3-deoxy-3-(hydroxymethyl)-5-O-<(tert-butyldimethyl)silyl>-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose | 146035-67-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 3-deoxy-3-(hydroxymethyl)-5-O-<(tert-butyldimethyl)silyl>-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose
• 英文别名: 5-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3-deoxy-3-(hydroxymethyl)-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose；3-deoxy-3-(hydroxymethyl)-5-O-[(tert-butyldimethyl)silyl]-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose；[(3aR,5S,6R,6aR)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-2,2-dimethyl-3a,5,6,6a-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]dioxol-6-yl]methanol
• CAS: 146035-67-8
• 化学式: C₁₅H₃₀O₅Si
• 分子量: 318.486
• InChiKey: OTICRHLFKXNDAV-FDYHWXHSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.49
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  1.0
• 拓扑面积：
  57.2
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-deoxy-3-(hydroxymethyl)-5-O-<(tert-butyldimethyl)silyl>-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose 在 sodium hydride 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.5h， 生成 3-[(p-anisyloxy)methyl]-5-O-benzyl-3-deoxy-1,2-O-(isopropylidene)-α-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  3'-C支链取代的核苷和核苷酸作为结核分枝杆菌胸苷单磷酸激酶的有效抑制剂。

  摘要：

  结核分枝杆菌（TMPKmt）的胸苷单磷酸激酶（TMPK）代表了一种阻断细菌DNA合成的有吸引力的靶标。为了找到TMPKmt的高亲和力抑制剂，通过在胸苷单磷酸（dTMP）支架的3'-位置引入各种取代基来探索酶在3'-位置的空腔。从一个关键的中间体（23）合成了2'-脱氧核糖（3-6）和核糖系列（7，8）中的各种3'-C支链取代的核苷酸。2'-脱氧类似物被证明是TMPKmt的有效抑制剂：3'-CH（2）NH（2）（4），3'-CH（2）N（3）（3）和3'-CH（2 F（5）个核苷酸在该系列中表现出最高亲和力，K（i）值分别为10.5、12和15 microM。这些结果表明，TMPKmt可耐受在3'-位引入空间上要求的取代基。核糖类似物经历了显着的亲和力降低，这可能是由于Tyr103在2'位置附近的空间位阻。尽管5'-O-磷酸化的化合物对酶具有更高的亲和力，但亲本核苷通常以相同的数量级显示出对

  DOI：

  10.1021/jm021108n
• 作为产物：
  描述：

  1,2-O-isopropylidene-5-O-(tert-butyl)dimethylsilyl-α-D-xylofuranoside 在 正丁基锂 、 草酰氯 、 borane dimethyl sulfide complex 作用下， 以 四氢呋喃 、 正己烷 、 二氯甲烷 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 3-deoxy-3-(hydroxymethyl)-5-O-<(tert-butyldimethyl)silyl>-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  点击化学链接的2'3'-cGAMP类似物

  摘要：

  2'3'-cGAMP是一种非规范的环状二核苷酸，其中一个A和一个G碱基通过3'-5'和唯一的2'-5'连接。该分子是由环化酶cGAS响应胞质DNA结合而产生的。cGAMP激活STING，因此是先天免疫最强大的途径之一。目前非常需要具有更好的细胞穿透性的不带电荷键的cGAMP类似物。在此，报道了具有一个酰胺和一个三唑键的cGAMP类似物的合成。该分子最好通过首先由Cu I催化的点击反应制备，该反应建立三唑，同时通过大内酰胺化实现环化。

  DOI：

  10.1002/chem.201805409

文献信息

• Synthesis and hybridization property of sugar and phosphate linkage modified oligonucleotides
  作者：Lak Shin Jeong、Ji Hea Lee、Kyeong-Eun Jung、Hyung Ryong Moon、Kichul Kim、Hong Lim

  DOI：10.1016/s0968-0896(99)00061-9

  日期：1999.7

  ro-pentofuranosyl]thymine (13) was synthesized from 1,2-isopropylidene-D-xylose (1) as a building block of modified oligonucleotides. Three types of novel oligonucleotides were synthesized from 13 and their T(m)s were compared with those of the corresponding natural oligonucleotides. It was found that our synthesized oligomers had lower affinity to DNA and RNA than the natural oligomers.

  合成了1- [3-脱氧-5-O-（4,4'-二甲氧基三苯甲基）-3-C-羟甲基-2--O-（2-甲氧基乙氧基甲基）-β-D-赤-戊呋喃糖基]胸腺嘧啶（13）由1,2-异亚丙基-D-木糖（1）制成，作为修饰寡核苷酸的组成部分。从13种合成了三种类型的新型寡核苷酸，并将其T（m）与相应的天然寡核苷酸进行了比较。发现我们合成的低聚物对DNA和RNA的亲和力比天然低聚物低。
• Synthesis of an aza analogue of 2-deoxy-d-ribofuranose and its homologues
  作者：Vyacheslav V Filichev、Malene Brandt、Erik B Pedersen

  DOI：10.1016/s0008-6215(01)00132-x

  日期：2001.7

  Azasugars were obtained in one-pot reactions by catalytic reduction reactions of amino group precursors in aldosugars followed by intramolecular reductive amino alkylation reactions. (3R,4S)-4-[(1S)-1,2-Dihydroxyethyl]pyrrolidin-3-ol was obtained from D-xylose by two different strategies through 3-C-cyano-3-deoxy-D-ribo-pentofuranose or 3-C-azidomethyl-3-deoxy-D-ribo-pentofuranose in 6 and 16% overall

  一锅反应中的氮杂糖是通过醛糖中氨基前体的催化还原反应，然后进行分子内还原性氨基烷基化反应而获得的。（3R，4S）-4-[（1S）-1,2-二羟乙基]吡咯烷-3-醇是通过两种不同的策略通过3-C-氰基-3-脱氧-D-核糖-戊呋喃糖从D-木糖获得的或3-C-叠氮基甲基3-脱氧-D-核糖-戊呋喃糖，总收率分别为6％和16％。在相应的Fmoc-氮杂糖中二醇基团的氧化裂解，然后脱保护，得到（3R，4R）-4-（羟甲基）吡咯烷丁-3-醇。（3R，4S）-4-[（1S，2R）-1,2,3-三羟丙基]吡咯烷-3-醇是由双丙酮-D-葡萄糖通过3-脱氧-3-C-硝基甲基-D-阿洛糖合成的总产率为7％。
• [EN] 3'-SUBSTITUTED METHYL OR ALKYNYL NUCLEOSIDES FOR THE TREATMENT OF HCV<br/>[FR] NUCLÉOSIDES MÉTHYLE OU ALCYNYLE SUBSTITUÉS EN POSITION 3 POUR LE TRAITEMENT DU VIRUS DE L'HÉPATITE C
  申请人：IDENIX PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2015161137A1

  公开（公告）日：2015-10-22

  Provided herein are compounds, compositions and methods for the treatment of Flaviviridae infections, including HCV infections. In certain embodiments, compounds and compositions of nucleoside derivatives are disclosed, which can be administered either alone or in combination with other anti-viral agents. In certain embodiments, the compounds are 3'-substituted methyl or alkynyl nucleosides of Formula I: (I); or a pharmaceutically acceptable salt, solvate, stereoisomeric form, tautomeric form or polymorphic form thereof, wherein Base, PD, RA, RB1, RB2, RC and Z are as defined herein.

  本文提供了用于治疗黄病毒科感染的化合物、组合物和方法，包括HCV感染。在某些实施例中，披露了核苷衍生物的化合物和组合物，可以单独或与其他抗病毒药物联合使用。在某些实施例中，所述化合物是Formula I的3'-取代甲基或炔基核苷衍生物：(I)；或其药学上可接受的盐、溶剂化合物、立体异构体形式、互变异构体形式或多形形式，其中Base、PD、RA、RB1、RB2、RC和Z如本文所定义。
• Acyclic <i>αγα-</i>Tripeptides with Fluorinated- and Nonfluorinated-Furanoid Sugar Framework: Importance of Fluoro Substituent in Reverse-Turn Induced Self-Assembly and Transmembrane Ion-Transport Activity
  作者：Sachin S. Burade、Sopan Valiba Shinde、Naresh Bhuma、Navanath Kumbhar、Amol Kotmale、Pattuparambil R. Rajamohanan、Rajesh G. Gonnade、Pinaki Talukdar、Dilip D. Dhavale

  DOI：10.1021/acs.joc.7b00661

  日期：2017.6.2

  derived from fluorinated-furanoid sugar amino acid frameworks act as reverse-turn inducers with a U-shaped conformation, whereas the corresponding nonfluorinated αγα-tripeptides show random peptide conformations. The NMR studies showed the presence of bifurcated weak intramolecular hydrogen bonding (F···HN) and N+···Fδ- charge-dipole attraction compel the amide carbonyl groups to orient antiperiplanar to

  衍生自氟化呋喃糖糖氨基酸骨架的无环αγα-三肽充当具有U形构象的反向诱导剂，而相应的非氟化αγα-三肽则显示出随机的肽构象。NMR研究表明存在分叉的弱分子内氢键（F···HN）和N + ··· Fδ-电荷偶极子的吸引力迫使酰胺羰基在C-F键的反平面取向，因此证明了氟取代基在稳定U形构象中的作用。NOESY数据表明，U型三肽的自组装形成通过具有反平行取向的C═O···HN之间的分子间氢键得以稳定。ESI-MS数据证明了这一事实，即使在气相中，该峰也显示出达到五聚体自组装的质量峰。通过FE-SEM对固体样品进行的形态分析表明，纤维排列成纳米棒。氟化三肽的反平行自组装孔说明了选择性离子迁移活性。实验结果得到了DFT研究的支持。
• Synthesis and Antiviral Evaluation of 2′,3′-Dideoxy-2′-fluoro-3′-<i>C</i>-hydroxymethyl-β-<scp>D</scp>-arabinofuranosyl Pyrimidine Nucleosides
  作者：Abdalla E. A. Hassan、Balakrina S. Pai、Stefania Lostia、Lieven Stuyver、Michael J. Otto、Raymond F. Schinazi、Kyoichi A. Watanabe

  DOI：10.1081/ncn-120022679

  日期：2003.10

  Abstract The synthesis and anti-HBV and anti-HIV activity of a number of 2′,3′-dideoxy-2′-fluoro-3′-C-hydroxymethyl-β-D-arabinofuranosyl pyrimidine nucleosides are reported.

  摘要报道了许多2'，3'-dideoxy-2'-fluoro-3'-C-羟甲基-β-D-阿拉伯呋喃糖基嘧啶核苷的合成，抗HBV和抗HIV活性。