(1R,3R,5R,8R)-5,8-dihydroxy-3-(thymin-1-yl)-2-oxabicyclo[3.3.0]octane | 148743-82-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: (1R,3R,5R,8R)-5,8-dihydroxy-3-(thymin-1-yl)-2-oxabicyclo[3.3.0]octane
• 英文别名: (1R,3R,5S,8R)-5,8-Dihydroxy-3-(thymin-1-yl)-2-oxabicyclo[3.3.0]octane；(3'S,5'R)-1-(2'-deoxy-3',5'-ethano-β-D-ribofuranosyl)thymine；(3'S,5'R)-2'-Desoxy-3',5'-ethano-β-D-ribofuranosylthymin；bicyclothymidine；1-[(2R,3aS,6R,6aR)-3a,6-dihydroxy-2,3,4,5,6,6a-hexahydrocyclopenta[b]furan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 148743-82-2
• 化学式: C₁₂H₁₆N₂O₅
• 分子量: 268.269
• InChiKey: TYMDKJLKXAJWGP-HNBLOZHYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.1
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  1
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1R,3R,5R,8R)-5,8-dihydroxy-3-(thymin-1-yl)-2-oxabicyclo[3.3.0]octane 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 反应 75.0h， 生成 (3'S,5'R)-1-<2'-deoxy-5'-O-<(4,4'-dimethoxytriphenyl)methyl>-3',5'-ethano-3'-O-<4-(4-nitrophenyloxy)succinyl>-β-D-ribofuranosyl>thymine
  参考文献：
  名称：

  Tarkoey, Markus; Leumann, Christian, Angewandte Chemie, 1993, vol. 105, # 10, p. 1516 - 1518

  摘要：

  DOI：
• 作为产物：
  描述：

  (3aR,5R,6R,6aR)-6-(benzyloxy)-5-((R)-2,2-dimethyl-1,3-dioxolan-4-yl)-2,2-dimethyl-6-vinyltetrahydrofuro[2,3-d][1,3]dioxole 在 tricyclohexylphosphine[1,3-bis(2,4,6-trimethylphenyl)imidazol-2-ylidene](benzylidene)Ru(II) dichloride 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 偶氮二异丁腈 、 1,4-环己二烯 、 氢气 、 三正丁基氢锡 、 sodium methylate 、 sodium hydride 、 高碘酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 溶剂黄146 、 乙酸乙酯 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 、 苯 为溶剂， 反应 179.25h， 生成 (1R,3R,5R,8R)-5,8-dihydroxy-3-(thymin-1-yl)-2-oxabicyclo[3.3.0]octane
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of bicyclic nucleosides by ring-closing metathesis

  摘要：

  环闭合转位法用于构建构象受限的双环核苷。从二乙酮-D-葡萄糖出发，经过两次烯基格林纳反应、后续双键的转位以及通过氧化/还原反应序列解决立体化学，成功合成了不饱和双环糖类衍生物11。比较了两条在3-O-保护基团上不同的合成路线。因此，额外的保护步骤显著提高了产率。将11进行标准转化，得到含有具有较高进一步功能化潜力的烯基部分的双环核苷22。作为示例，合成了两种简单的双环核糖核苷类似物4和5，这些类似物限制在不寻常的南型构象中。

  DOI：

  10.1039/b101364p

文献信息

• Nucleic-Acid Analogues with Constraint Conformational Flexibility in the Sugar-Phosphate Backbone (‘Bicyclo-DNA’). Part 1. Preparation of (3<i>S</i>,5′<i>R</i>)-2′-Deoxy-3′,5′-ethano-αβ-<scp>D</scp>-ribonucleosides (‘Bicyclonucleosides’)
  作者：Markus Tarköy、Martin Bolli、Bernd Schweizer、Christian Leumann

  DOI：10.1002/hlca.19930760132

  日期：1993.2.10

  We describe the synthesis of 2′-deoxy-3′,5′-ethano-D-ribonucleosides 1–8 (= (5′,8′-dihydroxy-2′-oxabicyclo-[3.3.0]oct-3′-yl)purines or -pyrimidines) of the nucleobases adenine, thymine, cytosine, and guanine. They differ from natural 2′-deoxyribonucleosides only by an additional ethylene bridge between the centers C(3′) and C(5′). The configuration at these centers (3S,5′R) was chosen as to match the

  我们描述了2'-deoxy-3'，5'-ethano-D-ribonucleosides 1 – 8（=（5'，8'-dihydroxy-2'-oxabicyclo- [3.3.0] oct-3'-核苷腺嘌呤，胸腺嘧啶，胞嘧啶和鸟嘌呤的基团）。它们与天然2'-脱氧核糖核苷的区别仅在于中心C（3'）和C（5'）之间有一个附加的乙烯桥。选择这些中心处的构型（3 S，5'R），以使其与双链DNA中重复的核苷单元的几何形状尽可能接近。这些核苷被设计为赋予作为寡核苷酸链的成分的相对于天然DNA较高的单链预组织度，以形成双链体，从而形成熵配对过程的优势。这些“bicyclonucleosides”的合成是通过结构的对映体纯糖前体的实现18 / 19（方案1），然后将其通过在核苷合成（已知的方法转化为相应的核苷方案2和3）。在所有情况下，两种核苷的端基异构体均以纯结晶形式获得，其相对构型通过1 H-NM
• Bicyclic nucleosides; stereoselective dihydroxylation and 2′-deoxygenationElectronic supplementary information (ESI) available: 13C NMR spectra for compounds 7, 8 and 17 as well as 1H NMR data spectra for compounds 5, 11 and 18. See http://www.rsc.org/suppdata/ob/b2/b210439c/
  作者：Jacob Ravn、Morten Freitag、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/b210439c

  日期：2003.2.27

  A series of polyhydroxylated bicyclic nucleoside derivatives is approached applying stereoselective dihydroxylation reactions. Three out of four isomeric and protected products were obtained after the stereoselectivity of dihydroxylation has been completely inverted comparing a bicyclic nucleoside with a tricyclic furanose substrate. A corresponding 2′-deoxynucleoside derivative has been obtained after an optimized deoxygenation procedure.

  采用立体选择性二羟基化反应制备了一系列多羟基化的双环核苷衍生物。在与三环呋喃糖底物比较时，二羟基化的立体选择性完全反转后，获得了四种异构体中三种的保护产物。经过优化的去氧程序，得到了相应的2'-脱氧核苷衍生物。
• Nucleic-Acid Analogues with Restricted Conformational Flexibility in the Sugar-Phosphate Backbone (‘bicyclo-DNA’). Part 3. Synthesis, pairing properties, and calorimetric determination of duplex and triplex stability of decanucleotides from [(3′S,5′R)-2′-
  作者：Markus Tarköy、Martin Bolli、Christian Leumann

  DOI：10.1002/hlca.19940770315

  日期：1994.5.11

  relative to the natural system. (ii) bcd(A10) discriminates between a complementary oligodeoxynucleotide with a mismatch in the center in the same way as d(A10), indicating equal base-pairing selectivity. (iii) bcd(A10) forms more stable triplexes with d(T10) of the pyrimidine-purine-pyrimidine (py · pu · py) motif than d(A10). (iv) The stability of duplexes containing a bicyclic strand is more sensitive

  描述了一种新型寡核苷酸（'bicyclooligodeoxynucleotide'= bcd（X n））的合成，该寡核苷酸在其糖-磷酸骨架中显示出较小的构象柔性，并描述了十聚体bcd（T 10）和给出了bcd（A 10）相互之间以及通过紫外光谱和量热技术获得的互补RNA和DNA序列。结果可总结如下：（i）bcd（T 10）与互补的RNA和DNA的配对较弱，而bcd（A 10）相对于天然系统形成更强的双链体。（ii）bcd（A 10）以与d（A 10）相同的方式区分中心错配的互补寡聚脱氧核苷酸，表明碱基配对选择性相等。（III）BCD（A 10）形成与d更稳定的三螺旋（T 10嘧啶-嘌呤-嘧啶）（吡啶·プ·PY）基序比d（A 10）。（iv）含双环链的双链体的稳定性对盐浓度更敏感。包含bcd（A 10）的双链体具有较高的灵敏度，这是由于较高的差异阳离子摄取引起的。（v）双相形成焓的差示扫描量热法（DSC）分析显示ΔH