蛋白显示出相似但不同的抑制模式，揭示了对不同核苷及其类似物的不同选择性。核苷与NupG的结合需要在核糖的C-3'和C-5'位置分别存在羟基，而与NupC的结合仅需要C-3'羟基取代基。核糖部分对于结合NupG的重要性更高，与该蛋白质和寡糖之间的进化关系一致：运输者的主要促进者超家族（MFS）的H（+）同向转运蛋白（OHS）亚家族。对于两种蛋白质，C-3'处的天然α-构型和C-1'处的天然β-构型对于配体结合都是必需的。发现腺苷的咪唑环中的N-7和C-6的氨基对于结合并不重要，并且两个转运蛋白都显示出C-6 / N取代的灵活性。N-1和N-3中的一个或两个对腺苷类似物与NupC的结合很重要，但对NupG的结合
• Synthesis of 1′-phenyl-2′-OMe ribose analogues connecting the thymine base at the 1′ position through a flexible linker for the formation of a stable anti-parallel triplex DNA
  作者：Yosuke Taniguchi、Hidenori Okamura、Norihiko Fujino、Shigeki Sasaki

  DOI：10.1016/j.tet.2012.11.016

  日期：2013.1

  We have previously developed the innovative bicyclic nucleoside analogues (WNA) for the formation of the triplex DNA. The WNA analogue consists of an aromatic ring and a recognition base on the bicyclic skeleton, and the recognition of the CG or TA interrupting sites has been achieved by the WNA analogues. However, the stabilization ability of the WNA analogue is dependent on its neighboring nucleobases

  我们以前已经开发了用于形成三链DNA的创新性双环核苷类似物（WNA）。WNA类似物由一个芳香环和一个基于双环骨架的识别基团组成，并且CG或TA中断位点的识别已通过WNA类似物实现。但是，WNA类似物的稳定能力取决于其在TFO中的相邻核碱基。我们假设序列依赖性可能源于WNA的双环的固定构象。因此，预期糖部分和核碱基之间的开放连接子可产生柔性并改善核碱基类似物的稳定作用。现在，我们报告设计和合成一种新的核苷类似物，作为WNA-βT（1'-苯基-2'-OMe-核糖衍生物）的开放形式，1）或乙烯连接基（2）。包含3'-dA- 1 -dG上下文的TFO可以识别CG中断位点，而包含3'-dG- 1 - dG上下文的TFO可以识别GC的位点。与此相反，2显示在所有四个碱基对的稳定效果与一些偏好的TFO含有3'-DA- 2 -dG和3'-DG- 2 -dG。这些结果表明，核碱基和核糖部分之间的柔性接头可以改善三链体形成的序列依赖性。