1-<2-deoxy-3,5-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2-C-(trimethylsilyl)ethynyl-β-D-arabinofuranosyl>cytosine | 159755-35-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-<2-deoxy-3,5-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2-C-(trimethylsilyl)ethynyl-β-D-arabinofuranosyl>cytosine
• 英文别名: 1-{2'-deoxy-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-C-[(trimethylsilyl)ethynyl]-β-D-arabinofuranosyl}cytosine；1-[(6aR,8R,9S,9aS)-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-9-(2-trimethylsilylethynyl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-4-aminopyrimidin-2-one
• CAS: 159755-35-8
• 化学式: C₂₆H₄₇N₃O₅Si₃
• 分子量: 565.933
• InChiKey: FHFHYZIZEZWBPL-TVYALGDOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.18
• 重原子数：
  37.0
• 可旋转键数：
  5.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.77
• 拓扑面积：
  97.83
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-<2-deoxy-3,5-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2-C-(trimethylsilyl)ethynyl-β-D-arabinofuranosyl>cytosine 在 4-二甲氨基吡啶 、 四丁基氟化铵 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 溶剂黄146 为溶剂， 反应 20.5h， 生成 1-[2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-C-ethynyl-β-D-arabinofuranosyl]-N⁴-isobutyrylcytosine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  2'-乙炔基-DNA：合成和配对特性

  摘要：

  2-Ethynyl-DNA 被开发为潜在的 DNA 选择性寡核苷酸类似物。2'-阿拉伯-乙炔基修饰核苷的合成是从适当保护的 2'-酮核苷开始，通过添加锂（三甲基甲硅烷基）乙炔化物，然后还原叔醇来实现的。经过一系列保护基团操作，获得了适用于固相合成的亚磷酰胺结构单元。当使用快速脱保护方案时，从这些构件合成寡核苷酸是成功的。2'-阿拉伯-乙炔基修饰的寡核苷酸的配对特性可总结如下：1）嘧啶核苷的2'-阿拉伯-乙炔基修饰导致双链体与DNA以及RNA的强烈不稳定。可能的原因是乙炔基在空间上影响糖苷键周围的扭转偏好，导致不适合形成双链体的构象。2) 如果在嘌呤核苷中引入修饰，则观察不到这种影响。配对特性没有或仅轻微改变，并且在某些情况下（脱氧腺苷均聚物），观察到与 DNA 互补链的配对稳定化和与 RNA 互补链的去稳定化。3）在交替的脱氧胞苷-脱氧鸟苷序列的寡核苷酸中，2'-阿拉伯-乙炔基脱氧鸟苷的掺

  DOI：

  10.1002/1522-2675(200201)85:1<224::aid-hlca224>3.0.co;2-l
• 作为产物：
  描述：

  2-O-[(6aR,8R,9S,9aR)-8-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-9-(2-trimethylsilylethynyl)-6,6a,8,9a-tetrahydrofuro[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-9-yl] 1-O-methyl oxalate 在 4-二甲氨基吡啶 、 ammonium hydroxide 、 偶氮二异丁腈 、 三苯基氯硅烷 、 三正丁基氢锡 、 三乙胺 作用下， 以 甲苯 为溶剂， 反应 29.5h， 生成 1-<2-deoxy-3,5-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2-C-(trimethylsilyl)ethynyl-β-D-arabinofuranosyl>cytosine
  参考文献：
  名称：

  核苷和核苷酸。134.通过对糖部分中的叔炔丙基醇进行自由基脱氧，合成2'- C-炔基-2'-脱氧-1-β-D-阿拉伯呋喃糖基嘧啶

  摘要：

  2'-脱氧-2'- C-乙炔基-1-β-D-阿拉伯呋喃糖基尿嘧啶（8c），-胸腺嘧啶（8f）和-胞嘧啶（11）的合成已通过相应2'-的立体定向自由基脱氧完成在AIBN存在下，与Bu 3 SnH一起形成叔-TMS炔丙基甲基乙二酸酯。同样在类似条件下制备2′-脱氧-2′- C-己炔基衍生物8d。另一方面，由于三键的加氢苯乙烯基化作用，苯基炔丙基酯或炔丙基酯的脱氧得到复杂的混合物。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)89580-6

文献信息

• Nucleosides and nucleotides. 102. Stereoselective radical deoxygenation of tert-propargyl alcohols in sugar moiety of pyrimidine nucleosides: synthesis of 2′-C-alkynyl-2′-deoxy-1-β-d-arabinofuranosylpyrimidines
  作者：Yuichi Yoshimura、Tomoharu Iino、Akira Matsuda

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)79449-4

  日期：1991.10

  Synthesis of the title compounds can be achieved by nucleophilic addition of lithium salts of TMSacetylene and 1-hexyne to 2′-ketouridine followed by radical deoxygenation of the corresponding methoxaryl ester.

  标题化合物的合成可以通过将TMS乙炔和1-己炔的锂盐亲核加成到2'-酮胍中，然后将相应的甲氧芳基酯进行自由基脱氧来实现。